原核微生物之菌和微菌

万云洋，赵国屏

(1.中国石油大学(北京)油气资源与探测国家重点实验室油气污染防治北京市重点实验室，北京102249; 2.中国科学院上海生命科学研究院，上海200032)

原核微生物之菌和微菌

万云洋1*，赵国屏2*

(1.中国石油大学(北京)油气资源与探测国家重点实验室油气污染防治北京市重点实验室，北京102249; 2.中国科学院上海生命科学研究院，上海200032)

本文明确了对于现行中文对原核微生物习惯命名中的虚字“菌”字，在定义希腊文名词bios和新拉丁文名词bius-um-a时可具有实际意义。与微(micro/mikros)组合时，表示有尺寸特征，但这种特征与其他原核微生物的尺寸区别不大，有待实践中进一步细化。本文总结80多属460多种和亚种的微生物，提出命名法能够表达的微生物特征层次，进一步明确这些种属的细菌属性，以促进国内外交流。

菌;微菌;竿菌;杆菌;小杆菌;分类学;微生物;命名;细菌;古菌;属

近340属杆菌、110属小杆菌、7属杆状菌［1］、100属竿菌［2］等“菌属”中的“菌”字均为虚词，可能仅为微生物界(细菌、古菌或真菌)的一个学术记号，并可省略为杆属、小杆属和竿属［1-2］，但如下80多属460多种“菌”的属名和种名中，“菌”字或不可省略，是实意词，应区别对待。

1 原核微生物中具有实意的“生”种属

生:希腊文名词bios，表示生命。当该词出现在非词尾时，译作“菌”字将产生很多误解，此时一般译作“生”(表1)。这种用法有些是十分常见的，比如中文中的“微生物”一词，其英文microbe大约是在1878年左右，来自对希腊文micro+bios的不正确缩写［3］，早期只用于病原微生物，但现在已经基本与microorganism通用。有些则可能因为一定语境中的省略而变得不常见，但体现该字有不少的方便。如表1中这5属12种中，全部是细菌域生物，方案一中的菌，仍然是虚字。

表1 原核微生物中的“生”属Table 1China-Latin bilingual for Sheng-bios genera in prokaryotes

表1中的这些属除了细菌的共性之外，其他特性差异很大。共生菌属或共生属(Symbiotes)是阿尔法变形杆纲立克次体目中未定科的属，厌氧生小螺体属或厌氧生小螺属(Anaerobiospirillum)是伽马变形杆纲气单胞菌目琥珀酸弧菌科中的一属，生膜栖菌属或生膜栖属(Biostraticola)是伽马变形杆纲肠小杆目肠小杆科中的一属。勿生营菌属或勿生营属(Abiotrophia)是厚壁菌门竿纲乳竿目奇果菌科中的一属，共生小杆菌属或共生小杆属(Symbiobacterium)是厚壁菌门梭菌纲梭菌目互营单胞菌科中的一属。

种名中也有为数不多的表示“生”用法，在不重名的情况下，按照现行的习惯命名或可省略该字。尤其是，如果按照“属名+种加词”［2］直接顺序对译，则或即可为“菌”。如在以下6模式种中，括号中的生字表示可以保留或不保留。

1936年的模式种厌氧生消链果菌(Peptostreptococcus anaerobius)，或消链果属厌氧(生)菌。

1955年的模式种抗生素骞恩氏菌(Chainia antibiotica)，此处“生”不可省略，因为抗生素已经成为一个固定名词。或骞恩氏属抗生素菌。

1984年定的模式种卤生卤杆状菌(Halobacteroides halobius)，或卤杆状属卤(生)菌。

1987年定的模式种厌氧生无固醇原体(Asteroleplasma anaerobium)，或无固醇原体厌氧(生)菌。

1995年新合并的模式种卤生涅斯特伦科氏菌(Nesterenkonia halobia)，或涅斯特伦科氏属卤(生)菌。

2014年定的模式种厌氧生塞内加尔马西利亚菌(Senegalimassilia anaerobia)，或塞内加尔马西利亚属厌氧(生)菌。

2 原核微生物中具有实意的“菌”或“生”种属

菌或生:希腊文名词bios，及其新拉丁文化的名词bius-um-a，表示生命、生物。因此该词如果要简写，应该是“生”，但该词作菌属词尾时，根据现在中文属名的习惯，是直接译为“菌”了。因此，有两种方案，一种就是把“菌”当作实词(方案一，表2和表3)，在微生物中，把菌与生命等同是完全可以接受的;另一种把菌仍然作虚词，可省略，而把“生”定义为bios/bius-um-a，即生物、生命和/或细菌(方案二，表1～3)。自1889年德国植物学家和真菌学家弗兰克(A.B.Frank，1839～1900)创立根瘤菌属(Rhizobium)［4］以来，目前合格有效的有32属、300多种和几个亚种。表示尺寸大小的微菌或微生(microbium)菌属也是该名词的组合词(表3)，因此加起来已有85属、460多种和近10亚种。以此定名的拉丁文，尤其是中文属名，按照方案一或方案二都很简洁，比如陌菌属或陌生属(Atopobium)、鳃菌属或鳃生属(Branchiibius)、绿菌属或绿生属(Chlorobium)、矿菌属或矿生属(Fodinibius)海菌属或海生属(Maribius)、玫菌属或玫生属(Rhodobium)、肉菌属或肉生属(Sarcobium)等。方案一中这些菌属的“菌”因为是实意字，因此不能如同杆菌属或小杆菌属中的那样省略［1］。这些菌属当中，仅有2012年定的卤古生菌属或卤古生属(Haloarchaeobius)是古菌，而且已经在属名中明确了古菌(古生菌)之意，因此，以方案一定名的菌属符合现在中文命名［5］的习俗，容易接受，但无法体现细菌属性，且可能会与其他菌属存在重名，比如卤古生菌属之所以保留“生”字，就是为了避免与卤古菌属(Halarchaeum)重名。以方案二定名的属名，根据约定俗成，“生”字可以与“杆”、“小杆”和“竿”一样，十分明确其细菌属性。

表2 原核微生物中具有实意的“菌”属和/或“生”属［6］Table 2China-Latin bilingual for Jun/Sheng-bios/bius-um-a as a notional word in prokaryotic genera［6］

3 “微菌”或“微生”种属及其细菌属性

微菌或微生:新拉丁文中性名词microbium (尚无阳性或阴性属名出现)，来自新拉丁文介词micro(来自……，from)+希腊文名词bios(生命，life)，来自希腊文形容词mikros(μικρóζ)表示小的(small)+希腊文名词bios(βíοζ)表示生命(life)，即表示微生物。因此，如果根据现行的中文命名习惯，根据方案一(表3)，这种菌属中的“菌”字不可省略，是实意，表示活体生物(生命)。但同样的原因，此“菌”除了表示微生物之外并不能表示其细菌属性，而根据约定俗成，方案二(表3)中的“生”与杆、小杆、竿等一样，即可表示细菌属性，更加方便。但方案一对现行命名体系的符合度高，可能相对较容易接受。方案二可能需要较长时间的实践。表3中的这些属全部是细菌域生物，自1899年［7］建立网线微菌属(Hyphomicrobium)，迄今合格有效的已有48属、150多种和3亚种。

表3 原核微生物中具有实意的“微菌”属或“微生”属［6］Table 2China-Latin bilingual for microbium as a notional word in prokaryotic genera［6］

续表3

这些微菌属之所以能够从上述的“菌”(bios/ bius-um-a)独立出来成为一个序列，还有一层意思是表示其尺寸的微小，给命名特征的体现带来方便。但迄今为止，这些菌属中的“微”与其它原核微生物的尺寸并无显著差异，有待今后的进一步实践细化。

4 小结

本文系统地总结了具有实意的“菌”类33属320多种，“微菌”或“微生”48属150多种3亚种，以及具有实意的“生”5属12种，共计86属460多种和亚种进行了梳理和总结，有利于促进学者对此的理解，促进中外交流。

无论是表示实意的菌/生(bios/bius-um-a)还是组合词微菌/微生(microbium)类生物，无论其在词尾、词中或词头，都表示细菌域生物(除了属名中已明确了古菌的卤古生属(Haloarchaeobius))。

在两种方案中，方案一更接近现在的习惯，方案二作为中文定名习惯更容易避免重名，且表示更多一层的意思。上述菌属名中，少则表示三层含义，比如海菌属，海表示海源，菌表示生命(细菌)，属表示细菌中的具体属性;多则表示五层含义，比如磂碱微菌属，表示硫、碱、尺寸、属性和细菌;大部分是四层含义，比如中华微菌属，表示分离源、尺寸、属性和细菌。与种名(种加名)联合起来，大致上能够表示4～8层含义，大体上能够明确形状(含芽孢/孢子/鞭毛/菌丝)、动/静态、尺寸、颜色、功能(化合物特征)、习性(温度/氧度/盐度)、生境(产地/宿主)和分子特征(细菌/古菌/真菌)。因此，菌名(属名+种名)不仅仅是一个代号，每个字都很重要，是其独有特征的记录，但无论中外，对这种层次的理解和使用差别较大，有待进一步规范，中文命名在这种含义层次规范中占有一定的优势。

致谢感谢陈文新院士不顾年事之高，多次接见当面指教和大力的推荐，特别感谢陶天申教授主动致函多次讲解和指导，感谢楚泽涵和林壬子教授等对草稿提出的许多建议，促进我们对中外微生物学的发展有更深的理解和把握。

［1］万云洋，赵国屏.原核微生物之杆菌和小杆菌［J］.微生物学通报，2016，43(6):1315-1332.

［2］万云洋，费佳佳，赵国屏.原核微生物之竿菌［J］.微生物学杂志，2016，36(3):73-79.

［3］Harper D.Online Etymology Dictionary.microbe［EB/OL］.［20150320］http://www.etymonline.com/index.php?allowed_in_frame=0＆search=microbe.

［4］Skerman V，McGowan V，Sneath P.Approved Lists of Bacterial Names［J］.International Journal of Systematic Bacteriology，1980，30(1):225-420.

［5］杨瑞馥，陶天申，方呈祥，等.细菌名称双解及分类词典［M］.北京:化学工业出版社，2001.

［6］万云洋.原核微生物资源和分类学［M］.北京:石油工业出版社，2015.

［7］Kingma Boltjes T.¨Uber Hyphomicrobium vulgare Stutzer et Hartleb［J］.Archiv für Mikrobiologie，1936，7(1):188-205.

Species and Genera of Bios(bius-um-a)and Microbium in Prokaryotes

WAN Yun-yang1，ZHAO Guo-ping2
(1.State Key Laboratory of Petroleum Resources and Prospecting，Beijing Key Laboratory of Petroleum Pollution and Control，College of Geosciences，China University of Petroleum，Beijing 102249，China; 2.Shanghai Institutes for Biological Sciences，Chinese Academy of Sciences，Shanghai 200032，China)

This paper clarifies that the Chinese character"菌(Jun)"which usually as a functional word in Chinese term of Microbiology has the actual meaning in defining the Greek noun bios and New Latin noun bius-um-a.When it combines with"微(Wei)"(micro/mikros)to deliver further size of microorganisms although it is yet ambiguous and waiting for refining the size standard to make clear distinguish from other prokaryotes.This paper also proposes Chinese character"Sheng"instead of"Jun"in this case to reveal and define more than four hundred and sixty species and subspecies in eighties genera for their evolutionary domain of bacteria definitely，to standardize layers of meaning for each vocabulary in the binomial nomenclature in order to promote communication between at home and abroad.

bios bius;microbium;bacillus;bacter;bacterium;taxonomy;microorganism;nomenclature;bacteria; archaea;genus

Q93

A

1005－7021(2016)04－0071－05

10.3969/j.issn.1005－7021.2016.04.013

国家自然科学基金项目(41373086，41373126);国家重大科技专项(2016ZX05050011，2016ZX05040002-006);北京市青年英才计划(YETP0670);北京市科技新星交叉合作课题(XXJC201605)

万云洋男，博士，教授，博士生导师。从事微生物地质学研究。Tel:010-89732230，E-mail:wanyunyang@cup.edu.cn赵国屏男，博士，教授，博士生导师，中国科学院院士。从事微生物学研究。Tel:021-54924015，E-mail:gpzhao@sibs.ac.cn

*通讯作者。

2016-03-15;

2016-04-12