中草药调控肠道微生态组成与代谢的研究进展

王鑫楠，王维维，辛贵忠，刘丽芳

(中国药科大学中药学院，天然药物活性组分与药效国家重点实验室，江苏 南京 210009)

肠道菌群作为寄存于人体胃肠道的复杂微生态系统，容纳了数万亿个微生物细胞，种类超过500种，其中绝大多数为绝对厌氧菌，数量是兼性厌氧菌和需氧菌的100～1 000倍[1-2]。十亿多年来，哺乳动物和微生物的共同进化导致了他们之间的相互依赖性。因此，人体保持健康或发生疾病皆与肠道菌群结构和功能的失调密切相关。通过群体感应、营养竞争与代谢产物的相互制约等多种因素，正常菌群之间以及正常菌群与宿主之间处于动态平衡状态，菌群结构保持相对稳定。但当正常菌群受到来自于机体内外的理化、生物因素的刺激时，就会导致肠道菌群失衡，进而引发疾病[3-5]。长期以来，科学家使用多种手段来对肠道菌群进行研究，取得了引人瞩目的研究成果。

中草药作为中华民族的瑰宝，具有独特的治疗作用和防治疗效。但由于中药及其复方的组成十分复杂，且具有多成分、多层次、多靶点起效的特点，人们对于中药调节肠道菌群的具体作用机制仍然知之甚少。本文将近年来与中药改善肠道菌群平衡作用相关的研究成果和涉及的主要分析技术进行了归纳和总结，以期为进一步深入探讨中药发挥作用的科学内涵提供一定的参考。

1 中草药改善肠道微生态平衡

中药的给药方式常见于口服给药，除一些小分子单体物质能够被吸收入血以外，很多大分子物质往往会进入消化道，与肠道微生物群相互作用[6]。肠道微生态包括肠道菌群菌种、肠道菌群代谢物和黏膜屏障。中药活性成分调控肠道微生态平衡，主要体现在中药化学成分对肠道菌群结构组成和代谢产物的影响。

1.1 中药缓解肠道菌群失调

健康的成年人肠道微生物群以拟杆菌门和厚壁菌门为主，但也包括较小比例的放线菌门，变形菌门和疣微球菌门，以及产甲烷的古菌(主要是甲烷短杆菌属)，真核生物(主要是酵母)和多种噬菌体[7]。正常情况下，肠道菌群与宿主之间维持着良好的生态平衡。在一定条件下，这种平衡的关系被打破，在不同分类水平上会发生菌种比例失衡。肠道微生物群在代谢疾病方面起着关键作用，包括2型糖尿病和肥胖等。Jia Xu等人[8]研究了葛根芩连汤对2型糖尿病的治疗作用。通过实时定量PCR(Real-time quantitative PCR)检测，结果发现葛根芩连汤能够提升肠道菌群中柔嫩梭菌群的丰富度。此菌种与空腹血糖和餐后2 h血糖呈负相关水平，而与胰岛B细胞功能的稳态呈现正相关。2005年研究者首次提出肥胖可能和肠道菌群结构差异有关，并发现肥胖小鼠肠道内拟杆菌门细菌和厚壁菌门细菌的变化[9]。另一项研究表明，灵芝多糖可改变肥胖小鼠中肠道菌群的结构，增大拟杆菌门与厚壁菌门细菌的比例，从而达到预防肥胖及其并发症的目的[10]。Weidong Xie等人研究发现，黄连生物碱和小檗碱显著降低了厚壁菌门和拟杆菌门在高脂饮食诱导的小鼠粪便总细菌中的比例。总生物碱和小檗碱对肠道微生物的作用导致膳食多糖的降解减少，降低了热量摄入，改善肥胖小鼠的机体代谢。这些数据表明，中草药配方能诱导肠道微生物群的结构比例变化[11]。

肠道菌群按照对宿主健康的影响，可分为益生菌、有害菌和机会致病菌[12]。机会致病菌在正常菌群中原本不致病，但一旦处于生态失调的状态下，这类细菌可成为致病菌，比如大肠杆菌、β变形杆菌、梭菌属和脱硫弧菌属等[13]。近年来，大量研究表明中药可以通过促进益生菌增殖，抑制有害菌的生长，使肠道保持相对稳态。在一项关于祛湿化瘀方治疗非酒精性脂肪肝的研究中，Xiaochen Yin等人通过对菌群16S rRNA基因的V3区域测序发现，高果糖喂养的大鼠体内的机会致病菌-埃希氏杆菌属和志贺氏菌属明显富集，但是在中药治疗后，机会致病菌的水平降至空白对照组水平。与此同时，产生短链脂肪酸的益生菌Collinsella也在给药组明显增殖[14]。参苓白术散在治疗腹泻上效果显著。通过对粪便微生物基因组成进行测序，结果表明药物组中益生菌乳杆菌属和双岐杆菌属占比显著增高[15]。多糖部位对于肠道菌群的失调能起到一定的恢复作用。研究表明将香菇多糖用于调节肠道紊乱的小鼠后，小鼠肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌数量水平上调，机会致病菌肠杆菌和肠球菌的数量下降[16]。

1.2 中药改善肠道菌群代谢

肠道菌群所含有的丰富的基因能够为宿主的各种代谢通途提供功能酶体，参与到各种代谢过程，包括短链脂肪酸(short chain fatty acids,SCFAs)的产生，氨基酸(Amino acids,AAs)代谢，胆汁酸的合成，外来物质的代谢[17]。在肠道与宿主的共代谢过程中，许多小分子物质在宿主细胞和微生物群信息交换中发挥关键作用。

短链脂肪酸是肠道菌群最重要的产物之一。它们通过激活G蛋白偶联受体和抑制组蛋白脱乙酰酶的活性来调控肥胖、炎性肠病和神经退行性疾病的发生[18]。短链脂肪酸是由肠道微生物菌产生的，其数量水平与代谢底物与肠道菌群的组成相关。陶金华等人采用气相联合火焰离子化检测器，研究菊花多糖对TNBS诱导的结肠炎大鼠的治疗机制，测定了肠道内容物中SCFAs的含量变化，结果表明，多糖在不同程度上增加了结肠炎大鼠肠道内SCFAs的含量，其中以乙酸、丙酸、异丁酸和丁酸的含量变化趋势最为明显[19]。王艳芳等人采用气相色谱法，研究了何首乌及其主要成分二苯乙烯苷(TSG)作用于非酒精性脂肪肝大鼠，检测了其肠道内短链脂肪酸的改变量。结果发现何首乌总提物及各剂量都能不同程度的降低高脂饮食大鼠肠道内的总短链脂肪酸的含量，同时降低实验动物肝脏脂质含量和内毒素水平[20]。

氨基酸由肠道菌群分解外来物质或由自身代谢产生。氨基酸去羧基反应产生胺类物质，去氨基反应产生氨气。芳香族类氨基酸能够产生次级代谢产物——酚类和吲哚类物质。组氨酸通过脱羧作用产生组胺，现有研究证明罗氏乳杆菌分泌的组胺可以抑制宿主淋巴细胞中TNF-α的表达，来起到一定的抗炎作用[21]。Shan Yin等人利用气相色谱-飞行时间质谱联用技术(GC/QTOF-MS)的代谢组学分析方法检测给予中药大黄后对于大鼠肠道代谢产物的改变，结果发现吲哚类与酚类物质含量增加，但是多胺类物质，如腐胺等多种氨基酸的水平出现了下降[22]。耿曙光等人研究了安肠汤对溃疡性结肠炎大鼠肠道代谢的改变，发现氨基酸、糖类代谢异常，并筛选出腺嘌呤、胞嘧啶、尿苷、等10种代谢物作为溃疡性结肠炎肠道代谢的相关潜在标志物[23]。

胆汁酸(或胆汁盐)是由肝脏中产生胆固醇和胆汁转换得到的类固醇酸，其主要功能是促进膳食脂肪和新陈代谢，吸收脂溶性维生素和胆固醇。胆汁酸在一天中会参与到8次肝肠循环，此重要的代谢途径由宿主和肠道菌群共同协作完成。胆汁酸在肠道中的转换主要通过拟杆菌属、真杆菌属、梭菌属的厌氧作用进行的，并伴有与牛磺酸和甘氨酸结合的胆汁酸通过胆盐水解酶发生早期分离，恢复成未结合的游离胆汁酸[24]。韩国超等人研究发现逍遥散加味对于慢传输便秘有很好的疗效，能够缩短胃肠传输时间，增加雄性大鼠胆汁分泌量和调节胆汁成分，通过利胆作用来促进肠蠕动和肠分泌，起到治疗慢传输型便秘的作用[25]。高脂高胆固醇饮食会导致机体肠道微生物群落失衡，黄连生物碱对高血脂小鼠体内的胆汁酸肝肠循环具有较强的调节作用。黄连碱生物碱的降血脂效果可通过调节肝脏中的胆汁酸受体，改善胆汁酸的肝肠循环，改善机体炎症水平及调节肠道微生物菌群来实现。微生物群落的变化又会反过来影响肠道中胆汁酸的种类[26]。

2 肠道微生态组成分析技术

2.1 传统培养法

在19世纪，科学家们普遍采用体外培养的方法来培养和观察肠道菌群，选择合适的培养基和培养条件分离样品中的特定微生物，进行培养并对得到的菌群种类进行分析。Hirayama等在1989年采用该方法对大熊猫肠道菌群多样性进行研究，并发现大熊猫肠道内的优势菌为Streptococcus和Terobacteriaceaee[27]。培养菌株的优势在于它们的整体基因序列能够简单有效地检测出来，传统培养与系统发育技术可以扩展参考数据库，并且将具体功能分配到相应的微生物谱系，这对于宏基因组学的研究是非常必要的。贺立群[28]等人选取条件致病菌——铜绿假单胞菌，将其置于含有黄连、黄柏和焦栀子的稀释液的LB培养基中进行培养，分离细菌沉淀和上清，检测其标志代谢物绿脓菌素和弹性蛋白酶，结果发现黄芪和黄柏能够显著抑制假单胞菌菌株的生长，而焦栀子整体上未显示出显著的抑制生长作用。Lagier等人[29]分离培育了31种新型的菌群，为基因组文库增加了10000多条之前未检测到的基因。然而，传统培养法存在耗时长、培养要求高、影响因素多等问题，且该方法只能培养活菌，但是对于死亡的细菌情况却无法估计，导致所得结论不够精准。若只是仅仅局限于纯培养的方法，也无法获得可信度高的结果。如今，在研究肠道菌群的功能与结构中，科学家们将分子生物学技术与传统培养方法结合起来，对肠道菌群如何调控人体健康进行了更深入的探索[30]。

2.2 高通量测序技术

高通量测序技术是DNA测序的革命性技术创新，具有同时对几十万到几百万条DNA分子进行测序和分析的功能，实现了对物种基因组或转录组的深入研究，其深入并且快速的测序过程使之成为现今应用最广泛的测序技术。高通量测序技术的出现能够完整快速地完成对肠道微生物群落信息的采集与分析，完善人们对肠道菌群的认识。以16S rDNA扩增进行的高通量测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析。目前的生物信息学分析也可以基于16S rDNA测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。16S rRNA高通量测序技术可对16S rDNA/18S rDNA/ITS等序列进行测序，能同时对样品中的优势物种、稀有物种及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及相对丰度，该技术直接从环境样本中扩增核糖体rDNA高变区进行测序，解决了大部分菌株不可培养的难题，已在肠道菌群的研究中取得了广泛应用，如证实不同人群(婴儿、老年人、孕妇及同卵双胞胎等)肠道菌群的差异[2,31]，不同疾病状态下(肥胖、糖尿病和非酒精性脂肪肝等)肠道菌群与正常人肠道菌群的差异[32-33]。

近十年来，研究者们利用16S rRNA高通量测序技术来研究中药对肠道菌群的影响较为普遍。何旭云[34]等人基于16S rDNA测序的方法，分析了黄芪多糖对于高脂喂养小鼠肠道菌的影响，结果发现黄芪多糖能够增加拟杆菌门与厚壁菌门细菌的相对丰度，降低变形菌门细菌的相对丰度，并且能够明显抑制高脂喂养小鼠肥胖的形成，由此可推断黄芪多糖的减肥作用可能与调节肥胖小鼠的肠道菌群有关。通过以粪便样品中的DNA为模板，进行16S rRNA基因V3区域的扩增，赵立平团队研究发现，肠道菌群代谢障碍所产生的内毒素能够引起慢性炎症，从而导致肥胖相关的代谢紊乱[35]。而全麦、传统中药及益生元组成的WTP食谱可以满足营养需要并平衡肠道菌群，帮助肥胖患者减轻体重。Li Gao等人[36]运用SAMP8小鼠作为老年痴呆小鼠模型，用黄芩素溶液对其进行灌胃给药，结果发现对照于模型组，给药组肠道菌中的6个菌属含量明显改变，这些菌属均与认知能力相关，说明黄芩素能够改善SAMP8小鼠衰老和认知障碍。

2.3 宏基因组学

进入21世纪来，宏基因组学开始应用于复杂微生物菌群的研究，目前已取得了飞速的发展。从粪便中提取DNA，经鸟枪测序后，将得到的基因序列，进行生物学信息和多元统计分析，来获取整个肠道菌群的功能情况。宏基因组的主要优点在于其能够允许同时检测微生物的多样性。从此技术方法中获得的一些结论与看法，包括微生物编码潜能的全部编目，健康人群与肥胖、炎症性肠病和糖尿病患者的肠道菌的区别以及临时检测肠道菌群中病毒的情况。2005年Relman实验室和美国基因组研究所第一次全面开展人类肠道宏基因组学的研究，打开了对肠道微生物多样性的认识的一扇大门[37]。Tyakht等[38]通过对不同国籍人群的肠道菌群结构进行分析发现，不同地域的人群肠道菌群存在明显差异性，导致该现象的主要原因是饮食习惯的不同。Manichanh等首次采用宏基因组学方法，研究较正常人群，克隆恩病(Crohn's disease, CD)患者的粪便样品中厚壁菌门的多样性明显减少，此外还发现了新菌种的存在，宏基因组高通量测序技术的出现使得对未知微生物的研究有了突破[39]。

基于宏基因组学分析技术，赵兴兵[40]等人通过采集脾虚便秘模型的小鼠的肠道内容物，提取肠道微生物宏基因组，进行系统生物学分析，结果发现铁皮石斛两种汤剂对于脾虚便秘模型的小鼠肠道细菌多样性有一定的调整作用。陶伟伟[41]等人从中药配伍禁忌的角度出发，以肠道菌群为研究对象，结果表明千金子与甘草合用会使肠道菌群宏基因组结构发生异常，提高芳香氨基酸降解功能和黏液降解功能相关基因含量，从而增加肠源尿毒素等毒性物质的产生，引发或加重机体患病风险。郭抗萧[42]使用抗生素建立菌群失调小鼠腹泻模型，研究七味白术散治疗菌群失调腹泻的机理，提取肠道内容物微生物宏基因组DNA，结果表明七味白术散对菌群失调腹泻的小鼠肠道细菌群落具有恢复作用。

近十年来，第二代测序技术发展比较成熟，其优点为通量高、准确性高、速度快及信息全，广泛使用的第二代测序技术主要为Illumina HiSeq测序仪、454测序平台等。二代测序完全能够满足常规微生物群体的物种分类研究、群落结构、系统进化、功能注释，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络等分析。我们可以通过其深度挖掘具有应用价值的基因资源，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。然而，分子研究手段有着与生俱来的局限性，例如DNA的提取效率会导致肠道菌群中的所有物种的基因无法被均匀提取。

3 肠道菌群代谢产物分析技术

代谢组学是系统生物学的重要组成部分。科研人员通过利用高通量、高精确度、高灵敏度的现代分析仪器，如质谱和核磁共振波谱，对人体的代谢产物如血液、尿液、粪便中的代谢物的组成和性质进行研究分析[43]。通过质谱检测仪和核磁共振等技术对生物样品中的代谢物组成进行分析，不仅能得到代谢物的整体组成变化，探讨生物体与环境因子和遗传因子的相关作用关系，还能够更加深入地了解人体与微生物群的共代谢的关系[44-47]。代谢组学分为靶向代谢组学和非靶向代谢组学。本文将集中讨论基于质谱与核磁共振波谱的代谢组学技术来描述肠道微生物群代谢与人体生理学之间的相互关联。

3.1 非靶向代谢组学研究

非靶向代谢组学分析能够快速给出样品的代谢谱，并且能够检测到大量代谢产物。但是由于物质理化性质的多样性以及样品中代谢物浓度的差异性，所以很难仅用一台仪器就对代谢物进行全表征[48]。因此针对具体的分析和化学参数，需要不同的分析平台来实现对微生物代谢物的表征。代谢物的分离、检测、表征得益于分析平台的快速发展。气相色谱-质谱联用法(Gas Chromatography Mass Spectrometry,GC-MS)被广泛地用于临床中分析尿液、血液及粪便中的挥发性成分，评估多种疾病中的生物标志物。液相色谱-质谱联用法(Liquid Chromatography Mass Spectrometry,LC-MS)对于样品检测覆盖范围更广。高效液相色谱(High pressure LC,HPLC)以及超高效液相色谱(Ultra pressure LC,UPLC)具有更强的分离能力。检测仪器包括核磁共振波谱(Nuclear magnetic resonance spectroscopy,NMR)与高分辨质谱如轨道离子阱(Orbitrap)、飞行时间质谱(quadrupole time-of-flight,Q-TOF)等[49]。

吴丹[50]等人采用GC-MS分析人与大鼠粪便中的碱性和中性代谢产物，结果发现人由于个体受到环境、饮食、身体状况等因素的影响，不同人的粪便样品代谢物比例差异较大，例如对甲基苯酚、吲哚、3-甲基吲哚等等。大鼠由于环境与饮食等因素较一致，因此其粪便样品代谢物比例差异相对较小。

Meng Yu等人[51]使用UPLC-Q-TOF/MS考察了柴胡疏肝散能否调节肠道微生物群失调后的宿主代谢情况。数据经偏最小二乘分析后表明该复方能够减少抗生素使用后的肠道紊乱。将鉴定代谢物结果与代谢通路分析关联起来，发现了三条抗生素诱导肠道微生物失调的代谢通路：甘氨酸，丝氨酸和苏氨酸代谢，烟酸和烟酰胺代谢，胆汁酸代谢。同样地，Man-Yun Chen[52]等人将三七皂苷与人体肠道菌群在体外共培养，利用HPLC-DAD-Q-TOF-MS/MS技术分离并鉴定代谢产物，结果共鉴定出45种代谢物，其中人参皂苷F1、原人参三醇、人参皂苷Rh2、人参皂苷化合物K和原人参二醇含量最高。而且研究者发现由肠道菌群分泌的酶介导的去糖基化反应是主要代谢途径。

Lindsey等人[53]通过850MHz1H-NMR对肠道菌群失衡的小鼠的尿液与粪便的代谢物进行检测，在用恩诺沙星诱导的小鼠的粪便提取物中发现了八种差异代谢物。这些代谢物主要集中于氨基酸类和短链脂肪酸类。

考虑到对微生物代谢物的更全面的富集，还可以将两种或两种以上的分析平台进行联用。郑晓皎等人[54]将UPLC/QTOF-MS和GC/TOF-MS联用，用代谢组学全谱分析方法检测广谱抗生素诱导的肠道菌群失调的大鼠模型的尿液和粪便样本代谢轮廓变化，结果发现了两百多个宿主与肠道菌群的共代谢物。Yuting Zhou等人[55]将1H-NMR与GC-MS进行联用，发现由黄连引起的腹泻所产生的差异性代谢产物，通过多变量统计分析的结果，发现了20个生物标志物。这些物质中马尿酸、乳酸和α-酮戊二酸与肠道菌群失衡相关。目前，代谢组学的研究多集中于质谱，因为其有更加宽泛的动态范围以及较高的灵敏度和选择性。

3.2 基于质谱的靶向代谢组学

靶向代谢组学是针对于具有特征化学结构的化合物，如脂质、碳水化合物、氨基酸等等，来验证之前提出的科学假设和生物标志物的针对性的研究。通过标准品的对照使用，可以对分子代谢物进行定量或者半定量。靶向代谢组学的分离平台与非靶向代谢组学基本一致，但其检测器主要为三重四级杆质谱(Triple Quadrupole Mass,QQQ)和串联四级杆复合线性离子阱质谱(Triple Quadrupole Linear Ion Traps,QTrap)。这两种质谱能够使用多反应监测模式(Multiple-reaction monitoring,MRM)检测母离子与特征子离子，具有反向抽提的作用，提高了检测待测物质的灵敏度和选择性，适合对待测物进行定量分析[56-57]。

为获得更全面的胆汁酸表征，Jun Han等人[58]开发了UPLC-MRM-MS的检测方法，用于对50种已知胆汁酸靶向定量检测。除此之外，为表征其它潜在的胆汁酸，还可以用已知的特征离子进行二级靶向扫描检测。Waner Hou等人[59]对11种关键肠道微生物群-宿主共代谢物进行快速定量，涉及到琥珀酸、苯乙酰谷氨酰胺、马尿酸和三甲胺代谢途径。该方法可用于综合研究这些关键微生物群-宿主共代谢物的病理生理作用和机制，反映了肠道的功能，从而为评估肠道微生物群紊乱相关疾病的发生，发展和治疗效果提供了新的机会。

孟拓等人[60]建立了GC-MS的SCFAs分析方法，分析肠炎小鼠的SCFAs代谢情况。使用了三氟乙酰胺与SCFAs反应，进行衍生化，并通过了方法学验证，结果发现与空白对照组比较，慢性肠炎小鼠结肠内容物中的SCFAs含量蓄积；盲肠内容物中的SCFAs水平整体下调，乳酸蓄积，该结果表明肠炎小鼠肠道内的脂肪酸代谢紊乱。陈蕾[61]利用GC-MS对小鼠粪便发酵液中短链脂肪酸含量进行了测定，实验结果表明相对于空白对照组，苦荞组小鼠的粪便中的短链脂肪酸，如乙酸、丙酸、丁酸和乳酸的含量分别增加，表明苦荞具有益生元作用。Wei Xu等人对含有伯胺、仲胺和酚羟基的代谢物进行化学标记，用衍生化的方法对粪便样品中的此类化合物进行化学垂钓，可以对含这三种官能团的代谢物进行亚组学表征[62]。欧阳辉[63]运用UPLC-Q-Trap-MS分析了白头翁皂苷D在大鼠离体肠道菌群体外代谢产物，比较确定了白头翁皂苷D在体外肠道菌群中能够通过脱糖代谢及羟基化、甲基化、脱氢等代谢反应，产生多种代谢产物，且白头翁皂苷的代谢产物很有可能是其发挥抗肿瘤作用的起效物质。

4 肠道微生态组成与菌群代谢产物分析技术联用

为了更加深入了解肠道菌群与疾病的相关性，研究者们还会将基因组学与代谢组学进行联用，对肠道菌群的生态与代谢变化更加详细地阐明。Jingcheng Xiao[64]等人利用16S rDNA扩增子测序技术与LC-triple-TOF/MS技术，分析三七皂苷对肠道菌群代谢的影响。结果发现三七皂苷组的大鼠肠道菌群代谢产物中大多数为去糖基化产物，与对照组大鼠相比暴露水平偏低；而去糖基化产物的暴露水平可能与糖苷酶活性及变形菌门相关，拟杆菌门上调可能增加肠道菌群的氧化还原酶活性。李松林团队[65]通过16S rRNA基因测序分析与UPLC-QTOF-MS代谢组学分析，研究了独参汤里的多糖是如何通过肠道菌群重建机体的平衡。结果表明，人参多糖提高了肠道对特定人参皂苷的代谢和吸收功能，同时能恢复失衡的菌群，特别是能增加乳酸菌和拟杆菌的数量。

不同的分析平台有不同的优缺点，未来关于肠道菌群的研究必将是多种组学技术的综合分析。不同的分析平台可以优势互补，尽可能的得到更多的菌群代谢产物信息与菌群微生物组成的物种信息。

5 小结与展望

肠道菌群的平衡状况与宿主的健康和疾病有着密切的关联，主要表现为正常生理状态下与非正常生理状态下菌群结构与数量的差异(即微生物多样性的差异)，以及肠道菌群代谢产物的差异。中药通过调控肠道菌群中菌种结构组成与微生物代谢产物，从而维持肠道微生态平衡，对胃肠道疾病(溃疡性结肠炎、便秘、克罗恩病)、代谢性疾病(肥胖、糖尿病、高血压等)有着显著的治疗效果。近十年来，肠道菌群多样性的分析方法以及代谢产物分析方法取得了很大突破，如基因组学、代谢组学和生物信息学等。随着检测技术的进步，中草药调控肠道菌群的作用机制将进行更加系统而深入的研究，这对于全面了解中药药效物质基础，为中药在调节肠道菌群方面取得新的突破性进展，推动中药现代化研究进程具有重要的意义。