非综合征性唇腭裂与TGFA基因rs 3771523位点SNP相关性的研究

胥 威 卢永平

非综合征性唇腭裂与TGFA基因rs 3771523位点SNP相关性的研究

胥 威 卢永平

目的 探讨核心家庭中转化生长因子α(TGFA)rs 3771523位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的关系。方法 166例NSCL/P患者, 患者父母271例, 核心家庭111个。采用芯片检测基因型, 进行家庭为基础的关联检验(FBAT)。结果 父母基因型分布未偏离HW平衡(P＞0.05)；NSCL/P核心家庭中rs 3771523等位基因G和等位基因A存在过低传递和过度传递。结论 TGFA基因rs 3771523等位基因A与NSCL/P的发生密切相关。

非综合征性唇腭裂；家庭为基础的关联检验；转化生长因子α

唇腭裂是新生儿中最常见的一种先天性发育畸形, 通常分为综合征性和非综合征性。将不伴发其他系统器官畸形的唇腭裂称为非综合征性唇腭裂(nonsyndromic cleft lip and/or cleft palate, NSCL/P)［1］。大量的研究表明, NSCL/P是一种多基因遗传病, 其易感基因位点具有异质性。目前, 患者父母对照研究是复杂性疾病易感基因研究的一种新的设计方法,该方法采用患者及其父母为研究对象, 有效的避免了由于病例组和对照组间遗传背景的差异而造成的虚假关联, 还可以进行交互作用的分析。本研究以核心家庭为研究对象, 运用家庭为基础的关联检验(family based association test, FBAT)分析了TGFA基因rs 3771523单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和NSCL/P发生的关系。现报告如下。

1 资料与方法

1.1 一般资料 2009年1月～2012年7月收住于中国医科大学附属口腔医院的NSCL/P患者166例(病者组), 患者父母271例(父母组), 核心家庭(患者及双亲)111个。经签订书面知情同意书后, 采集患者及父母外周血5 ml。

1.2 DNA提取、PCR扩增、特异性引物延伸、芯片杂交及基因多态性检测 用TIANamp血液DNA提取试剂盒(TIANGEN)提取基因组DNA。PCR扩增体系为20 μl, 含DNA模板2.5 ng、Ex Taq DNA聚合酶0.05 U、1×buffer、dNTP 0.125 mM及引物0.4 μM。反应条件为94℃预变性10 min后, 94℃变性30 s, 57℃退火30 s, 72℃延伸30 s, 35个循环, 最后72℃延伸3 min。PCR产物纯化后, 进行特异性引物延伸。体系为15 μl, 含纯化产物5 μl、VentR(exo-)DNA聚合酶0.02 U、 dATP 0.375 μl、dTTP 0.375 μl、dGTP 0.375 μl、Cy3标记的dCTP 0.375 μl、特异性延伸引物0.025 μM。延伸反应条件为94℃预变性3 min后, 94℃变性30 s, 55℃退火30 s, 72℃延伸45 s, 35个循环, 最后72℃延伸3 min。将混合杂交液的延伸产物同点有探针的芯片进行杂交, 杂交条件为60℃ 1 h。清洗后, 扫描仪扫描芯片探针信号, 读取基因型。

1.3 统计学方法 运用家庭为基础的关联检验统计软件进行FBAT分析；病者组与父母组基因型分别做Hardy-Weinberg(HW)平衡检验。

2 结果

2.1 基因检测结果 患者及父母基因型和等位基因分布情况及Hardy-Weinberg(HW)平衡检验结果见表1。父母基因型分布未偏离HW平衡(P＞0.05)。

表1 基因型和等位基因分布情况及Hardy-Weinberg平衡检验结果

2.2 NSCL/P核心家庭FBAT检验结果 rs 3771523等位基因G和等位基因A分别存在过低传递(P=0.019613, Z=-2.333)和过度传递现象(P=0.019613, Z=2.333)。

3 讨论

转化生长因子α属于表皮生长因子家族, 在胚胎发育中有着重要的作用, 它可以刺激上皮细胞增生、诱导其分化。而唇腭裂的发生正是由于中间上皮细胞不能正常增生和分化, 从而导致发育中的面突不能正常融合。目前, 已发现了TGFA基因的356个SNP和20个插入/缺失与NSCL/P发病相关［2］, 但rs 3771523的研究极少。Machida等［3,4］分析了Marker2A(G3822A, C3827T, T3851C, A3879G)多态在日本NSCL/P患者和正常人之间没有统计学差异, 但单体型Marker 2A-6与NSCL/P发病密切相关(P=0.0086)。本研究采用以核心家庭为基础的分析方法, 分析了TGFA基因rs 3771523位点SNP与NSCL/P的发生关系。结果显示：NSCL/P核心家庭中rs 3771523等位基因G和等位基因A分别存在过低传递和过度传递现象, 说明TGFA基因rs 3771523等位基因A与NSCL/P的发生密切相关。

［1］ 马坚, 黄永清, 马敏, 等.中国西部人群IRF6基因V274I位点SNP与非综合征型唇腭裂相关性的研究.实用口腔医学杂志, 2008, 24(3):417-421.

［2］ Vieira AR.Association between the transforming growth factor alpha gene and nonsyndromic oral clefts:a HuGE review.Am J Epidemiol, 2006, 163(9):790-810.

［3］ Machida J, Sato F, Kaetsu A, et al.Candidate genes for nonsyndromic cleft lip and palate.J Craniomaxillofac Sury, 2000, 28(suppl):50s.

［4］ Machida J, Yoshiura K, Funkhauser CD, et al.Transforming growth factor alpha(TGFA):genomic structure, boundary sequences, and mutation analysis in nonsyndromic cleft lip/palate and cleft palate only.Genomics, 1999, 61(3):237-242.

Research of correlation between non-syndromic cleft lip and/or palate and TGFA gene rs 3771523 locus SNP

XU Wei, LU Yong-ping.
Liaoning Provincial Research Institute of Family Planning, Shenyang 110000, China

Objective To explore the relationship between transforming growth factor α (TGFA) rs 3771523 locus single nucleotide polymorphism (SNP) and non-syndromic cleft lip and/or palate (NSCL/P) in nuclear families.Methods There were 166 NSCL/P patients, 271 parents, and 111 nuclear families.The genotypes were detected by microarray, and family-based association tests (FBAT) were performed.Results The genotype distribution of the parents was not diverged from HW balance (P＞0.05).In the NSCL/P nuclear families, over-transmission and under-transmission were found in rs 3771523 allele G and A.Conclusion There is a close relationship between TGFA gene rs 3771523 allele A and NSCL/P.

Non-syndromic cleft lip and/or palate; Family-based association tests; Transforming growth factor α

10.14163/j.cnki.11-5547/r.2015.05.018

2014-09-29］

110031 辽宁省计划生育科学研究院