一株猪圆环病毒3 型的鉴定和遗传演化分析

张 琴，杨漫漫，张月，李雪梅，杨潞，田志革，胡晓亮（通信作者），崔鹏博

（1.四川国际旅行卫生保健中心（成都海关口岸门诊部），四川成都 610042；2.成都海关，四川成都 610042；3.宜宾学院农林与食品工程学部，四川宜宾 644000；宜宾市动植物检验检疫工程技术研究中心，四川宜宾 644000）

猪圆环病毒（porcine circovirus，PCV）为单链环状DNA 病毒，无囊膜，是已知最小的动物病毒之一。PCV 有4 种病毒类型，分别为PCV1、PCV2、PCV3 和PCV4[1]。PCV1 通常认为不具有致病性。PCV2 能够引起宿主机体的免疫抑制，导致断奶仔猪发生多系统衰弱综合征、母猪的皮炎与肾病综合征[2]和繁殖障碍的临床症状[3-4]。2016 年，PCV3 首次发现于美国密苏里州、明尼苏达州和南达科塔州，感染后，使宿主患有心肌炎、呼吸系统和神经系统疾病，母猪流产率增加，出现产死胎或木乃伊胎现象[5]。PCV3 的基因组全长1999～2001bp，包含3 个主要的ORFs，ORF1 编码复制起始相关蛋白Rep 和Rep’由296～297 个氨基酸组成，是圆环病毒基因组最保守的区域。ORF2 编码圆环病毒粒子中唯一的结构蛋白，即衣壳蛋白，由214 个氨基酸组成，具有免疫原性。ORF3 能够调控宿主细胞凋亡的非结构蛋白，由231 个氨基酸组成。本研究从四川省宜宾市某猪场患有呼吸困难的仔猪血液中鉴定一株PCV3，命名为SC-YB2212，通过遗传变异分析，了解SC-YB2212 的分子特征，为PCV3 分子流行病学研究和防控提供参考。

1 材料与方法

1.1 病料来源

临床样本来源于2022 年10 月四川省宜宾市某养殖场，发病症状主要包括仔猪呼吸困难、气喘等状况，采集仔猪的血液。按照DNA 提取试剂盒说明书，提取猪的血液DNA 备用，存于-80℃。

1.2 主要试剂

病毒DNA 提取试剂盒，购自天根生物科技有限公司；胶回收试剂盒，购自爱思进生物科技有限公司；pMD18T，DH5α，DL2000 marker、ExTaq酶、均购自TAKARA。

1.3 引物设计

利用猪圆环病毒3 型鉴定引物R-F：5’-CCCCCATGGGGGGAGCGGTTTC-3’；R-R：5’-ATTCCGGGGCCGGTTTTCTC-3’对血液DNA 进行PCR 鉴定。

1.4 PCR 扩增及测序

反应条件：98 ℃预变性3 min；98 ℃变性15 s，55 ℃退火30 s，72 ℃延伸1 min，共进行35 个循环；72 ℃终延伸10 min。PCR 产物由成都擎科生物科技有限公司进行测序，鉴定的病毒株命名为SC-YB2212。

1.5 基因序列分析

从GenBank 中选择不同基因型PCV3 全基因序列。利用DNAStar 软件中的MegAlign Clustal W 计算法对SC-YB2212 的基因组序列进行同源性分析，用MEGA6.0 比邻法进行遗传变异分析，构建遗传进化树，分析SC-YB2212 与参考毒株的遗传进化关系。（见图1）。

2 结果

2.1 基因序列的比较分析

SC-YB2212 与参考序列之间的同源性最高的为美国株KX898030（97.9%），与德国株MG014368的同源性最低为94.9%，与其他国内株同源性较高（97.0%～97.7%）。SC-YB2212 与四川宜宾株SCYB2203 相比，衣壳蛋白同源性为98.6%，这表明宜宾地区的PCV3 抗原性多样的情况。

2.2 SC-YB2203 遗传进化分析

使用MEGA6.0 软件将SC-YB2212 与国内外PCV3 核酸序列进行比对，构建进化树。结果显示SC-YB2212 与河北株 MF318449 和广西株MG650174、云南株MG650176 属于同一分支，与西班牙株MH579746 和美国株MK496280 亲缘关系较近，与四川株MZ449244 和重庆株KY075992 亲缘关系较远（见图2）。

图2 PCV3 衣壳蛋白遗传进化分析

3 讨论

本研究通过采集呼吸困难仔猪的血液，进行PCR 方法检测和鉴定，获得一株PCV3 序列，命名为SC-YB2212。序列分析显示PCV3 没有明显的地域性，与国内株PCV3 序列同源性为97%～97.9%。

遗传进化分析发现SC-YB2212 与河北株MF318449、广西株MG650174、云南株MG650176 属于同一分支，与西班牙株MH579746 和美国株MK496280 亲缘关系较近，与四川株MZ449244 和重庆株KY075992 亲缘关系较远。这说明SCYB2212 与猪只频繁调动相关，导致毒株交叉传播。PCV3 衣壳蛋白作为主要抗原性蛋白，而西南地区PCV3 存在多基因亚型并存现象，说明抗原性发生变异，因此，不同基因型存在是否影响致病性需要进一步研究。

综上所述，本研究鉴定了一株PCV3，SCYB2212，遗传分析发现其与多株国外毒株和广西株和云南株遗传关系较近，与四川株和重庆株遗传关系较远，本研究有助于丰富西南地区PCV3 的基因型特征，为后续防控提供依据。