APP下载

新疆地区蓝舌病病毒的分离鉴定及编码VP5外壳蛋白的基因序列分析

2022-07-20马晓菁薛晓波刘丽娅古丽扎提塔力甫汗谷文喜易新萍

草食家畜 2022年4期
关键词:血清型引物测序

马晓菁,薛晓波,叶 锋,刘丽娅,古丽扎提·塔力甫汗,谷文喜,易新萍*

(1.新疆畜牧科学院兽医研究所/新疆畜牧科学院动物临床研究中心,乌鲁木齐 830002;2.新疆畜牧科学院畜牧业经济与信息研究所,乌鲁木齐 830002)

蓝舌病(Bluetongue,BT)是由呼肠孤病毒科(Reoviridae)环状病毒属(Orbivirus)的蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)引起的经媒介昆虫如库蠓、伊蚊等传播的非接触性病毒性传染病[1]。绵羊对该病最为易感,病死率通常为2%~30%,有时高达70%~100%[1]。蓝舌病不仅对畜牧业生产造成直接经济损失,同时对国际贸易也造成较大影响。蓝舌病病毒血清型众多且变异快,目前全球有29个血清型的BTV,亚洲至少存在27个血清型的BTV[2,3]。新的血清型及强毒株的出现,应引起我国的高度重视。1979年,云南省的师宗县首次检测出BT,随后湖北、安徽、四川、山西等29个省均检出BTV血清阳家畜。目前我国已陆续分离到16个血清型的BTV,其中云南分离并检测到的血清型最多,广东次之[4,5]。新疆已分离到BTV3个血清型。1988年,新疆首次从辽宁盖县调运至克孜勒苏州的绒山羊中检出,1988-1989年对新疆地区牛羊蓝舌病进行普查,结果显示BTV血清阳性畜在新疆广泛存在。2012年,新疆畜牧科学院兽医研究所对疆内的8个地州的8个县市开展蓝舌病调查并在新疆尉犁县监控动物群中分离获得BTV分离株[6]。

蓝舌病病毒粒子呈二十面体对称,基因组大小约20 Kb,无囊膜,有多层衣壳,主要由3部分组成,分别为内部核心、内层衣壳与外层衣壳。该病毒基因组由10个分节段的双链RNA组成[7,8],可编码7种结构蛋白(VP1-VP7)和5种非结构蛋白(NS1-NS4)。VP2和VP5蛋白构成病毒外壳,其中由L2基因编码的VP2蛋白是主要型特异性抗原,S6基因编码VP5蛋白是蓝舌病唯一糖基化蛋白,与BTV毒力相关。研究表明,VP5能增强VP2中和抗体的产生,能增加VP2的保护作用。对VP5蛋白相关研究可为今后BTV基因工程疫苗的研制奠定基础。我国流行多种BTV血清型毒株,不同血清型BTV毒株对绵羊的致病性存在较大差异,因此BTV不同血清型疫苗的研究,对我国蓝舌病防控具有重要意义。本研究对新疆1株疑似BTV分离株进行PCR鉴定,明确分离株位蓝舌病病毒。应用全长cDNA扩增(full-length amplification of cDNAs,FLAC)技术,获得编码VP5蛋白S6基因序列,同源性比对结果表明,BTV新疆分离株S6基因序列出现较大差异,遗传进化关系可见,新疆蓝舌病分离株与BTV-18血清型及BTV-27血清型关系较近,但并不能归属为蓝舌病血清18型及27型,新疆BTV分离株血清型需进一步鉴定。本研究结果以期为新疆地区蓝舌病防控提供理论基础。

1 材料与方法

1.1 材料

新疆蓝舌病病毒分离株、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)均由新疆畜牧科学院兽医研究所保存。

基因克隆载体PMD18-T、一步法反转录PCR试剂盒(Prime ScriptTM one step RT-PCR kit)均购自TaKaRa宝信生物工程(大连)有限公司,反转录试剂盒(SuperScriptTMFirst-strand Synthesis System)购自Invitrogen公司,引物合成及测序服务由上海生工完成。

1.2 方法

1.2.1 蓝舌病分离株的NS1片段RT-PCR扩增

依照OIE手册提供引物进行巢式PCR,第一轮扩增引物:FA(5’-3’):GTTCTCTAGTTGGCAACCACC;RB:(5’-3’):AAGCCAGACTGTTTCCCGAT;第二轮扩增引物FC(5’-3’):GCAGCATTTTGAGAGAGCGA;RD(5’-3’):CCCGATCATACATTGCTTCCT,扩增产物片段分别为272 bp和101 bp。取BTV新疆分离株提取RNA 5μL,95℃变性5 min为模板,RT-PCR反应体系25μL,其中模板5μL,2×1 step Buffer(Dye plus)12.5μL,PrimeScript 1 step Enzyme Mix 1μL,上游引物FA(10μM)0.5μL,下游引物RB(10μM)0.5μL,ddH2O补足25μL。第一轮扩增反应程序:45℃40 min,94℃2 min,1个循环;94℃30 s,55℃30 s,72℃30 s共40个循环;72℃延伸5 min。以第一轮扩增产物为模板,进行第二轮扩增,反应体系为25μL,其中模板1μL,PCR mix 12.5μL,上游引物FC(10μM)1μL,下游引物RD(10μM)1μL,ddH2O补足25μL。反应程序:94℃预变性1 min,94℃30 s,58℃30 s,72℃20 s共35个循环,72℃延伸5 min,扩增产物送上海生工测序。

1.2.2 分离株S6基因序列扩增

根据FLAC(Full-Length Amplification of cDNA)方法[9],将BTV新疆分离株接种BHK-21细胞大量培养,离心收集病毒液200μL,加入20μLRNase A和5μL冷核酸酶,37℃处理24 h;提取分离病毒dsRNA,按照T4 RNA连接试剂盒操作方法将病毒dsRNA与Anchor Primer连接,Anchor Primer:5'p-GACCTCTGAGGATTCTAAAC/iSp9/TCCAGTTTAGAATCC-OH-3’;连接产物经RNA试剂盒纯化;取纯化后dsRNA15μL,94℃变性5 min,立即冰浴,按反转录试剂盒PrimeScriptⅡHigh Fidelity RT-PCR Kit说明书,反转录纯化后dsRNA,反应条件30℃10 min,42℃1 h,70℃10 min;分离病毒反转录cDNA中加入0.5μL的RNase H,37℃反应2 h;分离病毒基因组PCR扩增,扩增引物5-15-1 Primer:5'-GAGGGATCCAGTTTAGAATCCTCAGAGGTC-3',扩增体系为25μL,其中5×Prime STAR GXL Buffer 5μL,DNTP(2.5mM)2μL,5-15-1 Primer 1μL,Prime STAR GXL DNA Ploymerase 1μL,分离病毒cDNA 13.5μL,ddH2O补足25μL,反应条件94℃3 min;94℃30 s,55℃30 s,68℃4 min,30个循环。扩增产物经1.0%琼脂糖电泳,观察结果。

1.2.3 BTV分离株S6基因序列进化树绘制

选取Genbank中已发表BTV1-28血清型(除BTV-14及BTV-15)S6基因片段序列,经MEGA5.0软件Neighbour-Joining(NJ)方法构建进化树。

2 结果与分析

2.1 新疆分离株NS1片段RT-PCR结果

提取新疆分离株RNA,以其为模板进行巢式PCR扩增,PCR产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳,结果可见,巢式PCR产物为101 bp目的条带(见图1),测序结果NCBI Blast比对分析,分离株与GenBank数据库中蓝舌病病毒编码NS1蛋白基因相似性为98.04%,鉴定新疆该分离株为蓝舌病病毒分离株。

图1 分离株NS1片段扩增结果

2.2 分离株S6基因序列分析

FLAC技术对蓝舌病新疆分离株PCR扩增,S6基因序列片段为1 572 bp(见图2),将PCR产物送上海生工测序。

图2 分离病毒FLAC方法基因组PCR扩增

登录NCBI GenBank对测序结果进行同源性Blast比对,结果显示新疆BTV分离株S6基因序列与GenBank发表3株BTV分离株S6序列具有同源性,同源性分别为88.11%,87.35%以及70.92%。应用MEGA5.0软件Neighbour-Joining(NJ)方法绘制进化树,其遗传进化关系可见,新疆地区BTV分离株S6基因序列与BTV-18血清型在同一进化分枝,与BTV-27血清型亲缘关系最近(见图3),其中BTV-27型为2014年在法国首次鉴定。

3 讨 论

除南极洲外,蓝舌病病毒在所有陆地均有发现,该病毒呈世界性分布[10]。我国目前有10个省份(地区)分离到16个血清型的BTV,新疆存在3个血清型[11,12]。蓝舌病病毒是一种虫媒传播疫病,血清型众多,BTV基因片段重组和变异导致了其遗传的多样性,地理环境的差异造成不同地理区域蓝舌病病毒出现特有的突变。研究表明,蓝舌病基因组核苷酸变异在某种程度上可反应BTV的地理起源[13]。S6基因编码的VP5蛋白可增强VP2蛋白诱导产生中和抗体,与VP2蛋白构成病毒的外层衣壳。我国BTV-21血清型S6基因序列分析发现该毒株源于日本,该结果证明我国存在基因重组蓝舌病病毒[14],给我国蓝舌病防控工作增加了一定难度。对不同地区的易感动物进行蓝舌病有效防控,针对该地区蓝舌病特异的血清型疫苗显得尤为重要。

4 结 论

本研究对新疆分离BTV株的鉴定及S6基因序列分析表明,BTV分离株S6基因序列仅与GenBank中BTV strain XJ1407株、BTV strainMNG2/2016株及BTV-18 strain USA2014/FL株的S6基因具有同源性,且同源性均低于90%,分别为88.11%,87.35%以及70.92%。遗传进化关系结果表明分离株S6基因序列与BTV-18血清型在同一进化分枝,与BTV-27血清型亲缘关系最近,但均不属于蓝舌病血清18型及27型。因此,对新疆分离BTV株需进一步进行血清学中和试验鉴定分析,以期为新疆地区蓝舌病疫苗研究提供科学依据。

猜你喜欢

血清型引物测序
DNA引物合成起始的分子基础
FDA批准15价肺炎疫苗Vaxneuvance预防6周龄至17岁人群侵袭性肺炎球菌病
高中生物学PCR技术中“引物”相关问题归类分析
两种高通量测序平台应用于不同SARS-CoV-2变异株的对比研究
甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价
花菜类杂交种纯度鉴定SSR 核心引物筛选
东莞地区B群链球菌的血清型与多位点序列型的分析
生物测序走在前
副猪嗜血杆菌河南分离株的优势血清型和毒力基因研究
外显子组测序助力产前诊断胎儿骨骼发育不良