食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌生物学特性和分子分型研究进展
2014-04-06吴清平胡惠娟张菊梅
吴清平, 胡惠娟,2, 张菊梅
(1.广东省微生物研究所省部共建华南应用微生物国家重点实验室/广东省菌种保藏与应用重点实验室/广东省微生物应用新技术公共实验室,广东广州 510070;2.华南理工大学生物科学与工程学院,广东广州 510006)
食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌生物学特性和分子分型研究进展
吴清平1, 胡惠娟1,2, 张菊梅1
(1.广东省微生物研究所省部共建华南应用微生物国家重点实验室/广东省菌种保藏与
应用重点实验室/广东省微生物应用新技术公共实验室,广东广州 510070;
2.华南理工大学生物科学与工程学院,广东广州 510006)
小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersiniaenterocolitica)是一种重要的嗜冷肠道致病菌,研究表明Y.enterocolitica血清型有60多种,我国致病性菌株生物/血清型以3/O:3和2/O:9型为主;另外Y.enterocolitica具有1A、1B、2、3、4、5共6个生物型,除了1A型可能具有潜在致病性外,其他5个已确定具有致病性,且1B为高致病性菌株;主要毒力因子有ail、ystA、ystB、yadA和virF,常用来判断小肠结肠炎耶尔森菌的致病性;Y.enterocolitica对氨苄西林和一代头孢类抗生素天然耐药,对其他抗生素有不同程度耐药性,并且许多菌株具有多重耐药性.常用的分子分型方法有脉冲场凝胶电泳、扩增基因重复序列、多位点序列分型等,其中具有操作简便和多态性高的ERIC-PCR在Y.enterocolitica分型中也将发挥较好作用.
小肠结肠炎耶尔森氏菌;生物特性;分子分型
小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersiniaenterocolitica)是一类重要的食源性致病菌,它具有嗜冷性,能在冷藏条件下生长和繁殖[1],人感染后可引起胃肠道症状、呼吸系统、心血管系统等疾病,甚至引起急性阑尾炎、败血症[2],因此致病性Y.enterocolitica被列为重要的食源性病原菌.Y.enterocolitica在环境中普遍存在,该菌在猪肉、速冻水饺、冻鸡翅、熟食等多种食品中常被检测到[3-4],近年来,本实验室在全国范围系统地进行了主要食品中沙门氏菌[5]、大肠杆菌[6]、蜡样芽孢杆菌[7]、单增李斯特菌[8]、Y.enterocolitica等常见食源性致病菌的污染调查和分布规律研究,从食品中分离出大量菌株,初步建立了丰富的菌种资源库,并展开了生物学特性和分型相关的研究.由于Y.enterocolitica具有较多的生物型和血清型,且其致病机制目前尚不清楚,如生物型1A通常被认为不致病,但近年来却有研究发现生物型1A有一定程度的致病性[9];另外国内外多采用分子分型方法对该菌进行遗传多样性研究,但却尚未建立起系统的分子溯源体系.本文从生物学特性和分子分型两方面来阐述Y.enterocolitica的主要研究进展,以为该菌的致病性、分子分型建立溯源体系研究提供参考.
1 小肠结肠炎耶尔森氏菌生物学特性
1.1 小肠结肠炎耶尔森氏菌生物血清分型
小肠结肠炎耶尔森氏菌抗原构造较复杂,根据菌体表面O抗原的不同,目前世界上发现Y.enterocolitica的血清型可以分为60多个[10],但只有少数血清型与人类或动物的疾病有关,迄今为止经证实对人有毒力的血清型有O:3、O:9、O:5,27、O:8、O: 13a、O:13b、O:20、O:21等[11],近年来国内主要采用O:1,2、O:3、O:5、O:8和O:9这5种抗血清进行血清分型.根据生化反应结果的不同,Y.enterocolitica可以被分为1A、1B、2、3、4、5共6种生物型[12].其中5种生物型已确定具有致病能力,1B型为高致病性菌株,2~5型为低致病性菌株.
已有的研究表明并不是所有的60多种血清型都具有致病性,即使是同一血清型也有致病株和非致病株、致病能力强和致病能力弱之分,通常用生物/血清型联合应用来表示菌株的生物学特性. 2010年,肖玉春等[13]对从我国河南、江苏、宁夏、福建、吉林等不同省份的腹泻病人,猪、犬、鸡等常见家畜家禽、鼠类、食品与环境中分离到的427株致病性Y.enterocolitica进行生物血清分型,其中213株生物/血清型为2/O:9型,17株为3/O:9型,191株为3/O:3型,6株为4/O:3型;2012年,Liang等[14]从我国生猪屠宰场中分离出850株致病性的Y.enterocolitica,其中有3株生物/血清为2/O:9型,3株4/O:3型,844株3/O:3型,研究表明我国致病性菌株以生物/血清型3/O:3和2/O:9为主.目前在欧洲,致病性Y.enterocolitica以生物/血清型4/O:3为主,2011年,Martinez等[15],从比利时、意大利和西班牙生猪屠宰场中分离的Y.enterocolitica中,发现生物/血清型4/O:3在三个国家都最常见,2/O:5在意大利分离株占1%,3/O:9在比利时分离株占9%,说明Y.enterocolitica的血清型分布具有地区差异性.目前,由于Y.enterocolitica血清分型存在血清价格昂贵、工作量大、不能完全分型等问题,而生物型不能把Y.enterocolitica与中间耶尔森分开,分型结果不准等问题,传统分型方法存在很多弊端,人们已经把研究方法从传统分型转向分子分型方法.
1.2 小肠结肠炎耶尔森氏菌毒力基因
Y.enterocolitica毒力是通过染色体和质粒上的毒力基因来调控的,国内外经常检测其中的5个主要毒力基因:ail、ystA、ystB、yadA和virF来判断Y. enterocolitica的致病性[16].
ail是位于染色体上的黏附侵袭位点基因,其作用是帮助细菌黏附于肠壁,为该菌侵入肠上皮细胞作准备,该基因只存在于致病菌株[17],经常被用来检测Y.enterocolitica是否具有致病性[18].2010年, Huang等[19]对不同生物/血清型的Y.enterocolitica菌株的ail序列进行分析比对,发现可以将其分为三类,一类是lB/O:8型,具有高致病性的菌株;其他的可分为相近的两类,均是具有低致病性的菌株,反映出携带的ail基因序列不同会具有不同的致病能力.2011年,Sihvonen等[20]研究发现,有极少数的被认为不具备致病能力的1A生物型Y.enterocolitica也含有ail基因,这表明携带ail基因的1A生物型Y.enterocolitica可能具有致病的潜力.
ystA和ystB基因位于染色体上,是耐热肠毒素基因的两个亚型,编码不同的耐热肠毒素YstA和YstB,ystA基因主要存在于致病性的菌株[21],在1A生物型菌株中不存在;所有携带ystB基因的菌株均为1A生物型,且携带ystB基因的Y.enterocolitica均不携带其他毒力因子[22].1A生物型Y.enterocolitica,包括大部分携带ystB基因和极少数携带ail基因两类,携带ail具有致病潜力,携带ystB不致病;2004年,Singh等[23]研究发现在25~30℃体外培养时Y.enterocolitica产生耐热性肠毒素,而在37℃时,则没有该毒素的产生,并且YstA和YstB两种耐热肠毒素具有较高的同源性.
yadA和virF是位于质粒上的毒力基因,yadA为黏附素基因,编码黏附素YadA,决定着Y.enterocolitica血清的抗性、自凝、细胞黏附等免疫作用[24]; virF是yop调节子转录活化因子基因,调控调节蛋白yops的基因表达,与致病性相关[25],毒力质粒存在于致病株中,在培养过程中容易丢失.2013年,孙文魁[26]以从鸡、牛、羊、猪等动物粪便和生熟肉、苍蝇中分离到237株Y.enterocolitica为研究对象,研究发现分离出的Y.enterocolitica菌株中ystB基因的阳性率最高,为81.4%(193/237),而ail和ystA基因仅在3株菌中检测到,阳性率为1.3%(3/237);未检测到yadA和virF基因,研究表明ystB基因阳性菌株在不同时间、地区和宿主中均为优势菌株;并按Y.enterocolitica毒力基因携带情况分为3个型别:A型ail-、ystA-、ystB+、virF-、yadA-该型仅含有ystB基因,大部分存在于1A生物型的Y.enterocolitica中,通常被认为不致病或致病能力弱;B型为ail-、ystA-、ystB-、virF-、yadA-,该类菌株五种毒力基因均未检出,通常不会对人和动物具有致病性; C型为ail+、ystA+、ystB-、virF-、yadA-仅含两种毒力基因,该型别具有染色体上的两个毒力基因,但是质粒毒力基因丢失,不具有完整的致病能力.近年来,我们在食品中分离的Y.enterocolitica菌株除了A、B、C毒力基因型外,还分离到菌株为ail+、ystA+、ystB-、virF+、yadA+型别,具有染色体上的两个毒力基因和质粒上的两个毒力基因,致病能力强,对人和动物危害大,需要警惕.将Y.enterocolitica按毒力基因携带情况分为不同的基因型可以很快识别该菌的致病能力和危害性,有助于控制该菌的危害.
1.3 小肠结肠炎耶尔森氏菌耐药性
由于抗菌药物的广泛使用,细菌耐药性已日益严重,不断出现的多重耐药菌株和新的耐药机制已成为人类健康面临的重大挑战.已有研究发现Y. enterocolitica对氨苄西林和一代头孢类抗生素天然耐药,其机制主要是Y.enterocolitica可以产生两种β-内酰胺酶BlaA和BlaB[27].BlaA是超广谱A类酶,可以水解多种青霉素类和头孢菌素类抗生素,与青霉素和头孢菌素的耐药均有关;BlaB是可诱导的C类头孢菌素酶,具有很强的头孢菌素酶活性,但不能水解某些青霉素类药物(氨苄西林、羧苄西林等)与头孢菌素的耐药有关[28].这两种β-内酰胺酶的基因均存在于Y.enterocolitica染色体中,但在不同地区或者不同生物型菌株的分布情况和表达水平有所不同.2007年,Baumgartner等[29]的研究发现部分Y.enterocolitica对链霉素、磺胺类药物、氯霉素和复方新诺明等抗生素耐药,也存在少数多重(即两种以上的抗生素)耐药的菌株.2013年,孙文魁等[30]发现Y.enterocolitica对氨苄西林和头孢唑林的耐药率超过90%,有71.2%的菌株对4种及以上的抗菌药物耐药.2014年,Bonardi等[31]对意大利猪屠宰场分离出的22株Y.enterocolitica进行耐药性分析,发现所有的4/O:3型菌株均对阿莫西林、环丙沙星和头孢他啶耐药,而对氨苄青霉素和头孢噻吩敏感,91%的菌株对3种以上抗生素耐药.这些研究表明不同地区的Y.enterocolitica的抗菌药物敏感性存在差异,存在耐多种抗菌药物的“超级”菌株,并且耐药性日益严重,需要引起关注.近年来Y.enterocolitica在临床各类标本中的分离率逐年上升,通过对分离株耐药性进行检测,系统建立耐药性数据库,可提高针对性和减少抗生素滥用,在临床中根据Y.enterocolitica药敏试验结果选用针对性强的抗生素,可以提高药效.
2 小肠结肠炎耶尔森氏菌分子分型
2.1 脉冲场凝胶电泳分型
脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型法可使用于所有细菌,被誉为细菌分子分型的金标准,虽然其分辨力、重复性等均较好,但这种分型也有许多缺陷,还需要不断发展. 2006年,Jin等[32]对分离的165株致病性Y.enterocolitica的PFGE研究表明,O:3与O:9血清型的主要带型差异明显,亲缘关系较远,O:3血清型三个主要带型聚类相似性很高,可能亲缘关系近,而O:9血清型的主要两个带型差异大可能起源于两个克隆.2007年,Maria等[33]从猪的扁桃体中分离的72 株Y.enterocolitica,主要生物血清型为4/O:3,用PFGE分析,4/O:3可以分出6个带型,其N1和N4为主要带型.2012年,孙文魁等[34]对从动物粪便和肉制品分离的73株1A生物型Y.enterocolitica菌株用PFGE分析研究,发现1A生物型有很多克隆,相同或相近的聚类簇中,均包含不同宿主来源的菌株, PFGE分型与宿主未发现联系.2013年,Gilpin 等[35]通过对432株Y.enterocolitica用PFGE分型研究发现,PFGE对1A生物型菌株的分辨率很高,分辨力DI为0.997,然而PFGE对生物型2,3,4分辨力很低,严重限制其分型效果,因此对从爆发的耶尔森氏菌病中分离的菌株不能用PFGE进行溯源分型.
2.2 扩增基因重复序列分型
扩增基因重复序列(repetitive extragenic palindromic/enterobacterial repetitive intergenic consensuspolymerase chain reaction,(REP/ERIC)-PCR)是通过扩增细菌染色体的基因重复序列,根据其数目及所在位置不同而产生的一种基因指纹分析方法.应用于革兰阴性菌的基因重复序列主要有两种:基因外重复序列(repetitive extragenic palindromic,REP)和基因间重复序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence,ERIC).2004年,Wojciech 等[36]对从人、猪和狐狸样品分离出的35株Y.enterocolitica,分别用ITS-profiling(intergenic transcribed sequence,ITS)、REP-PCR和ERIC-PCR三种方法分型并比较,发现REP-PCR比另外两种方法的分辨力高,从猪中分离的菌株与从人分离的菌株有相同的基因型,说明人类感染的Y.enterocolitica有可能来自于猪.同年,Sachdeva等[37]对分离的81株1A生物型Y.enterocolitica菌株,用 REP-PCR和 ERICPCR进行分型,分别可分为19和23个基因群,其中大多菌株形成两个基因群,说明Y.enterocolitica1A生物型主要由两个克隆群组成,其中ERIC-PCR分辨力更高.2006年,Falcao等[38]对从人、动物和食品中分离的Y.enterocolitica菌株用PFGE和ERICPCR进行分型,分离株主要为4/O:3生物血清型,从人和动物分离的4/O:3型菌株基因相似度比从食品分离的高,PFGE分辨力比ERIC-PCR更好.近年来本实验室先后建立了阪崎肠杆菌[39]、铜绿假单胞菌[40]、蜡样芽孢杆菌[7]、空肠弯曲菌[41]等的ERIC-PCR分型方法,2013年,在此基础上建立了Y.enterocolitica的ERIC-PCR分型方法,把从食品中分离的小肠结肠炎耶尔森氏菌进行ERIC-PCR分子分型研究,72个分离株可分为56个型共四大簇,其中优势菌株主要集中在第三簇.该方法操作简单、成本较低、分型效果好,克服了传统分型方法的不足,因此适用于大量的食源性Y.enterocolitica的分型研究,为研究食源性Y.enterocolitica的遗传多样性及其分布规律打下良好的基础.
2.3 多位点序列分型
多位点序列 (multilocus sequence typing, MLST)分型法利用MLST对研究菌种的少数几个管家基因进行等位基因序列分析,重复性好、可标准化,核酸序列的数字化存储方式便于通过网络在不同实验室之间进行传输比对,目前MLST被广泛应用于多种病原菌的分型和进化.2005年,Kotetishvili 等[42]对耶尔森菌属多个种的细菌使用16Sr RNA基因和其他四个管家基因进行MLST分析,发现鼠疫耶尔森菌与假结核耶尔森菌具有较近的亲缘关系,是同一谱系的两个物种,而鲁氏耶尔森菌是和本属细菌亲缘关系最远的一种.2009年,王鑫等[43]用七个管家基因对Y.enterocolitica进行MLST分析,结果发现菌株明显的形成了致病性菌株与非致病性菌株两大类别,致病性菌株型别集中,相同血清型致病菌呈现出高度的相似性;而非致病性菌株型别分散,没有明显的流行病学关联,呈现明显的多态性. 2012年,Sihvonen等[44]对从人临床样本分离的 Y. enterocolitica 1A生物型菌株用16S rRNA基因和七个管家基因进行MLST分析,MLST将菌株分成两个不同谱系,基因组1和基因组2,其中基因组1和致病性菌株生物血清4/O:3型相似性更高,这可能表明这些1A生物型菌株存在潜在致病性.2014年, Duan等[45]用52株鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、762株假结核耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)和201株Y.enterocolitica这三种致病性耶尔森氏菌为研究对象,用MLST研究它们的物种进化关系,MLST分析显示这三种耶尔森氏菌分为两个组,第一组为 Y.pestis和 Y.pseudotuberculosis,Y. pestis的主要序列型ST90与Y.pseudotuberculosis的ST43有关联,它们只有一个位点的差异,81.25%的ST43菌株血清型为O:1b型,支持了Y.pestis为血清型O:1b的Y.pseudotuberculosis的后裔的观点,第二组为致病性和非致病性的Y.enterocolitica,其中致病性Y.enterocolitica菌株形成了相对保守的一群,另外血清型O:3、O:8和O:9被分成三个不同的部分,而非致病性的菌株则很分散.
3 展 望
通过Y.enterocolitica的生物型、血清型和毒力基因可以反映出其致病能力,已有研究表明我国致病性菌株以3/O:3和2/O:9型为主;Y.enterocolitica1A生物型可能具有潜在致病性,携带的ail基因序列不同会具有不同的致病力;近年来,Y.enterocolitica中耐多种抗生素的“超级”菌株日益普遍,掌握它们对抗生素的药敏型别有助于控制其危害;因此摸索该菌生物型、血清型和毒力基因之间的联系,找出流行的致病菌株,了解该菌耐药能力的变化,对有针对性的控制致病菌的危害有重大意义,下一步我们将对从食品污染调查中分离出的Y.enterocolitica进行毒力基因检测、生物/血清分型,以了解其致病性;并对分离株进行药敏实验,确定其耐药性和敏感性的抗生素种类,为进一步控制其危害提供依据.
在已建立的许多分子分型方法中,每种分子分型方法都有各自的优点和缺点,其分辨率、重复性等水平各有不同,因此应根据研究对象和目的的不同,选择一种适合的分型方法.PFGE是分子分型的金标准,但对生物型2,3,4分辨力很低;(REP/ERIC)-PCR操作简便,但重复性不高;MLST通过对管家基因序列的测定可以阐述同种间的进化关系,但需实验费用较高;ERIC-PCR操作简单、成本低、多态性高,因此运用该方法进行Y.enterocolitica的遗传多样性研究分析较理想,国外已成功应用于Y.enterocolitica[37-38]的分子分型,但国内还没有人将ERICPCR应用于Y.enterocolitica的分型,近年来本实验室在建立一系列食源性致病菌的ERIC-PCR分型方法的基础上,成功建立Y.enterocolitica的ERIC-PCR反应体系并应用于大量食品分离株的分型研究,今后需要不断加强食品中的Y.enterocolitica检测,获取更多的菌株,以建立Y.enterocolitica分型数据库,进而对食品安全进行溯源和风险评估提供支撑.
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(责任编辑:李 宁)
专家论坛专栏
编者按:“切实保障粮食安全”位居中央经济工作会议2014年经济六大任务之首.2013年,我国粮食总产量突破6亿吨,实现“十连增”.在连年丰收的背景下强调“粮食安全”,显示了中央政府未雨绸缪的态度.本期专家论坛栏目邀请了2位专家,从种植、收购、储藏、物流运输等4个环节中可能出现的粮食质量安全相关问题及对策进行阐述.希望通过专家的分析和建议,能为预警和改善粮食质量安全状况提供有益帮助.
(栏目策划:李 宁)
Biological Characteristics and M olecular Typing Research Progress ofYersinia enterocolitica
WU Qingping1, HU Huijuan1,2, ZHANG Jumei1
(1.State Key Laboratory of Applied Microbiology in South China(Ministry-Guangdong Province Jointly Breeding Base)/Guangdong Provincial Key Laboratory ofMicrobial Culture Collection and Application/Guangdong Open Laboratory of Applied Microbiology,Guangdong Institute ofMicrobiology,Guangzhou 510070,China;
2.School of Bioscience and Bioengineering/South China University of Technology,Guangzhou 510006,China)
Yersinia enterocoliticais an important psychrophilic pathogenic bacterium in the intestines. There aremore than 60 serotypes in the world.The serotypes of the pathogenic strains are the bioserovars 3/O:3 and 2/O:9 type in China.Y.enterocoliticahas six biotypes including 1A,1B,2,3,4,and 5. Five biotypes among them have been identified being pathogenic and type 1B is high pathogenic.Meanwhile,type 1A has potential pathogenicity.The virulence factors are mainly ail,ystA,ystB,yadA,and virF,which are usually used to determineY.enterocoliticapathogenicity.Y enterocolitica is resistant to penicillins and first generation cephalosporins naturally,and has different resistant rates to other antimicrobial agents and many strainswith multiple drug resistance.Pulsed-field gel electrophoresis(PFGE), repetitive elements sequence(REP/ERIC)-PCR,multi locus sequence typing(MLST)and so on are the most frequently usedmethods forY.enterocoliticamolecular typing nowadays.ERIC-PCR typing has easy operation and high polymorphism,which will also play a good role in themolecular typing ofY.enterocolitica.
Yersinia enterocolitica;biological characteristics;molecular typing
TS201.3
10.3969/j.issn.2095-6002.2014.04.001
2095-6002(2014)04-0001-07
吴清平,胡惠娟,张菊梅.食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌生物学特性和分子分型研究进展.食品科学技术学报, 2014,32(4):1-7. WU Qingping,HU Huijuan,ZHANG Jumei.Biological characteristics and molecular typing research progress ofYersinia enterocolitica.Journal of Food Science and Technology,2014,32(4):1-7.
2014-06-01
国家国际科技合作专项(2013DFH30070);广东省科技计划项目(2012B050800007).
吴清平,男,研究员,博士,主要从事食品微生物安全监测与控制技术方面的研究.