网络生物医学信息资源的获取与应用

2012-12-09徐衍扬梁昭全

医学理论与实践 2012年3期

徐衍扬梁昭全

1 广西玉林市第三人民医院 537001；2 广西桂林医学院生物技术学院

1 文献资源数据库

Pubmed（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／pubmed／）：免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指向全文的链接。数据库由Medline，Premedline和Record supplied by publisher（由出版商提供的电子文献）三部分数据源组成，Medline是它的主要数据库来源。Medline数据库是美国国立医学图书馆（NLM）系统中规模最大，权威性最高的医学数据库，它收录了1966年以来的包含医学、护理、兽医、健康保健系统及前临床科学的文献书目数据超过2 200万条（2011年数据），涉及了70多个国家、30多种语言的4 800多种生物医学期刊，是目前网络中应用最广泛，最便捷的医学检索数据库，众多的医疗结构通过Internet提供免费Medline检索。PUBMED数据库还与NCBI的GenBank序列数据库及分子三维结构数据库，以及一些出版社网站相链接，为用户可获得某些期刊全文提供便利。Medline数据库每周更新1次。

Free Medical Journals（http：／／www.freemedicaljournals.com／）：Free Medical Journals由AmedeoGroup创建，网上免费提供生物医学全文最多的期刊集合网站，共收录1 460余种生物医学全文期刊。用户可以按照字母顺序或学科分类如基础医学、生物学、遗传病学、神经病学和微生物学等以及影响因子大小查找所需期刊。

BioMed Central（http：／／www.biomedcentral.com／）：BioMed Central是一家独立出版社，致力于提供经过同行评审的生化研究的公开取阅途径（Open Access），BioMed Central发表的所有原创研究文章在发表之后立即可以在网上永久性免费访问。该网站收录了250多种生物医学和临床医学期刊，其中22种可完全在线获取全文现刊及过刊，期刊按名称字母顺序排列。

Highwire Press（http：／／highwire.stanford.edu／）：HighWire Press是全球最大的提供免费全文的学术文献出版商，于1995年由美国斯坦福大学图书馆创立，目前已收录电子期刊710多种，文章总数已达230多万篇，其中超过77万篇文章可免费获得全文。提供免费检索期刊411种，内容涉及物理、生物、医学和社会医学领域。

MedBioworld（VcVcW.seieneekomm.at／index.html）：一个优质的医学与生物技术信息资源门户网站，是世界收集生物医学链接最多的网站，链接数目达22万个。该网站共收集了12 697个杂志名册，其中的4 846种杂志具有汤姆森杂志引证报告（Thomson Scientifics’Journal Citation Reports）排名数据，读者可依此了解期刊的质量。通过新闻在线（news）、基因组博客速递（Post Genomics Blog）、健康在线（Health eLine）和专业医学新闻（Professional Medical News）等分类，读者可了解国际上相关领域的最新研究进展、新闻信息以及会议信息，甚至资金资源和研究工具等。

BMJ（http：／／www.bmj.com／）：British Medical Joural，英国医学期刊数据库，成立于1840年，是一个专门为临床医学工作者和机构提供信息交流的平台，其收录的30种当前国际主流杂志内容包括肿瘤、糖尿病、精神病、呼吸病等的临床实证、最佳用药及最佳治疗方式等等，数据每天更新。该网站信息流量很大，2010全年月均累计约167万个人用户下载了610万页资料，2011年影响因子达13.4，是临床医学工作者必不可少的信息获取平台。

中国生物医学文献服务系统（http：／／sinomed.imicams.ac.cn／cross／search.jsp）：该系统由中国医学科学院医学信息研究所／图书馆开发研制。其涵盖资源丰富，能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展；功能强大，是集检索、开放获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。收录的数据库包括中国生物医学文献数据库、中国医学科普文献数据库、西文生物医学文献数据库、英文文集汇编文摘数据库、英文会议文摘数据库、日文生物医学文献数据库、俄文生物医学文献数据库和北京协和医学院博硕学位论文库，各数据库记录由数万到数千万不等，是当前国内最完备的综合网络生物医学文献数据库。

中国医院数字图书馆（http：／／www.chkd.cnki.net／）：是专门针对医务人员临床疑难病症诊断治疗，医学科研项目选题、设计、撰写论文、成果鉴定、医院管理人员决策经营、医院科技项目查新和科研绩效评价、医务人员继续医学教育等多方面的知识信息需要，开发的专业知识仓库，是CNKI系列数据库的重要专业知识仓库之一。它提供生物医学期刊全文数据库、博硕士学位论文全文库、报纸全文库、会议论文库、中国年鉴网络出版总库、CHKD政策法规数据库、中国典型病例大全等多个数据库的检索。

2.初生仔猪免疫。初生仔猪在21日龄首免猪瘟疫苗1头份肌注；10～15日龄注射喘气病疫苗1头份，胸腔注射或按说明书注射；35日龄肌肉注射1头份或者口服2头份仔猪副伤寒疫苗；45日龄肌肉注射1头份猪瘟、猪丹毒、猪肺疫三联苗；35日龄注射1次口蹄疫灭活苗，注射剂量按说明书；60日龄加强1次猪瘟免疫；35日龄后注射猪蓝耳病疫苗1次，21 d后再加强免疫1次。

2 生物学数据库

三大核酸序列数据库：美国国立生物技术信息中心NCBI的GenBank（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／genbank／）、欧洲分子生物学研究所EBI的EMBL（http：／／www.ebi.ac.uk／embl／）、日本国立遗传研究所数据库DDBJ（http：／／www.ddbj.nig.ac.jp／index－e.html）是目前国际上最大的核酸和蛋白质序列数据库，分别收集来自美洲、欧洲和亚洲各研究机构提交的核酸和蛋白质序列，三者每天互换更新数据，以保持三者数据的高度一致。读者可通过各数据库的查询系统以关键词或序列接收号的形式检索到疾病相关基因的信息，其中还包含与之相关的文献和临床信息等并提供链接，是医学分子生物学研究最主要的数据库资源。

Whitehead Institute For Biomedical Research（http：／／jura.wi.mit.edu／）：始建于1990年，伴随着人类基因组计划（HGP）的实施而诞生的一个致力于人类基因组研究的生物医学研究机构，是一个非盈利的人类健康研究中心，为读者提供基因组序列、基因组图谱、基因组中心的软件以及所属研究人员等信息。

UniProt（http：／／www.ebi.ac.uk／uniprot／）：日内瓦大学医学生物化学系与欧洲分子生物学实验室共同维护的蛋白质序列数据库，每条记录包括蛋白质序列，引用文献信息，分类学信息、注释等，数据均经过实验或专家校验，与三大核酸数据库中经直接翻译得到的蛋白一起构成国际上最主要的蛋白质序列数据库。

PDB（http：／／www.wwpdb.org／）：Protein Data Bank，国际上最著名的生物大分子结构数据库，由美国Brookhaven实验室建立和维护，含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，当前已收录了71 400个生物大分子的结构信息，其中90%以上是蛋白质，对于每一个结构，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。

OMIM（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／omim）：Online Mendelian Inheritance in Man，即在线人类孟德尔遗传，是NCBI上生物医学方面的专门数据库，它收集了已确定的人类基因以及由这些基因突变或缺失而导致的各种遗传病，并可链接到相关的参考文献、序列记录、基因图谱和其他的遗传学数据库。OMIM数据库每天更新，当前已含有20 700个基因记录，其中3 400多个已知与特定的疾病相关。OMIM数据库记录含有关于疾病表现型及基因的信息，如详细描述、基因名称、遗传模式、图谱位置和基因多态性。

3 专利数据库

Dephion（http：／／www.delphion.com／）：专利文献的销售商，提供简单检索和专利号检索界面，可免费检索美国、欧洲、澳大利亚、非洲、PCT组织等多种专利注册用户。

美国专利全文数据库（http：／／patft.uspto.gov／）：该数据库目前通过Internet免费提供1976年以来到最近1周发布的美国专利全文库，以及1790—1975年的专利全文扫描图像，专利全文扫描图像为TIFF格式的文件。该数据库有三种检索方式，即布尔检索、高级检索、专利号检索。文献库的可检索字段就是收录专利时的著录项目，全文库的可检索范围扩大到专利的权利要求（claims）和专利说明的正文。

欧洲专利局（http：／／www.epo.org／）：成立于1977年，吸纳了38个欧洲发达国家为成员国，同时还收录了来自中国、美国、日本、韩国、以色列以及中华台北的部分专利数据，近5年年均新增专利数达22万，可免费检索包括60多个国家或地区的专利文献著录数据。

中国专利数据库（http：／／dbpub.cnki.net／Grid2008／Dbpub／brief.aspx？ID＝SCPD）：收录了1985年9月以来的230余万条专利，包含发明专利、实用新型专利、外观设计专利3个子库，准确地反映中国最新的专利发明。专利的内容来源于国家知识产权局知识产权出版社，相关的文献、成果等信息来源于CNKI各大数据库。可以通过申请号、申请日、公开号、公开日、专利名称、摘要、分类号、申请人、发明人、地址、专利代理机构、代理人、优先权等检索项进行检索，并下载专利说明书全文。

4 专业搜索引擎

Medical Matrix（www.medmatrix.org）：Mead Matrix由美国医学信息学会主办，是目前最重要的医学专业搜索引擎。它是一个可免费进入的Internet临床医学数据库，提供了关键词搜索和分类目录搜索，适合临床医师使用。Meical Matrix收集的内容专业、全面，而且对每一内容有评论和分级，便于使用者事先决定是否进入其网页进一步阅读，以节省时间。其内容按各种医学信息分为专业（Specialties）、疾病种类（Diseases）、临床应用（Clinical Practice）、文献（literature）、教育（Education）、健康和职业（Healthcare and Professionals）、医学计算机和Internet技术（Medical Computting，Internet and Technology）、市场（Marketplace）等8大类。每一大类下再根据内容的性质分为新闻（News）、全文和多媒体（Full Text／MultiMedia）、摘要（Abstracts）、参考书（Textbook）、主要网址（Major Sites／Home Pages）、操作手册（Procedures）、实用指南（Practice Guidelines／FAQS）、病例（Cases）、影像学和病理切片（Images、Path／Clinical）、患者教育（Patient Education）、教育资源（Educational Material）等亚类。

NHS Choice（http：／／www.nhs.uk／Pages／HomePage.aspx）：综合性的医疗保健网站，为公众的日常生活方式如吸烟、喝酒等提供健康参考，并且提供与Health A to Z的链接。Health A to Z所有资源均经过医学专业人员人工分类和标注，分类目录是按医学学科的性质特点划分，呈多级结构，检索结果按相关精确度排序，每一个站点都标有星级，以表明该站点的优劣。

Medical world search（http：／／www.mwsearch.com／）由美国The Polytechnic Research Institute 1997年建立的一个医学专业搜索引擎，它采用的是美国国立医学图书馆发展建立的统一医学语言系统（Unified Medical language，UMLS），可以使用500 000多个的医学术语，包括各种同义词进行检索，搜索的准确性很高。

Healthlinks（http：／／www.healthlinks.net／）Healthlinks是由Healthlinks.net公司于1996年创建的医学网络资源目录，创建采用美国国立医学图书馆的Unified Medical Language System词表，该表融合了30余种生物医学词表和分类法，几乎能提供每个医学术语的信息。其检索界面循序渐进，可在简单检索的基础上进行精细检索。该搜索引擎收录内容丰富，提供医疗卫生相关的服务、商业、科研、教育、临床试验、视听等信息的查询。

Medscape（http：／／www.medscape.com／）：提供根据疾病名称、所属学科、内容性质的英文首个字母的分类检索，可检索图像、声频、视频资料，是Web上最大的免费提供临床医学全文文献和继续医学教育资源的网站，还是因特网最大的药物数据库，可查阅药物使用剂量、毒副作用等。也可免费进入Medline进行文献检索。

Entrez（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／sites／gquery）：一个集成的分子生物学信息检索系统。利用Entrez可以从GenBank、MMDB、PUBMED数据库检索DNA和蛋白质序列数据、基因组图谱、蛋白质三维结构及生物医学书目文献。

SRS（http：／／srs.ebi.ac.uk／srsbin／cgi－bin／wgetz？－page＋srsq2＋－noSession）：EBI数据库的搜索引擎，可以对该数据库的核酸、蛋白序列及其结构、蛋白家庭、相关文献、基因组、基因突变以及代谢途径进行搜索。

国际互联网上的生物医学信息资源千变万化，在使用过程中需要进行不断的跟踪、评估、补充更新，以更好地利用其为医务工作和医学研究服务。

［1］邱凌，李东.网络生物医学信息资源检索与利用〔J〕.热带病与寄生虫学，2007，5（1）：65－67.

［2］陈燕青，程青蓉.Internet上生物医学医学信息资源简介〔J〕.生物工程进展，2000，20（2）：78－79.

［3］王宁，王敏，冷荣新，等.互联网生物医学信息资源的获取〔J〕.预防医学情报杂志，2005，21（6）：695－697.

［4］姚成，刘映.利用因特网高效获取生物医学信息资源〔J〕.医院信息管理，2003，12（3）：44－45.

［5］龚庆侠.如何快速高效获取互联网上生物医学信息资源〔J〕.西北医学教育，2004，12（2）：146－148.

［6］周宇葵，陈先来.生物医学信息资源文献检索与数据描述〔J〕.图书馆理论与实践，2007，（5）：80－81.

［7］徐荣，朱小燕，英华，等.网络生物医学信息检索问题研究〔J〕.现代生物进展，2010，10（21）：4139－4142.

［8］王发生.网络生物医学信息资源导航〔J〕.中国现代医学杂志，2003，13（24）：158－160.

［9］夏旭，贺湘文，黄开颜.网络生物医学信息资源评价方法与标准研究〔J〕.中国医学图书情报杂志，2006，15（3）：3－7.