基于网络药理学探讨鸡血藤对骨关节炎的作用机制*
2021-11-22黄淑霞殷海波
黄淑霞,殷海波
1.中国中医科学院广安门医院,北京 100053; 2.北京中医药大学,北京 100029
骨关节炎(osteoarthritis,OA)是指由多种因素引起关节软骨纤维化、断裂、溃疡、脱失而导致的关节疾病,具有致残性。全球约有2.5亿人受该病影响,治疗方法主要包括减轻体质量、口服和局部使用非甾体抗炎药、关节内治疗等,但是难以收到有效且持久的疗效[1-3]。
近年来的临床研究显示,中医治疗OA疗效佳,相关数据挖掘结果表明,鸡血藤为治疗OA的常用药[4-6],但是相关作用机制尚不明确。网络药理学是基因组学、蛋白质组学、代谢组学等学科的集合与发展,为新药研发提供了重要思路[7]。本文通过网络药理学研究,意在系统分析鸡血藤的有效成分、潜在作用靶点以及治疗OA的作用机制,以期为今后进一步实验研究与药物研发奠定理论基础。
1 资料与方法
1.1 活性成分筛选及相关靶点收集中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)是一个可以筛选中药药理学性质较优成分的数据库[8]。本研究通过 TCMSP 数据库(http://tcmspw.com/tcmsp.php)对鸡血藤的成分进行检索,并设置口服利用度(oral bioavailability,OB)≥30%,类药性(drug-likeness,DL)≥0.18作为ADME筛选条件,初步筛选出活性成分。之后在该平台上收集筛选所得活性成分的相关靶点信息,并于UniProt数据库[9](https://www.uniprot.org)进行靶点蛋白与基因名称的统一匹配。
1.2 疾病相关靶点筛选以“Osteoarthritis”为关键词,在Drugbank数据库[10](https://www.drugbank.ca)、TTD数据库[11](http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd)、Genecard数据库[12](https://www.genecards.org)、OMIM数据库[13](http://www.omim.org)进行检索,收集相关靶点。之后将以上4个数据库所得靶点信息进一步整合,删去重复值得到OA的潜在靶点。
1.3 鸡血藤“活性成分-靶点”网络构建通过鸡血藤“活性成分-靶点”网络构建,进一步探索两者之间的联系。将药物相关活性成分、靶点信息上传至Cytoscape 3.7.0[14]软件,运用Network Analyzer工具进行网络参数分析。其中Degree为重要参数,数值越大,代表该节点越重要。
1.4 蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建利用Venny2.1在线平台(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)对药物与疾病靶点绘制韦恩图,并提取交集基因。将交集基因上传至string11.0数据库,Organism选择“Homo sapiens”,将最低互相作用值设置为“highest confidence”(>0.9),隐藏无相互作用蛋白,其余设置为默认值,得到PPI网络TSV文件,借助Cytoscape软件进行节点网络分析,得到蛋白质相互作用网络图。结合内置插件“cytoHubba”[15]分析,筛选出关键靶点。
1.5 KEGG通路富集分析及GO功能富集分析将鸡血藤作用于OA的潜在作用靶点导入Metascape平台[16],物种选择人类,设置P<0.01,分别进行KEGG富集分析、GO富集分析,其中GO分析包括生物过程(biological processes,BP),细胞功能(molecular function,MF),细胞组分(cell composition,CC)。对所得富集分析结果按P值进行升序排列,筛选重要的前20位条目,相关数据信息上传Omicshare平台(https://www.omicshare.com/),绘制气泡图,实现数据可视化。
2 结果
2.1 鸡血藤的活性成分及其靶点经过OB、DL两个ADME参数初步提取出24个成分,对24个活性成分进行手动检索相关靶点信息,剔除未查询到相关靶点的成分,最终获得23个活性成分,见表1。相关作用靶点进行基因匹配,删除无效值与重复值,共得到135个靶基因。
表1 鸡血藤活性成分
2.2 骨关节炎靶点预测结果将“Osteoarthritis”作为关键词在多个疾病数据库检索,在Genecard数据库获得2 885个基因,根据经验设定Relevance score大于中位数的靶点为潜在作用靶点,整合Drugbank数据库(82个)、TTD数据库(13个)、OMIM数据库(69个)靶基因,最终获得独立而有效的基因835个。
2.3 “鸡血藤-活性成分-靶点”网络构建将鸡血藤23个活性成分,135个作用靶点导入Cytoscape软件,进行“药物-活性成分-靶点”关系图构建,见图1,网络中共159个节点,440条边。黄色圆圈代表鸡血藤,粉色圆圈代表鸡血藤活性成分,蓝色六边形为活性成分潜在作用靶点,图形面积越大,代表节点的Degree值越大,提示相应的生物功能越重要。
图1 药物-活性成分-靶点图
2.4 鸡血藤治疗OA的PPI网络构建得到的药物和疾病的独立作用靶点上传至Venny2.1,得到交集基因53个,绘制韦恩图,见图2。将53个交集映射基因导入String数据库进行PPI分析,得到TSV文件通过Cytoscape软件进行可视化处理,得到PPI网络图,见图3。图中共有48个节点,225条关系路线,平均节点度值为8.49,平均局部聚类系数为0.53,节点图形大小及颜色随着Degree值增大而变大、加深,连接线段也相应增粗。通过cytohubba插件,使用MCC算法筛选出前10个关键基因,见图4,颜色越深表明重要程度越高。
图2 鸡血藤-骨关节炎靶点韦恩图
图3 靶基因的PPI网络图
图4 PPI网络中的关键节点
2.5 GO功能与通路富集分析运用Metascape数据平台对鸡血藤治疗OA相关靶点进行富集分析后,借助Omicshare平台进行数据可视化,见图5-图8。图中气泡大小取决于通路上的基因数,颜色代表P值,数值越小,富集程度越高[17]。GO的BP主要包括:细胞因子介导的信号通路(cytokine-me-diated signaling pathway)、对脂多糖的反应(response to lipopolysaccharide)、T细胞活化(Tcell activation)、T细胞增殖(Tcell proliferation)、对无机物的反应(response to inorganic substance)、平滑肌细胞增殖的正调控(regulation of smooth muscle cell proliferation)等;GO的CC主要涉及:膜筏(membrane raft)、膜微结构域(membrane microdomain)、髓鞘(myelin sheath)、核膜(nuclear membrane)等;GO的MF主要涉及:细胞因子受体结合(cytokine recepto rbinding)、蛋白质结合(protein binding)、转录因子结合(transcriptionfactor binding)、细胞因子活性(cytokine activity)、生长因子的结合(growth factor receptor binding)、类固醇激素受体活性(steroid hormone receptor activity)等;KEGG通路分析显示靶点主要富集在:癌症通路(Pathways in cancer)、乙型病毒性肝炎通路(HepatitisB)、AGE-RAGE信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、IL-17信号通路(IL-17 signaling pathway)、内分泌抵抗(Endocrine resistance)、TNF信号通路(TNF signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、NF-κB信号通路(NF-kappaB signaling pathway)、Toll样受体信号通路(Toll-like receptor signaling pathway)等。综上,鸡血藤治疗OA是通过调节复杂的生物过程及信号通路而实现的。
图5 GO-BP分析
图6 GO-CC分析
图7 GO-MF分析
图8 KEGG信号通路分析
3 讨论
骨关节炎属于中医痹证范畴。《素问·痹论》云:“风、寒、湿三气杂至,合而为痹……以冬遇此者为骨痹……痹在于骨则重。”现多称之“骨痹”。中医认为肝肾、气血亏虚为发病内在因素,风寒湿热、外邪、外伤、劳损为外在因素,痰瘀阻滞是主要病机[2]。《类证治裁·痹证》曰:“痹久必有瘀血。”有医家认为瘀血贯穿整个OA病程始终[18]。OA相关证型研究则显示瘀血痹阻是主要证型之一,因此活血化瘀为治疗OA的重要方法[19-20]。《饮片新参》记载了鸡血藤“去瘀血,生新血,流利经脉,治风血痹证。”《纲目拾遗》曰其“活血,暖腰膝。”表明活血舒筋的鸡血藤是治疗OA的合适药味。
根据“药物-活性成分-靶点”关系图,鸡血藤的主要作用成分有β-谷甾醇、木樨草素、豆甾醇、芒柄花素、甘草查尔酮a等。β-谷甾醇具有重要的抗炎作用,能够减轻关节疼痛。其抗炎机制复杂,可以使STAT1和NF-κB信号转导失活、降低促炎因子水平、提高抗炎因子IL-10的浓度而起到抗炎作用,也可能与调节L型电压依赖性钙通道、PI3K活性等相关[21-23]。木樨草素作为一种天然黄酮类物质,具有治疗OA的潜力,表现在抗炎多途径:包括影响花生四烯酸的代谢和多种炎性信号通路(NF-κB 信号通路、MAPK和AP-1信号通路、JAK和STAT信号通路),显著抑制巨噬细胞炎症因子化及血管生成因子的表达等[24-25]。豆甾醇可以显著抑制MAPK及NF-κB信号通路的激活,减少促炎介质(TNF-α、IL-6、IL-1β、iNOS和COX-2)的表达,从而达到良好的抗炎效果[26]。
本研究通过网络拓扑分析中的Degree值以及MCC算法,筛选出较为重要的靶点:STAT3、AKT1、TNF、VEGFA、MAPK1、IL-6、PTGS2、CASP3、MYC、JUN、IL-1B、IL-10、RELA等。实验证明STAT3阻断剂对OA小鼠的软骨破坏具有保护作用。IL-6 是骨关节炎发病的主要细胞因子,能够诱导软骨细胞中的STAT3和ERK1/2通路,上调参与OA发病机制的主要蛋白酶(MMP-3和MMP-13,ADAMTS-4和ADAMTS-5)的产生,从而导致软骨退化。临床研究结果显示,KOA患者血清IL-6水平较健康对照组明显升高,可作为临床早期诊断和评估疾病的指标[27-28]。TNF-α 作为常见炎症介质,可由巨噬细胞、纤维母细胞、软骨细胞等产生[29],能够抑制成骨细胞的DNA和胶原合成以及骨钙素基因的表达。实验表明TNF-α是破骨细胞的重要分化因子[30],在促炎级联反应中,TNF-α激活最重要的NF-κB/p65转录途径,进而分泌IL-6和IL-8,导致OA加重[31]。随着OA病情的发展,患者血清TNF-α水平也明显增高[32]。而VEGFA在软骨发育过程中也发挥着重要作用,其高水平表达与OA发病密切相关,能够刺激软骨血管化,促进氧化损伤和炎症因子的交换,常常预示着OA前期[33]。相较于正常滑膜组织,OA组织PTGS2呈现高表达,导致IL-6、TNF-α 表达也增强。抑制PTGS2的产生,能够有效阻止滑膜成纤维细胞增殖和关节破坏[34]。
GO富集分析及KEGG通路结果显示,鸡血藤能通过调控炎症因子的表达及影响其信号通路等达到治疗OA的作用。PI3K/Akt信号通路,目前已经被证实与OA相关。IL-1β、IL-6是参与PI3K/AKT信号通路的重要炎症因子,降低软骨组织中的这些炎症因子水平或上调该信号通路的p-PI3K、p-AKT 的表达量以抑制线粒体细胞凋亡,能保护关节软骨[35-37]。NF-κB在机体内参与炎症反应、细胞凋亡、细胞自噬等多种反应过程,与OA相关的炎症通路尤为重要。OA软骨细胞产生大量促炎因子,激活NF-κB信号通路,导致胶原和蛋白多糖的再生较少,进一步增加软骨损伤[38-39]。IL-17能够促进多种炎症因子的表达,其介导的信号通路通过参与关节软骨的表达和活化,激活NF-κB,启动炎症反应而引起软骨病变[40]。研究显示IL-17在小鼠关节局部表达能够引起急性炎症和软骨蛋白糖化[41]。临床研究结果显示OA患者无论是血清还是关节滑液中的IL-17水平,均高于健康对照组,说明其含量可能与患者关节疼痛程度、病情进展等相关[28,42]。
综上所述,本文借助网络药理学初步分析发现,鸡血藤的主要活性成分为β-谷甾醇、木樨草素、豆甾醇等,涉及治疗OA的STAT3、AKT1、TNF、VEGFA、IL-6、PTGS2、CASP3等可能为关键靶点,PI3K/Akt、NF-κB、IL-17等信号通路为治疗OA的关键途径。表明鸡血藤治疗OA通过多活性成分、多靶点、多通路实现,一定程度上验证了鸡血藤作为临床治疗OA常用药的可行性,也为今后相关实验研究、药物开发提供了理论依据。由于关于鸡血藤的临床及实验研究及各数据库的局限性,中药在临床治疗中辨证论治等诸多因素影响,今后仍需要不断深入研究。