贵州苗族人群15个STR基因座遗传多态性研究
2015-12-19刘应喜赵阳辛
刘应喜赵 阳辛 阳
(1 贵州省公安厅刑侦总队 贵州 贵阳 550005;2 沈阳市公安局皇姑分局 辽宁 沈阳 110036;3 中国刑警学院 辽宁 沈阳 110035)
贵州苗族人群15个STR基因座遗传多态性研究
刘应喜1赵 阳2辛 阳3
(1 贵州省公安厅刑侦总队 贵州 贵阳 550005;2 沈阳市公安局皇姑分局 辽宁 沈阳 110036;3 中国刑警学院 辽宁 沈阳 110035)
应用STR分型技术研究贵州地区苗族的D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、PentaE、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、FGA等15个基因座的遗传多态性,探讨其在法医学个体识别和亲权鉴定中的应用。
苗族 STR 遗传多态性 贵州
应用PowerPlex16®HS荧光标记复合扩增系统对207例贵州地区苗族无关个体血样DNA进行15个STR基因座的复合扩增,用ABI3130遗传分析仪对扩增产物进行检测,用Genemapper软件进行基因分型,并进行统计分析,获得了群体遗传学调查数据,为个人识别和亲权鉴定等法医学应用提供基础数据。
1 对象与方法
1.1 DNA样本
采集贵州黔东南苗族侗族自治州苗族207例健康无关个体血样,采用Chelex-100法[1]提取样本DNA。
1.2 PCR扩增
用PowerPlex16®HS Kit(Promega,美国),按照操作说明书给出的程序对样品进行常染色体STR复合扩增,检测Amelogenin及 15个 STR基因座(D3S1358、 TH01、 D21S11、 D18S51、 PentaE、D5S818、 D13S317、 D7S820、 D16S539、 CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、FGA)。PCR反应在9700扩增仪(ABI,美国) 上进行。
1.3 扩增产物的电泳及检测
分型检测在ABI-3130遗传分析仪(ABI,美国)上进行。应用3130 Data Collection v3.0与GeneMapper ID v3.2分析软件处理数据。
1.4 统计学分析
用直接计数法计算各基因座的基因型、基因频率,采用 Powerstats2.0Software(http://www.promega. com) 统计分析15个基因座多态性数据,得到多态信息含量(PIC)、个人识别率(DP)、非父排除率(PE)。按文献[2]的方法进行Hardy—Weinberg平衡检验。
2 结果与讨论
贵州地区苗族人群无关个体15个STR基因座等位基因频率和群体多态性指标见表1和表2。
表1 贵州地区苗族人群15个STR基因座等位基因频率
等位基因 D18S51 Penta E D21S11FGA TH01 TPOX vWA D16S539 5 0.0374 6 0.1525 7 0.2584 8 0.0093 0.0406 0.4703 0.3822 8.3 0.0020 9 0.0140 0.4812 0.0911 0.1228 9.3 0.0337 10 0.0010 0.0467 0.0317 0.0149 0.1376 11 0.0020 0.1542 0.4020 0.2040 12 0.0386 0.0748 0.0218 0.1030 13 0.1564 0.0701 0.0426 14 0.2248 0.0701 0.3465 0.0069 14.20.0010 0.0010 15 0.1762 0.1168 0.0020 0.0149 16 0.1683 0.1729 0.1277 16.2 0.0010 17 0.0584 0.0561 0.1723 17.2 0.0020 18 0.0723 0.0467 0.0158 0.2376 19 0.0436 0.0374 0.0446 0.0851 19.2 0.0010 20 0.0109 0.0514 0.0446 0.0139 21 0.0089 0.0280 0.1059 0.0010 21.2 0.0020 22 0.0139 0.1604 22.2 0.0040 23 0.0079 0.0047 0.1386 0.0010 23.2 0.0040 24 0.0099 0.0093 0.1990 24.2 0.0228 25 0.0020 0.1426 25.2 0.0109 26 0.0802 26.2 0.0030 27 0.0010 0.0168 28 0.0307 0.0020 28.2 0.0040 29 0.2376 30 0.2465 0.0010 30.2 0.0069 30.3 0.0010 31 0.1069 31.2 0.0901 32 0.0287 32.2 0.1545 33 0.0059 33.2 0.0782 34.2 0.0079
表2 贵州地区苗族人群15个STR基因座群体多态性指标
遗传标记的多态性程度及其应用价值可用多态信息量(PIC)、个体识别力(DP)和非父排除率(PE)来衡量。按文献介绍的方法对基因型的观察值和期望值进行卡方检验,符合 Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),说明了本次调查资料的可靠性。
联合检测15个STR基因座提高了检材的利用率,扩大了信息量,简化了检验程序,缩短了检验时间。可为亲缘鉴定和个体识别提供非常可靠的法医学证据,是具有高识别力的人类遗传标记系统。本实验表明这15个STR基因座可适用于法医物证学检验,实用价值高,同时也为群体遗传学、人类遗传学、基因连锁分析及疾病遗传学等的研究提供了一定的基础数据。
[1]W alsh P S, Metzger D A, Higuchi R. Chelex-100 asmedium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material[J].Biotechniques,1991,10:506.
[2]Hou Y,Prinz M,Staak M.Comparison of differenttests fordeviation from Hardy-Weinberg equilibrium of AMPFLP population data[A].In:Bar W, Fiori A, Rossi U, eds.Advances in Forensic Haemogenetic 5th Berlin[C].Springer-Verlag,1994:511-514.
(责任编辑:于 萍)
DF795.2
A
2095-7939(2015)02-0074-02
2014-12-29
刘应喜(1977-),男,贵州贵阳人,贵州省公安厅刑侦总队技术处主检法医师,学士,主要从事法医物证、法医病理与法医临床研究。