203例汉族人群9个STR基因座的遗传多态性分析

张艳萍 王 琳 王 毅 王晓梅 陈先丽 程 捷 刘 庆 马 旭

国家人口计生委科学技术研究所(北京，100081)

STR是一类广泛存在于人类基因组中具有高度多态性的DNA短串联重复序列［1］。由于其分型简便快速，易于标准化，已成为目前法医鉴定中最常用的遗传标记之一。目前国内外广泛使用的Powerplex16和IdentifilerTM试剂盒在发生突变案件中不能满足法医学亲权鉴定、个体识别对系统效能的要求，需要提供更多高鉴别力的STR基因座。本文应用STR_Typer_10_vl荧光检测试剂盒对203例中国汉族无关个体的9个非CODIS系统的STR基因座包括 D11S2368、D12S391、D13S325 D18S1364、D22－GATA198B05、 D6S1043、 D2S1772、 D7S3048、D8S1132进行多态性调查，以获得其群体遗传学资料，为法医学鉴定、人类学和遗传学研究提供新的工具和相关的群体研究资料［2］。

1 材料与方法

1.1 样本

在知情同意的情况下收集本实验室亲子鉴定案件中日常积累的203份无关个体血样。

1.2 DNA提取、PCR扩增、电泳及分型

采用15%浓度的 Chlex－100提取基因组DNA。按照STR_Typer_10_vl(珠海科登生物公司)荧光标记试剂盒说明书复合扩增 D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1772、D11S2368、D22－GATA198B05、D8S1132和D7S3048等9个STR基因座。在ABI310型遗传分析仪上电泳扩增产物，由GeneMapperIDv 3.2软件分析被测样品的各基因座分型。

1.3 统计分析

用 PowerStatsV 12.xls分析软件［3］统计分析，得到相关法医学参数，包括:群体的等位基因频率及杂合度(H0)、匹配率(MP)、个人识别率(DP)、非父排除率(PE)、多态性信息含量(PIC)、典型父权指数(TPI)等群体遗传学参数，并用PowerMarker软件［4］进行Hardy－Weinberg平衡检验。

2 结果

2.1 等位基因频率分布

203例中国汉族人群9个STR基因座等位基因频率分布见表1。

表1 中国汉族人群9个STR基因座等位基因频率分布(n=203)

2.2 9个STR基因座和CODIS系统基因座法医学参数比较

对本组203例无关个体所得到的法医学参数与已经报道的中国汉族人群CODIS系统基因座法医学参数［5］和童大跃等［6］报道的中国南方汉族本组1 619例无关个体基因座法医学参数比较，结果见表2。检测样本量越大此9个STR基因座的H0和DP值比CODIS系统的大多数基因座高得也越多。经对每个基因座的基因型分布进行Hardy－Weinberg平衡检验，P＞0.05，均符合 Hardy－Weinberg平衡定律。按照 Gill等［7］认为的标准，DP≥0.9、H0≥0.7的基因座具有高鉴别力。

表2 比较中国汉族人群9个STR基因座和CODIS系统基因座法医学参数

3 讨论

目前在法医鉴定中使用广泛的Powerplex16和IdentifilerTM复合扩增体系均具有高度的个体识别和非父排除率，CDP和三连体CPE均可达到0.999 9以上。通常情况下检测这些试剂盒的STR基因座已能够基本满足法医物证中个体识别和亲子鉴定的检测要求。但是在一些二联体和出现了突变可能的三联体案件中，需要增加检测更多的STR基因座。本实验通过对203个无关个体的检测，在STR_Typer_10_vl荧光检测试剂盒9个STR基因座共检出105个等位基因、376种基因型。各个基因座的等位基因数为9～17个，基因频率为 0.003～0.277，H0为0.763 ～0.865，三联体 PE 为 0.533 ～0.726，DP为0.910～0.965，PIC 值为0.78～0.87。9个 STR基因座的累积DP为0.999 999 999 999 676，三联体的累积PE为0.999 955 67。

本文所调查的9个STR基因座均属于高鉴别力、高杂合度、高信息量(PIC＞0.7)的基因座，均具有很高的多态性，有较好的应用价值，可作为CODIS系统的补充，用于法医学亲权鉴定和个体识别。

1 Edwaeds A，Civitello A，Hammond HA，et al.DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats［J］.Am J Hum Genet，1991，49(4):746－756.

2 孙丽娜，张波，许颖，等.广州市40－65岁居民载脂蛋白E基因多态性与血脂水平的关系［J］.中山大学学报:医学科学版，2008，29(2):181－185.

3 Tereba A.Tools for analysis of population statistics，Profiles in DNA 3，Promega Corporation，1999［CP/OL］.http://www.promega.com/geneticidtools/powerstats/.

4 Liu KJ，Muse SV.PowerMarker:an integrated analysis environment for genetic marker analysis［J］.Bioinformatics，2005，21(9):2128－2129.

5 Tong DY，Sun HY，Gao F，et al.Polymorphism Analysis of 15 STR Loci in A Large Sample of the Han Population in Southern China［EB/OL］.http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2009.01，015.

6 童大跃，孙宏钰，伍新尧，等.中国南方汉族人群9个STR基因座多态性分析［J］.中山大学学报(医学科学版)，2009，30(4):400－403.

7 Gill P.Anew method of STR interpretation using inferential logic development of a criminal intelligence database［J］.Int J Leg Med，1996，109:14.