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REMI介导红曲霉遗传转化条件的优化

2012-04-29周礼红陈平赵永霞荆雯雯李祝葛永仪

湖北农业科学 2012年18期

周礼红 陈平 赵永霞 荆雯雯 李祝 葛永仪

摘要:为了构建限制性内切酶介导的整合(REMI)技术介导的红曲霉(Monascus anka)遗传转化系统,以潮霉素B作为抗性筛选标记,pBC-Hygro、pCB1003、pAN7-1作为转化质粒,采用REMI技术转化红曲霉。结果表明,用REMI技术介导红曲霉转化时,质粒pBC-Hygro和pCB1003适合于红曲霉的转化。环状质粒与线性质粒的转化率无显著差别;在用REMI技术介导转化时添加酶切缓冲液不利于转化;原生质体浓度为1×107~1×108个/mL时,每微克质粒可获得的潮霉素B抗性转化子为2 800~3 200个;HindⅢ介导转化时的最佳酶用量为105~120 U;在质粒用量为8 μg/100 μL时转化率最高。

关键词:红曲霉(Monascus anka);遗传转化;限制性内切酶介导的整合(REMI)

中图分类号:Q933文献标识码:A文章编号:0439-8114(2012)18-4129-05

Optimizing of Genetic Transformation Conditions from Monascus anka by Restriction Enzyme-Mediated DNA Integration (REMI)

ZHOU Li-hong,CHEN Ping,ZHAO Yong-xia,JING Wen-wen,LI Zhu,GE Yong-yi

(College of Life Science,Guizhou University,Guiyang 550025,China)

Abstract:To establish a genetic transformation system of Monascus anka by restriction enzyme-mediated integration(REMI), using the hph gene as selectable marker and pBC-Hygro, pCB1003 and pAN7-1 as vector, the fungus M. anka was transformed to be hygromycin B-resistant by REMI. Addition of restriction enzymes to transformation mixtures resulted in increase of transformation rate when using pBC-Hygro and pCB1003 as vectors. The transformation rate had no significant difference no matter if vectors were digested by restriction enzyme or not. Addition of enzyme digestion buffer resulted in reducing of transformation. Protoplasts at the concentration of 1×107~1×108 mL were fit for transforming M. anka, transformation number was 2 800~3 200 ind./μg vector DNA. The optimum Hind III and vector dose was 105~120 U and 8 μg/100 μL, respectively.

Key words:Monascus sp.; genetic transformation; restriction enzyme-mediated integration(REMI)

限制性内切酶介导的整合(Restriction enzyme-mediated DNA integration,REMI)技术是将DNA转化进入真核细胞,并产生非同源整合的一种方法。REMI的非同源整合机理与非同源末端连接(Nonhomologous end-joining,NHEJ)相关[1-4],整合的过程[5]可简单归结为三步:首先在转化过程中使线性化DNA的酶随线性化DNA进入核内;第二,限制性内切酶在特定识别位点酶切宿主染色体DNA;第三,染色体DNA和转化片段在体内互补末端连接产生非同源整合事件。

1991年Schiestl等[6]首次将REMI技术应用于极易同源整合的Saccharomyces cerevisiae。Kuspa等[7]首先将REMI技术应用于Dictyostelium discoidium克隆发育基因,构建了REMI-RFLP(限制性片段长度多态性)图谱[8,9],并克隆了很多发育基因,使发育途径的研究变得更加容易。应用该方法已分离到几个植物致病真菌的毒力因子[5]。REMI技术还成功应用于子囊菌Cochliobolus heterostrophus[10]和玉米致病真菌Ustilago maydis[11]、 Aspergillus nidulans[12]的遗传互补分析,以及启动子捕获等。

研究探讨了不同限制性内切酶介导转化红曲霉的能力,以及酶切缓冲液和不同质粒对转化率的影响,同时优化了酶的用量、受体细胞浓度等条件。

1材料与方法

1.1材料

1.1.1菌株、质粒与培养基菌株M7577是野生型红曲霉(Monascus anka),由贵州大学真菌资源研究所分离、保存。

用于遗传转化的质粒pBC-Hygro由法国Silar教授惠赠,该质粒携带潮霉素B抗性基因(hph)[13],是用限制性内切酶HindⅢ酶切线性化的。

质粒pAN7-1[14]带有来自A. nidulans的gpd基因的启动子和trpC基因[15]的终止子。用HphⅠ酶切质粒pAN52-1,用T4 DNA聚合酶补平末端,再用BamHⅠ酶切得到1.1 kb hph基因片段(hph基因缺失了不影响酶功能的前3个密码子)[16],与A. nidulans 带有起始密码子ATG的gpd基因5′端融合;hph基因下游密码子区域与A. nidulans trpC基因末端区域的HphⅠ-BamHⅠ片段融合,克隆到质粒pAN52-1(克隆前先用NcoⅠ酶切pAN52-1,用T4 DNA聚合酶补平末端,再用Bam H I酶切)上构建得到pAN7-1。

质粒pCB1003带有来自pCSN43[17]的2.4 kb SalⅠ片段(含有潮霉素B抗性基因hph和来自A. nidulans的trpC启动子和终止子),通过单个碱基的改良消除了hph基因中的4个限制性内切酶位点:EcoRⅠ(GAGTTC)、PstⅠ(CTGGAG)、SstⅡ(CCGCGC)和Bam HI (GGTTCC),但hph基因编码的氨基酸序列未变。通过PCR技术消除trpC终止子,获得了1.4 kb的片段,并在片段两端引入EcoRⅠ、SalⅠ和HpaⅠ位点,最后通过EcoRⅠ位点亚克隆到pUC19构建得到pCB1003。

菌丝生长的CM培养基和产孢培养基按文献[18]配制,原生质体再生液体和固体培养基是分别于CM液体和琼脂糖固体培养基中加入蔗糖,终浓度为0.6 mol/L;复苏液体培养基、马铃薯葡萄糖液体培养基中加蔗糖,终浓度为0.6 mol/L。

1.1.2药品与试剂各种限制性内切酶和pfu DNA聚合酶为Fermentas公司产品,Cellulase、Lysing enzyme购于Sigma公司,Snailase购于华美生物工程公司,琼脂糖购于Biowest公司,质粒中量制备试剂盒为德国Qiagen公司产品,其余试剂均为进口或国产分析纯。

电击转化缓冲液Ⅰ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、600 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc,用于不含聚乙二醇4 000的原生质体电击转化;电击转化缓冲液Ⅱ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、600 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc、300 g/L聚乙二醇4 000,用于含聚乙二醇4 000的原生质体电击转化;电击转化缓冲液Ⅲ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、270 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc,用于萌发孢子的电击转化。

STC溶液含有1 mol/L山梨醇、50 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0)、50 mmol/L CaCl2,PTC溶液含有400 g/L聚乙二醇4 000、50 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0)、50 mmol/L CaCl2。

1.2方法

1.2.1原生质体的制备参考文献[19]。菌株M7577在产孢培养基上于30 ℃培养7~10 d,收集孢子并制备成均一的浓度为1×108~1×109 个/mL的孢子悬液。取200 μL孢子悬液涂布于铺有玻璃纸的PDA平板上,于30 ℃培养30 h,收集菌丝体,用1 mol/L MgSO4溶液洗1次。约300 mg菌丝体加30 mL裂解酶液,于30 ℃以60 r/min酶解2~3 h,过滤,滤液于4 ℃、以3 200 r/min离心10 min。弃上清,用1.2 mol/L预冷的山梨醇溶液洗原生质体沉淀2次,分为2份。一份重悬于1.2 mol/L预冷的山梨醇溶液中,一份用预冷的STC溶液洗1次。两份样品均置于冰浴备用。

1.2.2质粒的线性化用HindⅢ酶切线性化质粒pBC-Hygro。酶切反应体系:36 μL 10×Enzyme Buffer,20 μg pBC-Hygro,12 μL 10 U/μL HindⅢ,加ddH2O至360 μL,置于37 ℃水浴2~4 h,于65 ℃水浴反应15 min,停止反应,然后分为2份,一份备用,称为质粒A液;另一份用苯酚-氯仿抽提纯化,然后溶解于无菌去离子水,称为质粒B液。

1.2.3REMI技术的转化方法参考文献[20]。用预冷的STC溶液洗原生质体并再重悬,浓度调整至5×107个/mL。取100 μL转化用原生质体液,加入1 μg环状质粒pBC-Hygro,轻轻吹吸混匀;分别加限制性内切酶HindⅢ 30~190 U,冰浴30 min,加1 mL PTC,于室温静置40~60 min,涂布于含有120 μg/mL潮霉素B的再生琼脂糖固体培养基平板上,每个平板涂布200 μL转化液。于30 ℃暗培养4~5 d,统计转化子数。

1.2.4最适质粒的选择采用3个启动子序列来源不同的环状质粒pBC-Hygro、pCB1003、pAN7-1,用量为75或105 U的限制性内切酶HindⅢ、SacⅠ、BamHⅠ,将1 μg不同质粒和限制性内切酶分别加到100 μL 5×107个/mL原生质体中,对红曲霉进行转化试验,以潮霉素B抗性转化子数为指标评价和筛选适合转化红曲霉的质粒。

1.2.5最适限制性内切酶的选择选择7种不同的限制性内切酶为转化质粒,其中平末端酶有SmaⅠ和HpaⅠ,5′端突出末端酶有HindⅢ、SalⅠ和EcoRⅠ,3′端突出末端酶有KpnⅠ、SacⅠ,向100 μL 5×106个/mL原生质体液中加入1 μg线性或环状质粒pBC-Hygro和75 U限制性内切酶进行转化试验,以不加酶处理的作对照,以潮霉素B抗性转化子数为指标评价和筛选合适的限制性内切酶。

1.2.6酶切缓冲液对转化的影响试验有7种试验方案,100 μL原生质体液中,①加质粒A液和105 U HindⅢ,②加质粒B液、105 U HindⅢ和10×酶切缓冲液,③加质粒B液和105 U HindⅢ,④加环状质粒、105 U HindⅢ和10×酶切缓冲液,⑤加环状质粒和105 U HindⅢ,⑥加质粒B液,⑦加环状质粒作为对照。然后轻轻吹吸混匀,冰浴30 min,加1 mL PTC溶液,于室温静置40~60 min。取转化液涂布于含有120 μg/mL潮霉素B的再生琼脂糖固体培养基平板上,每个平板涂布200 μL,于30 ℃暗培养4~5 d,统计潮霉素B抗性转化子数。

1.2.7最适原生质体浓度的选择将8 μg质粒pBC-Hygro和105 U限制性内切酶HindⅢ分别加入100 μL浓度分别为1.0×106、5.0×106、1.0×107、5.0×107、1.0×108、1.5×108个/mL原生质体中进行转化试验。以潮霉素B抗性转化子数为指标确定适合转化的红曲霉原生质体浓度。

1.2.8最适HindⅢ用量的选择在100 μL含有8 μg环状质粒pBC-Hygro的5×107个/mL原生质体中分别加入0、30、45、60、75、90、105、120、135、150、190 U HindⅢ进行转化试验。以潮霉素B抗性转化子数为指标确定最适合转化的HindⅢ用量。

1.2.9最适质粒用量的选择在100 μL含有100 U HindⅢ的5×107个/mL原生质体中分别加入1、2、4、8、16 μg质粒pBC-Hygro进行转化试验。以潮霉素B抗性转化子数为指标确定最适合红曲霉转化的质粒用量。

2结果与分析

2.1最适质粒的选择结果

为了探讨不同构建方法得到的质粒对红曲霉转化的影响,试验中用了3个启动子序列来源不同的质粒进行转化(质粒均未线性化),试验中环状质粒用量为1 μg,原生质体浓度为5×107个/mL。由表1可知,质粒pBC-Hygro对红曲霉的转化率非常高,转化子达(2 679±8)个/μg;pCB1003次之;pAN7-1的转化率最差,仅为15~41个/μg。由此可知,质粒pBC-Hygro和pCB1003适合于红曲霉的转化,而pAN7-1用于红曲霉的转化不理想。因此后续试验所用质粒均为pBC-Hygro。

2.2最适限制性内切酶的选择结果

应用REMI技术建立遗传转化系统时,限制性内切酶种类的选择至关重要。为了选择合适的限制性内切酶,首先选择7种不同的限制性内切酶(包括5′端突出末端酶、3′端突出末端酶及平末端酶),以pBC-Hygro为转化质粒,转化红曲霉并确定转化能力。

向100 μL 5×106个/mL原生质体液中加入1 μg线性或环状质粒和75 U限制性内切酶进行转化试验。由图1可知,3种不同末端酶都能较好地介导质粒pBC-Hygro转化进入红曲霉,潮霉素B抗性转化子数都较未加限制性内切酶的对照提高了3倍以上,但提高幅度却因酶种类的不同而存在较大差异。对于环状质粒,5′端突出末端酶(HindⅢ和SalⅠ)的作用效果优于平末端酶(HpaⅠ和SmaⅠ)和3′端突出末端酶(KpnⅠ)。其中,HindⅢ和SalⅠ对转化能力的提高和改善最有效,每微克质粒DNA的转化子数约是对照的15倍。并且稳定性检测表明约有70%的转化子稳定。

由图1还可知,具有同种类型末端的限制性内切酶介导DNA转化红曲霉的能力也存在很大差异。如平末端酶SmaⅠ就优于HpaⅠ,HindⅢ、SalⅠ优于EcoRⅠ。此外,选用的限制性内切酶即使在被转化的DNA上不存在酶切位点,也仍能较好地介导DNA转化红曲霉,如EcoRⅠ。

因此,限制性内切酶HindⅢ和SalⅠ有利于转化。

2.3酶切缓冲液对转化红曲霉的影响

限制性内切酶在特定的环境条件和反应体系里才能很好地发挥功能。为了探讨酶切缓冲液是否会影响限制性内切酶介导DNA的转化,选用了HindⅢ来进行试验,原生质体浓度为5×106个/mL。由表2可知,无论是线性质粒还是环状质粒,在由限制性内切酶HindⅢ介导转化红曲霉时,添加酶切缓冲液导致转化率降低,以环状质粒介导转化DNA时,转化率下降尤为显著。在限制性内切酶介导转化时添加酶切缓冲液,不仅没有促进转化率的提高,反而降低了转化能力。其原因可能是加入酶切缓冲液后,离子浓度增大,离子种类也增多,改变了转化反应环境,从而影响到红曲霉细胞膜的通透性。

从图1和表2可知,质粒是否线性化对红曲霉的转化效果(包括转化子数和转化子稳定性)影响不显著(P>0.05),为了简便和节约,后续试验用环状质粒进行转化更为合适。

2.4最适原生质体浓度的选择结果

无论是真核生物还是原核生物,转化时受体细胞(或者感受态细胞)的浓度是影响转化率的一个重要因素。因此,用质粒pBC-Hygro和105 U限制性内切酶HindⅢ探讨了原生质体浓度对于转化红曲霉的影响。由图2可知,原生质体浓度为1×107~1×108个/mL时,每微克质粒DNA可获得的潮霉素B抗性转化子为2 800~3 300个。当原生质体浓度低于1×107个/mL和高于1×108个/mL时,转化子数开始大幅下降,表明原生质体浓度过低和过高都会不利于外源DNA进入受体细胞内。

因此,原生质体浓度为1×107~1×108个/mL时最有利于转化。

2.5最适HindⅢ用量的选择结果

REMI介导转化时,限制性内切酶的浓度是需要优化的重要条件之一,是影响转化效率的关键因素。在100 μL含有环状质粒的5×107个/mL原生质体中分别加入不同浓度的HindⅢ,结果如图3,当HindⅢ用量为0~75 U时,随着HindⅢ用量的增加潮霉素B抗性转化子数缓慢增多;当HindⅢ用量超过75 U时,转化子数陡然上升,至105 U时达到最大。然后,随着HindⅢ用量继续增大,转化子数则开始减少,且差异显著(P<0.05)。因而,HindⅢ用量为105~120 U时最有利于转化。

2.6最适质粒用量的选择结果

100 μL反应体系中加1、2 μg质粒时的转化子数很少;当增到4 μg时转化子数陡然增加,较1 μg时提高了1倍多;加到8 μg时,转化子数较4 μg时显著增多(P<0.05),有约3 200个/μg。再增加至16 μg时转化率又大幅下降(图4)。表明质粒用量对转化率有很大影响,最佳质粒用量约为8 μg/100 μL。

3小结与讨论

采用REMI技术介导转化时,质粒pBC-Hygro和pCB1003适合于红曲霉的转化。质粒是否线性化对转化率影响不大,但添加酶切缓冲液不利于转化;原生质体浓度为1×107~1×108个/mL时最有利于转化,HindⅢ介导红曲霉转化时的最佳酶用量为105~120 U,质粒用量为8 μg/100 μL时转化率最高。

REMI技术首次报道的是用于Saccharomyces cerevisiae的非同源DNA转化[6],Aspergillus nidulans是第一个成功应用REMI作为遗传工具的丝状真菌[12],随后屡有报道。该技术不仅用于提高转化率,还应用于其他的遗传分析如基因和启动子捕获,遗传互补分析等。

转化反应体系中,外源DNA和受体细胞(原生质体)的浓度之所以影响转化子的数量,很大程度上可能是因为它们影响了外源DNA进入细胞的能力,其原因可能是,原生质体细胞之间的碰撞频率以及外源DNA与受体细胞之间的碰撞频率都会因反应体系中细胞和外源DNA的浓度而发生变化,从而影响外源DNA与受体细胞膜表面的接触机率;在小生态中,细胞个体之间存在信号物质的传递,以此来调控细胞内外环境的平衡以及群落个体之间的平衡,由此来维持群落的生命,因此,反应体系中原生质体浓度会影响到细胞间的信号传递,从而调整细胞膜对胞外物质的识别、结合与输送等;此外,外源DNA在反应体系中的浓度也会影响到受体细胞信号物质的分泌及其在细胞间的传递,进而影响到细胞对特定胞外物质的摄入量。

参考文献:

[1] THODE S,SCHAFER A,PFEIFFER P,et al. A novel pathway of DNA end-to-end joining[J]. Cell,1990,60(6):921-928.

[2] SHI Z,LEUNG H. Enhanced transformation in Magnaporthe grisea by restriction enzyme mediated integration of plasmid DNA[J]. Phytopathology,1994,85(3):329-333.

[3] MANIVASAKAM P,SCHIESTL R H. Nonhomologous end joining during restriction enzyme-mediated DNA integration in Saccharomyces cerevisiae[J]. Mol Cell Biol,1998,18(3):1736-1745.

[4] YUN S H,TURGEON B G,YODER O C. REMI-induced mutants of Mycosphaerella zeae-maydis lacking the polyketide PM-toxin are deficient in pathogenesis to corn[J]. Physiol Mol Plant Pathol,1998,52(1):53-66.

[5] RIGGLE P J,KUMAMOTO C A. Genetic analysis in fungi using restriction-enzyme-mediated integration[J]. Current Opinion in Microbiology,1998,1(4):395-399.

[6] SCHIESTL R H,PETES T D. Integration of DNA fragments by illegitimate recombination in Saccharomyces cerevisiae[J]. Proc Natl Acad Sci USA,1991,88(17):7585-7589.

[7] KUSPA A,LOOMIS W F. Tagging developmental genes in Dictyostelium by restriction enzyme-mediated integration of plasmid DNA[J]. Proc Natl Acad Sci USA,1992,89(18):8803-8807.

[8] KUSPA A,LOOMIS W F. REMI-RFLP mapping in the Dictyostelium genome[J]. Genetics,1994,138(3):665-674.

[9] LOOMIS W F,WELKER D,HUGHES J,et al. Integrated maps of the chromosomes in Dictyostelium discoideum[J]. Genetics,1995,141(1):147-157.

[10] LU S,LYNGHOLM L,YANG G,et al. Tagged mutations at the Tox1 locus of Cochliobolus heterostrophus by restriction enzyme-mediated integration[J]. Proc Natl Acad Sci USA,1994,91(26):12649-12653.

[11] BOLKER M,BOHNERT H U,BRAUN K H,et al. Tagging pathogenicity genes in Ustilago maydis by restriction enzyme-mediated integration(REMI)[J]. Mol Gen Genet,1995,248(5):547-552.

[12] SANCHEZ O,NAVARRO R E,AGUIRRE J. Increased transformation frequency and tagging of developmental genes in Aspergillus nidulans by restriction enzyme-mediated integration (REMI)[J]. Mol Gen Genet,1998,258(1):89-94.

[13] SILAR P. Two new easy to use vectors for transformations[EB/OL]. http://www.fgsc.net/fgn42/silar.html,2010-07-13.

[14] PUNT P J,OLIVER R P,DINGEMANSE M A,et al. Transformation of Aspergillus based on the hygromycin B resistance marker from Escherichia coli[J]. Gene,1987,56(1):117-124.

[15] MULLANEY E J,HAMER J E,ROBERTI K A,et al. Primary structure of the trpC gene from Aspergillus nidulans[J]. Mol Gen Genet,1985,199(1):37-45.

[16] KASTER K R,BURGETT S G,INGOLIA T D. Hygromycin B resistance as dominant selectable marker in yeast[J]. Curr Genet,1984,8(5):353-358.

[17] STABEN C,JENSEN B,SINGER M,et al. Use of a bacterial Hygromycin B resistance gene as a dominant selectable marker in Neurospora crassa transformation[J]. Fungal Genetics Newsl,1989,36(4):79-81.

[18] LAKROD K,CHAISRISOOK C,SKINNER D Z. Expression of pigmentation genes following electroporation of albino Monascus purpureus[J]. J Ind Microbiol Biotechnol,2003,30(6):369-374.

[19] 周礼红,李国琴,王正祥,等. 红曲霉原生质体的制备、再生及其遗传转化系统[J].遗传,2005,27(3):423-428.

[20] 周礼红,诸葛健,王正祥. 红曲霉不同转化方法的比较[J].遗传,2006,28(4):479-485.

收稿日期:2012-04-28

基金项目:贵州省科技厅农业攻关项目(黔科合NY字[2008]3058);贵州大学研究生创新基金项目(校研农2010003)

作者简介:周礼红(1975-),女,贵州清镇人,副教授,博士,主要从事发酵工程、真菌遗传与育种研究工作,(电话)0851-3851158(电子信箱)

lhzhou33@yahoo.com.cn。