CPCM溶剂模型对乳清酸异构化反应的影响
2012-01-30程学礼赵燕云
程学礼,赵燕云
(泰山学院化学化工学院,山东泰安 271021)
乳清酸(也叫维生素B13或H3dtpc)是生物体中核酸嘧啶类生物碱生物合成的前驱体,是配位化学中的一种良好配体,在生物合成和药物化学中发挥着独特作用[1].它的酮式和烯醇式互变异构体,以及不对称结构,使其成为多用途的多齿有机配体[2-3].乳清酸也是调节血脂的药物.而且,它具备带有形成氢键的孤对电子给体和受体,因此可以在超分子组装体中形成各种氢键作用[4].文献上也不断有以乳清酸为配体的报道[5-7].我们课题组已经对乳清酸结构和红外光谱进行了密度泛函研究[8].为充分理解其空间构型、异构化过程以及获得一些有用的参数,本文将对乳清酸异构化反应展开理论研究.
1 理论方法
对各反应物、中间体、过渡态和产物的全优化是使用Gaussian98程序包、在6-311+G*基组水平上完成的.本文采用了一种可信的密度泛函理论(DFT)方法B3LYP,即Becke三参数非定域交换泛函和Lee-Yang-Parr非定域相关泛函〛相结合的方法结构优化、计算频率并获得能量.分子结构用Gauss-View3.07创建[9].为考虑水的影响,本文采用导体极化连续介质模型(CPCM)计算单点能以阐明反应机理.考虑到所需计算时间,并且用CPCM模型优化的键长变化与气相结构相比总是很小,本文仅用气相平衡构型开展CPCM单点能(SPE)计算,同时采用SCF=Tight关键词提高SCF收敛标准以获得高精度.
2 结果与讨论
2.1 溶剂效应的影响
我们的前期工作已经确定了气相中乳清酸的最稳定的构型,且空间效应、氢键和共轭相应在维持其特定结构中发挥了重要作用.本文考虑溶剂效应重新计算能量.首先,我们采用默认的联合原子拓扑模型(UA0)定义原子半径,并用SphereOnH=N关键词描述正在转移的氢原子.构型1a仍是最稳定的,与之相比较,考虑溶剂效应后各中间体的相对能量变化不大,个别会出现显著降低.计算结果表明,2b在气相中的相对能量为84.0 kJ/mol,在溶液中为84.6 kJ/mol.本文优化了乳清酸的4种重要异构体2d、2e、3f和3g,其结构参数和能量列于图1.图1表明,各异构体的键长、键角结构差别不大.一般来说,液相中的相对能量比气相中的能量升高或降低10 kJ/mol以内,但个别会出现显著变化.如考虑溶剂效应后,构型3f的相对能量下降达34.6 kJ/mol之多,这么大的能量变化不可接受.因此,对溶液中的反应,应该考虑溶剂的影响.
图1 乳清酸的4种异构体.键长和键角分别以nm和°为单位.()中为气相中相对于1a的能量,[]为CPCM单点计算的能量
2.2 IR光谱指认
Gaussian03可以计算精确的红外光谱数据,并可以进行光谱指认[8].由于H原子位置的不同,不同的乳清酸异构体具有不同的IR谱图.用Gaussian03计算得到的异构体2d、2e、3f和3g的IR谱图及振动模式指认绘于图2中.2d和2e仅仅是羧基上氢原子的位置不同,因而二者图片十分接近,只是在红外强度上有细微差别.同样,异构体3f和3g是羧基上氢的顺反异构引起的,从中可以清晰地看到各特征频率的位置和强度,只不过在3g中出现了一条明显的C-O9伸缩振动的谱线,其位置在1852 cm-1处,强度为244.58 km·mol-1;C=O伸缩振动在1788 cm-1有很强的吸收峰.
3 溶剂模型对能垒的影响
本文用同样方法计算了2b和3e异构化的能垒,过渡态标记为TS2b-3e.相关结构和能量列于图3中.由于在转移的H9原子上定义了不同的半径,相对于1a的TS2b-3e能量高达663.8 kJ/mol,完全不可接受.这说明,目前流行的计算能量的方法不能描述氢转移的过渡态[9-10].
我们用UAKS原子半径重新进行了单点计算,此时相对能量为246.5 kJ/mol,与气相中232.0 kJ/mol接近.图3表明,采用不同的原子半径定义对异构体2b和3e的影响不大.本文采用此方法对其他构型进行了单点计算,也证明是采用了不同的原子半径导致了氢转移过渡态能量失准,而对其他构型没有大的影响.比如,采用UAKS半径后3f的相对能量为69.5 kJ/mol,同样出现明显降低.
4 结论
溶液中的化学反应需考虑溶剂效应的影响.本文采用密度泛函方法研究了CPCM溶剂模型对乳清酸异构化反应的影响,发现溶剂模型对个别化合物的影响明显.采用默认的UA0定义原子半径时,因为不能对正在转移的氢原子进行描述而使用SphereOnH=N关键词,这导致不能估计氢转移过渡态的能量.当采用UAKS半径时,所得相对能量和能垒才与气相能量很好地符合.
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