基于双菌耦合发酵策略的烟酰胺单核苷酸合成
2024-01-03张洪涛柴文刚薛皓阳谭淑引
孙 婷,张洪涛, ,杨 峰,柴文刚,薛皓阳,谭淑引
(1.江南大学 工业生物技术教育部重点实验室,生物工程学院,江苏 无锡 214122;2.海军军医大学药学系无机化学教研室,上海 200433;3.伦敦帝国理工学院医学院,糖科学实验室,英国 伦敦 HA13UJ;4.江南大学化工学院,江苏 无锡 214122)
烟酰胺单核苷酸(nicotinamide mononucleotide,NMN)是一种自然存在的生物活性核苷酸[1],它广泛分布在人体的所有细胞内,是细胞内完成生命活动必不可少的辅因子[2]。研究发现NMN在改善衰老血管的血流量[3]、减少脑出血后脑损伤[4]、提高胰岛素敏感性、促进肌肉重塑[5]等方面发挥着重要作用,值得一提的是NMN可以通过减少DNA损伤防治新冠、加速新冠患者的康复[6-7]。2020年,日本厚生劳动省将NMN列入“非医疗清单”,允许其在食品生产中使用。NMN已成为食品、医学、保健品领域的研究热点[8]。
目前,NMN的合成方法主要有化学合成、酶法合成和生物合成3 种途径[9]。化学合成NMN需要先合成烟酰胺核苷,通常从核糖衍生物和烟酸衍生物开始,成本高、环境污染严重[10];酶法合成效率较高,但存在操作复杂、成本高等缺陷[11];生物发酵法是利用细胞将底物转化为特定产物的过程[12],由于减少了传统酶催化细胞裂解和蛋白质浓缩等步骤[13],因此具有选择性高、催化活性强、成本效益高等独特优势[14]。据2021年研究报道,以烟酰胺和葡萄糖为底物,发酵法生产NMN最高产量为6.79 g/L[15]。目前发酵液中NMN产品浓度较低,严重阻碍了发酵法合成NMN技术的产业化。因此,亟需开发一种更高效的NMN生物合成工艺。
细胞内NMN的合成路线主要有两条途径:1)以烟酰胺核糖(nicotinamide riboside,NR)为底物,ATP作为辅因子,通过烟酰胺核苷激酶(nicotinamide riboside kinase,NRK)催化直接实现NMN合成[16];2)以核糖和ATP为底物,先在核糖磷酸焦磷酸激酶(phosphoribosylpyro phosphate,PRPP)催化下生成5-磷酸核糖-1α-焦磷酸,后者在烟酰胺磷酸核糖转移酶(nicotinamide phosphoribosyltransferase,NAMPT)催化下与烟酰胺合成NMN[17]。第2条途径为多酶催化体系,需要酶的种类较多,中间产物多,总体收率低[18],而第1条途径只需要一步酶催化即可完成,且能够避免使用价格较高、来源受限的PRPP[19]。因此,本研究建立以NR和ATP为底物,通过NRK一步法直接转化为NMN的全细胞合成体系。考虑到该反应需要由ATP提供一个磷酸基供体,而单纯外源添加造成生产成本高[20-21],因此构建ATP再生系统是提高生物合成反应经济性的一个有效措施[22]。由于多聚磷酸酶(polyphosphate kinase,PPK)可催化无机多聚磷酸盐(inorganic polyphosphate,Poly-P)和ATP之间的磷酸盐可逆转化,实现ATP的循环再生[23],故将该系统引入NMN的合成体系,用以实现ADP到ATP再生。
本研究构建基于大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)-pET28a-NRK、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全细胞双菌耦合发酵体系(图1),实现基于工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的ATP再生系统在E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK合成NMN中的应用。构建的双菌耦合发酵系统可以通过ATP再生实现ATP持续供给,降低整个发酵体系的生产成本,实现NR到NMN的连续化合成。
1 材料与方法
1.1 材料与试剂
1.1.1 菌株与质粒
E.coliBL21(DE3)天根生化科技(北京)有限公司;表达载体pET28a质粒由本实验室保藏。
1.1.2 培养基
LB培养基:胰蛋白胨10.0 g/L,酵母粉5.0 g/L,氯化钠10.0 g/L,调节pH 7.0,121 ℃灭菌20 min;固体培养基添加琼脂粉2%。将工程菌接种到LB琼脂平板上,37 ℃培养12 h。
1.1.3 试剂
卡那霉素(kanamycin,Kan)、DNA Marker及蛋白Marker 翌圣生物科技(上海)股份有限公司;质粒提取试剂盒、限制性内切酶、Taq酶、T4 DNA连接酶 生工生物工程(上海)股份有限公司;NMN标准品 海军军医大学赵庆杰教授赠送;NR、ADP、ATP标准品 杭州铠朋生物技术有限公司;异丙基-β-D-硫代半乳糖吡喃糖苷(isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside,IPTG)北京伊诺凯科技有限公司;4-羟乙基哌嗪乙磺酸(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonicaci,HEPES)北京百灵威科技有限公司。
1.2 仪器与设备
C1000 TouchTM聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)仪、Mini-PROTEAN Tetra蛋白电泳仪美国Bio-Rad公司;高效液相色谱仪 日本岛津公司;高速冷冻离心机 美国Sigma公司;三重四极杆液相色谱-质谱联用仪 赛默飞科技有限公司;超声波破碎机宁波新芝生物科技有限公司。
1.3 方法
1.3.1 工程菌株的构建
将编码NRK1基因序列(Gene ID:54981)、NRK2基因序列(Gene ID:6787)、PPK基因序列(Gene ID:VLKR01000001.1)进行大肠杆菌偏好性密码子优化,由天霖生物公司合成,获得重组质粒pET28a-NRK1(图2a)、pET28a-NRK2(图2b)和pET28a-PPK(图2c),然后分别转化到E.coliBL21(DE3)感受态细胞中,并利用Kan选择性培养基,37 ℃培养12 h,筛选出阳性克隆。设计引物NRK1-F、NRK1-R,NRK2-F、NRK2-R和PPK-F、PPK-R(表1),挑取单菌落进行菌落PCR验证,由天霖生物公司对条带大小正确的转化子进行测序验证。
表1 PCR引物序列Table 1 Primer sequences used for PCR in this study
图2 重组质粒构建Fig.2 Recombinant plasmid construction
1.3.2 重组蛋白的表达
分别挑取工程菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2和E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的单菌落接入10 mL含有20 μg/mL Kan的LB液体培养基中,37 ℃、200 r/min摇瓶培养12 h。再以2%接种量转接到150 mL LB液体培养基中,37 ℃、200 r/min摇瓶培养至OD600nm约为0.7后加入终浓度0.1 mmol/L的IPTG,16 ℃、200 r/min条件下过夜诱导培养后,8 000 r/min离心5 min,收集菌体备用,并进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)检测蛋白表达情况。
1.3.3 NMN的生物合成及结构鉴定
NMN合成体系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巯基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、20 mmol/L NR、40 mmol/L ATP、NRK菌体质量浓度100 g/L,18 ℃、100 r/min反应12 h。
薄层色谱(thin-layer chromatography,TLC)检测:展开剂1,4-二氧环烷∶水∶氨水∶异丙醇=4∶2.5∶3∶2(V/V),254 nm波长紫外照射显色。
液相色谱-质谱检测条件:大气压电喷雾电离源H-ESI II probe;色谱柱Waters ACQUITY UPLC HSS T3(100 mm×2.1 mm,1.8 μm);液相流速0.2 mL/min;柱温35 ℃;吸收波长254 nm。流动相A为甲醇,流动相B为0.1%甲酸,程序:0~2 min,0% A、100% B;2~6 min,0%~90% A、100%~10% B;6~7.5 mim,90% A、10% B;7.5~8 min,9 0%~0% A、10%~100% B;8~11 min,0% A、100% B。
1.3.4 NMN的定量分析
配制6 组NMN标准溶液1、2、3、4、5、6 mg/mL,通过高效液相色谱对NMN标准溶液进行定量分析,以NMN标准品的浓度为横轴,色谱中相应的峰面积为纵轴,对液相色谱结果进行线性回归分析,绘制NMN的标准曲线,根据标准曲线计算得到相应样品质量浓度。
高效液相色谱条件:色谱柱为Unitary C18(4.6 mm×250 mm,5 μm);流动相为0.1%高氯酸溶液;流速0.6 mL/min;进样量10 μL;紫外检测波长257 nm;柱温30 ℃;洗脱时间20 min。
1.3.5 ATP的生物合成及鉴定
ATP的合成体系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巯基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、20 mmol/L ADP、20 mmol/L Poly-P、PPK菌体质量浓度100 g/L,18 ℃、100 r/min反应12 h。
基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪对合成的ATP进行鉴定:采用反射阴离子模式,2,5-二羟基苯甲酸作为辅助基质,扫描分子质量范围为470~600 Da。
1.3.6 单菌合成体系的优化
1.3.6.1E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的诱导表达条件优化
在摇瓶发酵培养过程中,设置不同接种量(1%、2%、3%、4%、5%、6%)、诱导时长(8、10、12、14、16、18、20、22、24 h)、诱导温度(16、20、25、28、30、37 ℃)和诱导剂IPTG终浓度(0.1、0.3、0.5、0.7、0.9、1 mmol/L)依次进行梯度实验,以期获得更多的目的蛋白。
1.3.6.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物合成NMN的条件优化
对单一工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物合成NMN过程中的菌体质量浓度(25、50、75、100、125、150 g/L)、时长(8、10、12、14、16、18、20 h)、温度(18、30、37 ℃)、底物ATP(20 mmol/L)与NR浓度比(1∶0.5、1∶0.75、1∶1、1∶1.25、1∶1.5、1∶2)进行优化。
1.3.7 双菌耦合发酵体系的建立及优化
构建工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1及工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全细胞双菌耦合发酵体系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巯基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、30 mmol/L NR、20 mmol/L ATP、40 mmol/L Poly-P、100 g/LE.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、100 g/LE.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK,18 ℃、100 r/min反应12 h。
对双菌耦合发酵体系从ATP与NR浓度比(1∶1.5、1∶2.5、1∶3.5、1∶4.5、1∶5.5)、菌体质量浓度比(1∶0、1∶2、1∶1、1∶0.67、1∶0.5)及发酵时长(6、8、10、12、14、16、18、20、22、24 h)进行优化,获得耦合发酵的最适条件。
2 结果与分析
2.1 工程菌的构建及诱导表达
重组表达质粒pET28a-NRK1经过PCR验证结果见图3a泳道1,得到的片段长度与目的基因NRK1(610 bp)大小一致;重组质粒pET28a-NRK2的PCR验证结果见图3a泳道2,得到的片段长度与目的基因NRK2(703 bp)大小相同;对重组质粒pET28a-PPK进行PCR验证,结果如见图3a泳道3,得到的片段长度与目的基因PPK(801 bp)大小一致。经测序验证正确,得到重组质粒pET28a-NRK1、pET28a-NRK2和pET28a-PPK。将重组质粒分别导入E.coliBL21(DE3)中,对得到的工程菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK进行SDS-PAGE分析,结果如图3b所示,诱导20 h的全细胞在25~35 kDa均有明显的表达条带,与NRK1目标蛋白(26 kDa)[24]、NRK2目标蛋白(26 kDa)[24]、PPK目标蛋白(29.7 kDa)[25]大小一致,成功构建工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2和E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK。
图3 重组质粒电泳图Fig.3 Electrophoretograms of recombinant plasmids
2.2 单菌法合成产物NMN的鉴定
2.2.1E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK生物合成产物NMN的分析鉴定
人体细胞内的NRK1和NRK2均具有催化NR和ATP合成NMN能力,构建了E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1和E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2工程菌株,进行NMN的全细胞合成。用TLC法对发酵液进行检测,结果见图4a,发现样品中有与NMN标准品相同Rf值的产物生成,初步判断有产物NMN生成。
图4 NRK合成NMN的产物分析Fig.4 Product identification of NMN synthesis by NRK
为进一步验证产物,对产物进行刮板回收,进行液相色谱-质谱分析,从图4c总离子流图可以看出样品只有一个离子化峰,出峰时间为1.95 min,进一步分析该峰显示m/z334.95,均与NMN标准品相同。通过液相色谱-质谱分析可以判断生成的产物为NMN,因此认为E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK具有合成NMN的活性。
2.2.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK再生产物ATP的分析鉴定
以ADP、Poly-P为底物,在E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的作用下合成ATP,TLC检测结果如图5a所示,样品的Rf值与ATP标准品相同。对产物进行刮板回收,进行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱检测,结果如图5b、c所示,生成的ATP样品与ATP标准品分子质量相同,说明E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK可以实现ATP的再生。
图5 PPK合成ATP的产物分析Fig.5 Product identification of ATP synthesis by PPK
2.3 单菌诱导及生物合成NMN条件优化
2.3.1 NMN标准曲线的建立
NMN标准品溶液经高效液相色谱检测(图6),以NMN浓度为横坐标,液相色谱图中对应的峰面积为纵坐标,绘制NMN的标准曲线,经线性回归后得到标准曲线方程的R2=0.995 4,说明NMN浓度和液相色谱图中的峰面积有良好线性关系。
图6 NMN标准品液相出峰时间Fig.6 Chromatographic peak time of NMN standard
2.3.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK高活性工程菌株的筛选
在哺乳动物体内存在两种NRK酶NRK1和NRK2,分别由Nmrk1和Nmrk2两种基因编码。NRK亚型的表达分析表明NRK1无所不在,而NRK2主要存在于骨骼肌中,两种酶均具有催化NR反应生成NMN的能力。为从两者中筛选出高产NMN的工程菌株,进行3 组NMN的全细胞合成。对产物进行高效液相色谱定量分析,如图7所示,3 组均可以合成NMN,其中E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1反应液中NMN产量最高为5.17 g/L,产率77.4%,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2反应液中仅为1.12 g/L,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1与E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2菌株混合反应液中产量为4.09 g/L。因此选取工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1为最优合成NMN的工程菌株,用于后续双菌耦合发酵系统的构建与优化探索。
图7 不同工程菌对NMN产量的影响Fig.7 Effects of different engineered bacteria on NMN yield
2.3.3E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1诱导表达NRK1条件优化
相同细胞浓度下工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的生物转化效果明显优于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2,但蛋白电泳图比较发现(图3),在同等诱导表达条件下,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的蛋白表达量明显少于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2。因此为提高工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1诱导表达NRK1酶的蛋白表达量,从接种量、诱导时间、诱导温度和诱导剂浓度等角度进行NRK1诱导表达条件的优化。
接种量过大易产生代谢副产物,影响产物合成;接种量过小则会使细胞浓度增殖减缓,进而造成目标产物产量降低。因此,首先从接种量对蛋白表达的影响进行探索,当接种量为3%时,NRK1的蛋白表达量明显高于其他条件(图8a)。为了选择最佳诱导时间,研究了8 个不同诱导时间对蛋白表达的影响,随着诱导时间的延长,蛋白的表达量逐渐增加,诱导时间22 h与诱导时间24 h的蛋白表达量相当,因此选择22 h作为最佳的诱导表达时间(图8b);由于温度较高时会使表达蛋白形成包涵体,导致酶活性降低,当诱导温度为16 ℃时,NRK1蛋白表达量最高(图8c);诱导剂IPTG有细胞毒性,过高会造成细胞死亡导致酶表达终止,而IPTG过低则又会导致酶的诱导表达受阻,因此探索了IPTG对NRK1表达的影响,当IPTG终浓度为0.7 mmol/L时,NRK1的蛋白表达量最高(图8d)。因此,确定E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的最优诱导表达条件为:接种量3%、诱导时间22 h、诱导温度16 ℃、IPTG 0.7 mmol/L。
图8 不同诱导条件对诱导效果的影响Fig.8 Influence of different induction conditions on protein expression
2.3.4E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物转化NMN的条件优化
由于E.coli底盘细胞壁上没有NMN由细胞内向细胞外分泌的外排蛋白,为使细胞内合成的NMN可以高效外排到细胞外,探索了细胞壁通透性处理对促进NMN外排的影响。菌体细胞在反复冻融过程中细胞内部会形成冰晶,导致剩余液体中盐浓度的增高造成细胞被膜结构的破坏,从而提高细胞膜通透性[12]。因此,在反应前对细胞进行反复冻融处理,NMN细胞外排结果如图9所示,可以看出,未冻融细胞NMN产量仅为0.79 g/L,与未冻融细胞相比,经反复冻融的细胞NMN产量为5.33 g/L,产率80.19%。因此,在后续合成反应中需要对细胞进行反复冻融处理,使细胞膜通透性增加。
图9 通透性处理对NMN产量的影响Fig.9 Effect of permeability treatment on NMN yield
为进一步探索单菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1合成NMN的最优体系,从单细胞菌体质量浓度、反应时长、反应温度和底物ATP与NR比例进行探索。由图10a可知,当菌体质量浓度为100 g/L时,NMN产量明显高于其他菌体质量浓度,因此选取菌体质量浓度100 g/L为后续实验的最适菌体质量浓度;图10b说明,当时长为10 h时,NMN产量最高,选取10 h为合成体系的最适时长;温度对产物得率的影响如图10c所示,温度越高,产量明显减少,当温度为18 ℃时,NMN产量最高,因此选取18 ℃为最佳的反应温度;在确定最佳菌体质量浓度、时间、温度的基础上,研究ATP与NR比例对产物合成的影响,如图10d所示,ATP与NR比例为1∶1.5时(20 mmol/L ATP、30 mmol/L NR),NMN产量最高为5.73 g/L,转化率为85.78%。因此,单菌合成NMN的最优体系为菌体质量浓度100 g/L、反应时长10 h、反应温度18 ℃、ATP与NR比例1∶1.5。
图10 不同因素对NMN产量的影响Fig.10 Influence of culture conditions on NMN yield from E.coli BL21 (DE3)-pET28a-NRK1
2.4 双菌耦合发酵产NMN体系的建立及优化
2.4.1 双菌耦合发酵体系的建立
为降低合成NMN的成本,在以NR和ATP为底物,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1单菌合成NMN优化体系的基础上,引入ADP到ATP的循环再生菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK,用于实现以NR、ATP和Poly-P为底物,通过双工程菌株耦合发酵来合成NMN,结果如图11所示。双菌株耦合发酵体系中当ATP添加量为12 mmol/L(单菌体系的60%),NMN产量与单菌体系持平为5.7 g/L。随着ATP的继续添加,NMN的产量也逐渐增加,最终NMN产量为6.45 g/L。这表明,在发酵体系中添加E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK菌株可以实现ATP的循环再生,不仅减少了外源供应ATP的需求,而且使NMN的产量增加。
2.4.2 双菌耦合发酵体系的优化
为进一步提高双菌耦合发酵生成NMN的产量,从最适ATP与NR浓度比、菌体质量浓度比及发酵时间角度对发酵条件进行优化。在耦合发酵体系中,底物ATP与NR初始浓度比对NMN合成影响较大,由图12a可知,在ATP与NR浓度比为1∶3.5时,NMN的产量最高,因此,选取1∶3.5为耦合发酵的最佳底物浓度比;在此浓度比的基础上,研究了菌体质量浓度比对产物合成的影响,控制菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的菌体质量浓度为100 g/L,改变E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的菌体质量浓度,由图12b发现,当菌体质量浓度比为1∶2时,NMN的产量最高;在最佳底物浓度比与菌体质量浓度比的基础上,又进一步研究耦合发酵时间对反应体系的影响,从图12c可以看出,随着发酵时间的延长,NMN产量逐渐上升,发酵时间为16 h,NMN产量最高为11.81 g/L,随着时间的继续增加,NMN产量逐渐趋于平缓下降,因此选取16 h为最佳发酵时间。综上可得,双菌株耦合发酵合成NMN最佳生产工艺为ATP与NR浓度比1∶3.5、菌体质量浓度比1∶2、耦合发酵时长16 h。
图12 不同因素对耦合发酵产NMN的影响Fig.12 Influence of culture conditions on NMN production by coupled fermentation
3 讨论
近年来,不仅NMN的生理活性及功能受到了广泛的研究和关注,NMN的合成工艺也成为了合成生物学领域的研究热点。目前,NMN虽然可以通过不同途径、不同原料转化而成,但其产率和生产成本仍有改善的空间。在生物法合成NMN方面,廖一波等[26]经过同源建模和底物烟酰胺(nicotinamide,NAM)分子对接等方式评估后,选择在E.coli中过表达红色稍栖热菌(Meiothermus ruber)来源的Nampt,以PRPP和NAM为底物进行酶催化反应10 min,NMN产量可达34 mg/L,生产效率约为3 mg/(L·min);吴旻晖等[27]建立了细胞外酶法合成技术体系:在E.coli系统成功实现了NMN合成途径酶的分泌表达,但表达所得酶量较低,NMN产量为5.50 μmol/L,且合成NMN所需要的ATP完全依赖于外源ATP添加量,使得成本较高。在本研究中,通过引入基于PPK的ATP再生系统,构建了全细胞双菌耦合发酵体系,不仅减少了传统酶催化过程破碎、提取、纯化等步骤所需要的成本,而且用更便宜的材料Poly-P将ADP磷酸化为ATP,实现ATP的循环,减少了对外源ATP的需求量,使生产成本大大降低,且双菌株优化后的NMN发酵产量达11.81 g/L,这是目前耦合发酵法合成NMN的最高产量报道。与2021年日本报道的6.79 g/L高出了73.93%[15]。
本研究构建了基于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全细胞双菌耦合发酵体系,不仅具有即插即用的优点,而且可以根据每个批次全细胞的酶活性不同,针对性地对细胞添加量进行调整,从而实现整个发酵体系的最优,对NMN的高效、低成本合成具有重要意义。目前双菌耦合发酵体系属于高密度发酵,与酶法相比,产量仍相对较低,这可能与产物在细胞壁的分泌受阻相关。另外,细胞内NMN的一小部分将被消耗以合成NAD+用于细菌生长,这对NMN的积累不利[28]。Shoji等[15]发现pnuC转运蛋白可以有效地将NMN从细胞内转移到细胞外。因此,在后续完善NMN合成时将从以下3 个方面进行优化:1)从菌株构建角度进行,通过引入产物NMN外排出细胞的“膜蛋白(pnuC)”,构建出产物可以快速外排的“细胞门通道蛋白”工程菌;2)阻断NMN生成NAD+的合成通路,实现NMN的积累[29];3)从发酵工艺优化角度,探索分批发酵和连续流加模式对NMN产量的影响。