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ADAM12 在骨软组织肉瘤中的表达及其临床意义

2022-08-30陈雨婷冯莅雯叶挺范丽袁思越陈静

中国骨与关节杂志 2022年8期
关键词:肉瘤通路蛋白

骨软组织肉瘤是一组起源于间叶组织的高度恶性肿瘤,骨肿瘤和软组织肉瘤各占 15% 和 85%

。原发性骨肿瘤以骨肉瘤最常见,自 20 世纪 70 年代化疗联合手术成为骨肉瘤的标准治疗后,其 5 年生存率从低于 20% 上升至 60% 左右;但仍有 20%~30% 的患者于 3 年内复发或转移,转移患者 5 年的生存率仅为 20%

。软组织肉瘤的治疗主要以手术切除为主,部分需要辅助放化疗,约 16% 患者会发生转移,转移患者中位生存期约 1 年,3 年生存率仅为 20%~25%

。但目前除化疗、抗血管生成药物和少数特异性靶向药物外,晚期骨软组织肉瘤的患者仍缺乏有效治疗措施,因此早期诊断、探索预后指标并予精准治疗对改善患者生存具有重要意义。

是一种 Ⅰ 型跨膜糖蛋白,属于去整合素金属蛋白酶 (A Disintegrin And Metalloproteinase,ADAM) 家族,通常包括胞外段、跨膜段和胞内段,其胞外段由前肽、金属蛋白酶、去整合素、富含半胱氨酸和表皮样生长因子 (epidermal growth factor,EGF) 样结构域组成

。研究表明

在骨、软骨、肌肉、脂肪等多种正常组织中表达,参与受精、细胞黏附、融合、转移、细胞外基质水解和细胞信号传导等多个生理过程。

在乳腺癌、膀胱癌、肺腺癌和结直肠癌等多种肿瘤组织中表达会明显升高,其表达与肿瘤预后负相关

Georges 等

发现敲低

可以抑制注射了骨肉瘤细胞 K7M2 的小鼠肿瘤生长,并进一步明确其机制与

促进肿瘤诱导的骨溶解有关,该研究提示

与肉瘤的发生发展可能密切相关。但迄今为止,

与骨软组织肉瘤的临床预后关系及分子机制尚无深入研究。本研究基于癌症基因组图谱 (the cancer genome altas,TCGA),基因表达数据库 (gene expression omnibus,GEO) 等肿瘤公共数据,运用 UALCAN、GEPIA2.0 和 Kaplan-Meier Plotter 数据库分析

在骨软组织肉瘤中的表达及其与预后的关系;使用 LinkedOmics、Metascape和 STRING 数据库筛选获得

共表达基因及相互作用蛋白,并富集分析相关生物学功能。本研究旨在通过生物信息学分析

作为骨软组织肉瘤预后生物标志物的潜力并探究其可能机制。

依据文章上述的内容可以得知,行为心理在建筑空间设计中所占据的地位极高。行为心理十分的复杂,建筑空间的设计内容以及涉及到的层面也比较广泛,设计的操作环节难度会比较高。无论是行为心理还是建筑空间的设计,其二者都存在着极强的客观性,在客观性的影响下,其之间的关系变得越发的复杂起来,其所产生的影响效应也十分的显著。想要真正的创设出优秀的设计作品,建筑设计人员需要以分析人们心理行为为基准,在其基础上创新建筑空间设计。

资料与方法

一、使用 2 个数据库分析 ADAM12 在骨软组织肉瘤的表达

UALCAN 数据库 (http://ualcan.path.uab.edu/index.html) 可在线对 TCGA 数据库中一系列蛋白、miRNA和 lincRNA 编码基因的表达和患者生存信息进行分析和挖掘

,本研究设置筛选条件为:(1) Gene symbol:

;(2) TCGA dataset:Sarcoma。

GEPIA2.0 数据库 (http://gepia2.cancer-pku.cn/#index) 基于 TCGA 和 GTEx 数据库构建,囊括9736 个肿瘤样本和 8587 个健康样本 RNA 序列,可对样本进行基因表达分析,本研究设置筛选条件为:(1) Gene:

;(2) p-value Cutoff:0.05;(3) Datasets:SARC。

通过上述两个数据库筛选,以了解

在正常组织及肿瘤组织中的表达水平,基因表达分析采用 TPM (transcript per million) 进行标准化校正。

二、使用 3 个数据库中分析 ADAM12 表达与骨软组织肉瘤的预后关系

《办法》将逃避追缴欠税纳入重大税收违法失信案件的标准由“欠缴税款金额100万元以上”下调为“欠缴税款金额10万元以上”。换句话说,就是逃避追缴欠税10万元以上,税务部门便可列为重大税收违法失信案件,即“黑名单”,向社会公布相关信息,并将信息通报相关部门,共同实施严格监管和联合惩戒。

打退了鬼子的第二轮进攻,浑身是血的夏国忠命令各排检查统计伤亡情况。统计上来的结果让夏国忠非常痛心。这一仗,他们牺牲了一个排长,被飞机和大炮炸死炸伤了二十多名战士,和鬼子拼杀战死了二十多名战士。还有十几个战士活不见人,死不见尸,估计是在轰炸时被活埋在了泥土里。现在,他的连队还剩下七十多人,差不多损失了三分之一。

GEPIA2.0 数据库生存分析模块的设置筛选条件为:(1) Gene:

;(2) Methods:Overall survival;(3) Group Cutoff:Quartile;(4) Datasets:SARC。通过以上三个数据库分析以获得骨软组织肉瘤患者

表达水平与总生存 (overall survival,OS) 的关系。

三、ADAM12 在骨软组织肉瘤中的共表达基因分析及通路富集

为充分验证

表达水平与骨软组织肉瘤的预后关系,本研究在 3 个数据库中对

表达水平和患者 OS 的相关性进行了分析。UALCAN 数据库结果提示

高表达与骨软组织肉瘤的不良预后存在正相关 (

= 0.021) (图3a)。Kaplan

Meier Plotter 数据库结果提示骨软组织肉瘤组织中

低表达患者的 OS 优于

高表达患者 (

=1.75,95%

为 1.1~2.78,

= 0.016) (图3b),计算显示

高表达患者的中位生存时间为 60.8个月,而

低表达患者的中位生存时间为89.8 个月。以上结论在 GEPIA2.0 数据库中得到了同样验证 (

= 1.9,

= 0.039) (图3c)。

阅读方法有二:一是博览(面),快餐式阅读,迅速获得大量信息;二是精研(点),挖井式阅读,深入理解书中的概念和体系。二者有机结合。

现代书法理论史上,较早、较深入系统地探讨书艺本质的王一川先生曾非常精辟地预见道:“对书法的审美根源,特别是审美心理根源的探讨,还有许多工作要做。不仅应当从书法创作和鉴赏的实际审美经验中引出结论,而且应当从美学、一般艺术学和书法学三者结合的高度上寻求解决途径。”[1]

Kaplan-Meier Plotter 数据库 (http://kmplot.com/analysis/) 整合了来源 GEO、EGA 和 TCGA 等多个数据库的数据,可有效评估超过 54 000 个基因对21 种肿瘤的生存影响

。本研究选取泛癌研究模块,设置筛选条件为:(1) Gene symbol:

;(2) Split patients by:auto select best cutoff;(3)Survival:OS;(4) Datasets:Sarcoma;(5) Follow up threshold:All。

四、ADAM12 蛋白相互作用网络分析及通路富集

利用 STRING 数据库检索

相互作用的蛋白分析得到

的蛋白交互作用网络 (图5),该网络总共包括 10 个存在相互作用的蛋白,即SRC、SDC4、EGF、SH3PXD2A、ITGB1、DLL1、ITGA9、PRKCA、PRKCB、GRB2,蛋白交互作用网络的富集

= 0.000 282。这些蛋白共同参与表皮生长因子受体 2 即 ERRB2 信号通路及组织形态改变、血管生成等生物学行为,影响肿瘤的发生发展 (表1)。

结 果

一、ADAM12 在骨软组织肉瘤中的表达

首先,分别在 UALCAN 数据库和 GEPIA2.0 数据库中对多种肿瘤组织中

的表达情况进行了分析。结果显示,

在乳腺癌、骨软组织肉瘤、肺鳞状细胞癌等 26 种肿瘤组织中高表达,在卵巢浆液性囊腺癌、宫颈鳞状细胞癌、肾嗜铬细胞癌等 5 种肿瘤组织中低表达,骨软组织肉瘤中的

表达量在所有瘤种中排第二,仅次于乳腺癌 (图1)。

对于影响工程质量问题的行为,坚持自己的原则,要求施工单位必须进行改正。比如说建筑材料不合格、肢解工程、不按规范施工、偷工减料等问题。这种原则性问题,应该无视施工单位的客观因素,监理工程师绝对不能妥协。在进行协调的过程中,监理工程师应该规范自己的行为,不能“吃拿卡要”,在监理过程中不能刻意刁难,对问题应该客观公正的进行处理,如此协调工作才会更有说服力。

其次,分析了

在骨软组织肉瘤组织与正常组织的表达,结果显示:骨软组织肉瘤中的

表达较正常组织显著增高 (

< 0.05);UALCAN 数据库中正常组织和肿瘤组织

的表达 -TPM 中位值分别为 2.708 和 28.239 (图2)。

UALCAN 数据库设置筛选条件为:(1) Gene symbol:

;(2) TCGA dataset:Sarcoma。

二、ADAM12 表达与骨软组织肉瘤的预后关系

LinkedOmics 数据库 (http://www.linkedomics.org/)是一种基于 TCGA 的在线分析平台,可分析和比较同一类型或多种类型肿瘤的癌症多组学数据

。本研究设置检索条件为:(1) Cancer Cohort:= TCGA_SARC;(2) Search Dataset:TCGA_SARC Rnaseq;(3) Search Dataset Attribution:

;(4) Target dataset:TCGA_SARC Rnaseq;(5) Statistical Method:Pearson Correlation test。

Metascape 数据库 (http://metascape.org) 提供了全面的基因列表功能注释和通路分析功能,可实现对基因或蛋白功能的认知

。本研究将 LinkedOmics数据库中分析所得的所有表达基因进行筛选,筛选出“Pearson 相关系数绝对值 > 0.5”且“

< 0.05”的基因并输入 Metascape 数据库中,通过 Metascape数据库自带算法在种属“人类”(“H.sapiens”)中,对共表达基因进行 GO 功能注释和 KEGG 通路功能富集的自动分析。

三、ADAM12 共表达基因的富集分析

本研究使用 LinkedOmics 数据库筛选出

的共表达基因。前 50 个正相关基因包括

等 (图4a);前 50 个负相关基因包括

等 (图4b)。

通过限定“Pearson 相关系数绝对值 > 0.5”且“

< 0.05”这两个条件,进一步从 LinkedOmics 数据库分析得到的共表达基因中筛选出 164 个具有强相关性的共表达基因,借助 Metascape 数据库对这164 个基因进行 GO 注释和 KEGG 通路分析,结果显示

共表达基因主要参与细胞外基质重塑、血管发育、骨化等多个功能密切相关 (图4c)。

四、ADAM12 的蛋白相互作用网络分析

STRING 数据库 (https://string-b.org/) 可分析蛋白质间相互作用

,本研究设置检索条件为:(1) Protein name:

;(2) Organism:Homosapiens,对和

存在相互作用的上下游蛋白进行分析。

讨 论

骨软组织肉瘤是一类发病率低、治疗手段相对有限且预后极差的肿瘤,缺乏有效的预后生物标志物。既往研究提示

不仅密切参与多种肿瘤发生发展的过程,且与肿瘤的不良预后存在关联

本研究基于 UALCAN 和 GEPIA2.0 数据库,首先对

在多种肿瘤中的表达进行分析,结果提示

在多种肿瘤中存在高表达,表达水平前两位分别是乳腺癌和骨软组织肉瘤。进一步使用UALCAN 数据库及 GEPIA2.0 数据库对骨软组织肉瘤组织及正常组织中

表达进行了分析,两个数据库的分析结果一致,均表明

在骨软组织肉瘤组织中的表达水平显著高于正常组织,肿瘤组织中的表达水平约为正常组织的 10 倍。

为了解

的表达与预后之间的联系,通过 UALCAN 数据库、GEPIA2.0 数据库和 Kaplan-Meier Plotter 数据库对骨软组织肉瘤患者

表达水平及 OS 进行分析,发现高表达

的患者较低表达

的患者 OS 更短,

低表达的患者中位生存时间 89.8 个月显著高于

高表达患者中位生存时间 60.8 个月。以上结果提示,

的表达水平可能可以预测骨软组织肉瘤的预后。

总之,音乐作为是一种特殊的艺术语言,能对交感神经产生作用,可以引起患者的共鸣,分散患者注意力,从而达到干预个人情绪的作用[29-31]。目前,音乐疗法在临床应用还有限,但随着音乐疗法基础研究的开展,对其原理的进一步阐明,将更加有助于这种非药物疗法在临床抗焦虑方面的广泛应用[32-33]。

为进一步明确

导致骨软组织肉瘤不良预后的可能机制,本研究借助 LinkedOmics、Metascape 和 STRING 数据库对与

可能存在相互作用的基因和蛋白进行了分析。LinckedOmics的预测结果显示,前 50 名正相关基因位列前 3 位的是

。既往研究显示

上调可促进肿瘤细胞转移和上皮间质转化,且

高表达与骨肉瘤的不良预后相关

在肺癌组织中高表达,下调

可通过抑制 Ras / Raf / MEK / ERK 通路抑制肺癌细胞增殖并促进细胞凋亡

则可通过调节胶原重塑促进骨肉瘤转移

。结合上述研究和本研究结果提示

及其共表达基因可能参与骨软组织肉瘤的增殖、转移等病理过程。

除了基因层面以外,本研究还进一步从蛋白相互作用的角度对

导致骨软组织肉瘤不良预后的可能机制进行探索。STRING 数据库显示

与 SRC、SDC4、EGF 等蛋白间存在较强的相互作用。SRC 在最新的研究发现被

激活,并共同参与 MMP 介导的细胞外基质降解及重塑,显著增强肿瘤侵袭转移能力

。蛋白相互作用网络显示与

存在密切相互作用的蛋白SDC4 被证实可以通过调节细胞及基质之间的黏附作用,促进肿瘤细胞侵袭性生长及迁移,但尚无直接针对

与 SDC4 相互作用的研究报道

EGF 与 EGFR 特异性结合后进一步诱导酪氨酸磷酸化和受体二聚化,最终通过一系列信号通路的激活使得肿瘤细胞无序增殖,EGFR 现已成为公认的抗肿瘤靶点

。Díaz 等

研究发现,在缺氧的情况下,

的活性以 Notch 信号通路依赖的方式增强,并通过促进 EGFR 配体例如 HB-EGF 的胞外域脱落来激活 EGFR 通路最终调节细胞增殖和分化。此外,

还可通过 EGFR 通路促进三阴性乳腺癌细胞表达癌症干细胞标记物

不仅直接作用于肿瘤细胞,还对肿瘤微环境中产生影响。肿瘤细胞中的

通过激活EGFR / STAT3 / Akt 信号通路,导致肿瘤微环境中促血管生成因子和抗血管生成因子的表达失调,最终促进肿瘤新生血管形成

。本研究采用 STRING 数据库进行蛋白相互作用网络分析,结果显示 EGF 与

之间的相互作用也极为强烈,提示 EGF 在骨软组织肉瘤的进展中可能发挥重要作用。

更重要的是,本研究借助 LinkedOmics 和Metascape 数据库所获得的

共表达基因和借助 STRING 数据库所获得的相互作用蛋白网络在通路富集上的结果高度吻合,均提示

基因参与细胞外基质重塑、血管发育等生物学功能,从而可能促进肿瘤转移。

综上所述,本研究利用生物信息学数据库和工具分析

在骨软组织肉瘤中的表达和预后的关系并进一步探索了其可能机制,可有效避免样本不足及抽样误差带来的偏倚;结果提示

可能成为骨软组织肉瘤预后生物标记物,但尚需体内外实验的验证。

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