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SEC23A 在胃癌中的表达及对预后的影响

2022-07-13徐园虞伟明张苗尊

现代实用医学 2022年5期
关键词:结构域胃癌数据库

徐园,虞伟明,张苗尊

胃癌是最常见的消化道恶性肿瘤之一,我国每年新发病例及死亡病例分别约占全球的44.1%和49.9%[1]。尽管近年来针对胃癌的诊治措施较前大为改善,但我国胃癌的5 年生存率仅为35.1%[2]。因而,寻求胃癌新的治疗靶点,以抑制肿瘤的复发或转移,提高患者生存率意义重大。SEC23 蛋白是外壳蛋白复合物II(COPII)的核心成分,包含5 个不同的结构域(锌指结构域、躯干结构域、-barrel 结构域、-helix结构域和gelsolin结构域),分为2 个亚型(SEC23A 和SEC23B)。SEC23A 位于染色体14q21.1,包含22个外显子,参与COPII的组成[3],它介导了大多数分泌蛋白从内质网到高尔基体的运输[4],在影响肿瘤细胞分泌中起重要作用[5]。研究显示SEC23A在前列腺癌[6]、结直肠癌[7]、黑色素瘤[8]等癌症进展中起抑制作用;然而在膀胱癌中则相反,SEC23A 的高表达促进了膀胱癌的进展[9]。但SEC23A 在胃癌中的表达及作用尚未明确,因此本研究探讨SEC23A在胃癌中的表达及对患者预后的影响,为临床提供理论依据,现报道如下。

1 资料与方法

1.1 一般资料 收集2020 年11 月至2021 年9 月宁波市医疗中心李惠利医院收治的胃癌患者20 例,年龄30 ~86岁;平均54 岁。入选患者均接受了D2根治术,排除术前曾接受过放化疗等患者。本研究经医院伦理委员会及患者和家属知情同意。

1.2 方法

1.2.1 生信分析采用生信数据库 GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn )分 析SEC23A在胃癌和非肿瘤样本的表达情况;箱线图和点线图分析并展示SEC23A在胃癌组织和癌旁非肿瘤组织中mRNA 表达情况。采用癌症微阵列数 据 库 Oncomine(http://www.oncomine.org) 分析SEC23A 在胃癌和癌旁非肿瘤组织中的mRNA 表达情况;设定差异倍数1.5 和前10%基因作为阈值,P≤0.05 为有显著差异。

1.2.2 基因芯片 使用TRIZOL 试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA,USA)从20对新鲜胃癌和癌旁组织中分离出总RNA。使用Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 GeneChips(Affymetrix Inc.)确定基因表达谱。经杂交、清洗、染色和扫描。使用MAS 5.0 算法和Gene Spring Software 11.0(Agilent technologies,Santa Clara,CA,US)读取和分析数据。将上调和下调基因的阈值设置为foldchange≥2 或≤0.5。

1.2.3 实时定量PCR 采用Trizol 试剂提取总RNA,再反转录合成cDNA。GAPDH 作为内源性对照。引物序列如下:SEC23A 正义链:5’-AGATGGAGTCCGATTTAGTTGGA-3’;SEC23A 反义链:5’- CAGGTCTCTCTTTCAGTGGTGT-3’;GAPDH 正 义 链:5’-TGAAGGTCGGAGTCAACGG-3’;GAPDH 反义链:5’- CTGGAAGATGGTGATGGGATT-3’;PCR 反应条件如下:94℃5min,扩增40 个循环,94℃变性15s,56℃退火30s,58℃延长30s。全部反应均重复3 遍。采用比较阈值循环(2-CT)方程计算相对表达量,Ct=Ct(目的基因)-C(tGAPDH),Ct=Ct(样本)-C(t对照);处理后的数据以每个mRNA 的差异倍数表示。

1.2.4 生存分析 借助Kaplan-Meier plotter、GEPIA及Ualcan等不同数据库。目的基因:SEC23A;目标病种:胃癌。Kaplan-Meier plotter 观察指标:总生存期(OS)、无进展生存期(PFS)、首次进展时间(FP);GEPIA 观察指标:OS、PFS;Ualcan 观察指标:OS。通过绘制的生存曲线来分析不同SEC23A表达水平与胃癌患者预后之间的关系。P <0.05 差异有统计学意义。

1.2.5 基于TCGA 数据库的临床资料分析 通过下载TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)STAD(胃癌)项目中 level3HTSeq-FPKM 格式的RNAseq 数据和临床数据,用单因素和多因素回归分析评估SEC23A作为胃癌患者预后指标的独立性。纳入的变量包括:T 分期、N 分期、M 分期、病理学分期、年龄、组织分级、SEC23A表达情况。

1.3 统计方法 采用SPSS 19.0 统计软件进行统计学分析,计量资料以均值±标准差表示,采用方差分析和独立样本t 检验。数 据 下 载 于 TCGA(https://portal.gdc.cancer.gov/)STAD(胃癌)项目中level3HTSeq-FPKM格式的RNAseq数据,单因素及多因素Cox 回归分析采用R(3.6.3 版本)软件,survival 包用于生存资料的统计学分析。单变量分析中有显著性的因素采用Cox 比例风险模型进行多变量分析。P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果

2.1 SEC23A在不同生信数据库中的表达 GEPIA 数据库显示SEC23A 在胃癌中呈高表达,且显著高于正常组织(P<0.05)。借助Oncomine 数据库,选取DErrico和Cho两个数据集,进一步分析了SEC23A 在胃癌中mRNA 表达水平。结果表明SEC23A在胃癌中的表达含量显著高于正常组织(P <0.05)。

2.2 SEC23A 在胃癌中mRNA 表达水平 基因芯片结果显示SEC23A 在胃癌中的表达是癌旁组织中的2.91 倍(P <0.05),见表1。对PCR 结果绘制柱状图,显示SEC23A在胃癌中表达显著高于癌旁非肿瘤织[(0.0534±0.0179)vs(0.0176±0.0139),t=7.043,P <0.05)。见图3。

图1 GEPIA数据库中SEC23A在胃癌中的表达情况

图2 Oncomine 数据库中(DErrico 和Cho 两个数据集)SEC23A 在胃癌中的表达情况

图3 RT-PCR 显示SEC23A 在胃癌中的mRNA 表达含量

表1 基因芯片中部分差异基因表达情况

2.3 生存分析及生存曲线图 采用Kaplan-Meier plotter 数据库,分析SEC23A表达与胃癌患者预后之间的关系,发现SEC23A 高表达组OS、PFS、FP 均低于SEC23A 低表达组(均P <0.05),见图4。基于GEPIA 数据库,分析SEC23A表达与胃癌患者预后的关系,结果显示SEC23A 高表达组OS、无病生存时间(DFS)显著低于SEC23A 低表达组(均P <0.05),见图5。基于Ualcan 数据库,分析SEC23A表达与胃癌患者预后的关系,生存曲线显示SEC23A 低表达的患者具有更好的生存预后,见图6。

图4 KM-plotter 数据库中SEC23A 表达情况与胃癌患者预后之间的关系

图5 GEPIA 数据库中SEC23A 表达情况与胃癌患者预后之间的关系

图6 Ualcan 数据库中SEC23A 表达情况与胃癌患者预后之间的关系

2.4 影响胃癌预后的独立危险因素单因素分析显示,SEC23A 高表达、年龄(>65 岁)、病理分期(III/IV)、T 分期(T3/T4)、N 分期、M 分期及与胃癌患者OS有关(均P <0.05)。多因素分析显示,SEC23A高表达是胃癌预后不良的独立危险因素(HR:1.535,95% CI:1.078 ~2.184,P=0.017),见表2。

表2 SEC23A 和胃癌患者临床病理参数之间的单因素和多因素回归分析

3 讨论

目前,胃癌的治疗手段包括手术、放化疗、靶向治疗及新兴的免疫治疗。手术仍是至今唯一有希望治愈胃癌的方式。在我国,早期胃癌的5 年生存率可达90%以上[10],但早期诊断率却较低,仅约10%[11],大多患者一经发现,已是晚期,错过了最佳手术时机,因而我国胃癌的5年生存率较日、韩等国低[12]。积极倡导胃癌的早期筛查、提高胃镜普及率、寻找胃癌有效的治疗手段及发现新的治疗靶点,对提高晚期胃癌患者生存率意义非凡。

COPII是介导大多数分泌蛋白从内质网到高尔基体运输的重要工具[13-14],SEC23A 参与COPII 的组装。因而,SEC23A被视为分泌蛋白功能的调节因子[10]。研究显示,SEC23A可为多种miRNA 的靶点,通过下调蛋白编码基因的表达而调控细胞增殖、分化、凋亡和肿瘤转移等[15],如miR-21 的表达通过靶向和抑制SEC23A 的表达,增强了结直肠癌细胞的增殖和转移[16];此外,有报道显示SEC23A 是miR-200b 的靶向基因之一,与前列腺癌组织呈负相关[17]。但是,在膀胱癌中,SEC23A 则被报道在膀胱癌中呈高表达,且其高表达是膀胱癌患者预后差的独立危险因素之一[9]。

本研究借助GEPIA 和Oncomine 等不同在线的生信系统,分析SEC23A 在胃癌及非肿瘤正常组织中的表达情况,结果显示SEC23A 在胃癌中的表达升高,显著高于癌旁非肿瘤组织。为了明确SEC23A 在胃癌及癌旁组织中的表达差异,笔者采用基因芯片和qRT-PCR 法加以验证。结果显示SEC23A 在胃癌中的mRNA 水平明显高于非肿瘤正常组织。这证实本研究结果与生信分析结果是相一致的,即SEC23A 在胃癌中高表达。

此外,本研究还借助KM-plotter、Ualcan 等系统分析SEC23A的表达与胃癌患者预后之间的关系。结果显示在SEC23A 高表达的胃癌患者预后明显差于 SEC23A 低表达的患者,这提示SEC23A 高表达时胃癌往往预后不良。同时,本研究通过下载TCGA 数据库中胃癌患者(TCGA-STAD)的临床资料,采用R 语言,作多因素分析显示,SEC23A是影响胃癌预后的独立危险因素之一。以上研究结果均提示SEC23A可能作为提示胃癌预后不良的生物标志物。SEC23A 可能参与了胃癌的发生与发展,当然,本研究尚属初级阶段,仅凭目前研究结果不足以说明这些,仍需进一步研究(体内体外试验等)来证明。但本研究为SEC23A可能成为胃癌潜在治疗靶点提供了新的思路和理论依据,也为更进一步研究提供了相应的基础。

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