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大豆胞囊线虫抗性位点Rhg1和Rhg4优异等位变异在黄淮育成品种中的分布

2019-08-13练云李海朝李金英王金社魏荷雷晨芳武永康卢为国

中国农业科学 2019年15期
关键词:等位小种虫卵

练云,李海朝,李金英,王金社,魏荷,雷晨芳,武永康,卢为国

大豆胞囊线虫抗性位点和优异等位变异在黄淮育成品种中的分布

练云,李海朝,李金英,王金社,魏荷,雷晨芳,武永康,卢为国

(河南省农业科学院经济作物研究所/国家大豆改良中心郑州分中心/农业部黄淮海油料作物重点实验室,郑州 450002)

【】大豆胞囊线虫(soybean cyst nematode,SCN)病是一种重要的世界性大豆病害,种植抗病品种是防治SCN最经济有效的措施。黄淮地区SCN发生普遍,通过对该地区育成大豆品种中抗SCN的基因型分析,为指导抗病品种的合理有效利用提供依据。【】利用针对抗SCN主效位点和开发的4个KASP标记,先对已知抗性表型的ZDD2315、中黄57、山西小黑豆等16份抗病材料和Willams、Lee等3份感病材料进行基因分型,验证所选用KASP标记的有效性;然后对黄淮海育成的豫豆系列、商豆系列、周豆系列等170份大豆品种进行基因型鉴定;选择含有多个优异等位变异的品种,通过温室接种黄淮地区分布较广的2号、4号、5号以及强致病力小种X12,对这些品种进一步进行表型抗性鉴定。【】含(CC)和(CC)优异等位变异的品种分别有5份和6份,含(TT)和(CC)优异等位变异的品种分别有6份和7份。同时含2个优异等位变异的品种有6份,分别为:开豆4号、商豆1201、鲁0305-2、漯4903、潍豆12和潍豆91861,占所检测品种的3.53%。通过接种鉴定,发现这6个品种对2号、4号、X12号小种均表现不同程度的感病,而鲁0305-2和潍豆91861对5号小种表现高抗(FI分别为(10.00±0.48)和(7.00±0.63)),商豆1201对5号小种表现抗病(FI=(26.20±0.91)),开豆4号、漯4903和潍豆12 对5号小种表现感病或高感(FI分别为(35.00±2.48)、(64.80±3.91)和(58.20±2.19))。【】黄淮育成品种中,含或优异等位变异的品种偏少,育种中应注重优异等位变异位点的引入,结合黄淮地区大豆胞囊线虫发生情况,培育兼抗多个生理小种的大豆品种;这些KASP标记可用于中国大豆资源表型鉴定、抗源的快速筛选。

大豆;大豆胞囊线虫;优异等位变异;黄淮;抗源筛选

0 引言

【研究意义】大豆胞囊线虫(soybean cyst nematode,SCN)病是一种世界性大豆病害,给大豆生产造成严重经济损失[1-2]。种植抗病品种是抵御SCN病最经济有效的措施。但是多年来有限抗源PI88788、Peking、PI437654的过度使用,加之SCN是混居群体,极易产生基因突变和重新组合,已经导致越来越多的SCN个体克服有限抗病品种的抗性,致使部分大豆主产区优势生理小种毒性升级[3-4],甚至有新生理小种出现[5]。因此,有必要明确大豆胞囊线虫优异等位变异在大豆主产区育成品种中的分布,以有效指导抗病品种的合理应用;同时加速抗性资源筛选,挖掘新的抗病基因,以拓宽抗病品种的遗传基础,培育新的抗病品种。【前人研究进展】抗性资源的筛选及合理利用,可以加速抗病品种培育,但传统的SCN抗性鉴定方法,在计数方法上经过多次改进[6],仍然耗时费力,因为鉴定一个品种抗性水平的依据就是寄生在根上的胞囊数目,而胞囊繁殖一代需要25—30 d,周期较长,且繁殖极易受环境温度和湿度影响。因此,目前抗病资源筛选进展缓慢。2012—2015年调查研究发现,在黄淮海地区采集的土样约有70%感染了SCN,且与2001—2003调查研究相比[7],大豆胞囊线虫生理小种组成及分布均有一定的改变,优势生理小种由1号小种演变为2号小种[4];此次调查还发现了新的生理小种X12[5];据报道,美国密苏里州2005年调查研究发现,在采集的土样中,约有50%的样本感染了SCN[8],而在2015—2016年的调查中,88%的样本感染了SCN,且在最广泛使用的2个抗源PI88788和Peking上能够成功寄生的胞囊数目显著增加[9],以上研究结果表明,SCN分布范围有扩大趋势且致病性有增强趋势。大豆胞囊线虫的抗性是受多个位点控制的数量性状且抗性位点之间相互作用,目前已鉴定出、、、等多个抗性位点[10-11]。其中,和是SCN病最重要的抗性位点,位于G连锁群上,控制着大豆对多个SCN生理小种的抗性,该位点与抗病基因紧密连锁,能够解释50%以上的SCN抗性变异[12-13]。位于A连锁群上,对3号生理小种和14号生理小种有抗性作用[14-15]。位于位点的丝氨酸羟甲基转移酶基因和位于位点的氨基酸转运体α-SNAP和参与植物对SCN产生抗性,但抗性机制不同[12,14,16]。20世纪90年代以来,不同学者研究、定位了SCN抗性相关QTL,这些QTL分布在除第2、7、12和13染色体之外的其他16条染色体上[10]。在抗大豆胞囊线虫研究方面,已初步明确抗SCN的主效基因位点和的作用机理[14,16-18],发现了微效基因[19]。大豆基因组测序的完成促进了抗病、耐逆分子标记的鉴定。Kadama等[20]利用基因组信息发掘了和位点的SNP,并开发成KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)标记。田宇等[21]针对与SCN3抗性显著关联的SNP位点,开发了KASP标记,该位点对抗病材料的选择效率达到92%。史学晖等[22]针对位点开发了CAPS和dCAPS标记,其中Rhg4-389鉴定的抗性等位变异对抗病种质的选择效率为97.1%。【本研究切入点】黄淮地区是中国两大大豆主产区之一,SCN发生普遍,但对该地区育成大豆品种中抗SCN的基因型分析尚未见报道,明确该地区育成大豆品种中所含的主要SCN抗性位点,用于有目的地指导大豆生产、减缓由SCN危害带来的经济损失。【拟解决的关键问题】本研究以黄淮地区育成的170份大豆品种为材料,研究大豆胞囊线虫抗性位点和优异等位变异在黄淮育成品种中的分布,并对含有多个优异等位变异的品种进行表型抗性鉴定,为抗病品种在育种中的合理应用提供依据。

1 材料与方法

试验于2018年3月—8月在河南农业科学院经济作物研究所完成。

1.1 试验材料

试验材料共189份。源自河南省农业科学院经济作物研究所种质库的黄淮地区育成品种170份(电子附表1),其中,111份来自河南,13份来自北京,19份来自山东,6份来自江苏,9份来自河北,3份来自山西,6份来自安徽,其他3份;Riggs鉴别模式和HG type鉴别寄主、兴县灰皮支(ZDD2315)、邯6192、沧豆6号、中黄57(ZDD24656)、PI567516C、科丰1号、山西小黑豆等已知抗性的优异抗源16份;感病材料Willams82、Essex和Lee68共3份。SCN 2号、4号、5号和X12号小种由河南省农业科学院经济作物研究所SCN生理小种库保存。

1.2 大豆基因组DNA的提取及检测

将参试品种每份播种4—6粒,在蛭石中培养,收集新鲜叶片。采用生工生物工程(上海)股份有限公司的植物基因组DNA快速抽提试剂盒,从大豆叶片中提取基因组DNA。用1%琼脂糖凝胶电泳,确定DNA的完整性,用NanoDrop 2000超微量紫外分光光度计检测DNA浓度,-20℃条件下保存DNA。

1.3 标记的选择与反应程序

参照Kadama等[20]报道的KASP标记,选择其开发的位点的(特异性等位位点1:5′-TCTAATGCATTGGTTATAGCAACAACG-3′;特异性等位位点2:5′-TCTAATGCATTGGTTATAGCAAC AACC-3′;通用引物:5′-TGCTGGCATCTGCCAACTC TGTAAA-3′)和(特异性等位位点1:5′-GAA AGCCAAAGAACTTGAGGAGC-3′;特异性等位位点2:5′-GAAAGCCAAAGAACTTGAGGAGG-3′;通用引物:5′-CCAACCACCAGGAATATTAAAGGTACA AT-3′);位点的(特异性等位位点1:5′-TCGTTGTGTGATTGTTTTGCAGGGA-3′;特异性等位位点2:5′-TCGTTGTGTGATTGTTTTGCAGGGT -3′;通用引物:5′-CAGAGATCACAGAGTTTCTCCA CCTT-3′)和(特异性等位位点1:5′-GAGGTG GCCGCCGGAGG-3′;特异性等位位点2:5′-GAGGTG GCCGCCGGAGC-3′;通用引物:5′-CGACCGCATC ATGGGGCTAGAT-3′)共4个标记。PCR反应体系按照KBiosciences(Herts,UK)(http://www.ksre.ksu.edu/ igenomics)操作说明进行。反应程序为94℃ 15 min;94℃20 s,65℃—67℃60 s,10个循环,每循环降低0.8℃;94℃20 s,57℃60 s,23个循环。使用Roche LightCycler(LC)荧光阅读仪读取荧光信号,进行样品SNP分型。

1.4 SCN抗性鉴定

不同生理小种的繁殖、接种方法及胞囊计数方法参考练云等[4]报道。简述之,将Lee68播种在病土中并在适当的环境下繁殖,1株/杯,5个重复,约25 d后,采用淘洗-过筛法从根系中分离胞囊,并将胞囊接种至刚萌发出新根的待鉴定材料中,每杯按不同处理接种虫卵(2 000虫卵或6 000虫卵),待胞囊处于显囊盛期时,将植株拔出,利用河南省农业科学院大豆课题组自主研发的PDS软件[9],计数根部胞囊数目。

2 结果

2.1 Rhg1和Rhg4位点的优异等位变异在已知抗性资源中的频率分布

依据抗SCN的和位点开发的4个KASP标记,选用16份已知的抗性资源和3份感病材料进行基因分型,以验证开发位点的有效性。在抗病材料中,优异等位变异在(CC)、(CC)的分布比例分别为87.5%和100%;在(TT)、(CC)的分布比例均是81.25%;在感病材料中,优异等位变异在这4个位点中的分布比例均是0(图1);且2种纯合基因型呈明显的簇状分离,此结果验证了所选择4个KASP的有效性,这些位点为功能性优异等位变异,可以用作优异等位变异在资源中分布检测的依据。

2.2 Rhg1和Rhg4位点的优异等位变异在黄淮育成品种中的频率分析

鉴于所选用KASP的有效性,选取了黄淮地区170份育成品种,系统检测了抗SCN的优异等位变异在黄淮育成品种中的频率分布。结果表明,功能标记、、、的优异等位变异在黄淮育成品种中的分布频率分别为2.94%(5份)、3.53%(6份)、3.53%(6份)和4.12%(7份)(图1),鉴定出同时携带2个或2个以上优异等位变异的种质6份,占受检测品种的3.53%。说明在黄淮地区育成的大豆品种中,引入SCN优异等位变异的品种偏少。

图1 抗SCN优异等位变异在待检测品种中的分布

2.3 含优异等位变异种质的抗性评价

根据基因分型结果,选择携带优异等位变异的开豆4号、商豆1201、鲁0305-2、漯4903、潍豆12和潍豆91861,其中,漯4903含的2个优异等位变异,另外5个品种含和2个位点的4个优异等位变异。利用黄淮地区常见的2号、4号、5号和新发现的具有较强侵染力的X12号小种,进行SCN抗性鉴定。在接种2 000个虫卵/杯的浓度结合接种不同的生理小种,Lee68根系上的平均胞囊数目均大于100个。这6个品种对2号小种均表现高感,对4号小种有1个表现感病、5个表现高感,对5号小种有2个表现感病,1个表现抗病(商豆1201,FI=23.52),2个表现高抗(鲁0305-2,FI=8.98和潍豆91861,FI= 6.28),对X12有2个表现感病,4个表现高感(表1)。综合以上结果,借助KASP标记分型辅助分析,在参与鉴定的6份材料中,快速筛选到了3份抗5号小种的资源。其中,商豆1201表现抗病,鲁0305-2和潍豆91861表现高抗。

表1 携带优异等位变异的种质对不同SCN生理小种的抗性鉴定(接种2 000虫卵/杯)

FI:胞囊指数Female index。下同The same as below

通过提高接种浓度进一步进行抗性鉴定,在2次接种虫卵浓度均提升至6 000虫卵/杯的情况下,潍豆91861对5号小种均表现为中抗(FI=22.29和FI=18.09),商豆1201(FI=59.13)和鲁0305-2(FI=37.04)表现为感病(表2)。这三个品种的抗性受接种浓度影响,当接种浓度由2 000虫卵/杯提升到6 000虫卵/杯时,商豆1201由抗病表型转变为感病表型;鲁0305-2由高抗表型转变为感病表型;潍豆91861由高抗表型转变为中抗表型。

表2 接种高浓度SCN虫卵的抗性鉴定(接种6 000虫卵/杯)

试验结果表明,用2号小种接种中黄57,当接种浓度为2 000虫卵/杯或6 000虫卵/杯,抗性表型均表现高抗;用4号小种接种中黄57,当接种浓度为2 000虫卵/杯时,抗性表型表现为抗病,当接种浓度提升至6 000虫卵/杯时,抗性表型表现为高感(表3)。

表3 中黄57接种不同浓度虫卵和不同生理小种的抗性鉴定

3 讨论

大豆的抗病性是与大豆产量、品质相关的重要性状,加速抗性资源筛选可为加速抗病品种培育提供材料支撑。目前,对大豆种质进行传统的SCN抗性鉴定,主要依靠田间表型鉴定或室内表型鉴定,但该鉴定易受环境影响、且费时费力,鉴定的准确性和时效性也较难保证。与传统抗性鉴定方法相比,分子标记技术具有周期短、可进行高通量分析、不受环境条件影响等优点,该技术已经在大豆、水稻、小麦、玉米、马铃薯等[23-27]抗性资源筛选及品种鉴定方面得到了一定范围的应用。目前,已有关于利用SSR标记鉴定的报道,比如Satt309标记已被应用于育种程序[28-29]。然而,Satt309标记仅能检测到含3个拷贝的。在已有的分子标记技术中,SNP较其他遗传标记相比,SNP技术分析系统具有自动化程度高、通量大、速度快、适合大规模操作的特点,已有利用SNP标记鉴定和的报道[30-32]。

而近几年发展起来的新一代KASP技术,具有高通量、低错误率和成本低廉的特点,为加速优异种质资源筛选,提高种质利用效率创造了条件。本研究用到的4个KASP标记是利用SoySNP50K iSelect BeadChip对19 652份大豆种质(来自USDA种质库)进行基因分型[33],结合对大豆胞囊线虫和位点进行遗传多样性评价而开发的多态性SNP分子标记。利用这些标记在95份大豆种质和3个重组自交系群体进行基因型鉴定,结果表明,来自位点的2个标记(和)可以区分多拷贝型(PI88788-type)、低拷贝型(Peking-type)和单拷贝型(Williams 82)3种拷贝数的变异;来自位点的标记能够检测到Peking-type 的抗病基因型[20]。在大豆更多研究方面:2018年,叶俊华等[19]利用KASP技术对中国引进的1 489份大豆种质的多个性状(包括大豆胞囊线虫病、大豆花叶病毒病、耐盐性等)进行了基因型鉴定,发现携带2个或2个以上优异等位变异的种质有36份,标记的有效性在所用已知抗源中得到了验证,但该研究未对新发现的抗源做进一步的抗性鉴定;田宇等[21]利用抗大豆胞囊线虫SCN3-11位点开发的KASP标记GmSNAP11-5149,鉴定了来自8个国家的202份大豆资源;Patil等[23]建立了基于耐盐基因GmCHX1的高通量SNP marker,并开发了与该基因结构变异相关的6个KASP标记,对耐盐性状的表型鉴定效率达91%。

目前未见对田间虫卵浓度进行调查的报道,但在实际生产中,田间虫卵密度达不到室内试验接种浓度,理由:一是在前期的取样调查中,约有2/3的地块感染了SCN病,但是没有繁殖到足够用于对病土进行生理小种鉴定的胞囊;二是依据经验,即便是接种2 000虫卵/杯,也已超过田间实际的虫卵浓度。所以,推测本次用于鉴定的商豆1201和鲁0305-2是抗病品种。前期研究数据也表明,有些品种的抗性不受接种浓度的影响,比如中黄57对2号小种:在接种浓度2 000虫卵/杯或6 000虫卵/杯情况下,胞囊指数均小于10,表现高抗(表3),兴县灰皮支(ZDD2315)也稳定高抗1—6号小种[5];还有一些品种的抗性表型受接种浓度的影响,比如中黄57对4号小种:在接种浓度为2 000虫卵/杯情况下,胞囊指数为12.16,表现抗病,但是当接种浓度提升至6 000虫卵/杯情况下,胞囊指数大于60,对4号小种表现为高感(表3)。目前抗性鉴定标准一般是依据对照品种Lee68上的胞囊数目≥30个/株,即认为本次试验结果有效,但在实际应用中,部分种质的抗性水平确实受接种浓度影响[34],因此,抗性鉴定依据有待进一步探讨。考虑到田间感染SCN地块的实际虫卵浓度达不到2 000虫卵/杯这样的接种浓度,因此建议接种2 000—2 500虫卵/杯,且Lee68上的胞囊数目≥30个/株,暂可作为鉴定抗性依据。根据这个标记,本试验所用材料已验证表型的共有25份,其中22份标记基因型跟表型结果一致,正确率达到88.0%。

从对黄淮地区育成品种的鉴定结果看,黄海地区育成品种中,含有大豆胞囊线虫优异等位变异的品种偏少,常年种植感病品种导致不仅影响大豆产量,而且SCN群体内异交机率增加,这可能是导致优势生理小种发生变化及新生理小种出现的一个潜在原因。鉴于SCN生理小种毒性在黄淮地区有增加趋势,5号小种是仅次于2号小种的优势生理小种,建议在抗SCN育种中,利用筛选出来的抗源,通过基因聚合培育兼抗2号和5号小种的大豆品种。

4 结论

黄淮育成品种中含或优异等位变异的品种偏少,应加大抗病品种培育力度。利用文中的KASP标记可以进行大豆胞囊线虫抗性资源的快速筛选,提升抗性资源筛选效率。

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Distribution of soybean cyst nematode resistance Alleleand

LIAN Yun, LI HaiChao, LI JinYing, WANG JinShe, WEI He, LEI ChenFang, WU YongKang, LU WeiGuo

(Institute of Industrial Crops, Henan Academy of Agricultural Sciences/Zhengzhou Subcenter of National Soybean Improvement Center/Key Laboratory of Oil Crops in Huanghuaihai Plains of Ministry of Agriculture, Zhengzhou 450002)

【】The disease caused by soybean cyst nematode (SCN,) is an important worldwide soybean disease. Planting SCN-resistant cultivars has formed the primary basis for controlling SCN. SCN spread widely and infect heavily in the Huang-Huai Valleys almost wherever soybean is grown. This study genotyped the SCN resistance alleles distributed in Huang-Huai soybean varieties and the results will provide scientific basis for guiding the rational and effective utilization of resistant varieties. 【】In this study, four KASP developed fromandloci were selected. The validity of selected KASP marker were verified by genotyping 16 known resistant varieties such as ZDD2315, Zhonghuang 57 and ShanxiXiaoheidou together with 3 known susceptible varieties such as Willams and Lee. Then, 170 soybean varieties cultivated from Huang-Huai Valleys, such as Yudou series, Shangdou series and Zhoudou series were genotyped. The resistance level of the varieties harboring more than two resistance alleles were tested by inoculating race 2, race 4, race 5 and new race X12 in greenhouse, respectively. These races are distributed widely Huang Huai Valley. 【】There were 5 and 6 varieties harboring(CC) and(CC)resistance alleles, respectively. There were 6 and 7 varieties harboring(TT) and(CC)resistance alleles, respectively. There were 6 varieties names Kaidou 4, Shangdou 1201, Lu 0305-2, Luo 4903, Weidou12 and Weidou 91861 which harboring 2 or more resistance alleles and accounted 3.53% in tested varieties. By inoculation, the 6 varieties showed different sensitive degree to race 2, race 4 or race X12. Lu 0305-2 and Weidou 91861 showed high resistance to race 5 with FI (10.00 ± 0.48)and (7.00 ± 0.63), respectively. Shangdou 1201 showed resistance to race 5 with FI (26.20 ± 0.91). Kaidou 4, Luo 4903 and Weidou12 showed sensitive or high sensitive to race 5 with FI (35.00 ± 2.48), (64.80 ± 3.91) and (58.20 ± 2.19), respectively. 【】The results showed that SCN-resistant alleles inorwere rare in the released Huang Huai Valleys varieties. More attention should be paid to introduce SCN-resistant alleles in cultivating varieties. Combined with the dominant race of SCN distributed in Huang Huai Valley, the varieties that resistant to multiple races should be given priority in breeding. The four KASP used in this study could be used to phenotype and screen the resistant sources.

soybean; soybean cyst nematode; resistance alleles; Huang-Huai Valleys; screen resistant sources

2019-01-16;

2019-04-30

国家重点研发计划(2018YFD0201000)、国家重点研发计划子课题(2016YFD0100201-20)、中原千人计划-中原科技创新领军人才(194200510003)

练云,E-mail:lianyun262@126.com。

卢为国,E-mail:123bean@163.com

(责任编辑 李莉)

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