微生物学、病毒学

寨卡病毒突变有多快？

Ian S﹒ LOGAN

摘要：目的：2016年2月1日，世界卫生组织（World Health Organization，WHO）宣布，此轮寨卡（Zika）病毒的爆发成为全球突发公共卫生事件（public health emergency of international concern，PHEIC），并强调这一流行病目前被认为是对全世界的一个重大威胁。寨卡病毒于 2013年从泰国传播到法属波利尼西亚，在南美洲和中美洲国家感染超过100万人。大多数情况下，寨卡病毒感染者病情通常较温和，但也会引起严重的神经系统疾病，疑似还会导致胎儿出生缺陷和成人感染Guillain-Barré disease综合征。Zika病毒属于黄病毒科（Flaviviridae）黄病毒属（Flavivirus），与登革热病毒（Dengue virus）、黄热病病毒（Yellow fever virus）、西尼罗病毒（West Nile virus）和乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus）等是近亲。本研究将本文作者在线粒体 DNA研究中开发的技术和工具运用到寨卡病毒的研究上。方法：公开发表的寨卡病毒的 RNA序列可以在美国NIH（National Institute of Health）的GenBank数据库中查询到。截止到 2016年3月，在此轮疫情开始前的非洲和亚洲共收集到16条完整病毒序列，至今共有17条序列。结合本文，准备了2个简单的实用程序（www.ianlogan.co.uk/zikapages/zika.htm），可以选择氨基酸分析（amino acid analyser）或者核苷酸碱基分析（nucleotide base analyser）。结果：在此轮流行病中观察到非同义（non-synonymous）氨基酸变化。根据GenBank数据库中查询到的 17条完整的寨卡病毒的突变数据构建了系统发育树。由于序列对KU365777/KU365780和KU365799/KU707286来自 2个病毒株，该系统树显示寨卡病毒样品可以分成15个不同的病毒株。在10272个碱基的寨卡病毒基因组中，突变率每年从12～25个碱基变化，所以突变率也可以被认为是RNA多聚蛋白每年从0.12%～0.25%之间变化。结论：分析公开发表的寨卡病毒样本的测序数据以及如何计算病毒突变率，使用这些数据，可以构建系统发育树，并显示在此轮的流行病中已经有许多可鉴定的病毒株。这些数据还显示，寨卡病毒具有高突变率。如此快速的突变率将使这一流行病的地理分布很容易被监测，也可能有助于协助鉴定预防措施是否有效。提出了若干问题并加以讨论。此轮的流行病来自寨卡病毒，但是非洲的黄热病病例正在上升，登革热每年影响数百万人。因此，除了寨卡病毒之外，黄病毒引起的更多的流行病造成持续的威胁。

来源出版物：动物学研究, 2016, 37(2): 110-115

入选年份：2016