湖南长沙汉族人群25个Y-STR基因座的遗传多态性
2018-03-30李晓明张金国黄笃厚
赵 霖,李晓明,付 永,张金国,邵 俊,李 花,黄笃厚
(长沙市公安局物证鉴定所 公安部重点DNA检验鉴定实验室,湖南 长沙 410002)
STR检验已经成为法医DNA鉴定的常规手段。我国已经建成世界上最大的可疑犯罪人群常染色体STR数据库,库容量约4300万[1]。然而,由于我国城镇化和交通建设快速发展带动人口流动频繁,导致跨省市、跨区域犯罪率大幅提高,实际犯罪侦查破案中经常不能直接比中犯罪嫌疑人。近年来,Y染色体STR数据库发展迅速,且为案件侦破提供了较大的帮助。湖南省长沙市近年来也启动了Y-STR数据库的建设。本研究通过对五代居住在长沙本地的汉族男性无关个体25个Y-STR基因座的遗传多态性进行调查,为相关鉴定和Y-STR数据库建设提供客观的基础数据。
1 材料与方法
1.1 样本
口腔唾液提取卡249份,均来自知情同意的五代居住在长沙本地的汉族男性无关个体,由宁乡县公安局采集提供。
1.2 提取及扩增
利用Goldeneye®DNA身份鉴定系统26Y试剂盒[基点认知技术(北京)有限公司]直接打唾液卡1.5mm,使用9700型PCR仪(美国AB公司)扩增DNA,采用10μL扩增体系,PCR热循环参数采用试剂盒推荐方法,扩增产物在3500xL基因分析仪上进行检测,用GeneMapper®ID-X软件进行基因分型。
1.3 统计学分析
用直接计数法整理各基因座的等位基因频率、单倍型频率、基因多样性(gene diversity,GD)、单倍型多样性(haplotype diversity,HD)及单体型辨别能力(discriminative capacity,DC)。 GD、HD、DC 值的计算公式[2]:
其中Pi为各等位基因频率或单倍型频率;
其中Ndiff为单倍型种类数目,N为单倍型数。
2 结果与讨论
249名长沙汉族男性无关个体25个Y-STR基因座的等位基因频率及GD值见表1~2,其中DYS449、DYS385为多拷贝基因座,GD值最低为0.416 2(DYS391),最高为 0.9558(DYS385a/b)。25 个 Y-STR基因座中共检出247种单倍型,其中245种仅单个个体具有,2种单倍型检出了2次。HD为0.9998,DC为0.9920。
表1 长沙汉族男性群体25个Y-STR基因座的等位基因频率分布 (n=249)
表1(续)
表2 25个Y-STR基因座在长沙汉族男性群体中的GD值 (n=249)
25个 Y-STR基因座中,除 DYS391、DYS388、DYS437、DYS438基因座外,其余GD值都大于0.5,占84%,GD值大于0.6的达到76%,说明选用试剂盒包含的25个Y-STR基因座在长沙汉族男性个体人群中具有较好的多态性与识别能力[3],能满足父系遗传鉴定的要求,也能够满足该地区Y-STR家系数据库建设的要求。
[1]刘烁,叶健.2016法医遗传学进展[M].北京:中国人民公安大学出版社,2016:6.
[2]COBLE M D,HILL C R,BUTLER J M.Haplotype data for 23 Y-chromosome markers in four U.S.population groups[J].Forensic Sci Int Genet,2013,7(3):e66-e68.
[3]孙凯臻,彭珊,刘超,等.广东汉族群体24个Y-STR基因座的多态性及突变率[J].中国法医学杂志,2014,29(6):514-518.