APP下载

基于Comsol Multiphysics的微沟道式细胞分选仪研究

2018-03-10郑陈张仁杰

软件导刊 2018年2期
关键词:主通道偏移量粒子

郑陈+张仁杰

摘 要:细胞分选仪可以分析患者的病情,准确而快速的分析能够使患者得到及时治疗。目前常用的细胞分选仪以流式细胞分选仪为主。随着医学界对细胞筛选、分离等能力要求的不断提高,其对细胞分选仪的精确度和运行速度提出了较高要求,并向小型化、集成化方向发展。因此,微沟道式细胞分选仪的理论研究备受瞩目。微沟道式细胞分選仪在提取细胞的基础上,把细胞按照需要筛选到不同试管内,以方便进一步分析与鉴定;通过Comsol Multiphysics软件的仿真环境,对微沟道式细胞分选仪的分选过程作必要的理论分析,并对细胞分选过程作模拟和定性分析。

关键词:细胞分选;细胞筛选;小型化;微沟道;Comsol Multiphysics

DOIDOI:10.11907/rjdk.172236

中图分类号:TP319

文献标识码:A 文章编号:1672-7800(2018)002-0128-03

0 引言

目前细胞分选仪主要向小型化、集成化、模块化发展,具体来说就是性能变得更加可靠,机身小巧,方便运输。尤其在机器运行操作方面有了很大改进,主要向简化操作、易于控制等方面发展。即使是初学者,也可以在很短时间内掌握操作方法,从而大大提高可操作性,为医院节约成本作出了巨大的贡献。在系统信息采集方面,由于传感器等电子行业的快速发展,系统采集信息的能力大幅提高,同时整体的灵敏度和分辨率提升[1]。机器从装配、控制、信息采集、获取到分析的过程都可以轻松掌控。

总的来说,细胞分选仪主要包含3个模块:流体控制、光学检测和分选模块。作为用于临床诊断和生物医学研究的重要设备,流式细胞仪在医学界不可或缺。在血液细胞计数、荧光蛋白的筛选等领域有着重要的应用。从本质上说,当细胞流过毛细管时,细胞被控制一个接一个通过导管,此时流式细胞仪通过对细胞散射和发出的荧光识别不同标记的细胞,经常选择模块进入不同试管中(见图1)。

具体来说,流体控制系统就是当悬浮液细胞进入导管单元时,细胞以近似匀速的速度一个接着一个流过流动室。流动室是流体控制系统的核心部分,是由样品管、鞘液管和喷孔等3个部分组成,流动室通常是由光学玻璃或石英等透明且稳定的材料精密制成[2]。而样品管的主要作用是存储细胞样品,细胞悬液在流室内的压力作用下进入样品管,经鞘液管向喷孔流去。因为要控制流体的流动速度,以方便准确测量,所以在通常情况下,悬浮液流速需要控制在适当的范围内。经过多年努力,人们已经能够快速、 准确处理细胞样本,而规模、复杂性和成本也在优化与减少,使得流式细胞仪变得越来越成熟。

由于技术的不够成熟,目前细胞分选仪设备比较大,因此,随着科技的进步,科学家们把目光投向了微电子行业,进一步实现元器件集成化、小型化。从而使流式细胞仪在分析速度上可以达到每秒检测5 000~10 000个细胞,且能区分仅有5%差别的细胞。多参数的检测与可调,从而使得流式细胞分选技术能应用到更多的临床实践中。而微沟道式细胞分选仪的另一个重要组成部分即为光学检测系统,光学检测系统是由一个或多个激光器的不同波长探测器、高灵敏度的光电倍增管(PMT)与非常复杂昂贵的光学器件等组成,这些光学器件精度非常高。大多数情况下,光学检测系统通过对细胞的光散射和荧光检测收集信号,经信号处理确定细胞的位置。光学检测系统可以同时多渠道收集细胞,允许多种颜色测定,为用户提供了更具选择性的检测能力[3]。

1 Comsol Multiphysics简介

Comsol Multiphyscis主要用于模拟多个物理场的叠加模拟效果。它提供了诸多完善的物理场,是一款大型的高级数值仿真软件,被应用于各学科的研究及工程计算中,模拟科学、工程领域的各个物理过程。

Comsol Multiphysics最初起源于MATLAB的一个工具箱(Toolbox),后改名为Femlab1.0,这个名称一直延续到Femlab3.1版。从3.2版本开始,正式更名为Comsol Multiphysics,一直更新到目前常用的4.4版本。本文所用的版本正是4.4版。Comsol Multiphysics软件可以仿真零维,一维、一维轴对称,二维、二维轴对称,三维。Comsol Multiphysics软件发展至今,已经具备了许多常用的专业模块:AC/DC模块(AC/DC Module)、热传模块(Heat Transfer Module)、化学反应工程模块(Chemical Reaction Engineering Module)、结构力学模块(Structural Mechanics Module)、微流模块(Microfluidics Module)、多孔介质流模块(Subsurface Flow Module)、声学模块(Acoustics Module)、管道流模块(Pipe Flow Module)、材料库(Material Library)等。

2 模型创建

在建立之前要在脑海中大致有个轮廓,由于微沟道式细胞分选仪在理论上应该是2~3个分选通道、一个主通道,称为inlet1,用来释放需要筛选的细胞[4];在主通道的旁边有一个与之垂直的分通道,此通道是可控的压力通道,称为inlet2。Inlet2通道的主要作用是用来改变下落细胞的轨迹,从而使得细胞按照预设想进入需要收集的试管中,因此,在主通道的下方有3个分通道,从左往右分别为outlet1、outlet2、outlet3。具体操作:绘图区域Graphics,所要绘制图形是一个倒树状图,要预设好各个通道的相关参数,将主通道(inlet1)的高度设置为200um,宽度为100um;副通道(inlet2)宽度为80um,高度为40um;3个出口(outlet)的宽度都为30.216 95um,左右两边通道分别倾斜3/4π、π/3。经绘制可以得到图2。endprint

Practical Tracing是Comsol Multiphysics的粒子示踪功能,它可以用来模拟细胞在主通道内的运动情况,并可以根据制作者的要求显示出不同效果。图3是在主通道速度(inlet1)设为0.000 001m3/s、副通道(inlet2)速度为零时粒子的轨迹。

当在副通道加上速度或者压力时(inlet2),粒子的轨道将与所给速度或压力的方向有关,当给inlet2一个很小的速度时,可以观察到粒子在轨道变化。可以根据需要变化不同的物理量来研究粒子在轨道内的下落轨迹[5-7],研究各物理量之间的关系。

3 模拟结果

在细胞分选时,人为控制细胞从何时开始进入哪个管中,需研究各个量对细胞运行轨迹的影响。首先,当主管道inlet1流速一定时,随着inlet2压力的改变,用流速代替研究粒子在管道中运动的情况。先给粒子一个固定且适当的起始位置以及初速度,得到粒子的运动轨迹如图4。

以(0,0)点为起点,纵坐标设置为inlet2与inlet1的速度之比,横坐标设为粒子相对于中心位置(23.5,0)的偏移量,得到数据如图5所示。

X=33.3和X=66.7分别是粒子左和右管道的分界线。粒子落在左通道,随着通道inlet2的速度不断减小,粒子相对于中心位置的偏移量也在不断减小,且当inlet2有一个很小的增量时,粒子偏移量就会有一个显著的变化。粒子落在中心通道,当粒子位置在(33.3,50)之间时,粒子的位置随着inlet2速度的改变,位移量有较小的变化;在X=50时,inlet2的速度向相反方向增大;当粒子处在(50,66.7)时,inlet2的速度有一个很小的变化,粒子位移量都会有显著的变化。当粒子落在右边的通道时,这种显著变化依然存在。当inlet1的速度大小是inlet2反向速度大小的2倍时,粒子将打到inlet2管壁口。因此inlet2的反方向速度在选取时要精确控制,对于速度之比的分辨率要求非常高。

当粒子位置固定,inlet2与inlet1速度为定值时,改变通道inlet2到分叉口的距离如图6所示。

对图6进行数据采集,把采集到的数据用Excel绘制成横坐标为inlet2到分叉口处的距离,纵坐标为粒子相对于横坐标(23.5,0)偏移量的散点图(见图7)。

从图7可以看出,随着inlet2位置的改变,粒子位移量几乎不变。可以取3个点来说明为什么粒子位移量变化很小,或者几乎不变。首先,取inlet2管道位于最上侧,当粒子从入口inlet1刚进入时,在现实应用中,粒子做的是自由落体运动,而inlet2所提供的速度数量级在1E-10,相对于自由落体获得的速度要远远小得多,粒子会以极快速度通过inlet2的加速区域,因此粒子所获得的横向速度很小,可以说几乎为零。因此粒子的偏移量很小。其次,当inlet2位于中间或者下侧时,由于自由落体,使得粒子自身的速度成指数倍增长。因此,改变inlet2的位置获得粒子位置的改变并不是最理想的方法;移动的inlet2不能保证与主通道之间的密闭性,对于像细胞分选仪这样高精度的仪器来说是不允许的。而且在仪器制造时,生产工艺复杂,成本高。因此,不提倡以这样的方法获得粒子的偏移量。

将inlet1与inlet2速度之比、inlet2的位置都設为定值。改变粒子在中心位置到交叉处的距离,统计数据,以粒子到分叉口处的距离为横坐标,以粒子相对于中心位置偏移量为纵坐标。由Excel绘制散点图如图8所示。

从图8可以看出,当粒子远离分叉口时,粒子的偏移量在不断增加。当粒子远离分叉口120um左右时,粒子的偏移量趋向一个定值[8-9]。

假定细胞在管道中不是以自由落体的形式下落,忽略了细胞或者粒子自身的因素,如粘着度、大小、形状等。在给定粒子一定下落速度的前提下,分别对粒子的位置、副通道口inlet2的位置以及inlet1与inlet2两个通道的速度之比等条件进行了考察。经过试验分析可知,当细胞或者粒子位置一定时,侧通道(inlet2)所给速度的大小将影响细胞或者粒子的分选方向。侧通道(inlet2)所给速度越大,粒子或者细胞就会落入左下方通道,但与此同时,速度不能超过一定的值,否则细胞或者粒子将打到主通道壁上,以至于影响细胞或粒子的收集速度与数量[10]。

此外,要注意左右通道与中间通道的临界点,对于左通道,因为粒子随着侧通道(inlet2)所给速度的增加,粒子的偏移量适中,即分辨率可调性更强,因此,操作时尽量让粒子或细胞落在左通道的中间位置。对于中间通道门,可以让粒子或细胞自由落下,不予以人工干预就可以达到收集目的。对于右边的通道,灵敏度比较小,可调性比较低,很小的速度变化就会使得细胞或粒子有极大的偏移量。通过此次试验,可以看到,在微沟道式细胞分选仪还不是很普及的今天,要想获得精度较高的细胞分选仪,一方面要从细胞的预处理方面下工夫,另一方面要加强对仪器的小型化、集成化研究[11]。一门学科的发展离不开其它学科的支持,尤其是电子、材料、光学等方面的突破,都会为微沟道式细胞分选的进步与发展提供强有力的支持,因此,只有与其它学科相互推进,才能更好地发展。

参考文献:

[1] TUNG, Y C. PDMS-based opto-fluidic micro flow cytometer with two-color, multi-angle fluorescence detection capability using PIN photodiodes[J]. Sensors and Actuators B-Chemical,2004,98(2-3):356-367.

[2] MAO, X L. Single-layer planar on-chip flow cytometer using microfluidic drifting based three-dimensional (3D) hydrodynamic focusing[J]. Lab on a Chip,2009,9(11):1583-1589.

[3] SHAPIRO, H M. Practical flow cytometry 4th ed[M]. New York:Wiley-Liss Inc.,2002.

[4] 马学恩.用微沟道式细胞计数仪检测鸡淋巴细胞亚群[J].内蒙古古畜科学,1994,78:38-42.

[5] 姚波,冯雪,罗国安,等.微流控芯片系统流式细胞术及单细胞荧光检测[J].高等学校化学学报,2005,26:40-43.

[6] JACOBSON, S C, RAMSEY J M. Electrokinetic focusing in microfabricated channel structures[J]. Analytical Chemistry,1997,69(16):3212-3217.

[7] Lee, G B. The hydrodynamic focusing effect inside rectangular microchannels[J].Journal of Micromechanics and Microengineering,2006,16(5):1024-1032.

[8] 岳保红,孙晓莉.正确认识流式细胞术在血液肿瘤诊断中的价值与作用[J].中华临床医师杂志(电子版),2013(12):5201-5205.

[9] 陈实.用于微流体芯片的PDMS被动式微混合器研究[D].上海:上海交通大学,2007.

[10] 林秉承,秦建华.微流控芯片实验室[M].北京:科学出版社,2006.

[11] 林秉承,秦建华.图解微流控芯片实验室[M].北京:科学出版社,2008.endprint

猜你喜欢

主通道偏移量粒子
基于格网坐标转换法的矢量数据脱密方法研究
宁波舟山港主通道项目全线建成通车
品质工程的浙江范本
——浙江舟山港主通道百年品质工程建设的理念与措施
基于粒子群优化的桥式起重机模糊PID控制
试论快修式倒虹吸系统
基于粒子群优化极点配置的空燃比输出反馈控制
搅拌针不同偏移量对6082-T6铝合金接头劳性能的影响
基于最小二乘平差的全极化SAR配准偏移量估计方法
浅谈第六代超深水钻井船逃生路线的设计
基于Matlab的α粒子的散射实验模拟