牦牛和普通牛DRB1 Intron 1-exon 2序列变异分析

田知利，陈 杰，胡 江，罗玉柱，刘 秀，李少斌，郭淑珍，牟永娟

（1.甘肃农业大学动物科学技术学院，甘肃省草食动物生物技术重点实验室，甘肃兰州 730070；2.甘南州畜牧科学研究所，甘肃合作 747000）

牦牛和普通牛DRB1Intron 1-exon 2序列变异分析

田知利1，陈 杰1，胡 江1，罗玉柱1，刘 秀1，李少斌1，郭淑珍2，牟永娟2

（1.甘肃农业大学动物科学技术学院，甘肃省草食动物生物技术重点实验室，甘肃兰州 730070；2.甘南州畜牧科学研究所，甘肃合作 747000）

为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料，通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异，分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变，第2外显子区检测到17处SNPs，两区域均表现为高度多态；单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象，A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高；聚类分析表明，牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高，系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富，可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。

牦牛；普通牛；DRB1基因；Intron 1；Exon 2；多态性

主要组织相容性复合体（Major histocompatibility comp lex，MHC），是由紧密连锁的高度多态基因座组成的染色体上的一个遗传区域，其编码产物MHC抗原为一类细胞表面转膜蛋白，在抗原识别与呈递、免疫应答与调控等方面起着非常重要的作用，动物对许多疾病的抗病性均与MHC有关［1］。Amorena等［2］1978年首次报道牛MHC并命名为牛白细胞抗原系统（Bovine lymphocyte antigen，BoLA）。BoLA位于牛第23号染色体上，分为Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类基因，其中Ⅱ类基因a区包括有表达功能的DR和DQ基因家族，b区包括一些未知功能的DYA、DIB和DOB基因。牛BoLA与乳腺炎［3］、体细胞数［4］、持久性淋巴增多症［5］、嗜皮菌病［6］及口蹄疫［7］等疫病相关。分析BoLA基因对某些疫病的影响是确定牛抗病性分子标记的重要方法之一。

许多物种DRB1基因具有丰富的多态性。赖淑苹等［8］在中国西北地区汉族、回族、维吾尔族、藏族人HLA-DRB1基因分别检测到29，32，27，31种等位基因，Konnai等［9］在萨福克、切维厄特、考力代绵羊DRB1基因第2外显子区共发现35个等位基因，Gruszczyńska等［10］也发现Heath绵羊和Low land绵羊DRB1基因第2外显子有明显的多态性。DRB1基因在动物抗病育种、亲缘鉴定、个体识别等领域具有广泛应用，温青娜等［11］研究表明新疆哈萨克羊DRB1基因突变与细粒棘球蚴病具有较强的相关性，李莉等［12］将HLA-DRB1基因分型芯片应用于法医物证方面的研究。牛DRB1基因属BoLA家族Ⅱ类基因，全长8 752 bp，由6个外显子和5个内含子组成。牛DRB1基因为假基因［13］，而对其研究报道较少。

牦牛是青藏高原及周边高寒牧区特有牛种，也是当地农牧民的重要生产、生活资料。牦牛选育程度较低，生产性能不高，但其抗逆性强，对青藏高原高寒、少氧的环境有良好适应性。近年来，对牦牛分子遗传方面的报道较多，但对其MHC遗传及作用机理方向研究较少，DRB1基因研究未见报道。本试验采用PCR-SSCP方法，检测和分析不同牦牛类群BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子区域部分序列的碱基突变，分析各群体该基因检测区域分子遗传特征及多态性，旨在为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学数据。

1 材料和方法

1.1 试验动物及血样采集

试验动物为甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛（秦川牛及其杂种牛），其中甘南牦牛421头，天祝白牦牛174头，青海牦牛95头，大通牦牛36头，普通牛82头。颈静脉采血，酸性柠檬酸葡萄糖溶液抗凝，-20℃冻存，部分血样用FTA卡保存。

1.2 基因组DNA提取

冻存血样采用常规苯酚-氯仿抽提法提取基因组DNA。FTA卡保存血样参考Zhou等［14］两步法提取基因组DNA。

1.3 引物设计和PCR扩增

参考普通牛DRB1基因序列（GenBank No：LOC_ 101903005），用Primer3软件设计特异性引物P1和P2（表1），分别扩增牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子及第2外显子部分区域，引物由北京六合华大生物科技有限公司合成。

表1 引物信息Tab.1 Prim er in form ation

PCR反应总体积20μL，各成分用量（终浓度）：基因组DNA（50 ng/μL）0.8μL（或FTA卡1.2 mm血样圆片1个），Taq预混酶11μL，上下游引物（0.25μmol/L）各0.4μL，ddH2O为7.4μL（若用FTA卡血样时，ddH2O为8.2μL）。

PCR反应条件：94℃预变性5 min；94℃变性30 s，63℃退火30 s（P1和P2引物退火温度相同），72℃延伸30 s，循环35次；72℃延伸7 min。PCR扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测，于4℃保存。

1.4 PCR-SSCP检测

PCR管内加入PCR产物3μL，变性上样缓冲液（98%去离子甲酰胺、0.025%二甲苯氰、0.025%溴酚蓝、10 mmol/L EDTA）8μL，98℃变性10 min，迅速冰浴5 m in，上样于非变性聚丙烯酰胺凝胶（Acr∶Bis=39∶1），0.5×TBE缓冲液电泳。电泳完成后用银染法［15］染色并判定基因型。P1和P2引物最佳SSCP电泳条件见表2。

表2 SSCP电泳条件Tab.2 SSCP electrophoresis conditions

1.5 等位基因序列测定

检测到的等位基因存在于纯合型个体，应用其PCR扩增产物直接测序以确定相应等位基因序列；如检测到的等位基因仅存在于杂合个体，参考Hu等［16］方法切胶测序。序列测定由生工生物工程（上海）股份有限公司完成。

1.6 数据统计分析

等位基因核苷酸序列比对应用DNAMAN软件完成，基因型频率、等位基因频率、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和杂合度（He）用Popgene32软件计算，利用PIC软件计算多态信息含量。

2 结果与分析

2.1 PCR扩增结果

P1和P2引物分别扩增甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列，扩增产物琼脂糖凝胶检测结果见图1。2对引物均获得较好的扩增效果，产物片段大小均在预期的范围内，没有出现非特异扩增条带，可以进行SSCP检测。

图1 DRB1基因P1（A）和P2（A1）引物PCR产物琼脂糖检测Fig.1 Agarose gel check of the PCR am p licons of DRB1 gene w ith P1（A）and P2（A1）p rim ers

2.2 DRB1基因第1内含子及第2外显子SSCP检测结果

各类群牦牛及普通牛DRB1基因P1及P2引物PCR产物PCR-SSCP检测结果分别见图2，3。P1引物扩增区域检测到A、B、C和D这4种等位基因，对应AA、AB、BB、AC、BC、CC和DD 7种SSCP带型（基因型）。P2引物扩增区域检测到A1、B1、C1、D1、E1、F1、G1、H1和I19种等位基因，对应11种SSCP带型（基因型），其中等位基因E1和I1只存在于杂合子中。

图2 DRB1基因P1引物扩增产物PCR-SSCP检测Fig.2 SSCP analysis for PCR am p licons of P1 p rim ers

图3 DRB1基因P2引物扩增产物PCR-SSCP检测Fig.3 SSCP analysis for PCR am p licons of P2 prim ers

2.3 DRB1基因等位基因序列比对分析

各类群牦牛及普通牛DRB1基因P1及P2扩增区域等位基因序列比对分析结果分别见表3，4。同普通牛DRB1基因序列（GenBank No：LOC_101903005）比对，P1引物扩增区域检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变；P2引物扩增区域共检测到17处SNPs，包括9处颠换、6处转换和2处颠换和转换共存位点。

表3 牦牛及普通牛DRB1基因P1引物扩增区域等位基因序列分析Tab.3 Variations of P1 am p lification in yak and cattle DRB1 gene

表4 牦牛及普通牛DRB1基因P2引物扩增区域等位基因序列分析Tab.4 Variations of P2 am p lification in yak and cattle DRB1 gene

2.4 DRB1基因遗传多态性分析

2.4.1 基因型频率和基因频率 牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子和第2外显子基因型频率和等位基因频率分别见表5-7。

在牦牛及普通牛群体中，P1引物在第1内含子区检测到等位基因B频率0.361～0.481为优势等位基因；甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛和普通牛基因型BB频率0.236～0.391为优势基因型，而大通牦牛基因型AB频率0.472为优势基因型；与其他牦牛群体相比，大通牦牛未检测到BC基因型个体。

表5 牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子基因型频率和等位基因频率Tab.5 Genotype and allele frequency in intron 1 of DRB1 in yak and cattle

表6 牦牛及普通牛DRB1基因第2外显子基因型频率Tab.6 Genotype frequency in exon 2 of DRB1 gene in yak and cattle

P2引物在DRB1基因第2外显子区检测到等位基因在牦牛及普通牛群体间分布不均衡，甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛和普通牛检测到9种等位基因A1～I1，而大通牦牛没有检测到等位基因C1；大通牦牛未检测到C1C1、G1G1和H1H1基因型个体，甘南牦牛和青海牦牛未检测到G1G1基因型个体。青海牦牛、天祝白牦牛等位基因A1频率0.188和0.279分别为优势等位基因，而甘南牦牛、大通牦牛及普通牛等位基因B1频率0.251～0.285为优势等位基因；除天祝白牦牛A1A1频率0.184和青海牦牛F1G1频率0.189为优势基因型外，其他各类群牦牛和普通牛A1B1频率0.175～0.266为优势基因型。

表7 牦牛及普通牛DRB1基因第2外显子等位基因频率Tab.7 A llele frequency in exon 2 of DRB1 gene in yak and cattle

2.4.2 DRB1基因纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 DRB1基因P1和P2引物扩增区域纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量分别见表8-9。通常用遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC）来评价群体的遗传变异，遗传参数不同，相应的群体遗传特征也会有差别。P1引物扩增区域各类群牦牛及普通牛遗传杂合度为0.218～0.583，PIC值0.575～0.651为高度多态，甘南牦牛和青海牦牛卡方值均达到显著水平，偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P＜0.01）。P2引物扩增区域各类群牦牛和普通牛群体遗传杂合度0.357～0.639，PIC值0.790～0.860为高度多态，甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛和普通牛卡方值均达到显著水平，偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P＜0.01）。大通牦牛DRB1基因两扩增区域卡方值均未达到显著水平，即处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）。

表8 牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子多态信息量、纯合度、杂合度和有效等位基因数Tab.8 PIC，Ho，He and Ne in intron 1 of DRB1 gene in yak and cattle

表9 牦牛及普通牛DRB1基因第2外显子多态信息量、纯合度、杂合度和有效等位基因数Tab.9 PIC，Ho，He and Ne in exon 2 of DRB1 gene in yak and cattle

表10 牦牛与其他6个物种DRB1基因第2外显子核苷酸序列同源性比较Tab.10 Hom ology com paring of nucleotide acid sequence of DRB1 exon 2 between yak and other 6 species %

2.5 不同物种DRB1基因第2外显子核苷酸序列同源性及系统发育分析

牦牛、普通牛、山羊等7个物种DRB1基因第2外显子核苷酸序列同源性分析见表10。牦牛与普通牛、山羊的同源性分别为97.49%，96.06%，与人、野猪、马和兔子同源性依次为87.46%，83.87%，80.65%，77.78%。7个物种DRB1基因第2外显子核苷酸序列的系统进化树见图4，牦牛与普通牛和山羊亲缘关系最近，与人、野猪、马和家兔亲缘关系依次渐远。不同物种DRB1基因核苷酸序列同源性及系统发育树与动物分类学一致。

图4 七个物种DRB1基因第2外显子核苷酸序列系统进化树Fig.4 Phy logenetic trees of nucleotide sequences from exon 2 of DRB1 gene am ong 7 species

表11 牦牛及普通牛DRB1基因intron 1-exon 2单倍型及频率Tab.11 Hap lotype frequency of DRB1 intron 1-exon 2 in yak and cattle

2.6 牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子与第2外显子单倍型连锁分析

牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子与第2外显子单倍型连锁分析见表11。单倍型连锁分析发现21种单倍型组型，少于理论上该组型（P=4× 9=36），说明DRB1基因第1内含子与第2外显子存在连锁不平衡现象。各组单倍型中，B-B1频率最高为0.127，其次为单倍型A-A1、A-B1和B-A1分别为0.112，0.101，0.098，频率最低的单倍型D-G1为0.007。4种主要单倍型频率在各类群牦牛和普通牛有所不同（表12）。

表12 牦牛及普通牛DRB1基因4种主要单倍型频率Tab.12 Four m ain hap lotypes frequency of DRB1 gene in yak and cattle

3 讨论与结论

牦牛及普通牛DRB1基因多态性丰富。本试验在各类群牦牛和普通牛群体中，DRB1基因第1内含子区发现4个SNPs及1处插入/缺失突变，第2外显子区检测到17个SNPs位点，第1内含子及第2外显子区均为高度多态。李少斌［17］报道藏绵羊DRB1基因第2外显子发现31个等位基因，70个核苷酸多态位点。温青娜等［11］报道新疆哈萨克绵羊DRB1基因第2外显子发现15个等位基因和37种基因型。王佳泰等［18］报道河西绒山羊DRB1基因第2外显子发现26个等位基因，存在71个核苷酸变异位点。以上试验均与本试验对牦牛该基因的检测结果类似。

DRB1基因第2外显子多态性在不同物种间差别较大。杨清芳等［19］检测了人、野猪、狗、驼鹿、绵羊5个物种DRB1基因第2外显子突变，发现不同物种的多态位点也不相同，其中野猪DRB1基因核苷酸变异最大，人类次之。陈月娥等［20］发现绵羊和人类的DRB1基因第2外显子均存在丰富的多态性且有14个SNPs位点相同，但人类的多态性比绵羊丰富。贾斌等［21］对多浪羊和中国美利奴羊DRB1基因多态性进行研究，发现两者多态性并不完全一致。

牛DRB1基因为假基因。假基因常位于基因家族中，序列上与活性基因相似，但不能转录或翻译生成成熟mRNA或蛋白质，或产生过早终止的无活性肽链，或由于错误的阅读框架形成无活性的蛋白质。目前研究发现假基因存在于多种生物基因组中，但基因数目在不同物种间存在明显差异，哺乳动物基因组中分布较多，特别是人类基因组中存在的假基因有上万条［22-23］。假基因不但具有调控同源功能基因的表达、调节蛋白质翻译和干预基因沉默机制等功能，而且假基因仍保持着真核生物的基因组流动性，对确定物种亲缘关系和进化距离有重要作用。另外，假基因大部分不能转录，导致其不能像正常基因一样经历进化选择，从而逃避了选择压力，往往容易积累突变。牛DRB1基因作为不表达的假基因，具有丰富多态性，为进一步研究其在基因表达调控、基因组进化、亲缘关系等方面的作用奠定理论基础。

DRB1基因第1内含子和第2外显子间存在单倍型连锁不平衡现象。单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型，其数量少于理论值，且单倍型频率分布不平衡。Hick ford等［24］报道了绵羊MHC classⅡ区DQA1与DQA2基因存在单倍型连锁现象。成述儒［25］对藏绵羊DQA1、DQA2和DRB3基因多态性进行研究，发现这3种基因两两之间及三者之间的单倍型数均低于理论值，而且单倍型频率分布极不均匀，表明DQA1、DQA2和DRB3基因间存在单倍型连锁不平衡现象。张洪波等［26］对西北地区汉族群体HLA-A、-B、-DRB1基因座进行单倍型研究，发现三者之间组成的单倍型数低于理论值，且分布不均匀。上述试验均与本试验结果类似。

系统发育分析表明，牦牛与普通牛、山羊在DRB1基因第2外显子区域同源性为97.49%和96.06%，与人、野猪、马和家兔亲缘关系依次渐远，符合郭松长等［27］将牦牛归为牛属中的一个亚属或一个种的结论。

牦牛及普通牛BoLA-DRB1基因多态性丰富，第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变，第2外显子区检测到17处SNPs，两区域存在21种单倍型组型且表现为单倍型连锁不平衡。但因牛BoLA-DRB1基因为假基因，对其遗传特征研究较少，且缺乏牦牛疫病及抗逆性表型数据，因此该基因突变对牦牛抗逆性及其他性状的影响仍需进一步研究。

［1］ 孙东晓，张 沅.反刍家畜主组织相容性复合体的研究进展［J］.中国畜牧杂志，2002，38（5）：46-47.

［2］ Amorena B，Stone W H.Serologically defined（SD）locus in cattle［J］.Science，1978，201（4351）：159-160.

［3］ Park Y H，Joo Y S，Park J Y，et al.Characterization of lymphocyte subpopulations and major histocompatibility complex haplotypes of mastitis-resistant and susceptible cows［J］.Journal of Veterinary Science，2004，5（1）：29-39.

［4］ Wu X X，Yang Z P，Wang X L，et al.Restriction fragment length polymorphism in the exon 2 of the BoLA-DRB3 gene in Chinese Holstein of the South China［J］.Journal of Biomedical Science and Engineering，2010，03（02）：221-225.

［5］ Aida Y，Takeshima SN，Matsumoto Y，et al.Bovine MHC class IIDr molecule plays a key role in Bovine leukemia virus（BLV）-induced lymphoma［J］.Retrovirology，2011，8（1）：1-1.

［6］ Maillard JC，Berthier D，Chantal I，et al.Selection assisted by a BoLA-DR/DQ haplotype against susceptibility to bovine dermatophilosis［J］.Genetics，Selection，Evolution，2003，35（l 1）：193-200.

［7］ Pandya M，Rasmussen M，Hansen A，et al.A modern approach for epitope prediction：identification of foot-andmouth disease virus peptides binding bovine leukocyte antigen（BoLA）class I molecules［J］.Immunogenetics，2015，67（11/12）：691-703.

［8］ 赖淑苹，任惠民，胡海涛，等.中国西北地区汉、回、维、藏民族HLA-DRB基因多态性的研究［J］.遗传学报，1999，26（5）：447-457.

［9］ Konnai S，Nagaoka Y，Takeshima S，et al.Sequences and diversity of 17 new Ovar-DRB1 alleles from three breeds of sheep［J］.European Journal of Immunogenetics，2003，30（4）：275-282.

［10］ Gruszczyńska J，Brokowska K，Charon K M，et al.Restriction fragment length polymorphism of exon 2 Ovar-DRB1 gene in Polish heath sheep and Polish lowland sheep［J］.Journal of Applied Genetics，2005，46（3）：311-314.

［11］ 温青娜，贾 斌，申 红，等.哈萨克绵羊MHC-DRB1基因SSCP多态性与细粒棘球蚴病遗传抗性关联分析［J］.中国人兽共患病学报，2010，26（9）：805-809.

［12］ 李 莉，李成涛，柳 燕，等.HLA-DRB1基因分型芯片的法医物证学应用价值研究［J］.法医学杂志，2004，20（2）：81-84，87.

［13］ 亢孝珍，额尔敦木图，姜建强，等.主要组织相容性复合体（MHC）基因研究进展［J］.中国畜牧兽医，2014，41（5）：28-33.

［14］ Zhou H，Hickford JG，Fang Q.A two-step procedure for extracting genomic DNA from dried blood spots on filter paper for polymerase chain reaction amplification［J］. Analytical Biochemistry，2006，354（1）：159-161.

［15］ Byun SO，Fang Q，Zhou H，et al.An effectivemethod for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels［J］.Analytical Biochemistry，2009，385（1）：174-175.

［16］ Hu J，Zhou H T，Smyth A，et al.Polymorphism of the bovine ADRB3 gene［J］.Molecular Biology Reports，2010，37（7）：3389-3392.

［17］ 李少斌.放牧型羔羊肉生产优化杂交组合筛选和藏绵羊DRB1基因第2外显子多态性分析［D］.兰州：甘肃农业大学，2010：45-47.

［18］ 王佳泰，王继卿，胡 江，等.河西绒山羊GOLA-DRB1基因第2外显子变异特征分析［J］.生物技术通报，2011（12）：132-138.

［19］ 杨清芳，李祥龙，周荣艳，等.不同物种MHC-DRB1基因外显子2生物信息学分析［J］.黑龙江畜牧兽医，2010（13）：11-13.

［20］ 陈月娥，李建华，苟亚峰，等.绵羊和人主要组织相容性复合体DRB1基因外显子2多态性及生物信息学分析［J］.中国畜牧兽医，2014，41（4）：66-70.

［21］ 贾 斌，申 红，余智勇，等.多浪羊和中国美利奴羊MHC-DRB1基因多态性与包虫病的遗传易感性［J］.中国人兽共患病学报，2007，23（10）：1004-1008，1012.

［22］ Harrison PM，Hegyi H，Balasubramanian S，et al.Molecular fossils in the human genome：identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22［J］. Genome Research，2002，12（2）：272-280.

［23］ Zhang Z，Harrison PM，Liu Y，et al.M illions of years of evolution preserved：a comprehensive catalog of the processed pseudogenes in the human genome［J］.Genome Research，2003，13（12）：2541-2558.

［24］ Hickford J，Zhou H，Fang Q.Haplotype analysis of the DQA genes in sheep：Evidence supporting recombination between the loci［J］.Journal of Animal Science，2007，85（3）：577-582.

［25］ 成述儒.藏绵羊DQA1、DQA2和DRB3基因多态性与单倍型连锁分析［D］.兰州：甘肃农业大学，2010.

［26］ 张洪波，赖江华，李生斌.西北地区汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因座单倍型分析［J］.中华医学遗传学杂志，2005，22（4）：464-466.

［27］ 郭松长，刘建全，祁得林，等.牦牛的分类学地位及起源研究：mtDNA D-loop序列的分析［J］.兽类学报，2006，26（4）：325-330.

Sequence Variation at BoLA-DRB1Intron 1-exon 2 in Yak and Cattle

TIAN Zhili1，CHEN Jie1，HU Jiang1，LUO Yuzhu1，LIU Xiu1，LIShaobin1，GUO Shuzhen2，MU Yongjuan2
（1.Faculty of Animal Science and Technology，Gansu Agricultural University，Gansu Key Laboratory of Herbivorous Animal Biotechnology，Lanzhou 730070，China；2.Institute of Animal Husbandry Science of Gannan Prefecture，Hezuo 747000，China）

To accumulate more molecular genetics materials for revealing stress resistance and disease resistance breeding by testing the sequence variation at DRB1 gene and analyzing genetic parameters in detecting regionin in yak and cattle.Gannan yak，Qinghai yak，Tianzhu white yak，Datong yak and Cattle were used in this study.The polymorphism of intron 1 and exon 2 in BoLA-DRB1 gene were analyzed using PCR-single-strand conformational polymorphism.The results showed that 4 SNPs and 1 insertion/deletion mutation were detected in intron 1，and 17 SNPs were detected in exon 2，and they were highly polymorphism；Between these two regions，twenty-one haplotypes and the linkage disequilibrium phenomenon were found，and haplptypes A-A1，A-B1，B-A1and B-B1were most common in yak and cattle.The cluster analysis of DRB1 gene exon 2 showed that yak and other 6 species，cattle and goat were the highest on homology and the phylogenetic distance consistent with their genetic relationship. DRB1 gene intron 1 and exon 2 have high of sequence polymorphism，itmight be used as genetic marker in yak and cattle.

Yak；Cattle；DRB1 gene；Intron 1；Exon 2；Polymorphism

Q78 文献标识码：A 文章编号：1000-7091（2016）03-0072-08

10.7668/hbnxb.2016.03.011

2016-03-10

甘肃省杰出青年科学基金项目（1210RJDA008）；甘肃省农业生物技术研究与应用开发项目（GNSW-2013-9）作者简介：田知利（1989-），男，山东成武人，在读硕士，主要从事动物遗传育种与生产研究。

胡 江（1975-），男，甘肃秦安人，副教授，博士，主要从事牛遗传育种与生产研究。