杭州汉族人群17个STR基因座的遗传多态性调查及法医学应用*

2014-06-12商敬谦许一权侯一平

山东第一医科大学(山东省医学科学院)学报 2014年6期

商敬谦许一权侯一平

(1.四川大学基础医学与法医学院，四川成都 610041；2.杭州市公安局余杭分局，浙江杭州 311100)

短串联重复序列(short tandem repeats，STR)已经广泛应用于法医学的个人识别和亲子鉴定[1]。国内广泛使用的商品化试剂盒主要为CODIS系统的STR基因座，能够基本满足法医学个人识别和常规亲子鉴定的要求，但在一些复杂的亲权鉴定案件，如突变或二联体等情况下，还需要检测更多的STR基因座以提高鉴别能力。本研究采用应用AGCU 17+1 STR荧光标记复合扩增试剂盒中的17个STR基因座(D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、Penta E、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、D19S433、vWA、D5S818、FGA、D6S1043、D8S1179、D21S11、D18S51)对杭州汉族群体进行了群体遗传学调查。

1 材料与方法

1.1实验材料

506杭州汉族无关个体样本采集自杭州各地区，为实验室检案积累的唾液样本。

1.2实验方法

所有样本采用chelex-100法提取样本DNA。复合扩增按照AGCU 17+1 STR复合扩增试剂盒提供的操作指南配制反应体系和设置热循环参数。反应体系为10 μl，其中包括Reaction Mix4.0 μl，Taq酶0.3 μl, 引物2.0 μl，模板DNA1.0μl，去离子水4.0 μl。PCR热循环参数为：初始变性：95 ℃ 2 min.热循环：10个循环：94℃ 1 min,62 ℃ 1 min,72℃ 1 min.20个循环：90℃ 1 min,60 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min.终延伸：60 ℃ 60 min.保温：4 ℃ 维持。所有样本的扩增产物经3130XL遗传分析仪电泳分离，采用GeneMapper ID v3.2软件对电泳结果进行DNA分型分析。

1.3统计学分析

17个STR的基因型的等位基因数目采用直接计数法计算，等位基因频率、Hardy-Weinberg平衡检验、杂合度观察值(Ho)、杂合度期望值(He)、个人识别率(DP)和非父排除率(PE)均采用GenAlEx 6.05软件进行计算。

2 结果与讨论

所有样本在17个STR基因座上均得到了满意的分型结果，在D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、Penta E、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、D19S433、vWA、D5S818、FGA、D6S1043、D8S1179、D21S11、D18S51中分别检出8、9、9、9、21、6、6、11、9、13、9、10、17、12、10、17、17个等位基因，等位基因频率分布见表1。除FGA、D8S1179及D21S11外，其它基因座等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。17个STR基因座的杂合度观察值(Ho)为0. 5771～0. 9209，杂合度期望值( He)为0. 6112～0. 9164，个人识别率( DP) 为0.7894～0.9869，非父排除率( PE) 为0.4861～0.8228，见表2。累积个人识别率和累积非父排除率分别为0.999999999999999999996184739142和0.9999999955351207。