桑耶寺 西藏第一座寺庙

强巴次仁　卓　玛

驰名中外的桑耶寺，位于西藏山南地区扎囊县雅鲁藏布江北岸哈布日山西侧的桑耶镇，寺院周围河渠索绕、农田肥沃、树木葱茂。桑耶寺自创建至今已有一千多年的历史，它是藏族文物古迹中历史最悠久的著名寺院，是吐蕃时期最宏伟、最壮丽的建筑群。寺内珍藏和保存着白吐蕃王朝以来西藏各个时期的历史、宗教、建筑、壁画、雕塑等文化遗产。正如《贤者喜宴》所说：“此寺系一难以想像之建筑。此世间无以伦比之寺院”。

建寺背景及年代

众所周知，佛教起源于印度，正式传人西藏地区则是公元七世纪，吐蕃第三十二代赞普松赞干布(593～650年)时期。此前的藏区，土生土长的苯教文化已融入到藏民的生活习俗中。但是随着社会的发展变化，它不再适应统治阶级政权的需要。为了巩固吐蕃王朝的集权统治，松赞干布将佛教作为邻近国家的先进文化引入西藏，并采取扶持的态度，在迎娶尼泊尔尺尊公主和大唐文成公主后，兴建了大昭寺和小昭寺以及十二镇魔寺等，以削弱支持守旧贵族集团的苯教的影响。但由于佛教刚刚引人西藏还未能形成规模较大的宗教团体和僧侣队伍，佛教寺庙建筑也只是一些供奉佛像、佛经的小庙，并无常住僧人，更无合乎佛教戒律的仪式活动。

赤德祖赞(704～755年)时期，为增强与邻近国家的关系和援助，意欲弘扬佛法，采取了从唐朝迎娶金城公主、修建寺院、翻译佛经、邀请汉僧等一系列措施，但由于笃信苯教的贵族及苯教势力的阻挠，佛教还是未能得到真正的传播，赤德祖赞本人亦因此而遭暗算身亡。所以，从松赞干布至赤德祖赞期间，佛教虽然开始传播，但并来真正立足，依旧由苯教一统天下。

公元755年，年幼的赤松德赞继任赞普。此时，反对佛教的权臣在苯教徒的支持下，“挟天子，令天下”，操纵朝政，左右王室事务，发动第一次“禁佛运动”，宣布禁佛法令，驱逐外地僧人、焚烧佛教经典，将佛教寺院改为苯教寺，而统治阶级内部矛盾在这一时期日益恶化。直至赤松德赞年长亲政，决定利用佛教来巩固王室权益。他与亲信密议，用计除去了马尚·春巴杰和达扎路恭等为首的崇苯大臣，结束了权臣掌政的局面。之后派大臣遣韦·益西旺布(又名巴赛朗)等人到长安去取经并迎请汉僧，接着在巴赛朗大臣引荐下从印度那烂陀寺邀请印度著名佛学家寂护(约700～760年，藏译名“希瓦错”)到吐蕃传教，但由自然灾害及瘟疫的传播使寂护没能在吐蕃顺利传教。于是他建议赞普邀请邬仗那国的白玛炯乃(莲花生)大师进藏宣法。依靠强大的后盾，两位大师在吐蕃举办了一系列规模空前的传教活动，并决定兴建“三宝”(经、律、论)所依之桑耶寺，作为弘扬佛法的根本道场。

桑耶寺的建寺地点为莲花生大师所选定，整个结构布局由寂护设计，赤松德赞亲自奠基动工，并于建成后举行了隆重的开光仪式，同时从印度请来比丘12人。由寂护任堪布，为七位藏族人首次剃度授比丘戒，这是藏族佛教史上最早的出家僧侣，史称“七觉士”。但关于桑耶寺动工至竣工的年代历来众说纷纭，莫衷一是。《巴协》《西藏王臣记》认为“藏王(赤松德赞)卯年生，年届十三，时逢卯年(767年)修建寺庙。”至公元771年完工，仅五年时间。《贤者喜宴》说桑耶寺“兔年(763年)奠基，兔年(774年)竣工，十二年圆满告成。”布敦《佛教史大宝藏论》说阴火兔年(787年)奠，阴土兔年(799年)竣工。法尊法师在《中国佛教》中认为应是762～766年完成桑耶寺。王森先生在《关于西藏佛教史的十篇资料》中认为是“约于779年，建成了在西藏佛教史上著名的桑耶寺”。东嘎·洛桑赤列先生认为在公元763年始建桑耶寺，至766年建成，历时四年竣工。以上诸种观点，虽各不相同，但其建造年代都相差无几，皆在公元8世纪中叶。桑耶寺的建成和吐蕃本土僧侣的产生，标志着佛教初胜苯教，进而立足于吐蕃。

宏伟的建筑群

桑耶寺建筑规模宏大，殿塔林立，以金碧辉煌的“乌孜”大殿(乌孜仁松拉康)为主体，组成一座庞大、完整的建筑群，总面积约25000余平方米。整个寺院的布局，是按佛学思维中的“宇宙”的结构设计而成，一般认为是以古印度摩揭陀地方的欧丹达菩提寺(飞行寺)为蓝本；也有人认为，桑耶寺的建筑形式与佛教密宗的“坛城”(即曼陀罗)相似，是仿照密宗的曼陀罗建造的。在《西藏王统记》中对寺院总体布局有详细描述，认为位于全寺中心的“乌孜”大殿，象征宇宙中心的须弥山；“乌孜”大殿四方各建一殿，象征四大部洲；四方各殿的附近，各有两座小殿，象征八小洲；主殿两旁又建两座小殿，象征日、月；主殿四角又建红、绿、黑、白四塔，象征四大天王，以镇服一切凶神魔刹，防止天灾人祸的发生；而且在塔周围遍架金刚杵，形成108座小塔，每杵下置一台利，象征佛法坚不可摧。此外还有一些其它建筑，为护法神殿、僧舍、经房、仓库等。全部建筑又围上一道椭圆形围墙，象征铁围山，四面各开大门一座，东大门为正门。

“乌孜”大殿

“乌孜”大殿即“祖拉廉”，是桑耶寺的中心主殿。《贤者喜宴》上说“其地基高厚而大，所备之原材料静致完好，如同螺碗盛满玛瑙一般。”大殿建筑面积达6000多平方米，整个建筑坐西向东，殿高三层，式样别致，独具风格。每层殿堂的空间很高，一般在5.5～6米之间，而且第二、三层均在殿堂前建有低于大殿的宽敞阳台，这既使大殿内得到充足的光线，同时外观也显得更加壮丽大方。从远外眺望，大殿似五层楼房，实际只有三层，这三层各属不同的建筑风格。据有关文献记载，“乌孜”大殿的建筑汲取了西藏、内地和印度的构造风格。底层采用藏族建筑形式，中层采用汉族建筑形式，上层采用印度建筑形式。各层的壁画和塑像也都按照各自不同的法式进行绘画和雕塑。这种藏、汉、印合璧的建筑格调，在建筑史上是非常罕见的，所以有人据此又称桑耶寺为“三样寺”。

“乌孜”大殿还有两重围墙，外围墙范围最大、最壮观，四面各开一门。墙内有两层建筑，下层是宽敞的回廊，每边各有列柱两排，每排二十二根八棱柱，在四门廊处增柱一排，东西门廊为六柱，南北门廊为四柱。皆有石柱础，多呈覆碗形，石础上雕有覆莲瓣、升云纹、桃心、方框等，全为四对，与八棱形柱对称。回廊的墙壁上满绘壁画，尤以东大门内左侧的壁画珍贵，有杂技、舞蹈、体育等罕见内容。上层是僧舍，僧合前有一排方柱的回廊。内围墙规模较小，亦有两层建筑，上下层皆有一排方柱的回廊，只是下层西、南、北三面各有三间密室，上层三面还各有一大间五根列柱的库房。回廊满绘壁

画，内容丰富，题材广泛，技法高超，其中的西藏历史画卷是西藏历史发展的形象写照。

大殿底层分为前后两部分，前为经堂，后为佛殿。经堂面宽七间，进深四间，两侧各有塑像七尊，左侧为松赞干布、赤松德赞、唐东杰布和四尊祖师像；右侧七尊全为祖师像。经堂内悬挂着大小幡幢，多姿多彩、富丽唐皇。经堂与佛殿之间，有三道高大的殿门，门上有雕刻细腻的龙和升云纹等。围绕佛殿有一周回廊，回廊两壁满绘壁画。整个佛殿的地基抬高，殿内明柱十根，呈八棱形，皆有石柱础，前两排柱子几乎相并，间隔只有0.5米。柱头亦有繁褥的雕饰。天花板上根据时轮金刚、极乐世界绘成团花图案，壁画全为千佛像。佛殿后部及左右筑有厚达4，3米的隔墙，据说这是根据当时一位译师两臂伸直的距离所定的厚度，这些厚墙直通三层，反映了早期建筑坚固古朴的特点。佛殿主供一尊高大的释迦牟尼像，是用整块巨石雕刻而成。头戴高冠，内着僧祗支，外著袒右肩袈裟，手作指地印，结跏趺坐，像高3.9米，肩宽1.8米。在释迦像前方左右两边，各有泥塑菩萨五尊和护法神一尊，菩萨像高达4.2米。这些塑像都是早期作品，只是后来进行了修补设彩。佛殿后部列置经架，其上满置经书。

大殿中层相当于底层的后部佛殿，殿前有六根八棱形大柱的明廊。明廊南壁绘有莲花生传记画，北壁绘的是早期桑耶寺全景图。大门两侧为厚约1.3米的板壁夹墙，门上即是同样宽度的门楼。据说当时第一个来到桑耶寺的洛扎瓦大泽师就曾住在此门楼上。中层的建筑结构与底层后部佛殿完全～样，只是大花板的组织装饰不同。前排屋顶为直木椽，二间是红、兰、黄三色染成的人字栈棍，后三间则是红、兰、黄三色圆点组成的藻井图案，美观大方，别具风格。本殿主供三尊合金刚铜佛像，中间原为无量寿佛，现供为莲花生，两侧为寂护及藏王赤松德赞。殿内壁画均为“佛传故事”。大殿上层是五顶相峙，按印度法式建造。殿中主供大日如来佛像，两边陪塑眷属和八大菩萨，四角塑欢喜佛。上层在“文革”中被毁，1987年修复。这一层是按印度风格建造，内匝一周转经回廊，佛殿墙壁木框，框内嵌石板，上刻佛像，殿顶用复杂的斗拱支撑，因此据说这一层墙倒屋不塌，佛殿四面各设一门，内供五部如来，其中四尊各面向一个大门，大日如来则以坛城画形式绘于藻井之上，四周供奉四十八大成就者立像及护法神像。

另外，在“乌孜”大殿东大门前有一座格古康，意为展佛殿。格古康主体三层，西侧为高达七层的展佛墙。每年藏历一月五日和五月十六日，将巨幅释迦牟尼绣像挂在格古康的展佛墙上，让人们顶礼，是谓展佛。在“文革”时，展佛墙被拆毁，现只存主体建筑。

十二洲

桑耶寺以象征须弥山的“乌孜”大殿为中心，在东南西北四面分别建造江白林(东胜身洲)、阿雅巴律林(南赡部洲)、强巴林(西牛货洲)、桑结林(北俱卢洲)四座神殿，代表佛经上所谓四大洲，在四大洲的附近又建有参康林、参玛林、顿穷拉巴林、达角仓玛林、甲珠甲卡林、隆丹白萨林、桑丹林、那措扎扎林、白哈贡则林八座小神殿，代表所谓的八小洲，还有日、月两洲。这大小十二洲大多保存至今，只是由于年代久远、几次失火、几经废毁，多已失去本来面目。在《贤者喜宴》里对这一部分进行了详细描述：

关于建造其它诸佛殿情况，《巴协》记载道：“建有与论藏相符合的十二洲及曰、月(洲)等”。首先建造了以东胜身洲为模式的半圆形(佛堂)。在中间，将清净法院洲中的五尊能仁佛等主要塑像改为新月图画，并交由螺王顶髻者(管理护卫)。总之，在十二洲中，其中心各有一门，在转经路上各有二门。而在左右的两座附属洲中的智慧妙吉祥洲中，有七尊由皮革制成的妙吉祥等佛眷属佛像。还有门神阎王之两尊大威德佛像，以及妙吉祥庄严佛士像及《华严经》画图。这些均交火轮阎王(管理护卫)。在释名多室洲(或译作：众多证验洲)中有七尊能仁佛主要眷属画像及多种珍宝。其外部是僧侣餐室灶厨之地，这些均交予穿皮袍之龙王(管理护卫)。在南部诸佛殿中为三角形建筑，其中有伏魔密咒洲，内有能仁佛伏魔状之四塑像，中央部分为《十地经》图；而转经巡礼道上有《大摩尼宝髻经》图，此处交予邬魔天女(管理护卫)。再者，如前述之阿雅波罗洲，在该洲突出于墙壁的屋中塑有王者像‘尊，该像以旃檀为骨架，以安息香为塑像之肌肤，其外以银皮敷之。此外，该洲还有大本尊佛母神像，颇罗弥佛塔，《宝箧经》图，由漆布制成一千零二尊大女像，在转经巡礼道上画有“十地经》图。上述这些交予达摩热咱仙人八部眷属(管理护卫)。在印度洲中，有释迦尊者等印度风格的五尊主要眷属佛像、无量光佛像及集清净之画图。又在其前有译师之译场，每个门均可观察。这些均交予夜叉罗喉罗(管理护卫)。

在西面之三座圆形寺院(洲)中，其有毗卢遮那洲，内有铜制之毗卢遮那佛像。另有佛眷属四明妃画图、毗卢现证佛。这些均交予牛头夜叉(管理护卫)。在兜率仁慈洲中，有以弥勒佛为主之七佛眷属，另有两位大威德之画图。因行恶业，致使佛教衰落，自人寿十岁起，弥勒佛使之实行善事，由是人寿始增。此外，还有二十一位顶礼度母(画像)。再者，还画有以舅臣杰擦拉囊为工头所制作的桑耶寺图，还有悔罪之诸天众图，这些均交予穿有豹(纹)衣服的空行母(管理护卫)。在虚空静虑洲中，有毗卢父王之五种本尊加持者图，十六位佛眷属闻思图，《金光明经》及了义之道等图，这些均交予银首王(管理护卫)。在北方的三个四方形洲中的诸宝洲内，有能仁佛诸眷属，其间有如下画图：在兜率大为佛母讲经图、《报恩经》图等。这些均交予以藤圈为饰物的猞猁孙王(管理护卫)。

在发心菩提洲中，在其间的金刚年宫圣须弥山顶处，画有如下画图：以金刚杵、金刚撅及甘露漩明王三者解救灾难图，无碍莲花佛往游虚空，而有大乘心之诸众人向其请求消除障碍。并请具有十地慈心、金刚本性等等之四十二位佛为之发菩提心。

又，上述碍图之间，有十方佛为彼等加持祝福。以上所画渚惕，以及《宝云经》图，这些可往转经巡礼道上寻得，并能瞻观了知。上述诸图画均交予斯柯王及具有玫瑰步态的空行母所(护卫)。在宝库贝哈尔洲中，有以能仁佛为主之佛眷属图像及《父子相会经》画图。在突出于墙外的房屋之内，在其间的极为精巧的仓库之中，有保护(寺院经济)收入之账目文册的护法神。这些均交予贝嘎尔王管理护卫。在雅克厦前天神满贤房屋之中，有五位能仁佛主要眷属画图，另有千佛画图等，这些均交予天神满贤(管理护卫)。在雅克厦之下方，有天神善财之房室，其间

之塑像与图画相同，彼等均交予天神善财(管理护卫)，此即是日月洞。东面诸洲(寺院)，其色呈白水晶色，南面诸洲为兰琉璃色；西面诸洲为红玛瑙色；北面诸洲色黄，如天然之黄金。诸洲(建筑之)墙面均饰有水纹样之波纹。在装饰方面，在洁净的(墙)外表面上又绘制出大海。再者，在西面仓芝格如洲(神殿)之上屋，有阿阁黎菩提萨烦之寝室，象牙神殿、白色下殿及灶房，这些均交予手持珊瑚的夜叉管理。南面有水浴室，内部装以旃檀，下铺烧砖。其旁，为使人产生厌离之心，遂依‘洞伏骸髅诸象之所云画以图画，这些均交予持杖夜叉管理护卫。在北方之威力洲中，有八根树枝，这些均为将一堆刺糜树经过火祭之后形成，继之将八根树枝制成八条巨龙。在中间部位，建有白色金刚手做息静调伏之塑像，此外尚画有鱼、龟、水怪等画图。(见《西藏民族学院学报》1982年第二期，黄颢：《贤者喜宴》摘译七)。

白、红、黑、绿四塔及围墙四塔分别在“乌孜”大殿四角成直线的地方，塔与殿角相距数十米。据《贤者喜宴》记载，在十二洲人完工后，“又建白塔即大菩提塔，此塔以狮装饰，遂建成声闻之风格。(此工程)以许甫弥杰多日为工头，但其因瘟热病死去。于是许甫墀珍更赞复任工匠首领。此塔交予星面夜叉(管理护卫)。又，红塔系长寿菩萨之风格，其上饰以莲花。此塔乃那囊杰擦拉囊所建，并交予荧惑星(神管理护卫)。再者，黑塔以如来佛之遗骨为饰物，其形制系独觉佛风格。此塔乃恩兰达热路恭所建，交予铁嘴夜叉(管理护卫)。再者，绿塔乃法轮如来风格，以十六门为饰物，此塔乃琳氏多吉芝琼所建，交予日面夜叉(管理护卫)。”

白塔建在大殿东南角，皆用石块、石板砌成，因塔体全为白色故名“白塔”。在塔基的方形围墙上，立有108座小塔，塔身方形，在腰部以上逐层收分如阶梯，上有覆钵形塔腹。但覆钵扁平而宽大，没有龛门，宝刹上置十七环相轮。在转经道旁有十六罗汉石像，分别雕刻在边长为0.74米的方形石板上，极为精致。

红塔为聚莲塔，建在大殿的西南角，造型极为特殊，塔身用砖石砌成，形方而实圆，状如覆钟，腰部以上呈环状纹，上部为覆钵形塔腹，宝刹之上置两段相轮，上为七环，下为九环，塔身为土红色并泛有光泽。

黑塔为涅槃塔，建在大殿的西北角。塔形也很特殊，塔身如三叠覆锅，刹盘上托宝剑。第二级相轮七环，上即瓶盖和宝珠。塔身为条砖砌成，全为黑色。

绿塔为吉祥多门塔，建在大殿的东北角，平面呈四方多角形。塔基甚高，沿阶数级而达第一层，四面各有龛室三间，内有塑像，每面都有明梯通往二层。二层每面只有龛室一间，亦各有塑像。第三层为覆钵形的塔身，上置相轮宝刹，刹身很长。相轮分为三级，每一级自方形托盘上置相轮九环，中间一段为第二级，有相轮七环，第三级有相轮五环。伞盖上承宝瓶和宝珠。塔身为绿色琉璃砖砌成。砖为土加粗沙烧制，质地坚硬，釉色苍郁而富光泽，极其精美。

这四座塔现均为上世纪八九十年代新建，宿白先生在1959年调查时还较为完整，在其《藏传佛教寺院考古》一书中有详细记述。

桑耶寺现在的椭圆形围墙，东、南、西、北各设一大门，东门为正门，原门楼上方嵌有清咸丰皇帝手书“宗乘不二”大匾。周长1200米，墙上建有塔刹1008座。但根据“桑耶寺全景”图壁画可看出，早期的围墙并非圆形或椭圆形，而是四方多角形的围墙。《贤者喜宴》明确记载：“在多角围墙金刚步处，以一千另八座佛塔一一围绕之，每一圈上放置佛猜俐一颗”。现存的椭圆形围墙是五世达赖以后重修的。

砖瓦是桑耶寺现存数量最多、时代最早的文物之一。根据史书记载，砖瓦主要用于红、黑、绿塔和王妃拉康，大多烧制于吐蕃时期。现存的砖有红、黑、绿三种颜色(绿砖施釉)，分别属于红黑绿三座塔的建筑材料。砖的形制有方形、长方形、梯形、子母口形四种，大小型号也不一致，砖面一般都有文字，皆古藏文，系烧前模印而成，其内容都是表示该砖所在的方位，如“内”“外”等。瓦的形制有板瓦、筒瓦两种，大小也有几种不同型号。皆施绿釉，釉薄而光亮，瓦面一般都有藏文火印，内容与砖文相同，瓦内有很细的布纹。有些板瓦和筒瓦带滴水或瓦当，滴水上饰乳钉纹、三莲瓣波浪纹，瓦当上装饰灵塔、大乳钉和连珠纹等图案，非常精致。

另外，在“乌孜”大殿正门上悬铜钟，钟体高瘦，极具唐钟形制，钟面藏文铭文为“王妃甲茂赞母子二人为供奉十方三宝之故，铸造此钟”。在“乌孜”大殿大门南侧立有一座石碑，为著名的“兴佛证盟碑”，此碑保存完好。由碑座、碑身、碑帽三部分组成，通高4.9米。碑座呈束腰圆形仰覆莲座，莲瓣纹大多剥落不清。碑座直径1.84米，可测高度O-7米，碑座一部分被镶入“乌孜”大殿外墙内和周围的石块护座里。碑身基本呈长方形，上宽0.84米，下宽0.88米，上厚0.4米，下厚0.46米，高3.6米。碑身有藏文二十一列，刻字较深，极为工整。碑文内容反映了吐蕃王室为了与苯教势力所代表的大贵族集团进行夺权斗争，大力扶持佛教势力的历史事实。参加盟誓的有赞普父于与小帮王子、王妃、诸大臣和武将等。译文如下：

“逻些(拉萨)及札玛之诸神殿建立三宝之所依处，奉行缘觉之教法。此事，无论何时，均不离不弃所供养之资具，均不得减少，不得匮乏。今迩后，每一代子孙，均需按照赞普父子所作之盟誓，发愿。其咒誓书词不得弃置，不得变更。祈请一切诸天、神人、非人，来作盟证。赞普父子与小帮王子，诸论臣工，与盟申誓。此诏敕盟书之详细节目文字正本，存之于别室。”(见王尧《吐善金石录》)。

碑身与碑座采用榫卯相套，其缝隙灌铸铜水。碑帽呈长方形，四角上翘，边长1.56米，高0.6米，素面元饰。碑帽顶部四角各有一个小圆坑，后来，在其中部加有铁皮太阳和月亮图案。

此碑在藏文史书中不乏记载，如《巴协》说：“桑耶寺建成后，于后墙树立一碑，上镌莲花，勒诏敕誓文要义，并以石狮镇之。”《西藏王统记》说：“(桑耶寺)以外，更围以大甬道，建立大日如来护持恶趣坛城，坛城之后立有一碑。”《贤者喜宴》说：“为奉行(佛教和尊循佛教大法)，除赞普父子及权臣之外，大臣以下所有首领均持剑发誓，并建兴佛盟誓碑。”“在寺院后面，有一座饰有莲花的石碑，其上刻有盟誓之盟文，其上安放(石)狮。”从这些史料和碑帽上的四个圆孔来看，兴佛证盟碑顶原为石狮，这在桑耶寺壁画上也可找到佐证。

大门两边还有石狮～对，形制大小完全一致。石狮通高1.23米，形态古朴，豪放有力，嘴鼻

突出，额部后缩，双目有神，背披螺吉，顶系宝铃，长尾上卷，两耳下垂。为吐蕃时期的珍贵文物。

大殿正门的门楣上原挂有清代皇帝所题“格鲁伽兰”的匾额，可惜现已不存。现在尚能见到的是大殿二门上悬挂的“大千普佑”清代匾额，长2.92米、宽1.38米，四周金龙框边，蓝地金字，图章和落款均被毁掉，不知系哪位皇帝的手笔。

桑耶寺建成后，赤松德赞命在此剃度第一批藏人出家为僧，号称“七觉士”，为西藏第一座佛、法、僧三宝齐全的佛教寺院。吐蕃晚期，朗达玛灭佛毁寺，奴隶平民大起义在西藏各地相继暴发，王子云丹这一支便在桑耶寺附近扎下脚跟。从此，他们既是山南地方势力的首领，又是桑耶寺的寺主。公元十一世纪时，大译师桑嘎和佛学家洛杂哇曾经对桑耶寺进行过小规模的维修，十一世纪后，成为宁玛派的根本道场之一。

后来，由于政治中心的转移，地理环境的变化，该寺亦逐渐冷落。十三世纪至十六世纪期间，桑耶寺已破烂不堪，不但香火寥寥，僧众减少，而且建筑也多残毁，无人修缮。到十七世纪初，萨迦派喇嘛乃重加修整桑耶寺。从此，原为藏传佛教宁玛派的中心寺院，现多改属萨迦派管理，只有护法神殿仍归宁玛派僧人住持。此后不久，格鲁派取得西藏地区的统治地位，历任达赖喇嘛或支持宁玛派，或兼学宁玛派密法。每遇战争、灾疫等重大事件，均邀请桑耶寺内的宁玛派为首僧人作法禳解，以扩大玛派的影响。但是桑耶寺改属萨迦派的既成事实，始终未变。桑耶寺的历任座主仍由萨迦委派，这种情况一直延续到1959年西藏民主改革前。

十七世纪中叶，桑耶寺曾遭一场大火，大殿建筑多被烧毁，后来绘的壁画中尚有烈火熊熊，大殿被焚的场面。到六世达赖仓央嘉措(1683～1706年)以后，又才陆续修建起来。

十八世纪末，清朝驻藏大臣松筠在《西招图略·西藏图考》里对当时桑耶寺的情形描述道：“桑鸢寺在西藏南，与甘丹寺相近，土城内建大寺一坐，楼阁经堂佛像俱装金，与大小昭寺相类，住坐堪布大喇嘛一名，掌事僧官二名，管理喇嘛约数千众，均于城内居住”。

在二十世纪四十年代，热振活佛摄政期间，又对桑耶寺进行过一次较全面的维修。

桑耶寺的八个扎仓，到衰落时只剩下“乌孜”和“觉”两个扎仓。“乌孜”即现存的“乌孜”大殿，“觉”在“乌孜”大殿北边。这个扎仓，从现存的建筑看，只是一个护法神殿，但却是一座很特殊的建筑。在殿的前檐建有檐廊一排，而檐廊顶部内檩椽上，满铺宝剑钢刀等作为顶饰。据说这是数百年前和塔工地区打仗时所得的战利品，盖此建筑用来纪念这次胜利。