基于中国人群建设PET神经影像数据库
2023-02-23任树华鲍伟奇周维燕孔艳艳姜东朗顾宇翔郭起浩左传涛管一晖
黄 琪,任树华,吴 平,鲍伟奇,周维燕,孔艳艳,姜东朗,华 涛,王 坚,胡 杰,陈 亮,顾宇翔,郭起浩,左传涛,管一晖,谢 芳*
(1.复旦大学附属华山医院核医学/PET中心,2.神经内科,3.神经外科,上海 200040;4.上海交通大学附属第六人民医院老年科,上海 200030)
医学影像学技术的发展推动了神经影像学临床及科研进步,但获取数据难度及成本均较高。建设神经影像数据库可避免重复采集数据所致成本增加和周期延长,支持在不同背景和目的下深入挖掘数据,提高其利用率。目前国内外已有多个神经影像学数据库,但多针对MRI,核医学PET神经影像学数据库发展相对滞后,尤其缺少基于我国人群的PET神经影像学资料。本研究基于复旦大学附属华山医院资料尝试建立基于我国人群的PET神经影像学数据库,包括阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)、帕金森病(Parkinson disease,PD)、烟雾病、脑胶质瘤、癫痫及非疾病脑。
1 资料与方法
1.1 研究对象
1.1.1 AD数据库 纳入2018年11月—2022年3月50~80岁、性别和受教育程度不限的AD患者,于神经心理学评估后1个月内接受颅脑MR、18F-AV45及18F-FDG或18F-MK6240 PET检查;无明确脑卒中病史;Hachinski缺血指数表得分≤4分。排除标准:①合并明显心、肝、肾或肺功能不全,血液系统疾病、严重感染、癌症、酒精或药物滥用等;②头颅MRI显示大血管性病灶、皮质下弥漫性白质脑病或多发腔隙性脑梗死;③其他脑部疾病或系统疾病伴痴呆,以及甲状腺功能低下、维生素B12缺乏等;④因视、听障碍影响认知评估;⑤抑郁性障碍;⑥缺乏合作或理解。
1.1.2 PD数据库 纳入2010年2月—2022年3月接受18F-FDG或11C-CFT PET显像(停用PD药物12 h以上)PD患者,依据文献[1-3]标准,经颅脑MRI及临床评估运动障碍诊断PD。纳入患者年龄、性别不限。排除标准:神经或精神系统疾病史,神经安定类或毒品暴露史,神经查体或MRI显示异常,多巴胺转运体阻断剂用药史等。
1.1.3 烟雾病数据库 纳入2019年12月—2022年3月接受18F-FDG或18F-FDG灌注相PET的18~80岁、性别不限烟雾病患者;均经数字减影脑血管造影参照烟雾病诊疗指南[4]标准确诊。排除标准:①合并影响认知功能的其他神经系统疾病;②酗酒、吸毒;③拒绝神经心理检查。
1.1.4 脑胶质瘤数据库 纳入2011年8月—2022年3月接受氨基酸PET检查的脑肿瘤患者,年龄14~80岁,性别不限;显像前未接受脑占位性病变手术、放射治疗及化学治疗等;以手术或脑立体定向活检获取脑组织学标本后经常规病理学诊断。排除标准:氨基酸PET显像阴性;脱髓鞘病变、炎性反应、其他非胶质肿瘤。部分患者经分子病理学检查,对其结果根据2016版WHO中枢神经系统肿瘤分类标准获得新分级标准下的病理诊断;根据IDH1 R132H抗体免疫组织化学染色判断IDH1基因突变。
1.1.5 难治性癫痫 纳入2013年11月—2022年3月接受18F-FDG或FMZ PET检查的难治性癫痫患者,年龄18~80岁,性别不限,经≥2种药物足量足疗程无法有效控制,经常规脑电图、MR及认知评估,且检查前停用苯二氮卓类药物时间1个月以上。排除合并癔症者或妊娠妇女。
1.1.6 非疾病脑代谢 纳入于2012年11月—2019年4月接受18F-FDG PET检查,经2名核医学科医师结合病史阅片确认无脑卒中、重大颅脑创伤或神经精神疾病,无恶性肿瘤、药物滥用或酒精成瘾史等者。
1.2 图像采集 采用Siemens Biograph mCT Flow Edge 128 PET/CT仪,显像剂剂量及扫描时间等见表1。采用3D模式采集PET图像,轴向视野30 cm,范围包括颅顶至颅底,经衰变校正、归一化校正、时间校正、衰减校正、散射校正及随机符合校正,并获得迭代、滤波反投影、TRUX和以all-pass算法重建的图像,重建图像矩阵为256×256×148,体素1.59×1.59×1.50。
表1 PET扫描方案
或采用Biograph Truepoint HD 64 PET/CT仪,扫描及校正方式同前,重建算法包括迭代、滤波反投影和TRUEX算法,重建PET图像矩阵为168×168×148,体素2.04×2.04×1.50。
1.3 预处理 由研究人员通过严格视觉检查剔除不满足质量要求的图像,其流程如下:①以MIRC CTP对DICOM文件行匿名化;②采用dcm2niix将DICOM格式文件转换为NIFTI格式;③将图中的前联合-后联合线的原点调至前联合;④以SPM12软件对PET图像进行空间标准化,并变换到蒙特利尔神经研究所(Montreal Neurological Institute,MNI)空间;⑤以半高宽8 mm×8 mm×8 mm平滑核进行平滑。
2 结果
2.1 数据库基本信息 所获PET神经影像数据库主要包括5个专病数据库及1个非疾病脑代谢数据库,基本信息见表2。
表2 PET神经影像数据库基本信息
2.2 数据存储、检索与安全 数据库所有图像均可提供DICOM或NIFTI格式,参照脑成像数据结构(https://bids.neuroimaging.io/)通用规范存储;记录基本人口学信息,包括ID、获取日期,检查时年龄、性别、体质量、利手及显像剂注射剂量等;并可提供基于自动解剖定位地图集的标准化摄取值。
为便于管理和应用,本课题组与上海锐邦数据系统有限公司合作搭建了数据管理云平台,其前端采用HTML5+Javascript,后端采用Java开发语言的技术架构,硬件为HP ML110塔式服务器,可提供数据建模、数据清洗、CRF表单设计、数据同步、数据分析及数据全生命周期管理等功能,支持多个字段检索、批量上传及下载等;同时以多种措施确保数据安全和受试者隐私,包括设定有关人员权限,记录使用人员、操作时间和内容,并建立、健全安全相关制度和规章,涉及人员操作、系统维护和变更的管理流程即出现系统故障时的应急预案;设定任何单位或个人未经授权不得擅自调阅、复制数据。
3 讨论
本研究建立的颅脑疾病数据库均以特定PET仪成像,可最大限度提高数据的同质性,有助于PET临床应用,可填补国内核医学数据库的缺失[5-8]。但本数据库为单中心来源,且局限于PET图像,希望未来能拓宽数据来源,进一步扩展基于我国人群的多病种、多中心及多模态影像数据库。