基因组监测促使巴西家禽沙门菌成为焦点

林子怡 译自，2022 年6 月17 日

李红 校

借助基因组测序技术，研究人员对集约化家禽生产对全球公共卫生的影响有了更好了解。

研究人员对巴西鸡群的沙门菌（Salmonella）进行了基因组监测，以了解巴西养鸡业的发展对行业内传播的沙门菌的分布情况的影响。

1 人类、动物和环境的健康

英国-巴西联合研究表明，虽然目前巴西沙门菌对鸡肉进口国（如英国）没有直接的健康风险，但对抗菌药具有耐药性。这凸显了采取“生命共同体”理念的重要性，这一理念强调了人、动物和环境健康之间的联系，尤其是在评估全球食品供应链时。

目前，巴西每年生产近1 400 万t 鸡肉，是全球最大的鸡肉出口国。此前已有研究表明，进口到英国和欧盟成员国的鸡肉中存在沙门菌。这些细菌是导致腹泻病常见病因之一，它们也可能携带某些基因，使其对用于治疗人类感染的抗生素产生耐药性。

2 巴西家禽中沙门菌的调查

为了调查巴西家禽沙门菌感染情况及对食品安全的潜在风险，英国东英吉利大学（University of East Anglia）Quadram 研究所和巴西圣保罗大学（University of San Paulo）的研究人员对从巴西鸡群中采集的沙门菌样本进行了基因组调查（作为时间跨度为7 年的细菌常规监测的一部分）。研究人员将巴西出口到英国和其他欧洲国家的家禽产品中的沙门菌基因组与英国人和英国本土家禽的沙门菌基因组及世界各地数百个沙门菌基因组进行了序列比对。

该研究发现了数十种不同类型的沙门菌，其中海德堡株和明尼苏达株最常见，比例为91%，而引起食物中毒的肠炎沙门菌（Salmonella Enteritidis）仅占样本的2%。

3 可引发感染的沙门菌类型

研究团队与英国卫生安全局合作，从15年前的样本中研究了导致感染的沙门菌类型。大约每200 人中有1 人感染海德堡株或明尼苏达株，其中一些人可能与国外旅行史有关。重要的是，将巴西海德堡株和明尼苏达株的基因组与从世界各地收集和保存的其他菌株基因组进行序列比对发现，巴西沙门菌形成了一个与人类病例不同的独特亚群。此外，研究团队与动植物卫生署（Animal and Plant Health Agency，APHA）的合作发现，在英国鸡群中暂未发现相关的巴西沙门菌菌株。

Quadram 研究所的共同负责人Alison Mather 教授说：“我们的发现表明，从巴西进口的家禽产品中的沙门菌并未给英国消费者造成重大疾病负担。”

研究人员相信，巴西鸡群中的新型沙门菌源自2006 年左右出现的一个共同祖先，可能与3 年前引进的肠炎沙门菌疫苗有关。

巴西圣保罗大学的Andrea Mickie Moreno 教授及其同事补充道：“研究结果表明，对涉及动物和人类的沙门菌等重要病原体的持续监测，对了解在特定群体中实施的预防和控制方案的效果极其重要。”

在人类干预（如疫苗开发）之后，沙门菌的主要血清型也发生了类似变化，这为其他研究人员进一步研究创造了机会。研究人员发现，海德堡沙门菌和明尼苏达沙门菌都携带一组特定基因，使其对不同种类的抗生素（如磺胺类、四环素类和双内酰胺类）产生耐药性。这可能使这些类型的沙门菌在抗生素使用率较高的巴西家禽生产环境中具有竞争优势。

第一作者Nabil-Fareed Alikhan 博士说：“我们在这个项目上的合作令人兴奋。在大家的共同努力下，我们有了独立的数据来判断这些类型的沙门菌及其对整个食品生产链的影响。”

“巴西家禽业中肠道沙门菌和抗生素耐药性动态以及对全球公共健康的影响”(Dynamics ofSalmonella entericaand antimicrobial resistance in the Brazilian poultry industry and global impacts on public health) 这篇文章发表在PLOS Genetics杂志上，并得到生物技术和生物科学研究委员会、圣保罗研究基金会的支持。