耕作深度与翻压绿肥对植烟土壤细菌群落结构及多样性的影响

祖韦军，潘文杰，薛亚军，杨 磊，林叶春

（1毕节市农业生态环境与资源保护站，贵州毕节 551700；2贵州省烟草专卖局，贵州贵阳 550004；3毕节市农业机械研究所，贵州毕节 551700；4湖南中烟工业有限责任公司，湖南长沙 410007；5贵州省烟草科学研究院，贵州贵阳 550081）

0 引言

【研究意义】烟草是烟区农民收入和国家税收的重要来源。贵州黄壤烟区存在长期连作、轮作不足及深耕不足等问题，导致烟区土壤出现土层浅薄、土壤环境质量下降、微生物多样性降低等问题，从而影响烤烟的产量和质量（贾志红等，2010）。此外，生产过程中大量施用化肥导致土壤有机质含量和孔隙度降低、容重增加，从而使耕层土壤发僵和土体板结（张俊等，2016）。土壤微生物参与土壤中营养物质的流动、转化与循环，是根际土壤的主要分解者与调控者（樊晓刚等，2010），也是表征土壤质量的重要指标（Fierer and Jackson，2006；Kowalchuk et al.，2007）。翻压绿肥可为植烟土壤提供丰富的营养物质，也可提高土壤肥力和改善土壤结构，对土壤微生物群落结构的改善和生物多样性的调节有较好效果（董立国等，2010；张志明等，2012；王丽等，2014；陈乾锦等，2019）。但目前绿肥的使用具有一定局限性，不同绿肥品种的使用和翻压方式也不明确，不同地区由于环境因素差异导致对绿肥的应用范围也较窄（傅淋等，2015），不仅影响作物根系的生长，还牵制了肥料—土壤—作物养分系统的平衡。因此，研究不同耕作深度与翻压绿肥对植烟土壤细菌群落结构与多样性的影响，对烟区培肥改土及进一步提高烤烟产量和质量具有积极意义。【前人研究进展】土壤微生物群落功能多样性是土壤微生物群落状态的指标，可反映土壤中微生物群落的生态和土壤肥力特征（Sun et al.，2015），在绿肥—烤烟轮作中，绿肥作物可提供丰富的营养物质（王丽等，2014；陈乾锦等，2019），改善土壤微生物多样性和代谢功能（李胜华等，2009；董立国等，2010），有利于培肥地力、保持土壤良好结构和强化农田生态系统服务功能（Proulx et al.，2010；Mendes et al.，2013；李隆，2016）。林叶春等（2018）通过研究连续种植4年绿肥（黑麦草、燕麦、光叶紫花苕和紫云英）压青对烤烟根际土壤细菌丰富度和多样性的影响，发现绿肥压青还田可提高植烟土壤水解氮、速效钾和有机质含量，改变土壤pH，调节土壤细菌群落结构。王飞等（2019）研究了翻压不同绿肥对植烟土壤细菌类群的影响，结果表明，与无绿肥处理相比，翻压绿肥处理可明显提高土壤细菌的α多样性且在旺长期能显著降低烟草青枯病致病菌（）丰度，说明翻压绿肥可在一定程度上改善植烟土壤细菌结构。赵冬雪（2019）研究绿肥对植烟土壤微生物群落多样性的影响，结果表明，翻压草木犀和黑麦草的土壤微生物群落组成在群落热图与OTU水平的层次聚类树较相似，小麦、紫花苜蓿与对照的土壤微生物群落组成差异较小，套作黑麦草和草木犀的植烟土壤细菌种类最多。吕卓呈等（2021）研究了冬小麦夏闲期种植翻压绿肥作物对土壤细菌群落特征的影响，结果表明，冬小麦夏闲期种植翻压草木樨和绿豆可有效提高旱地麦田土壤细菌群落丰度和多样性。冯慧琳等（2021）研究表明，生物炭和绿肥翻压能提升柑橘土壤细菌群落多样性和丰富度，改变根际细菌群落结构，增加功能细菌属丰度，促进柑橘根际土壤微生态平衡和土壤健康。【本研究切入点】本课题组前期研究了绿肥压青对喀斯特地区植烟土壤细菌群落特征的影响及耕作深度与翻压绿肥对植烟土壤微生物功能多样性及酶活性的影响（林叶春等，2018；祖韦军等，2020）。本研究在前期研究基础上，进一步探究不同耕作深度翻压不同品种绿肥对烟株根际土壤细菌群落结构和多样性的影响。【拟解决的关键问题】采用Illumina MiSeq高通量测序，系统分析不同耕作深度与翻压绿肥处理间土壤微生物细菌群落结构和多样性的差异，筛选适合改善贵州黄壤烟区细菌群落结构的绿肥品种及耕作模式，为贵州黄壤烟区培肥改土及保障优质生态烟叶生产提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 试验地概况

田间试验于2019—2020年在贵州省烟草科学研究院福泉试验基地（东经107°14′、北纬27°02′）进行。试验地属亚热带季风气候，海拔1020 m，年均气温14 ℃，年均降水量1126.5 mm，土壤类型为黄壤。供试土壤pH为4.85、全氮含量2.07 g/kg、全磷含量1.51 g/kg、全钾含量8.84 g/kg、水解氮含量138.76 mg/kg、有效磷含量64.64 mg/kg、速效钾含量379.94 mg/kg、有机质含量32.85 g/kg。

1.2 试验材料

供试绿肥品种为黑麦草（Ryegrass）（禾本科，撒播量30 kg/ha）、光叶紫花苕（）（豆科，撒播量45 kg/ha）、油菜（Rape）（十字花科，撒播量15 kg/ha），均为市售。供试烤烟品种为云烟87。

1.3 试验方法

试验采取两因素多水平随机区组设计，设8个大区，大区面积55.0 m×4.5 m，大区间留1.5 m宽过道，四周设保护行。绿肥于2019年11月撒播，2020年3月中旬翻压，计划翻压量为22500 kg/ha；烤烟于绿肥翻压1个月后移栽，大田施肥量为纯N 97.50 kg/ha、PO67.50 kg/ha、KO 247.50 kg/ha，移栽密度16500株/ha。具体方案见表1。

1.4 样品采集

烤烟盛花期，各处理选取3个具有代表性的样点，用土钻钻取0～20 cm耕层烟株根际土壤，迅速去除根系、石块等杂物后用锡箔纸包裹，装入50 mL离心管中，立即放入液氮冷冻，带回实验室后迅速转移至-80 ℃冰箱保存，用于土壤细菌多样性分析。

1.5 测定项目及方法

1.5.1 绿肥生物量测定 绿肥翻压前35 d，各大区每隔7 d随机取绿肥1 m样方3个，共取样5次，分别沿地表割取地上部鲜草及挖取地下部根系，地上部收割后立即称重计算鲜草产量（3个重复分别标为A1、A2、A3），地下部根系经清洗并沥干水分后称取根系鲜物质量（3个重复分别标为B1、B2、B3）。地上部鲜草和地下部根系于105 ℃烘箱杀青30 min后，再于50 ℃下烘干后计算干物质量。干物质率（%）=干物质量/鲜物质量×100。

地上部鲜草产量（kg/ha）=（A1+A2+A3）/3×10000

地上部干物质量（kg/ha）=地上鲜草产量×干物质率

地下部鲜物质量（kg/ha）=（B1+B2+B3）/3×10000

地下部干物质量（kg/ha）=地下部鲜物质量×干物质率

1.5.2 土壤DNA提取与扩增 取保存的目标土壤样品，加液氮研磨后提取土壤总DNA。经DNA浓度检测后，利用ABI GeneAmp9700型PCR仪，针对细菌16S rRNA V～V区进行PCR引物扩增。设计引物为338F 5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3'，806R 5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3'。PCR采用TransGen AP221-02：TransStart FastPfu DNA Polymerase，反应体系20.0 μL：5×FastPfu Buffer 4.0 μL，2.5 mmol/L dNTPs 2.0 μL，正、反向引物各0.8 μL，BSA 0.2 μL，10.0 ng DNA 模 板 及0.4 μL FastPfu Polymerase（TransStart FastPfu DNA Polymerase，TransGen）。扩增程序：95 ℃预变性3 min；95 ℃30 s、55 ℃30 s、72 ℃45 s，进行27循环，72 ℃延伸10 min，10 ℃条件下结束反应。PCR扩增产物用2%琼脂糖凝胶进行电泳检测及回收。

1.5.3 高通量测序 Miseq文库构建和测序均由北京诺禾致源生物信息科技有限公司完成，测序平台为Illumina MiseqPE300/250。测序完成后，对有效序列进行过滤优化处理，并根据高于97%序列相似性定义OTU，对16S rRNA细菌的所有OTU序列进行生物信息统计分析。

1.6 数据处理及统计分析

随机抽取相似度在97%的OTU，利用Mothur（v.1.30.1）（Fouts et al.，2012）进行Rarefaction分析，利用R语言工具制作曲线图。利用Mothur计算ACE和Chao丰富度指数，计算Shannon多样性指数。基于Silva数据库，对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析，利用Excel和R语言工具对统计结果进行图表制作。利用Qiime计算β多样性距离矩阵，并进行层次聚类分析。

2 结果与分析

2.1 不同绿肥生物量分析

由表2可知，各绿肥品种翻压前地上部鲜草产量均超过计划翻压量22500 kg/ha，其中黑麦草、油菜和光叶紫花苕鲜草产量分别是计划翻压量的2.71、1.58和1.31倍，各绿肥鲜草产量分别按实际生长量清除多余部分用于饲草。地上部干物质率表现为油菜＞黑麦草＞光叶紫花苕，地下部干物质率表现为光叶紫花苕＞油菜＞黑麦草。说明黑麦草具有较高的地上部鲜草产量，但地下部干物质率却小于另外2种绿肥，油菜具有较高的地上部干物质率，光叶紫花苕具有较高的地下部干物质率。

2.2 土壤细菌16S rRNA基因测序深度分析

如图1所示，各处理的16S rRNA读数（reads）均超过40000，且OTUs介于2000～2500，稀释性曲线逐渐趋于平缓，表明所有样品的测序量达饱和，PCR扩增的序列数可反映不同耕作深度下翻压绿肥的烟株根际土壤细菌群落组成。

2.3 测序样品数据质控

如表3所示，原始序列经优化处理后，各翻压绿肥处理烟株根际土壤样品总序列和总碱基数均高于无绿肥对照，序列平均长度均为416 bp。

2.4 土壤细菌OTU统计及多样性分析

如图2所示，浅耕模式下（图2-A），不同处理间共有的土壤细菌OTUs数量为2235个，无绿肥对照（CK1）、油菜（T1）、光叶紫花苕（T2）和黑麦草（T3）烟株根际的特有细菌种类分别为221、228、171和161个。与无绿肥对照（CK1）比较，光叶紫花苕（T2）和黑麦草（T3）减少了烟株根际特有细菌，分别下降22.62%和27.15%；油菜增加了烟株根际特有的细菌，增幅为3.17%。深耕模式下（图2-B），不同处理间共有的土壤细菌OTUs数量为2105个，无绿肥对照（CK2）、油菜（T4）、光叶紫花苕（T5）和黑麦草（T6）烟株根际的特有细菌种类分别为189、221、225和183个。与无绿肥对照（CK2）比较，油菜（T4）和光叶紫花苕（T5）翻压增加了烟株根际特有的细菌种类，分别提升16.93%和19.05%；黑麦草（T6）减少了烟株根际土壤特有细菌，减幅为3.17%。同一绿肥不同耕作深度下，无绿肥+深耕（CK2）、光叶紫花苕+深耕（T5）和黑麦草+深耕（T6）的烟株根际土壤特有细菌种类分别较无绿肥+浅耕（CK1）、光叶紫花苕+浅耕（T2）和黑麦草+浅耕（T3）提高9.66%、19.81%和3.95%，油菜+深耕（T4）的烟株根际土壤特有的细菌种类较油菜+浅耕（T1）降低42.82%（图2-C～图2-F）。

通过样品的Alpha多样性分析可反映土壤细菌群落的丰富度和多样性，样品测序的相应文库覆盖率在98%以上（表4）。ACE和Chao指数可反映土壤细菌群落的丰富度。由表4可知，浅耕模式下，与无绿肥对照（CK1）相比，翻压油菜（T1）和光叶紫花苕（T2）的ACE指数分别降低7.76%和2.60%，Chao指数分别降低2.03%和2.68%，翻压黑麦草（T3）的ACE指数提高0.31%，Chao指数提高2.99%；深耕模式下，翻压油菜（T4）和黑麦草（T6）的ACE和Chao指数较无绿肥对照（CK2）分别降低13.45%、5.73%和12.92%、4.16%，翻压光叶紫花苕（T5）的ACE指数较无绿肥对照（CK2）降低1.32%，但Chao指数提高1.43%。同一绿肥不同耕作深度下，无绿肥+深耕（CK2）和光叶紫花苕+深耕（T5）的ACE和Chao指数分别较无绿肥+浅耕（CK1）和光叶紫花苕+浅耕（T2）提高3.01%、4.36%和2.37%、6.69%；油菜+深耕（T4）和黑麦草+深耕（T6）的ACE和Chao指数分别较油菜+浅耕（T1）和黑麦草+浅耕（T3）降低3.35%、3.20%和9.00%、4.74%。综合来说，与无绿肥对照比较，不同绿肥品种在不同耕作深度翻压下调节了烟株根际土壤的细菌丰富度，其中以深耕翻压光叶紫花苕模式综合效果较好。Shannon指数可反映土壤细菌群落的多样性（Schloss et al.，2011）。由表4还可看出，浅耕模式下，翻压油菜（T1）和黑麦草（T3）的Shannon指数较无绿肥对照（CK1）分别降低0.46%和0.34%，翻压光叶紫花苕（T2）的Shannon指数分别较无绿肥对照（CK1）提高0.80%；深耕模式下，翻压油菜（T4）的Shannon指数较无绿肥对照（CK2）降低2.60%，翻压光叶紫花苕（T5）较无绿肥对照（CK2）提高0.79%，翻压黑麦草（T6）的Shannon指数较无绿肥对照（CK2）提高0.57%；同一绿肥不同耕作深度下，无绿肥+深耕（CK2）、光叶紫花苕+深耕（T5）和黑麦草+深耕（T6）的Shannon指数分别较无绿肥+浅耕（CK1）、光叶紫花苕+浅耕（T2）和黑麦草+深耕（T3）提高1.61%、1.60%和2.54%，但油菜+深耕（T4）的Shannon指数较油菜+浅耕（T1）降低0.58%。综合来说，与无绿肥对照比较，深耕翻压光叶紫花苕和黑麦草更能有效提高烟株根际土壤细菌群落多样性。

2.5 土壤细菌群落基本组成和结构分析

如表5所示，不同耕作深度翻压绿肥后细菌各类水平种数较无绿肥对照均有变化。浅耕模式下，翻压油菜（T1）烟株根际土壤细菌增加8个属，翻压光叶紫花苕（T2）烟株根际土壤细菌增加2个目、1个科、14个属，翻压黑麦草（T3）烟株根际土壤细菌增加3个科、6个种；深耕模式下，翻压油菜（T4）和黑麦草（T6）烟株根际土壤细菌均增加1个门、1个纲，翻压光叶紫花苕（T5）烟株根际土壤细菌增加2个门、3个纲；同一绿肥品种深耕较浅耕相比，翻压光叶紫花苕烟株根际土壤细菌增加1个门、1个纲、1个目、10个属、18个种、103个OTU，其余处理均有降低趋势。说明不同耕作深度翻压绿肥后烟株根际土壤细菌群落结构均有所改变，翻压光叶紫花苕处理变化最显著。

如图3所示，门水平样品细菌群落相对丰度结果表明，浅耕模式（T1、T2、T3和CK1）下根际土壤中前4种主要细菌为变形菌门（Proteobacteria）（44.22%）、酸杆菌门（Acidobacteria）（22.85%）、放线菌门（Actinobacteria）（7.08%）和绿弯菌门（Chloroflexi）（7.67%）；深耕模式（T4、T5、T6和CK2）下前4种主要细菌也为变形菌门（45.38%）、酸杆菌门（21.26%）、放线菌门（7.17%）和绿弯菌门（7.56%）。综合来看，与无绿肥对照比较，翻压绿肥处理变形菌门和酸杆菌门平均丰度分别提高0.23%和4.44%，放线菌门和绿弯菌门分别降低1.34%和1.55%。

如图4所示，属水平样品细菌群落相对丰度结果表明，各处理浅耕模式（T1、T2、T3和CK1）下平均相对丰度大于1%的属有鞘氨醇单胞菌属（）（6.78%）、朱式杆菌属（）（2.34%）、待定革兰蛋白杆菌属（unidentified_）（4.57%）、产黄杆菌属（）（2.71%）、待定伯克氏菌属（unidentified_）（1.69%）、苔藓杆菌属（）（2.77%）、_（1.79%）、芽单胞菌属（）（2.10%）、（1.93%）和鞘脂菌属（）（1.25%）；深耕模式下（T4、T5、T6和CK2）相对丰度大于1%的属有鞘氨醇单胞菌属（6.81%）、朱式杆菌属（3.08%）、待定革兰蛋白杆菌属（4.20%）、产黄杆菌属（2.76%）、待定伯克氏菌属（1.72%）、苔藓杆菌属（2.52%）、劳尔氏菌属（）（1.09%）、（1.46%）、芽单胞菌属（1.94%）、（1.83%）和鞘脂菌属（1.26%）。综合来看，与浅耕比较，深耕翻压绿肥处理鞘氨醇单胞菌属、朱式杆菌属、产黄杆菌属和待定伯克氏菌属平均丰度分别提高0.03%、0.74%、0.05%和0.03%，待定革兰蛋白杆菌属、苔藓杆菌属和芽单胞菌属分别降低0.37%、0.25%和0.16%，新增加了劳尔氏菌属。

所有检测样品中细菌属水平相对丰度热图（图5）显示，各处理间土壤样品细菌分布存在一定差异。浅耕模式下，翻压油菜（T1）具有的优势菌群为溶杆菌（），黑麦草（T3）具有的优势菌群为、待定棒状杆菌（unidentified_），其相对丰度均高于其余细菌属，而翻压光叶紫花苕（T2）与无绿肥对照（CK1）土壤样品中各细菌属分布较均匀；深耕模式下，翻压油菜（T4）具有的优势菌群为代尔夫特菌（）、无色杆菌（）、肠杆菌（），翻压光叶紫花苕（T5）的优势菌群为黄杆菌（）、芽孢杆菌（）和假单胞菌（），翻压黑麦草（T6）的优势菌群为狄氏杆菌（），无绿肥对照（CK2）的优势菌群为假杆菌（）和鞘氨醇杆菌（），各优势菌属相对丰度均高于其余细菌属。

由图6可看出，基于土壤细菌种类丰度分析结果，在属水平上进行物种分类树统计，不同耕作深度翻压绿肥土壤中的微生物的种类比例存在明显差异。其中，放线菌门（Actinobacteria）主要集中在黑麦草+浅耕（T3）样品中，厚壁菌门（Firmicutes）主要集中在光叶紫花苕+深耕（T5）样品中，均达95%以上；油菜+深耕（T4）在变形菌门上γ-变形菌亚门（Gammaproteobacteria）所占比例最大，变形菌门的肠杆菌属（）比例在所有检测样品中最高，达50%以上。

2.6 不同处理细菌进化分支图分析

由图7可知，不同耕作深度翻压绿肥对烟田土壤细菌进化分支有不同影响，从门至属的分类级别由辐射的圆圈内至圆圈外，黄圈表示无显著差异且物种所占比例较高，与之相比各处理中体现各自差异的微生物类群较少。浅耕模式下，如图7-A所示，只有T1处理与各处理间差异显著，起重要作用的细菌在纲水平为α-变形杆菌纲（Alphaproteobacteria）；目水平为鞘脂单胞菌目（Sphingomonadales）；科水平为鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）。深耕模式下，如图7-B所示，各处理间均有差异，T4处理起重要作用的细菌在纲水平为α-变形杆菌纲，T5处理起重要作用的细菌在科水平为芽胞杆菌科（Bacillaceae），T6处理起重要作用的细菌在目水平为酸杆菌目（Acidobacteriales），CK2处理起重要作用的细菌在目水平为黄单胞菌目（Xanthomonadales），科水平为罗丹杆菌科（Rhodanobacteraceae）。说明深耕模式更能有效增加土壤细菌优势种群，各处理间起重要作用的细菌主要集中在纲、目、科3个水平上。

3 讨论

本研究以无绿肥翻压烟株根际土壤为对照，利用Illumina MiseqPE300/250高通量测序平台，分析2种耕作深度下翻压3个绿肥品种烟株根际土壤细菌群落结构与多样性，结果显示各处理的16S rRNA读数均超过40000，且OTUs在2000～2500，稀释性曲线逐渐趋于平缓，表明所有样品的测序量达饱和。由ACE和Chao指数可知，耕作深度与翻压绿肥处理有利于增加烟株根际土壤细菌丰富度，与张向前等（2012）、李伶俐等（2019）研究指出的绿肥翻压有利于增加土壤细菌微生物数量的结果一致，其原因可能与绿肥翻压导致植烟土壤中有机碳和氮源增加，从而促进土壤细菌生长和繁殖有关。此外，浅耕模式下，翻压油菜和黑麦草的Shannon指数低于无绿肥对照，翻压光叶紫花苕高于无绿肥对照；深耕模式下，翻压油菜的Shannon指数低于无绿肥对照，翻压光叶紫花苕和黑麦草高于无绿肥对照。综合来说，与无绿肥对照比较，深耕条件下翻压光叶紫花苕和黑麦草更能有效提高烟株根际土壤细菌群落多样性，与林叶春等（2018）研究指出的绿肥压青后土壤多样性指数较无绿肥对照有所降低的结果不一致，其原因可能与耕作深度不同导致耕层土壤质量不同有关，具体原因还需进一步探究。

本研究中，与无绿肥对照比较，翻压绿肥处理会增加烟株根际土壤特有细菌种类，其中，绿肥翻压处理变形菌门和酸杆菌门平均丰度分别提高0.23%和4.44%，放线菌门和绿弯菌门分别降低1.34%和1.55%。土壤功能微生物的数量可直接表征土壤营养转化及抗病能力（Chen et al.，2015）。本研究发现厚壁菌门主要集中在光叶紫花苕+深耕样品中，达95%以上。很多厚壁菌可产生芽孢，可抵抗脱水和极端环境，减轻天气灾害对土壤的冲击，与相关研究（林叶春等，2018；刘艳霞等，2018；陈懿等，2019；谢红炼等，2020）的结果一致。门水平上，本研究深耕模式的变形菌门和放线菌门比例较浅耕模式提高，酸杆菌门和绿弯菌门比例降低。放线菌门中包含许多可产抗生素、有机酸和酶等的细菌，其含量可作为土壤健康状况的评价指标（Bhatti et al.，2017；向立刚等，2019），放线菌门比例提高说明深耕模式可在一定程度上改善土壤质量。属水平上，本研究所有样品中均有劳尔氏菌属存在。劳尔氏菌为烟草青枯病病原菌，表明所采集的浅耕与深耕土壤均携带有青枯病菌。深耕模式下烟株根际土壤劳尔氏菌属相对丰度大于浅耕模式，推测浅耕模式下土壤劳尔氏菌可能为弱致病力菌株，深耕模式下可能由于耕层和绿肥的改变和翻压，土壤或绿肥自身携带的病原菌导致劳尔氏菌相对丰度增加。

本研究通过LEfSe进化分支图发现，除油菜+浅耕外，深耕较浅耕模式更能有效增加土壤细菌优势菌群，且深耕模式下各绿肥处理中只有翻压光叶紫花苕在科水平上有优势种群，为杆菌科，能有效分解土壤养分，各处理间起重要作用的细菌主要集中在纲、目、科3个水平上。该结果与蒋雨洲等（2019）研究指出稻草还田或增施饼肥的烟田在细菌类群上显著差异，且主要集中在纲、目、科水平上的结果基本一致。深耕模式下的土壤微生物群落与光叶紫花苕之间互作效果良好，增加了土壤微生物的丰富度和多样性，改善了土壤环境。有研究表明烤烟与其他作物的轮作系统在大批化学杀虫剂被禁用的情况下还能有效预防虫害及提高烟叶产量和质量（金娜等，2015；闫芳芳等，2018；张宗锦等，2019），但植烟土壤微生物群落结构与烤烟产量和质量及土传病害间的相互关系较复杂，尚有待进一步探究。

4 结论

不同耕作深度翻压绿肥调节了烟株根际土壤细菌群落结构与多样性，根际土壤微生物的OTUs数量差异明显，总体呈现出各翻压绿肥处理高于无绿肥对照，深耕高于浅耕。除油菜+浅耕外，深耕模式更能有效增加土壤细菌优势种群，且深耕模式下各翻压绿肥处理间只有光叶紫花苕在科水平上有杆菌科优势菌群，各处理间起重要作用的细菌主要集中在纲、目、科3个水平上。总体以光叶紫花苕+深耕模式在改善土壤细菌群落结构上效果较佳，可作为贵州福泉黄壤烟区有效的栽培与耕作方式推广应用。