P3H家族基因在膀胱尿路上皮细胞癌组织中的表达及其预后意义
2021-12-14陈炎锋何孝永
陈炎锋 何孝永
膀胱尿路上皮细胞癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)是最常见的恶性肿瘤之一,具有较高的复发率和死亡率[1]。目前虽有大量研究对BLCA的发生、发展和转移机制等作了探讨,但是对BLCA的分子特征仍然未知。笔者认为,筛选鉴定BLCA相关肿瘤标志物并探究相关机制,将有助于发现新的治疗方案。脯氨酰3-羟化酶(prolyl 3-hydroxylase,P3H)主要包括 P3H1、P3H2、P3H3、P3H4、CRTAP,其中P3H4已被证实与泌尿系肿瘤相关[2]。目前关于不同P3H家族基因在BLCA的发生、发展中的具体作用尚未知晓。因此,本研究对不同P3H家族基因在BLCA组织中的表达及其预后意义作一探讨,以期为BLCA的临床诊治提供参考。
1 对象和方法
1.1 对象 从癌症基因组图谱数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)和GTEx数据库获取435例BLCA患者的临床数据,其中男309例,女126例;年龄69(60,77)岁;肿瘤TNM分期:Ⅰ期25例,Ⅱ期130例,Ⅲ期142例,Ⅳ期138例。
1.2 数据获取 (1)BLCA与癌旁正常组织中P3H家族基因表达水平的数据:使用UCSC XENA(https://xenabrowser.net/datapages/)经Toil流程统一处理的TPM格式的RNAseq数据并进行log2转化后获得。(2)临床相关性及预后分析数据:将数据库中HTSeq-FPKM格式的RNAseq数据转换成TPM格式,并进行log2转化后获得。
1.3 统计学处理 采用R 3.6.3统计软件。不符合正态分布的计量资料组间比较采用Kruskal-Wallis H检验。以P3H家族基因表达水平的中位数为分界点分为高、低表达组,绘制Kaplan-Meier生存曲线并采用log-rank检验比较两组总体生存率。绘制ROC曲线分析P3H家族基因表达水平预测患者预后的效能,AUC为0.5~<0.7提示有较低的准确度,0.7~0.9提示有一定的准确度,>0.9提示有较高的准确度。P<0.05为差异有统计学意义。
2 结果
2.1 BLCA与癌旁正常组织中P3H家族基因表达水平比较 与癌旁正常组织比较,P3H1、P3H4在BLCA组织中的表达水平均明显升高,P3H2、P3H3、CRTAP在BLCA组织中的表达水平均明显降低,差异均有统计学意义(均 P<0.05),见图 1(插页)。
图1 膀胱尿路上皮细胞癌(BLCA)与癌旁正常组织中脯氨酰3-羟化酶(P3H)家族基因表达水平比较(*P<0.05)
2.2 不同TNM分期的BLCA患者P3H家族基因表达水平比较 不同TNM分期的BLCA患者P3H1、P3H3、P3H4、CRTAP表达水平比较,差异均有统计学意义(均P<0.05),其中Ⅰ期和Ⅱ期患者的P3H3、P3H4表达水平较Ⅲ、Ⅳ期患者明显降低(均P<0.05),Ⅱ期患者的P3H1、CRTAP表达水平较Ⅲ、Ⅳ期患者明显降低(均P<0.05);不同TNM分期的BLCA患者P3H2表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05),见图2(插页)。
图2 不同TNM分期的膀胱尿路上皮细胞癌(BLCA)患者脯氨酰3-羟化酶(P3H)家族基因表达水平比较(*P<0.05,△P>0.05)
2.3 P3H家族基因表达水平与BLCA患者预后的关系及预测效能分析 Kaplan-Meier生存分析显示,P3H1、P3H3、P3H4、CRTAP基因表达水平与BLCA患者的预后有关,高表达组总体生存率更低(均P<0.05);而P3H2基因表达水平与BLCA患者的预后无关,差异无统计学意义(P>0.05),见图 3。ROC曲线分析显示,P3H1、P3H2、P3H3、P3H4、CRTAP预测BLCA患者的预后均有一定的准确度,但预测趋势方向不一致,其中P3H1、P3H4预测方向一致,而P3H2、P3H3、CRTAP预测方向一致。与P3H1(AUC=0.774)相比,P3H4(AUC=0.837)的预测效能更高;与 P3H3(AUC=0.643)和 P3H2(AUC=0.724)比较,CRTAP(AUC=0.825)的预测效能更高,见图 4。
图3 膀胱尿路上皮细胞癌(BLCA)患者脯氨酰 3- 羟化酶(P3H)家族基因高、低表达组的生存曲线(a:P3H1;b:P3H2;c:P3H3;d:P3H4;e:CRTAP)
图4 不同脯氨酰3-羟化酶(P3H)家族基因预测膀胱尿路上皮细胞癌(BLCA)患者预后的的ROC曲线(a:P3H1、P3H4;b:P3H2、P3H3、CRTAP)
3 讨论
既往研究表明,P3H家族基因及其突变与人类疾病有关,其根本原因主要与胶原蛋白改变有关[3]。目前已在人类基因组中鉴定出5种P3H家族蛋白,即P3H1、P3H2、P3H3、P3H4、CRTAP,均属于内质网驻留蛋白,其中P3H1、P3H2和P3H3均具有高度保守的2-酮戊二酸,抗坏血酸和Fe(Ⅱ)依赖性双加氧酶结构域,可以羟化特定脯氨酸残基;而P3H4、CRTAP(软骨相关的蛋白)缺少酶结构域,但与P3H其他家族基因的N端部分具有显著相似性[4]。尽管已明确P3H家族某些成员在BLCA中起关键作用[2,5],但仍需要阐明P3H家族成员在BLCA中的不同作用。因此,本研究对不同P3H家族基因在BLCA中的表达及预后意义作一探讨。
本研究结果显示,P3H1、P3H4在BLCA组织中表达明显升高,而P3H2、P3H3、CRTAP在BLCA组织中的表达明显低于癌旁正常组织。对于不同TNM分期患者,BLCA 组织中 P3H1、P3H3、P3H4、CRTAP 表达存在明显差异,而预后分析显示P3H家族基因高表达与BLCA患者总体生存率较低有关;此外,P3H2与BLCA患者的TNM分期及生存预后均无关,原因可能是P3H2仅在胶原蛋白链组装、稳定性和交联中发挥关键作用[6]。本研究ROC曲线分析显示,不同P3H基因的预测趋势方向并不一致,这可能与其是促癌基因还是抑癌基因有关。P3H3、P3H2、CRTAP的预测趋势方向一致,其中CRTAP的预测效能更高。研究表明,CRTAP和P3H1在内质网中形成稳定的三聚体复合物脯氨酰3-羟基化复合物,该复合物还包含亲环蛋白B、脯氨酰顺反异构酶[7],对于适当的胶原蛋白修饰和内质网中的折叠至关重要。而P3H3、P2H2同样是适当的胶原生物合成、折叠和组装所必需的,当编码P3H2的基因突变与至少2个不同家族中的隐性严重近视有关,并可能影响眼睛的胶原蛋白修饰[8-9]。此外,P3H2、P3H3、CRTAP 基因的表观失活与肿瘤的发生有关,这表明它可能作为肿瘤抑制因子发挥作用,但具体机制仍未知[3]。此外,P3H1与P3H4的预测趋势方向一致,其中P3H4的预测效能更高;这与Hao等[10]研究结果相似。Chen等[2]研究发现,升高的TPST1或P3H4表达与总体生存率较低、肿瘤病理分期较高等显著相关。P3H4不仅在BLAC组织中高表达,且具有较高的临床预后及肿瘤预测价值。P3H4最初被鉴定为与缔合复合体(SC)相关的蛋白质[4],参与多种生理过程,如内质网中纤维状胶蛋白翻译后修饰,与P3H3形成稳定的复合物,可催化胶原蛋白α链中赖氨酸残基的羟基化,与赖氨酰羟化酶1和亲环蛋白B相互作用来调节骨量稳态和皮肤脆弱性[11-12]。此外,P3H4还可以作为衔接蛋白,连接髓磷脂蛋白零(P0)及活化的蛋白激酶C受体),从而降低P0的磷酸化和黏附功能,诱发遗传性周围神经病变[13]。随后研究发现,P3H4与间质性膀胱炎、膜性肾病、前列腺癌等疾病相关的自身抗原有关,而泌尿系统的自身免疫性破坏在BLCA发病机制中至关重要[2,4]。
综上所述,在BLCA的发生、发展过程中,P3H2、P3H3、CRTAP可能作为抑癌基因而P3H1、P3H4可能作为促癌基因发挥作用,其中P3H4对BLCA患者预后的预测价值较高。但本研究也存在一定的局限性,如所有数据来自数据库、未评估P3H家族基因在BLCA中的潜在诊断及治疗作用等。