男性Y染色体Amelogenin Y、DYS570及DYS576缺失1例

吴玉剑，胡晓星，曾竹筠，丁珺，王茜

1.武汉公安司法鉴定中心，湖北 武汉 430024；2.武汉市公安局东湖新技术开发区分局，湖北 武汉430040

1 案 例

1.1 简要案情

某水域发现1 具高度腐败未知名尸体，法医初步判断死者为男性，提取死者肋软骨进行DNA 检测。

1.2 检验方法

使用AutoMateExpressTM核酸提取系统（美国Thermo Fisher Scientific 公司）及配套试剂进行DNA提取，使用PowerPlex®21 系统（美国Promega 公司）和GlobalFilerTMPCR 扩增试剂盒（美国Thermo Fisher Scientific 公司）进行常染色体STR 复合扩增。使用YfilerTMPlus PCR 扩增试剂盒（美国Thermo Fisher Scientific 公司）和Goldeneye®DNA身份鉴 定系统Duplex［基点认知技术（北京）有限公司］进行Y-STR复合扩增。使用3500xL基因分析仪（美国Applied Bio⁃systems公司）和GeneMapper®ID-X软件（美国Thermo Fisher Scientific 公司）进行电泳和数据分析。

1.3 检测结果

使用PowerPlex®21 系统对死者肋软骨提取的DNA 进行分型检测，结果显示各常染色体基因座分型完整，检测到Amelogenin X片段（图1），与法医判断死者性别不符。分析图谱可见Amelogenin X片段与邻近基因座杂合子等位基因峰高相近，怀疑存在Amelogenin Y片段检测丢失情况。加做GlobalFilerTMPCR 扩增试剂盒对DNA 进行检验，结果显示两种试剂盒检测所得常染色体分型一致，GlobalFilerTMPCR 扩增试剂盒在Amelogenin位点也只检测到Amelogenin X片段，但是在Yindel和DYS391位点检测到男性特异谱带（图2），提示为男性，但Amelogenin Y片段丢失。为进一步确定死者性别，使用YfilerTMPlus PCR 扩增试剂盒和Goldeneye®DNA 身份鉴定系统Duplex 进行Y 染色体短串联重复（Y chromosome-short tandem repeat，Y-STR）检测。两种试剂盒检测获得一致YSTR 分型结果，肋软骨DNA 在DYS570和DYS576基因座等位基因丢失，其余基因座等位基因分型正常（图3～4）。

图1 PowerPlex® 21系统检测的STR分型图谱Fig.1 STR typing detected by PowerPlex® 21 System

图2 GlobalFilerTM PCR扩增试剂盒检测的STR分型图Fig.2 STR typing detected by GlobalFilerTM PCR Amplification Kit

图3 YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒检测的STR分型图谱Fig.3 STR typing detected by YfilerTM Plus PCR Amplification Kit

图4 Goldeneye® DNA身份鉴定系统Duplex检测的STR分型图谱Fig.4 STR typing detected by Goldeneye® DNA Identification System Duplex

1.4 鉴定意见

本案中未知名死者性别为男性，该男性Y 染色体短臂部分STR 基因座等位基因缺失。

2 讨论

STR 分型检测中，等位基因漏检可由多种原因引起，如DNA 质量低、存在PCR 扩增抑制物以及引物结合区点突变等[1-2]。本案中各STR 基因座分型图谱谱带清晰、扩增均衡，且重复扩增结果一致，因此可排除模板质量和PCR 扩增的原因。本案在Amelogenin Y、DYS570和DYS576这3 个基因座同时检测到等位基因丢失，3 个基因座引物结合位点同时发生突变概率极低。使用不同公司的扩增试剂盒验证得到完全一致的结果，可以推断这3 个位点分型丢失很可能是由于Y 染色体部分缺失所引起。

查询GeneBank 数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/），Amelogenin Y（NG_008011）、DYS570（MK990436）、DYS576（MK990438）基因座分别定位于Y 染色体6.86、6.99、7.19 Mb 位置处，都位于Y 染色体短臂的Yp11.2 区域。黄仁武等[3]报道亲子鉴定中遇到的2例Y染色体微缺失样本，其缺失覆盖DYS456、Amelogenin Y、DYS570、DYS57基因座。TURRINA 等[4]报道了2 例意大利男性样本缺失Amelogenin Y和DYS458等位基因，并通过联合检验Y-STR 基因座和Y 染色体特异序列标记位点（Y chromosome-specific sequence tagged site，Y-STS），确定了缺失范围，其中1例缺失范围在SY877、SY1242、Amelogenin Y、DYS458、SY881、SY939区域，另1 例缺失范围在SY1242、Amelo⁃genin Y、DYS458、SY881区域。邓继良等[5]对已知缺失Amelogenin Y等位基因的3 例样本做进一步检测时，发现存在更大范围的缺失，缺失片段包含Amelogenin Y、DYS570、DYS576、DYS458、DYS627基因座。本案例中的3 个基因座相互邻近，位于其上游的DYS456和下游的DYS458基因座都没有发生缺失。因此本文样本中缺失的范围可能在DYS456和DYS458基因座之间，包含Amelogenin Y、DYS570、DYS576基因座的区域，与报道的各种Yp11.2 区域微缺失相比，缺失范围较小。位于Y 染色体长臂Yq11 区间的无精子症因子（azoospermia factor，AZF）与精子发生密切相关，该区域微缺失可导致不育症[6]，而染色体短臂上的缺失对生殖影响较小。对Yp11.2 区域Amelogenin Y、DYS456、DYS576、DYS570和DYS458部分基因座缺失的家系研究[3，7]结果表明，该区域的微缺失不影响生殖功能，可以在父子间遗传，因此该区域基因座等位基因缺失可以作为重要的家系遗传标志，在亲子鉴定和涉及家系排查的案件中具有特殊的应用价值。吴微微等[8]对4 477 名无关男性个体样本进行Y-STR 检测显示，基因座分型缺失率为0.581%，这对涉及性别判断和男性混合样品分析的案件中会产生一定影响，甚至有可能有误导作用，需要引起重视。