基于TCGA分析乳腺癌中C1orf26基因的表达变化①

赵小芳，张金波，杜欣娜,，张 虎

(1.江苏医药职业学院基础医学部，江苏 盐城 224005 ；2.佳木斯大学基础医学院，黑龙江 佳木斯 154007)

乳腺癌是妇科临床常见的恶性肿瘤疾病，对患者的危害性巨大，且近年来其发病率逐年增高，据WHO统计每年诊断为乳腺癌女性至少120万[1,2]。随着高通量实验技术的发展，许多新的有助于肿瘤诊断和靶向治疗的新肿瘤免疫标记物和预后标志物被发现，有利于更加准确、有效地诊断和评估预后[3]。1号染色体开放阅读框26(Chromosome 1 Open Reading Frame 26，C1orf26)，又名RNA内切核糖核酸酶同源物(RNA Endoribonuclease Homolog, SWT1)，在真核生物细胞核信使核糖核蛋白体颗粒(nuclear messenger ribonucleoprotein particles, mRNPs)的质量控制中发挥重要作用[4]，而在乳腺癌发生发展中的研究尚未见报道。本研究通过高通量数据分析乳腺癌中C1orf26基因的变化及其与预后的关系。

1 资料与方法

1.1 一般资料

本文高通量多组学数据来源于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库的门户网站：cBioPortal(http://www.cbioportal.org/)和Oncomine(https://www.oncomine.org/resource/main.html)。选取患者均为浸润性乳腺癌，总数为1105例，另外，还包括702例配对血压样本和111例配对正常乳腺组织样本，患者随访时间超过250个月。1105例患者中，1093例包含C1orf26 mRNA水平数据，963例包含C1orf26基因突变、拷贝数畸变和mRNA水平数据。

1.2 方法

1.2.1 打开cBioPortal[5]网站，选择乳腺癌患者数据集，分别分析C1orf26基因突变、拷贝数畸变、mRNA水平变化以及其高表达与患者预后的关系。

1.2.2 登录Oncomine[6]首页，分析C1orf26基因在正常乳腺组织与浸润性乳腺癌组织中的表达差异。

1.3 统计学方法

C1orf26高表达与乳腺癌患者生存率关系采用Kaplan-Meier检验法，正常组织与乳腺癌组织中C1orf26的表达变化采用非参数t检验，P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果

2.1 C1orf26基因在乳腺癌组织中的表达上调

Oncomine结果显示，乳腺癌组织中C1orf26基因表达较正常乳腺组织上调(P<0.01)，见图1。

图1 乳腺癌组织中C1orf26基因表达

2.2 C1orf26基因在乳腺癌组织中的表达上调

cBioPortal结果显示，23%(222/963例)乳腺癌患者C1orf26基因发生改变(包括突变、拷贝数畸变和mRNA上调)(图2A)，15%(167/1093例)乳腺癌患者C1orf26 mRNA 上调超过默认阈值(EXP>=2)(图2B)，且其高表达不利于患者预后(图2C)。

图2 C1orf26基因在乳腺癌组织中的表达与预后关系

3 讨论

乳腺癌是中国重要的公共卫生问题，自20世纪80年代以来，乳腺癌的发病率和病死率迅速上升，发病率达到25.89/10万，约占所有女性恶性肿瘤发病率的16.83%，严重威胁女性健康和生活质量[8,9]。因此，乳腺癌发病分子机制的研究以及新的预后标志物寻找，对于乳腺癌患者具有重要意义。C1orf26在肿瘤中的作用及其机制尚不明确，本文首次发现其在乳腺癌中高表达，提示C1orf26基因的表达变化参与乳腺癌的发生和发展。

C1orf26基因编码由900个氨基酸组成的蛋白质，位于1号染色体上，分子质量为103222 Da。C1orf26主要位于细胞核和细胞质中，C1orf26的主要功能是促进细胞核周边异常的前体mRNA降解，防止缺陷型mRNPs进入细胞质[10]。有研究表明，C1orf26编码的蛋白质是具有转录功能的蛋白质[11]，在乳腺癌中高表达可能促进肿瘤的相关基因的表达。分析C1orf26基因在正常组织中mRNA的表达，发现该基因在睾丸中过表达[12]。采用人类整合蛋白质表达数据库分析C1orf26蛋白质在正常组织中的表达，发现该基因在血小板中过表达。

然而，有关C1orf26基因在肿瘤中的表达情况目前尚未见报道，本文还发现C1orf26基因高表达不利于患者预后。这提示C1orf26作为具有转录功能的蛋白[11]，其高表达极有可能促进了乳腺癌的发生和发展。因此，检测C1orf26基因在乳腺癌中的表达具有重要的临床意义，可作为乳腺癌预后的潜在标志物，此结果有进一步研究的价值。

利用TCGA数据库进行数据挖掘以及预后的分析，可以快速地分析一个或多个基因在肿瘤中的特异性表达。通过生物信息学数据的分析，初步筛选出基因C1orf26在肿瘤与正常组织有差异性表达，鉴于患者样本数据较大，随访时间较长，组学数据完备，C1orf26高表达不利于乳腺癌患者预后这一结果的可信度较高。但是，基因C1orf26能否作为乳腺癌肿瘤新的标记物还值得进一步的研究。