广义Gillespie算法在时滞生化反应系统中的应用

杨淑芬

摘 要：时滞解释了许多随机过程的非马尔可夫性质，这些随机过程在涉及生化反应或转运的分子生物学的大量问题中起着关键作用。为了证明nMGA方法的通用性，并与其他已有的方法进行比较，我们将该方法应用于具有时滞的随机反应系统。这些反应可以诱导基因表达的隨机振荡。时滞可以模拟由静默的多阶段反应构成的缓慢过程，在神经传递中，时间延迟可能与树突棘中粒子的陷阱有关，从而解释了它们的异常扩散。

关键词：Gillespie算法;时滞;非马尔可夫;随机模拟