关于猪瘟病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法与临床应用的探讨
2019-02-12马兰
马 兰
(哈尔滨维科生物技术有限公司,黑龙江哈尔滨 150069)
猪瘟病毒是一种小型单链RNA病毒,与牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral dirhea virus,BVDV)及羊边界病毒(Borger disease virus,BVD)均属于黄病毒科瘟病毒属。而近年发展的实时荧光定量PCR (Real-time fluorescent quantitativePCR)技术由于快速检测微量的病毒核酸,可以准确的确定病毒拷贝数的样本,操作方便,耗时短,结果直观,这么快就被广泛使用在农业、医学领域。本文通过反复试验,成功建立了一种实时荧光RT-PCR检测特异性CSFV的方法。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 毒株和样品
从中牧实业股份有限公司购买猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖呼吸综合征病毒(PRSV)、猪O型口蹄疫病毒(O-FMDV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒II型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)等灭活疫苗,这些灭活疫苗经多次冻融处理后,应用RNA/DNA提取。
1.1.2 主要试剂与仪器设备
主要试剂:磁珠法全自动核酸提取试剂盒、世纪元亨猪瘟通用型实时荧光RT-PCR试剂盒;仪器:MagMAXTMExpress核酸提取仪、AB17500实时荧光定量PCR仪。
1.2 方法
1.2.1 模板准备
在MagMAXTMExpress核酸提取仪的帮助下,按照磁珠自动核酸提取试剂盒的说明书提取PPVAPRVAPCV2的DNA和o=fmdvAPRRSVACSFV的RNA。提取的DNA/RNA用于PCR扩增或-20c保存备用。
1.2.2 精密度试验
精密吸取浓度为1.000mg/mL的CSFV 1uL,作为实验模板,连续进样6次。x轴为CT值,y轴为Rn,用于CSFV实时荧光定量PCR方法的精密度验证。
1.2.3 准确度试验
精密量取含有CSFV病毒的样本和不含CSFV病毒的样本各6份,每份1μl,浓度为1.000mg/ml,送至具有实时荧光RT-PCR检测能力的实验室进行比对检测。
1.2.4 特异性试验
以选择的反应体系和条件为参照,扩增模板中制备的PPV、PRV、PCV2、o-fmdv、PRRSV、CSFV的DNA,并设置阴性对照和阳性对照。
2 结果
2.1 精密度试验
精密度检测结果显示:第一次检测CT值为23.1、第二次检测CT值为23.2、第三次检测CT值为23.3、第四次检测CT值为23.2、第五次检测CT值为23.6、第六次检测CT值为23.5,变异系数为1.10%。
2.2 准确度试验
与设计的一组样本相比,测试结果基本一致,具有较好的CSFV检测精度。
2.3 特异性试验
用本文方法扩增含有CSFV的疫苗时,会出现阳性扩增信号,而PPV、PRV、PCV2、0-fmdv、PRRSV的核酸模板没有出现阳性扩增,说明该方法具有较好的特异性。
3 讨论
对于中国养猪业而言,CSFV所造成的危害十分严重。目前,我国有大量的CSFV疫苗生产企业,但生产的疫苗质量差异非常明显,往往出现免疫失败。此外,CSFV的临床表现十分复杂,缺乏典型病例。快速、特异、灵敏的分子生物学诊断方法的发展,有利于CSFV的快速检测、CSFV病原阳性猪的清除和猪瘟的纯化。将样品中总RNA提取样品,以样品中的mRNA为模板。利用0ligo (dT)或随机引物将逆转录酶转录成cDNA,然后以cDNA为模板将PCR进行扩增,建立和应用猪瘟病毒Taqman实时定量RT-PCR检测,可以检测到多种CSFV阳性样品,但没有CSFV的其他样品没有特异性扩增,准确度和精密度的检测结果也是有效的,表明该方法具有较好的特异性、精密度和准确度。
综上所述,猪瘟病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法,敏感性.特异性、准确性好,是了解猪瘟病疫情流行状况的有效手段,有助于更好地控制猪瘟的感染和流行。