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Meta-Test软件在诊断准确性试验Meta分析中运用

2016-08-22陶圆孙艳玲何倩李转转许杨鹏喻亚宇牛玉明张超

中国循证心血管医学杂志 2016年6期
关键词:菜单栏该软件绘制

陶圆,孙艳玲,何倩,3,李转转,许杨鹏,3,喻亚宇,3,牛玉明,5,张超

·循证理论与实践·

Meta-Test软件在诊断准确性试验Meta分析中运用

陶圆1,孙艳玲2,何倩1,3,李转转4,许杨鹏1,3,喻亚宇1,3,牛玉明1,5,张超1

Meta-Test是一款专门用于诊断准确性试验(diagnostic test accuracy,DTA)Meta分析的常用软件。Meta-Test软件运行基于DOS系统,能以一种简单而直接地方式进行准确的数据处理和绘制精美而信息丰富的图形,并能进行亚组分析。其方便且有提示的操作、准确可靠数据处理及强大可用的绘图功能,使得其目前在DTA Meta分析中仍使用较为频繁,但其缺陷在于无法实现十字交叉图、散点图与边缘密度图的绘制。本文以一组DTA Meta分析的数据为例,系统展示本软件对数据的准备与分析、结果汇总及图形绘制等功能的相关操作过程。

Meta-Test软件;诊断准确性试验;DOS系统;Meta分析

Meta-Test软件是由Joseph Lau于1992年开始研发的一款基于DOS系统专业制作诊断准确性试验(DTA)Meta分析编程软件[1,2]。该软件于1997年就已停止更新,但由于其在诊断准确性试验Meta分析[3,4]中数据分析、图形绘制等功能上仍较为完善,因此,目前其在诊断准确性试验Meta分析中使用仍较为频繁。另外,我们在作DTA Meta分析时常用到四格表[5,6],如表1所示。为了充分理解该软件的数据处理及图形绘制流程与解读,本文将结合《应用R软件meta4diag程序包实现诊断准确性试验的Meta分析》当中实例数据来进行实例演练。

1 Meta-Test软件下载及运行

Meta-Test软件于1997年就已停止更新,目前版本:V-0.6,其下载地址为:http://sourceforge.net/projects/metat/。由于该软件是基于DOS系统进行运行,因此,需要准备一个DOS系统电脑来实现其相关操作。

首先将该软件下载完成后,存放在D盘根目录下,使用DOS命令将其打开,具体命令如下:D:MetaTest.exe

完成上述命令之后,即可打开Meta-Test软件主界面,如下图(图1)所示:

如上图所示,主界面分为三个部分:菜单栏(A)、主体内容栏(B)及快捷菜单栏(C)。由于该软件是基于DOS系统执行,因此,全程只有命令与键盘方能完成操作,具体菜单功能如下表(表2):

2 数据录入与储存

表1 诊断准确性试验结果计算的四格表

对于数据的录入,该软件存在两种方式:第一种是打开或调用已经储存的数据,第二种是手动键录入数据。本处,以一组诊断准确性试验分析的数据为例,实行手动键录入数据,具体操作如下:

2.1数据的录入 图1中快捷菜单栏A部分为数据的主题名称,B部分为手工录入数据区,C部分为数据文件保存位置及文件名,D部分为该界面的操作菜单。由C部分可知,使用“F2 Edit Data”进入数据编辑界面后,具体数据录入界面,它需要使用者输入对应的研究内容:作者(Author)、年代(Year)、真阳性(T+)、假阴性(F-)、假阳性(F+)、真阴性(T-)等(图2)。其中T+、F+ 、F-、T-分别对应研究诊断试验四格表中的a、b、c、d(表1)。

2.2数据的储存 在上述数据[7]录入的操作中,注意的是:上下左右键是用来移动光标位置,Esc键是用来返回主界面及退出保存数据文件提示键。本例中,上述数据保存文件名为metatest,该软件会自动默认为“.MT1”。在完成数据的录入及储存之后,返回主界面软件将自动显示刚刚已经录入相关信息,提示数据文件已经加载成功。

3 数据的处理

在完成数据加载后,可以依据图 1中A部分菜单栏进行操作,使用“A”键(即:Analysis功能)将进入到数据分析界面,将以此进入4个结果输出界面,如下图(图3-6)所示:

4 图形绘制

在完成数据分析之后,可以进行图形绘制,使用“G”键(即:功能),将进入图形绘制界面,经过亚组标记后,如下图(图7)所示:

表2 操作键位及其功能

图1 Meta-Test软件主界面

图2 数据录入窗口

图3 单个研究汇总结果输出界面

图4 随机与固定模型结果汇总输出界面

图5 单个研究ROC曲线结果汇总图

图6 加权与未加权ROC曲线汇总结果图

上图为单个研究的敏感性及特异性的森林图[8],其中不同颜色为不同分组;而在A部分则为该界面的菜单栏,如:执行“L”键表示对图形的数据的说明,如下图(图8)所示:

图8中,A部分为样本的基本信息,其中,该部分与图形森林图部分颜色不同为分组标记;B部分为该界面的菜单栏。

另外值得注意的是,灵敏度及特异度是评价诊断试验的两个重要指标,在进行诊断试验Meta分析时,若纳入的研究间不存在阈值效应时,可以将灵敏度及特异度[9,10]按照单个率进行合并。但是多数情况下存在阈值效应,此时若仍对其进行合并,将引起精确研究的异质性,其原因是灵敏度及特异度之间的线性关系及负相关(或“灵敏度”与“1-特异度”呈正相关)。在存在阈值效应[11,12]时,诊断优势比(DOR)会随着诊断阈值的变化而变化,此时会出现非对称的ROC曲线。改进后的综合受试者工作特征(summary receiver operating characteristic,SROC)分析方法[13,14]将log (DOR)定为因变量,logit(TFP)+logit(FPR)为自变量进行线性回归,即(a为常量,b为回归系数),为目前最常用的分析方法。

在图8中,除了图形右边的提示菜单功能以外,还可以使用“6”键来绘制加权与非加权SROC logit回归图,如下图(图9)所示:

图7 敏感性及特异性森林图

图8 执行“L”键表示对图形的数据的说明

图9 加权与非加权SROC logit回归图

图9中,图形的右边A部分为该界面的菜单项,其具体内容操作者可自行尝试;B部分为分亚组,图形中不同颜色标记为不同亚组。

如果存在阈值效应导致的异质性,则最好的合并数据方法是拟合SROC曲线[15]和计算曲线下面积(AUC)[16],或使用其他统计指数如Q指数。拟合SROC曲线有很多种方法[17,18]:①如果曲线是对称的,默认选项是“Moses' constant of linear model”,当然用户也可根据自己需要选择“固定效应模型(FEM)”或者“随机效应模型(REM)”;②如果SROC曲线不对称,则只能用“Moses' constant of linear model”来合并DOR,从而拟合SROC和计算ROC曲线下面积(AUC)。

在图6界面中除了上述菜单外,依旧可以继续执行“6”键,可直接进入汇总准确性曲线图界面,具体如下图(图10)所示:

图10 汇总准确性曲线图

图10中,图形右边A部分为该界面菜单栏,该图已经经过其相关选项进行调试,具体其他功能选项,操作者自行尝试;B部分分别为对应于图形中加权与未加权后曲线下面积;C部分为亚组非配标记。

在上述的图形绘制中,除了每一个图形界面右侧显示的菜单功能以外,该软件还专门默认“6”键为图形种类切换。

5 结束语

至此,Meta-Test软件的全部功能就展示到这里,该软件在使用上除了是基于DOS系统外,其他的操作都十分方便,而且该软件的操作在每一个界面都有相应的提示信息作为参考。在数据的准确性上十分可靠且可以进行亚组分析,同时图形绘制功能也较为强大,有缺憾的是该软件运行不太灵活,且无法实现十字交叉图、散点图与边缘密度图的绘制。但其简易操作、准确数据处理及强大绘图功能,使得其目前在诊断性Meta分析中仍使用较为频繁,并且随着Meta-Test的更新和功能的更加完善,我们相信其应用前景更加广泛。

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本文编辑:姚雪莉

·循证理论与实践·

Application of Meta-Test software in Meta-analysis of diagnostic test accuracy

TAO Yuan*, SUN Yan-ling, HE Qian, LI Zhuan-zhuan, XU Yang-peng, YU Ya-yu, NIU Yu-ming, ZHANG Chao. *Center of Evidence-Based Medicine, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China.

ZHANG Chao, E-mail: zhangchao0803@126.com

Meta-Test software is specially and commonly used for diagnostic test accuracy (DTA) Meta analysis. Meta-Test software based on DOS system operation can accurately process data and draw delicate graphics which is informative in an easy and direct way, and it can perform a subgroup analysis at the same time. The convenient operation with guide, accurate and reliable data process, and powerful graphics function of Meta-Test software make it frequently used in DTA Meta analysis, but its imperfection is that it's unable to realize the drawing of crosshair plots, scatter plots and edge density plots. In this article a group of DTA Meta-analysis data was taken as an example to systematically demonstrate the whole function of Meta-Test software, including data preparation, analysis, results summary, and plots drawing.

Meta-Test software; Diagnostic test accuracy; DOS system; Meta analysis

R4

A

1674-4055(2016)06-0652-04

湖北省教育厅重点项目(D20142102)

1442000 十堰,十堰市太和医院(湖北医药学院附属医院)循证医学中心;2442000 十堰,十堰市太和医院(湖北医药学院附属医院)麻醉科;3442000 十堰,湖北医药学院口腔医学院12级;4442000 十堰,十堰市太和医院(附属湖北医药学院)教学办;5442000十堰,十堰市太和医院(附属湖北医药学院)口腔科
共同第一作者:孙艳玲

张超,E-mail:zhangchao0803@126.com

10.3969/j.issn.1674-4055.2016.06.04

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