微生物学、病毒学

康贻军，程洁，梅丽娟，等

微生物学、病毒学

植物根际促生菌的筛选及鉴定

康贻军，程洁，梅丽娟，等

目的：植物根际促生菌（PGPR）和植物的互作关系往往不稳定，PGPR菌群有可能提高菌株对野外环境的适应性。为此，本文根据PGPR促生机制的多样性，从不同植物根际土壤进行了PGPR的筛选及鉴定。方法：首先，按照固氮、解磷、解钾、拮抗6种常见病原真菌，同时能在植物根际定殖为基本初筛标准，然后在实验室条件下测定初筛菌株的多项促生能力（PGP），最后通过生理生化试验和16S rRNA基因序列分析对所筛菌株进行鉴定。结果：从江苏扬州、盐城等地土壤样品筛选出14株PGPR，具有体外抑菌、产NH3、产IAA、产HCN、产嗜铁素、解磷、溶钾、固氮以及产抗生素等促生能力。分类鉴定结果显示：7株属于假单胞菌屑（Pseudomonas）、3株属于类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、2株为芽孢杆菌属（Bacillus）、1株为布克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、1株为欧文氏菌属（Erwinia）。结论：所筛细菌具有多种促生能力，且能在根际定殖，为进一步构建多功能PGPR广适菌群提供菌株资源。

植物根际促生菌；筛选；鉴定

来源出版物：微生物学报, 2010, 50(7): 853-861

入选年份：2014

海洋放线菌研究进展

田新朋，张偲，李文均

摘要：海洋放线菌因其产生独特的次生代谢产物而备受世界的关注。本文以海洋放线菌的研究历史为主线，综述了海洋放线菌研究的发展历程，海洋放线菌的概念、生物资源、多样性及其分布状况、次生代谢产物以及基因组研究等方面，探讨了其生态功能，最后展望了我国海洋放线菌研究存在的问题及未来发展的前景。

关键词：海洋放线菌；次生代谢产物；生物资源；多样性

来源出版物：微生物学报, 2011, 51(2): 161-169

入选年份：2014

一个新的古菌类群——奇古菌门（Thaumarchaeota）

张丽梅，贺纪正

摘要：基于 16S rRNA基因的系统发育关系，古菌域（Archaea）被分为两个主要类群：广古菌门（Euryarchaeota）和泉古菌门（Crenarchaeota）。近 20年来，微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示，在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌，而且它们可能在自然界重要元素（N、C）的生物地球化学循环中发挥着重要作用。最初，这些未培养古菌因在16S rRNA基因系统发育上与泉古菌关系较密切而被称作中温泉古菌（non-thermophilic Crenarchaeota）。而近年来，对更多新发现的中温古菌核糖体 RNA基因序列和其它分子标记物进行的分析均不支持中温泉古菌由嗜热泉古菌进化而来的假设，而揭示其可能代表古菌域中一个独立的系统发育分支。基因组学、生理生态特征等分析也显示中温泉古菌与泉古菌具有明显不同的特征。因而专家建议将这些古菌（中温泉古菌）划分为一个新的门，成为古菌域的第三个主要类群——Thaumarchaeota（意译为奇古菌门）。这一新古菌门提出后得到其他研究证据的支持和认可。本文对目前已知的奇古菌门的分类地位演化、基因组学、多样性和生理代谢特征等作一简要综述。

关键词：中温泉古菌；奇古菌；rRNA基因；氨氧化古菌

来源出版物：微生物学报, 2012, 52(4): 411-421

入选年份：2014

利用PCR-DGGE未培养技术对中国白酒高温和中温大曲细菌群落结构的分析

高亦豹，王海燕，徐岩

摘要：采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCRDGGE）技术，研究了5种高温和中温白酒大曲细菌群落结构，通过优势条带切胶鉴定确定了大曲中优势细菌种属信息。结果表明，Weissella cibaria、Lactobacllus helveticus、L．fermentum、L．panis等乳酸菌普遍存在于5种大曲中，Thermoactinomyces sanguinis仅存在于高温曲酱曲中，同时DGGE检测到了传统方法未能分离鉴定的Staphylococcus xylous、Klebsiella oxytoca。不同工艺大曲细菌群落结构存在明显差异，随着制曲温度的升高，大曲细菌多样性指数有下降趋势。PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地研究白酒大曲细菌群落结构的技术。

关键词：大曲；16S rRNA V3；DGGE；细菌群落结构

来源出版物：微生物学通报, 2010, 37(7): 999-1004

入选年份：2014

广东与海南养殖罗非鱼无乳链球菌的分离、鉴定与特性分析

卢迈新，黎炯，叶星，等

摘要：从中国广东、海南罗非鱼主养区发生爆发性疾病的多个养殖场的罗非鱼病鱼体上，分离到多株致病菌株。人工感染试验显示分离菌株具有较强的致病力，有多株经腹部注射分离细菌浓度为1×106CFU/mL时可使100%的受感染鱼死亡，选择其中7株强毒株进行药物敏感性实验与鉴定。不同菌株对药物敏感性存在一定的差异但与菌株来源无相关性，29种抗生素中对13种敏感，7种不敏感、9种存在菌株的差异。各分离菌株均为革兰氏阳性菌，呈β溶血。采用链球菌快速鉴定系统ID 32 STREP、Lancefield分析及多项补充生理生化鉴定结果，初步判断为无乳链球菌Streptococcus agalactiae。PCR扩增16S rRNA基因和 GBS-specific gene cfb（CAMP factor）基因的全长序列，BLAST分析显示所有菌株的16S rRNA基因与GenBank上登录的无乳链球菌的相应序列高度同源（>99.8%），各分离菌株间的16S rRNA基因序列也高度同源（≥99.9%～100%）。各菌株cfb基因序列高度同源（100%），BLAST显示与已知无乳链球菌的相应序列也具有高度同源性（≥99.0%）。综合上述实验结果，可判定广东与海南罗非鱼主养区 2009年夏季发生的罗非鱼爆发性疾病的病原菌为无乳链球菌。

关键词：罗非鱼；无乳链球菌；致病性；生理生化；16S rRNA；cfb基因；药物敏感性

来源出版物：微生物学通报, 2010, 37(5): 766-774

入选年份：2014

一株高效纤维素降解菌株的分离鉴定及其酶学性质

钱林，郑巧利，付瑾，等

摘要：从黄浦江淀山湖的水底沉积物中筛选分离得到一株产纤维素酶的菌株。经细菌形态观察，生理生化实验并结合16S rRNA序列分析，鉴定该菌为蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus），同时发现其在系统发育树中处于一个独立的分支，推测该菌为bacillus属中一个新的亚种。对该菌株产酶及酶活特性进行了初步研究，发现纤维素酶的产生与细菌的生长密切相关。该菌株在37℃，pH 7.0的条件下，发酵66 h后纤维素酶活达到最高值4.58 U/mL。

关键词：纤维素酶；降解；16S rRNA；蜡状芽孢杆菌

来源出版物：微生物学通报, 2010, 37(4): 524-528

入选年份：2014

一株纤维素降解真菌的筛选、鉴定及酶学性质分析

甄静，王继雯，谢宝恩，等

摘要：通过对富含枯枝败叶的土壤样品进行富集培养，利用刚果红纤维素培养基初筛和酶活测定复筛得到产纤维素酶的一株真菌，将其命名为GC2-2，并对该菌株进行鉴定及酶学性质研究。结果：表明该菌株是一株耐高温、碱性纤维素酶的真菌GC2-2。通过18S rDNA分子克隆测定，该菌为球孢枝孢菌，其滤纸酶的活力优于CMC酶的活力。该菌所产酶的最适反应条件为温度35℃，最适pH值7.5。

关键词：真菌；球孢枝孢菌；碱性纤维素酶

来源出版物：微生物学通报, 2011, 38(5): 709-714

入选年份：2014

栓孔菌属漆酶高产菌株的初步筛选及其产酶条件的优化

司静，崔宝凯，戴玉成

摘要：利用显色反应对栓孔菌属（Trametes）进行了漆酶高产菌株的筛选，并对目标菌株的产酶条件进行了优化，在添加愈创木酚的固体培养基中，通过显色反应初步筛选出漆酶高产菌株东方栓孔菌Trametes orientalisCui 6300；进一步通过单因子分析、正交试验和 ABTS法确定了菌株Cui 6300的最适产酶条件：麦芽糖15 g/L，蛋白胨3 g/L，pH 4.8，Cu2+2.0 mmol/L，培养温度28℃，接种饼直径1.5 cm，此时酶活最高可达19.923 U/mL；同时探索了Cu2+浓度及添加时间对其菌丝生物量和漆酶活力的影响。研究表明，Cu2+最适添加浓度为 2.0 mmol/L，添加时间为接种后第3天。

关键词：漆酶；菌株Cui6300；初步筛选；条件优化；Cu2+

来源出版物：微生物学通报, 2011, 38(3): 405-416

入选年份：2014

利用响应面法优化ε-聚赖氨酸发酵培养基

张超，张克峰，侯书国，等

摘要：采用响应面法对白色链霉菌ZC7发酵合成ε-聚赖氨酸的培养基进行优化研究。采用Plackett-Burman法对8个因素进行了筛选，结果表明，葡萄糖、酵母膏和硫酸铵的浓度对ε-聚赖氨酸产量影响较大。用最陡爬坡试验及Box-Behnken设计进一步优化，利用Design-Expert软件进行二次回归分析，得到各因素的最佳浓度为：葡萄糖37.22 g/L，酵母膏6.9 g/L，硫酸铵6.55 g/L。在此优化条件下ε-聚赖氨酸的产量达到8.11 g/L，较单因素试验最高值提高24.6%。

关键词：白色链霉菌；ε-聚赖氨酸；优化；响应面

来源出版物：微生物学通报, 2011, 38(5): 641-646

入选年份：2014

河西走廊春季不同盐碱土壤中微生物数量、酶活性与理化因子的关系

牛世全，杨建文，胡磊，等

摘要：目的：揭示盐碱土壤微生物量与土壤因子间的关系。方法：选择河西走廊不同盐碱程度的 11个样点在春季进行采样，研究了土壤的微生物数量、酶活和理化性质，并对其进行方差分析、简单相关分析、逐步回归分析和主成分分析。结果：河西地区原生盐碱地、次生盐碱地与农田土在土壤理化性质和土壤微生物数量等方面均有差异；河西地区土壤较贫瘠，土壤微生物数量较低，且分布有规律性，即原生盐碱土<次生盐碱土<农田土；放线菌、真菌、碱性磷酸酶、脲酶和有效磷5个因子是引起土壤微生物数量、酶活性与理化因子之间相关性的主要因素。结论：结果证实河西地区盐碱土壤中磷的循环很大程度上影响着土壤微生物数量。

关键词：河西走廊盐碱土壤；土壤微生物的数量；土壤酶活性；理化因子；相关关系

来源出版物：微生物学通报, 2012, 39(3): 416-427

入选年份：2014

不同红树林地区老鼠簕内生放线菌的分离及其环境适应性

唐依莉，王蓉，洪葵

摘要：目的：比较不同红树林地区的老鼠簕内生放线菌的地理分布，了解内生放线菌与其所处环境的相关性。方法：分别从5个不同地点的红树林采集老鼠簕全株植物，采用9种分离培养基，从植株不同部位分离内生放线菌，用16S rRNA基因序列分析鉴定到属，用添加不同NaC1浓度的ISP2液体培养基进行耐盐度测试，用无氮基础培养基进行固氮活性测试。结果：共分离得到内生放线菌52株，其中从叶、茎和根部分别获得5株、2株和45株，花和果中未分离到。52株内生放线菌分别属于小单孢菌属（47株），链霉菌属（3株），疣孢菌属（1株）和继生菌属（1株）。48株菌表现出耐盐或嗜盐特征，其中18株最高耐盐度20%，4株不能在无盐条件下生长，12株菌可在含有3.3% NaC1的培养基上生长良好。4株菌可在无氮培养基下生长。结论：对47株内生小单孢菌的地理分布分析表明，老鼠簕内生小单孢菌的类群因不同地理位置有很大差异。耐盐和固氮活性测试结果表明了老鼠簕内生放线菌对环境的适应性。

关键词：内生放线菌；老鼠簕；耐盐性；固氮活性

来源出版物：微生物学通报, 2012, 39(1): 25-32

入选年份：2014

聚类分析在黄霉素发酵过程中的应用

吴家鑫，张国栋，刘晓洁，等

摘要：目的：将聚类分析的方法应用于黄霉素摇瓶发酵条件的优化过程中。方法：通过系统聚类算法、K均值聚类算法和模糊C均值聚类算法对不同批次黄霉素发酵的摇瓶数据的聚类分析进行比较，发现模糊C均值聚类算法优于其他聚类算法，确定了以模糊C均值聚类算法对黄霉素摇瓶发酵数据进行聚类分析。结果：然后利用模糊C均值聚类算法选取优质组样本，并利用优质样本优化了黄霉素摇瓶发酵的控制参数分布范围。结论：这充分证明了聚类分析在发酵过程的优化过程中有良好的实用性。

关键词：聚类分析；黄霉素；发酵

来源出版物：微生物学通报, 2012, 39(6): 865-871

入选年份：2014

微生物在近海氮循环过程的贡献与驱动机制

龚骏，张晓黎

摘要：人类活动导致海岸带氮超载而富营养化，进而引起更多的生态环境问题。在全球变化背景下，进一步揭示微生物驱动的氮循环过程的驱动机制及贡献，对评价与预测近海生态系统服务功能变化、管理决策等至关重要。本文介绍了固氮、氨化、硝化、反硝化、硝酸盐铵化、厌氧氨氧化过程在近海多种生境沉积物中的生物地球化学（速率、通量、贡献）与微生物生态学（功能类群丰度）特征及时空变化规律，阐述温度、溶氧、盐度、活性溶解有机碳、无机氮、沉水植物、底栖动物活动等因素对各过程速率的影响及对各竞争性类群或过程（氨氧化细菌/氨氧化古菌，反硝化/硝酸盐铵化/厌氧氨氧化）的调控机制，并简析了海岸带微生物氮循环研究所面临的机遇与挑战。

关键词：近岸海洋环境；富营养化；海洋氮循环；微生物生态；生物地球化学

来源出版物：微生物学通报, 2013, 40(1): 44-58

入选年份：2014

菌根真菌的碳氮循环功能研究进展

郭良栋，田春杰

摘要：菌根（Mycorrhiza）是土壤真菌与植物根系形成的共生体（Symbiont），真菌一方面从植物获取碳水化合物，同时帮助植物吸收氮等矿质养分，因此，菌根真菌在生态系统的碳氮循环过程中发挥重要的作用。研究结果表明，菌根真菌可利用约4%～26%的植物净光合固定的碳水化合物，而其生物量和分泌物（如球囊霉素）具有重要的土壤碳汇功能；同时菌根真菌可参与土壤复杂有机质的降解过程。在菌根共生体系中，氮从根外菌丝到根内菌丝的传输经历了一个无机-有机-无机的转变过程。本文重点总结分析了菌根真菌在碳氮代谢功能与机理等方面的国内外最新研究进展，以及目前存在的主要问题与未来的研究重点。

关键词：菌根真菌；生物量；碳汇；氮吸收；代谢机理

来源出版物：微生物学通报, 2013, 40(1): 158-171

入选年份：2014

云南干热环境可培养高温放线菌多样性及产纤维素酶活性评价

张敬，何伟宏，唐蜀昆，等

摘要：目的：探索云南东川干热河谷、元谋土林以及昆明周边高温堆肥、热泉等环境可培养高温放线菌的多样性及其产纤维素酶的潜力。方法：利用稀释涂布平板法从采集于上述环境的样品中分离得到菌株500余株，通过形态去重复后对300余株进行16S rRNA基因测序分析，并对获得的菌株利用刚果红染色的方法进行纤维素酶活性初步筛选。结果：分离到的菌株共分布于放线菌纲下9个亚目15个科33个属，其中候选新属2个、候选新种3个。451株菌的纤维素酶筛选结果显示57%具有纤维素酶活性，其中链霉菌、小单孢菌、野野村氏菌在纤维素酶活性菌株中占较大比例。结论：云南干热环境下蕴含着丰富的放线菌资源，纤维素酶初步筛选显示出了良好的降解活性，为下一步的深入研究提供良好的菌源。

关键词：干热环境；高温放线菌；多样性；纤维素酶

来源出版物：微生物学通报, 2013, 40(6): 1109-1120

入选年份：2014

土壤氮素转化的关键微生物过程及机制

贺纪正，张丽梅

摘要：微生物是驱动土壤元素生物地球化学循环的引擎。氮循环是土壤生态系统元素循环的核心之一，其四个主要过程，即生物固氮作用、氨化作用、硝化作用、反硝化作用，均由微生物所驱动。近 10年来，随着免培养的分子生态学技术和高通量测序技术等的发展，在硝化微生物多样性及其作用机理、厌氧氨氧化过程和机理等研究方面取得了突破性进展。本文重点阐述了我国有关土壤硝化微生物方面的研究进展，在此基础上，简要介绍了反硝化微生物和厌氧氨氧化及硝酸盐异化还原成铵作用的研究进展，并对今后的研究工作提出了展望。今后土壤氮素转化微生物生态学的研究，应瞄准国际微生生态学发展的前沿，加强新技术新方法的应用，结合我国农业可持续发展、资源环境保护和全球变化研究的重大需求，重点开展以下几方面的工作：1）开展大尺度上土壤硝化作用及氨氧化微生物分布的时空演变特征及驱动因子的研究；2）加强氮素转化关键微生物过程与机理的研究，并与相关过程的通量（如氨挥发、N2O释放）和反应速率（如矿化速率、硝化速率）关联起来；3）在特定生态系统中系统研究各个氮转化过程的耦合关系，构建相关氮素转化和氮素平衡模型，为定向调控土壤氮素转化过程，提高氮素利用效率并减少其负面效应提供科学依据。

关键词：氮循环；氨氧化微生物；硝化/反硝化作用；厌氧氨氧化作用；硝酸盐异化还原成铵作用；土壤生态系统

来源出版物：微生物学通报, 2013, 40(1): 98-108