植物耐盐基因筛选方法及其转基因育种研究
2015-08-08韩强贺雪莲卓仁英何正权
韩强+++贺雪莲+++卓仁英++何正权
摘要:植物对盐胁迫的耐受性是一个复杂的过程,涉及渗透调节、离子平衡和区域化及抗氧化防御系统等多个方面。综述了植物耐盐基因的筛选方法(抗性表达文库、耐盐突变体的图位克隆、基因差异表达和电子克隆)及通过这些方法所获得的部分耐盐基因;并在此基础上简述了耐盐基因在改良植物抵御盐胁迫方面的应用概况。
关键词:盐胁迫;耐盐基因;基因克隆;转基因育种
中图分类号:Q789 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2015)13-3078-05
DOI:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2015.13.002
Screening Method of Salt Tolerance Genes and Transgenic Breeding in Plants
HAN Qiang1,2,HE Xue-lian1,2,ZHUO Ren-ying2,HE Zheng-quan1
(1. Biotechnology Research Center, China Three Gorges University, Yichang 443002, Hubei, China;
2.Research Institute of Subtropical Forestry, The Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China)
Abstract: Salt stress tolerance of plant is a complex process involving in osmotic adjustment, ion balance and regionalization and antioxidant defense system. The screening method for plant salt tolerance genes (resistance expression library construction, Map-based cloning of salt-tolerant mutant, differentially expressed genes and electronic cloning) and some salt tolerance genes obtained by these methods were reviewed, and based on this, the general situation of the application of salt-tolerant genes improving plants salt stress tolerance was briefly discussed.
Key words: salt stress; salt tolerance gene;gene cloning; transgenic breeding
高盐环境严重影响植物的生长和发育,是造成作物减产的主要原因之一,高盐环境甚至导致作物减产50%以上,严重制约了现代农业的发展。部分地区由于降雨量少、海水倒灌以及采用大棚种植,土壤中盐分日积月累,导致世界范围内土壤盐渍化日趋严重和可耕地日趋减少。研究植物耐盐胁迫的分子机制,寻找改良植物耐盐性的有效方法已成为植物分子生物学家研究的热点。植物耐盐机理涉及多种基因和分子的协调作用[1],一般来讲,植物的耐盐性与盐分的吸收、运输、分配、生物膜功能、离子区域化作用及渗透调节物质的合成和积累密切相关[2]。对于植物耐盐基因工程来讲,获得关键耐盐基因及其功能鉴定显得尤为重要。本文综述了近几年来耐盐基因的主要筛选方法(抗性表达文库、抗性突变体的图位克隆、基因差异表达、基因电子克隆)和耐盐相关基因及其在植物改良方面的应用。
1 耐盐基因筛选表达文库
通过转基因技术提高植物耐盐性的基础是了解植物耐盐的分子机制和耐盐相关的基因,而解决这两个问题首先是要克隆到足够多的耐盐相关基因。目前,主要是通过构建cDNA文库和基因组文库筛选法大规模筛选耐盐相关基因。
1.1 cDNA-文库
cDNA是由信使RNA反转录而来的,它代表特定的组织材料在特定阶段所表达的基因,排除了基因组文库中内含子序列对筛选相关性状基因的影响,使筛选相关基因更加简单。例如cDNA-酵母表达文库,作为生产真核异源蛋白的宿主菌,酵母集分子遗传操作、原核微生物的生长性质、真核蛋白质的翻译后加工修饰等特点于一体,并且繁殖快,操作简单,是一种研究遗传学和分子生物学的有效工具,在挖掘耐盐资源的研究中得到广泛应用。杨晔[3]以筛选出的高耐盐旱柳无性系I-32为材料构建了旱柳全长cDNA文库。对随机挑取的阳性克隆进行聚合酶链式反应(PCR)鉴定,插入片段平均长度为1 000 bp左右, 说明所构建的文库达到了用于目的基因分离筛选和表达的建库要求。通过尿嘧啶缺陷型培养基添加80~130 g/L氯化钠筛选文库,得到两个耐受130 g/L 的酵母转化子,插入片段分别为615 bp和1 152 bp,序列比对结果表明1 152 bp的cDNA与耐盐性有关。
1.2 基因组-文库
构建插入大片段基因组文库则可以更容易地分离到目的基因的全长DNA序列及调控元件。基因组文库主要是将大的基因组DNA片段与YAC或BAC连接转化酵母、细菌进行筛选。孟祥宗[4]以pCClBAC为载体,构建了盐藻(Dunaliella viridis)基因组细菌人工染色体(BAC)文库。该文库共有9 216个转化子,插入片段平均长度为55 kb,约覆盖4倍盐藻基因组。同时还构建了该文库的四维PCR基因筛选体系,利用该体系可以通过4轮PCR快速筛选获得阳性单克隆,为克隆盐藻耐盐基因提供了更加便利的条件。Wang等[5]则构建了盐芥的细菌人工染色体文库(BIBAC),通过农杆菌侵染拟南芥筛选耐盐基因,对200个株系进行筛选,发现其中1个株系与野生型相比具有更高的耐盐性,说明该文库可能含有耐盐基因。endprint
2 植物耐盐性突变体的诱导筛选与耐盐基因图位克隆
图位克隆是在植物分子标记图谱的基础之上建立的一种基因克隆技术。首先,利用分子标记技术对目的基因进行定位;其次,用与目的基因紧密连锁的分子标记筛查DNA文库,然后构建包含目的基因区域的物理图谱;最后,通过染色体步移等方法找到包含目的基因的克隆。随着分子标记图谱的发展,图位克隆技术已逐渐成为一种分离基因的常规方法,并被广泛应用。筛选植物耐盐性突变体并对其所在基因进行图位克隆是获得相关耐盐基因的重要手段。突变体的获得方法主要有化学诱变、物理诱变和T-DNA插入法等。周立名等[6]用EMS(甲基磺酸乙酯)诱变处理海沃德与红阳猕猴桃叶片,在含1.0 g/L NaCl的培养基上通过胚性愈伤组织诱导得到11株海沃德和10株红阳的组培苗,再通过继代培养筛选鉴定,诱变处理所得植株与正常培养的植株相比,其耐盐性明显提高。毛桂莲等[7]用不同剂量的60CO γ射线对以枸杞叶为外植体诱导出的愈伤组织进行辐射处理,并将恢复增殖的愈伤组织采用逐步提高盐浓度的方法,直到筛选出耐1%的愈伤组织变异体,通过对其生理生化的分析表明,变异体在不同盐浓度胁迫下干、鲜重增长均高于对照组。高蕾[8]通过T-DNA插入法转化拟南芥获得了突变体AT6和AT13,其在萌芽和幼苗生长过程中表现了耐盐性状,并通过对Tail-PCR扩增产物的测序结果和拟南芥基因组序列的比对进而确定了AT6和AT13突变体中T-DNA的插入位点分别位于基因At1g73660的第三个外显子上和At3g58110(含有一个内含子的功能未知蛋白)的第 854个碱基处,因此造成基因的功能缺失。Ren等[9]分离了盐胁迫下水稻耐盐品种的一个数量性状位点,并利用图位克隆技术克隆得到基因SKC1,该基因的优先表达部位是木质部导管周围的薄壁细胞,该基因还是编码HKT型转运成员中的一个。Voltage-clamp分析表明SKC1蛋白的功能是作为Na+的选择性运输者,生理学分析表明,SKC1基因与调节盐胁迫下K+/Na+的动态平衡有关。
3 基因差异表达分析
以差异筛选、削减杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法在被不断完善。目前,常用的基因差异表达分析的技术主要有DDRT-PCR、RDA、SSH、cDNA-AFLP、cDNA微阵列技术(cDNA microarrays)等。
3.1 mRNA差异显示技术
mRNA差异显示反转录PCR(Differential display reverse transcription PCR,DDRT-PCR)技术是由Liang和Pardee1992年创立的,自创立以来,该技术已经成功分离出水稻抗盐碱,小麦春化、水稻抗稻瘟病等多种基因。聂新辉等[10]分别提取胁迫和非胁迫棉花叶片的总RNA,采用mRNA差异显示技术(DDRT-PCR),经二次PCR扩增,获得了41条表达稳定且重复性较好的差异条带。周涵韬等[11]利用从福建龙海红树林自然保护区采集白骨壤的隐胎生果实为材料,利用mRNA差异显示技术分离盐胁迫下红树植物白骨壤耐盐相关cDNA,发现了3个差异DNA片段只在高盐培养条件的白骨壤基因组中表达,而在无盐培养条件中没有出现。对这3个差异cDNA片段进行RNA杂交,结果显示,只有一个片段在高盐中有杂交斑点,并且在无盐中没有杂交斑点,而其余2个片段在高盐和无盐条件下都没有杂交斑点出现。进而表明在高盐中有杂交斑点的片段就是耐盐相关cDNA。
3.2 代表性差异分析
代表性差异分析(Representational difference analysis,RDA)与SSH相比在富集能力上非常出色,对靶序列的富集程度可超过106倍[11],即使在占试验材料很小比例(少于1%)的细胞中差异表达的基因也可以轻易获得分离[12]。然而,由于没有解决不同的mRNA在丰度上存在巨大差异的问题,经过多轮扣除杂交之后,RDA会优先富集高拷贝序列而不利于低拷贝序列的富集。刘小磊[13]将三叶期盐稻1号秧苗分为两组,处理组在300 mmol/L(1.76%) NaCl溶液处理24 h,对照组不加NaCl。利用cDNA代表性差异分析(RDA)技术,分离到1种cDNA差异片段(基因)与盐胁迫相关,得到的cDNA差异片段的蛋白翻译序列和推测的水稻胁迫诱导蛋白的氨基酸序列具有同源性。
3.3 抑制消减杂交
抑制消减杂交(Suppressive subtraction hybridization,SSH)是20世纪末期发展起来的一种高效分离差异表达基因的方法。该技术因具有操作简便、特异性强、背景低、重复性好的优点,在基因克隆方面应用较多。刘天明等[14]利用抑制消减杂交技术构建了条锈菌接种初期小麦抗性种质叶片的SSH-cDNA文库。通过对文库的筛选,获得了一些与植物抗逆信号转导、转录调控及防御有关的基因,如O-甲基转移酶基因ZRP4,但没有对其功能进行进一步的研究。Mohammad等[15]用3%盐溶液处理红树,构建了红树根的cDNA文库,用SSH筛选与盐胁迫相关基因,从SSH文库中分离并测序了240个上调的EST(表达序列标签),有13个基因与该植物的耐盐性有关,其中确定参与类异戊二烯的合成的两个转录因子和几个基因与红树的耐盐性有关。
3.4 cDNA 扩增片段长度多态性
cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-amplified fragmentlength polymorphism,AFLP)技术是Bachem等[16]提出的一种基因差异表达鉴定技术,因具有可靠性、高效性和不需预先知道序列信息等优点而被广泛应用于植物基因的克隆[17-19],贾晋等[20]采用256对引物对不同盐浓度梯度处理48 h后的6个盐爪爪样品进行cDNA-AFLP分析,共得到差异表达条带155个,片段大小分布为100~1 000 bp,测序后获得176个新表达序列标签(ESTs)。endprint
3.5 cDNA微阵列
cDNA微阵列(cDNA microarrays)技术可以定量检测基因表达水平,既可以同时比较不同样品基因表达水平的差异,也能够提供某一基因或一群基因的表达模式与其他基因表达模式相互间关联的信息。在转录组水平比较分析相近物种的基因表达谱(Expressed profile)是一种揭示耐盐性植物与非耐盐性植物表型差异的有效方法[21]。赵宝存等[22]利用基因芯片技术,分析盐胁迫下耐盐小麦RH8706-49的小麦根部基因的表达情况,获得了61 215个小麦基因的差异表达图谱,其中有近20%的基因表达量发生了变化(上调和下调),这些基因可能与耐盐密切相关。赵洁[23]利用Affymetrix公司的截型苜蓿基因组芯片(Medicago genome array),包括61 278个探针,检测疏叶骆驼刺幼根在220 mmol/L NaCl胁迫处理0 h和24 h的差异表达基因,差异表达基因266个,其中上调的有147个,下调的有119个,分析发现差异表达基因中有些对疏叶骆驼刺的耐盐性可能有重要的影响,其中富含脯氨酸蛋白基因(PRP2,Mtr.40069.1.S1_x_at)是PRPs家族成员,被假设为植物生长调控、导管分化、抗逆的分子构架[24]。Kawasai等[25]利用基因芯片对水稻耐盐品种(Pokkali)在盐处理后不同时间的基因表达谱进行了比较,结果表明,在盐处理15 min至6 h内,约有33%的基因出现上调表达,而在对照品种中只有7%的基因上调表达。Michael等[26]运用高通量微矩阵从18 432个点阵中寻找拟南芥的耐盐基因。
4 基因电子克隆
基于表达序列标签(Expressed sequence tags,ESTs)的基因电子克隆(Gene cloning)策略是近年来发展起来的一门快速克隆基因的新技术,其技术核心是利用生物信息学组装延伸ESTs序列,获得基因的部分乃至全长cDNA序列进一步利用RT-PCR的方法进行克隆分析验证。叶妙水[27]根据陆地棉耐盐性抑制消减文库中的一个S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因的同源EST设计引物,利用RACE结合RT-PCR技术克隆陆地棉S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因的cDNA全长,命名为GhSAMS。Real-time PCR分析结果表明,GhSAMS的表达受盐胁迫诱导,在盐敏感材料中诱导被推迟,而且该基因在耐盐材料“9835”中的表达水平明显高于盐敏感材料S9612。黄骥等[28]从盐胁迫下水稻幼苗的cDNA文库中分离得到约500 bp的EST序列S121,利用S121序列作为信息探针,搜索GenBank中的水稻EST库,将两个与S121部分序列一致的EST重叠群进行拼接后设计引物克隆出OsZFP基因,该基因可能涉及盐胁迫下基因的表达调控。
5 与耐盐相关的基因
目前已经克隆了许多耐盐碱的相关基因(表1)。由表1可知,根据其作用机制可分为以下5类基因:①具有渗透保护功能的基因;②与离子吸收和区域化有关的基因;③与抗氧化胁迫相关的基因;④参与胁迫信号转导的基因;⑤编码转录因子的基因。
6 植物耐盐性改良
作为世界上人口最大的国家,粮食对于每一个中国人而言尤为重要,而土壤盐渍化是影响植物正常生长,导致农作物减产的主要因素之一。据统计,全球有3.8亿hm2的盐碱土地,而中国1亿hm2耕地中有10%属于盐碱土地,严重影响了中国农业的发展。因此,研究植物的耐盐机理,改善植物在盐渍化土壤条件下的生长具有重大意义。
改善植物在盐渍化土壤中的生长状况主要有两种方法:一是通过大型的排灌工程或施用大量化学药剂来改良土壤;二是通过生物技术培育耐盐植物品种来适应盐渍环境。前者不仅耗资巨大,且大量化学物质的施入还会加重土壤的次生盐渍化;而随着基因工程的飞速发展,已经成功克隆了一些耐盐相关基因,并获得了耐盐性显著提高的转基因植物。目前已报道的转基因耐盐植物有水稻[27]、豆瓣菜[28]、番茄[29]、烟草[30]、杨树[31]等。Jang等[29]将编码大肠杆菌海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)和海藻糖-6-磷酸磷酸酯酶(TPP)融合蛋白的双功能蛋白(TPSP)基因转入水稻,转基因水稻中海藻糖的积累显著增加,并表现出对干旱、盐渍、寒冷等多种环境胁迫的抗性。李银心[30]将山菠菜甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因经根癌农杆菌介导转入豆瓣菜,得到经PCR和Southern检测呈阳性的再生植株。张桂和等[31]将海蓬子Na+/H+逆向转运蛋白基因转人番茄中,转基因植株的相对含水量、质膜透性、K+/Na+比和叶绿素含量明显高于对照,这说明Nhap基因起到了调节作用。Qiu等[32]将异戊烯转移酶基因通过拟南芥侵染成功地转入烟草,在用150 mmol/L NaCl胁迫时,转基因植株叶绿素含量和SOD的活性均高于对照,而MDA的水平却低于对照,说明异戊烯转移酶基因有助于植物耐盐性的提高。杨春霞[33]将DREB1C基因转入杨树,将4周龄的对照植株和转基因植株分别放入1/2 MS液体培养基(浓度为150 mmol/L NaCl和 200 mmol/L NaCl)中,观察植株在两种盐梯度下的萎蔫情况及其差异。4周后发现转基因植株的耐盐能力均强于对照植株。
7 小结与展望
植物的耐盐性是多基因控制的,涉及离子吸收、转运、胁迫响应和解毒等诸多生理过程,上述对这些生物过程相关基因的鉴定方法都各有优劣。耐盐筛选表达文库是一种实用性较高的基因筛选方法,一个好的文库可以同时筛选到多种耐盐基因,在筛选新的耐盐基因时可大大节约时间,但利用表达文库筛选耐盐基因是一项繁重的工作,而且其揭示的基因信息不够完整,部分基因功能往往需要进一步鉴定。在不清楚基因产物和结构的情况下,可以利用图位克隆实现基因克隆,但图位克隆法仍需构建完整的基因组文库,建立饱和的分子标记连锁图,并且涉及大量的测序工作,不适于基因组大、标记数目不多和重复序列较多的植物。与传统的基因克隆方法相比,电子克隆具有速度快、对试验仪器需求简单、试验成本和技术要求较低等优点。但也存在一些缺点,电子克隆受到已有EST数目的限制,其应用的普遍性较低。因此,电子克隆和图位克隆一样,更适合在拟南芥、水稻、番茄等模式植物中使用。利用基因差异表达分析方法克隆耐盐基因也存在一些需要解决的问题,例如得到的通常都是较小的差异片段,要获得全长cDNA,仍需进行cDNA文库筛选;对mRNA质量要求较高,对于某些材料不适用;一些低拷贝差异表达基因的信息易丢失等。endprint
随着植物耐盐机理研究的深入,耐盐基因筛选技术的不断发展和改进,将不断获得更多的与植物抵御盐胁迫相关的基因和转基因耐盐植物。相信随着分子生物学理论和试验技术的快速发展,人们有望更好地揭示植物的耐盐机理,这将为植物耐盐性的遗传改良提供可能。
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收稿日期:2014-11-15
基金项目:国家自然科学基金项目(31300508)
作者简介:韩 强(1988-),男,湖北大悟人,在读硕士研究生,研究方向为植物抗逆性,(电话)18258114260(电子信箱)John_h9@163.com;
通信作者,何正权,教授,(电子信箱)zhq_he@ctgu.edu.cn。endprint