马鞍山地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性调查

2014-08-07陈蓉华周豫军

皖南医学院学报 2014年3期

陈蓉华，侯杰，晏斌，周豫军

(马鞍山市公安局刑警支队刑科所，安徽马鞍山 243000)

采用AmpFISTR Identifiler荧光标记复合扩增系统，对安徽马鞍山地区292名汉族无关个体D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA 15 个 STR 基因座进行基因分型，并通过PowerStats软件对原始数据进行统计分析，旨在获得马鞍山地区汉族人群的等位基因频率数据，调查该系统在本地区汉族人群中的应用价值。

1 材料和方法

292名无关汉族个体样本均来自马鞍山三县及市辖区，系本实验室日常检案积累。所有血样均用硅珠法［1］提取DNA 后，采用AmpFISTR Identifiler试剂盒(ABI公司)，10 μl扩增体系，在9700型扩增仪上对15个STR基因座进行复合扩增，扩增产物用ABI3130xl型遗传分析仪检测，得到STR分型结果。用PowerStats软件(美国Promega公司)对原始数据进行处理［2］，获得各基因座的等位基因频率、杂合度观察值(HO)、个人识别率(DP)、非父排除率(PE)、偶合概率(Pm)和多态性信息总量(PIC)等群体遗传学参数;按文献［3－4］方法计算杂合度期望值(He)、累计个人识别能力和累计非父排除率。

2 结果

292名无关个体的15个STR基因座的等位基因频率见表1。按文献［5］的方法，将低频率的等位基因并组统计，经χ2检验，所有基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05，无显著性差异)。15个基因座共检出157个等位基因，频率分布在0.001 7～0.558 2之间;基因型共465种，频率分布在0.003 4～0.298 0之间。292名无关个体的15个STR基因座的遗传学参数见表2。

表1 马鞍山地区汉族人群15个STR基因座的等位基因及频率

3 讨论

此次调查15个STR基因座，发现有6个基因座检出14个等位基因阶梯以外的等位基因，分别是D21S11 的30.3、31.1，D7S820 的 9.1、9.2，D3S1358的11、20，D13S317 的 7，D19S433 的 18.2，FGA 的16.2、20.2、22.2、23.2、24.2、25.2，以 FGA 为多，有6个。可能与本文调查的群体差异、地域差异有关。包含这些等位基因阶梯以外的等位基因的样本均经过了重复扩增电泳分型的验证，并排除了PCR扩增和电泳异常等外在原因后确定。这些等位基因阶梯以外的等位基因的频率很低，除FGA的22.2、23.2以外均低于 0.008 6，但大部分在以往文献［6－10］中亦有报道发现。因此，开发适合中国人群的STR检验系统、根据不同人群制作ladder，显得十分必要。

由表2数据可见，15个基因座的杂合度观察值(HO)在0.595 9 ～0.859 6 之间，杂合度期望值(He)在0.611 0～0.866 7之间，个人识别率(DP)在0.793 6 ～0.964 3 之间，非父排除率(PE)在0.286 0～0.775 9 之间，偶合概率(Pm)在 0.0357 ～0.206 4之间，多态性信息总量(PIC)在0.551 2 ～0.852 4 之间。累计个人识别率达0.999 999 999 999 999 985，累计非父排除率为 0.999 998 96。除 CSF1PO、D3S1358、TH01、TPOX基因座外，其余11个基因座均属高鉴别力、高杂合度的基因座(H≥0.73、DP≥0.91)。表明该系统在马鞍山地区汉族人群中具有高度多态性，该15个STR基因座的联合应用可以满足本地汉族人群法医学亲权鉴定、个体识别以及DNA数据库的建立。