WONCA研究论文摘要汇编——快速全基因组测序法用于新生儿MRSA暴发调查

WONCA研究论文摘要汇编
——快速全基因组测序法用于新生儿MRSA暴发调查

背景 甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌 (MRSA)的分离株属单一谱系，现有的分型技术还无法对其进行辨认。全基因测序可提高辨认能力以确定传播途径及暴发特性。方法 对某新生儿重症监护室假定暴发的MRSA进行了调查。采用快速高通量测序技术，以满足临床对出报告时间的需求。对与暴发有关的7个分离株及同一家医院携带MRSA或菌血症相关的7个分离株的DNA进行回顾性排序。结果 通过对核心基因组与参照基因组的单核苷酸多态性的比较〔流行性MRSA克隆、EMRSA-15(序列类型22)〕构建了种系树。揭示了暴发分离株为独特群簇，这些分离株与非暴发分离株存在着清晰的分界。发现了不属于此次暴发的之前2例菌血症患者之间的传播事件。构建了人工抗生素-抗性基因组的“抗性基因”，证实其与表型敏感试验的结果一致;构建了含毒素基因“毒性基因组”。与其他暴发分离株相比，具有超突变表型的暴发分离株的单核苷酸多态性 (SNPs)数目要多，增加了利用简单阈值识别分离株之间SNPs数目的难度，而SNPs数目是用以确定他们是否为近期传播链的菌株。结论 全基因测序可在某时间框架内为临床提供相关数据，因而有利于患者治疗。对自动化数据解释和具有临床意义报告准备的需求表现出临床实施中的障碍。

原文见:Claudio U Köser，Matthew TG Holden，Matthew J Ellington，et al.Rapid Whole-Genome Sequencing for Investigation of a Neonatal MRSA Outbreak.N Engl J Med，2012，366:2267-2275.Published at:http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1109910

(中国石油中心医院周淑新译)