湖北省油茶资源遗传多样性的SRAP分析
2011-01-02刘双青董妍玲
张 婷,刘双青,梅 辉,董妍玲
(1.荆楚理工学院 生物工程学院,湖北 荆门 448000;2.武汉生物工程学院,生物技术系 武汉 430415)
油茶(Camellia oleifera)属山茶科山茶属,是我国南方主要的木本食用油料树种之一.油茶的主要产品茶油,被誉为东方橄榄油,已被广泛地应用于食品、工业、医药、化妆品等领域,具有很高的社会经济价值[1].
湖北省曾是全国油茶主产区之一,但由于种种原因,油茶产业发展长期停滞不前.近年来,国家和各级地方政府高度重视油茶产业,通过培育良种、规范种植等措施推动油茶产业的发展.目前对油茶的研究多集中在产业现状分析、病虫害防治和田间管理等方面[2-3],关于油茶遗传多样性的报道较少,仅对油茶无性系的分析中略有涉及.遗传多样性研究是植物种质资源保护、品种改良和开发利用的基础.本研究采用SRAP(sequence-related amplified polymorphism,相关序列扩增多态)技术对我省5个地区油茶进行分析,揭示其遗传多样性水平,探讨其亲缘关系,为我省油茶种质资源的保存、育种和综合利用提供参考.
1 材料和方法
1.1 样品采集
分别于恩施鹤峰、武汉新洲、黄石阳新、咸宁横沟桥和黄冈红安5个地区采集油茶新鲜幼嫩、无病虫害的叶片,放于冰盒中带回实验室,保存于-70℃冰箱.试验样品如表1所示.
表1 油茶样品采集地、代号及数量Tab.1 Localities codes and numbers of Camelliaoleiferain this study
1.2 基因组DNA提取和SRAP-PCR扩增
采用改进的CTAB法提取基因组DNA[4].采用优化的SRAP反应体系和筛选的11对引物组合对48份样品进行PCR扩增[5].扩增产物用8%的变性聚丙烯酰胺凝胶银染检测.
1.3 数据分析
每个样品的扩增电泳条带按有(1)和无(0)统计,构成遗传相似矩阵.把0、1矩阵输入POPGENE version 1.32软件计算多态位点百分率(PPB,percentage of polymorphic bands)、Nei′s遗传多样性(H,Nei′s gene diversity)、Shannon′s信息指数(I,Shannon′s information index)、各居群间的遗传分化系数(Gst,coefficient of population differentiation)、Nei′s遗传距离 (D,genetic distance).根据各居群遗传距离,再利用NTSYS-pc软件按照不加权成对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析.
2 结果与分析
2.1 SRAP扩增结果
11对引物对5个居群的48个油茶样品进行PCR扩增,共获得扩增条带64条,其中具有多态性的条带60条,占93.75%.扩增条带大小集中在100~2 000bp,平均每对引物扩出5.82条带,其中5.45条具有多态性(表2),表明SRAP检测出较多的遗传位点,获得多态性较高的PCR结果,体现了供试材料之间广泛的遗传差异.
表2 油茶SRAP标记的多态性Tab.2 Amplification results from 11primer combinations
2.2 样品的遗传相似性分析
对48份油茶样品的扩增结果进行Nei-Li相似性系数(GS)计算,结果显示来自武汉新洲的1号样品(XZ01)和来自黄冈红安的5号样品(HA05)之间遗传相似性系数最小,为0.469;而来自咸宁横沟桥的3号样品(HGQ03)和来自黄石阳新的4号样品(YX04)间遗传相似性系数最大,为0.906.平均GS值为0.653,变幅为0.437,表明这些油茶样品间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性.
2.3 各地理居群的遗传多样性分析
油茶各居群的遗传多样性分析结果见表3.5个居群中等位基因平均数(Na)介于1.437 5和1.703 1之间,平均为1.606 3,有效等位基因数(Ne)介于1.3791和1.5989之间,平均为1.5161,Nei′s遗传多样性(H)介于 0.199 7 和0.320 0之间,平均值为0.274 8,Shannon's信息指数(I)介于0.282 8和0.454 4之间,平均值为0.389 9,PPB 介于43.75% 和70.31%之间,平均为60.59%,其中黄石阳新地区的PPB最低,黄冈红安地区的PPB最高,5个采集地的PPB平均为60.59%;地区间遗传分化系数(Gst)为0.288,即71.2%的遗传变异发生于居群内.
表3 油茶5个居群的遗传多样性分析Tab.3 Genetic variability within populations of C.oleifera
2.4 居群的聚类分析
为了直观分析居群间的遗传关系,将5个居群数据两两相比,计算遗传距离和遗传一致性.各个居群间D值大小在0.066 4至0.371 3之间,其中武汉新洲和黄冈红安的遗传距离最小,黄冈红安和恩施鹤峰的遗传距离最大.基于遗传距离的UPGMA法进行聚类分析,结果如图1.从聚类图中可以看出,5个地理居群分为2大类,WHXZ和HGHA聚为1支,XNHGQ和HSYX聚为1支,这两支再聚成1类,ESHF单独为1类.
图1 油茶5个居群的Nei′s遗传距离UPGMA聚类图Fig.1 UPGMA dendrogram based on Nei′s genetic distance
3 讨论
3.1 SRAP标记
SRAP标记是由美国加州大学作物系LiG于2001年在研究芸薹作物时开发出来的一种基于PCR的标记技术[6].它的特点在于不需要知道物种中任何基因的序列信息即可进行PCR扩增,具有共显性、简便、稳定、操作简单、重复性强、中等产率等优点,被广泛地应用于物种遗传多样性研究,获得了较高的多态百分率.朱坚等[7]用SRAP分子标记对金针菇种质资源进行评价,在92条扩增带中获得79条多态性条带,多态率为85.9%;左丹丹等[8]对腊梅5个天然群体共150个个体进行SRAP分析,获得了83.41%的多态性.
SRAP标记在本研究中同样表现出较高的多态性,48个油茶样品的平均多态性高达93.75%,高于温强等[9]用ISSR技术对油茶高产无性系的研究(多态比率为 87.96%),与黄永芳等[10]以RAPD技术对90份油茶种质的研究结果相似(多态比率为95.11%).由此可见,SRAP技术可以作为研究油茶遗传多样性的有效手段,同时也在分子水平上表现出我省较为丰富的油茶资源.
3.2 油茶群体的遗传多样性和遗传分化
居群的遗传多样性与居群的有效等位基因数、Nei′s遗传多样性和Shannon′s信息指数成正相关[11].根据表3的结果显示黄冈红安群体遗传多样性水平最高,表明其遗传变异最为丰富,提示为最具价值的居群,具有最为丰富的地方品种.在研究的5个群体中遗传分化系数(Gst)为0.288,71.2%的遗传变异发生于居群内,居群内个体间基因交流相对较多,而居群间基因交流相对较少,可能与居群相对隔离,而居群内油茶经营管理粗放、长期采用实生繁殖有关.
3.3 油茶资源的开发利用
油茶在我国已有2000多年的栽培历史,主要分布于长江流域以南的地区,其经济价值高、生态功能强,是一次种植、多年受益的树种[12].湖北属于中国油茶的北带产区,并为该带的核心区.但由于在相当长的时期内,未对油茶生产给予正确引导和必要支持,致使油茶品种混杂,良种的选育与推广明显滞后于湘、赣、桂等省[13].因此今后在油茶育种工作中,应该更加有意识地利用现有种质资源,重视亲本的选择,选择亲缘关系较远的居群作为亲本,有目的地扩大亲本的遗传基础,避免后代的遗传背景过于单一.本文聚类分析结果将5个居群分为两大类,为今后的杂交育种工作中亲本的选配提供理论依据.
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