唇形科8种药用植物漆酶基因的发现与生物信息学分析
2021-08-24陈进芳陈祥慧冯婧娴黄玉香
陈进芳,陈祥慧,李 卿,冯婧娴,周 正,张 磊,吴 宇*,黄玉香
• 药材与资源 •
唇形科8种药用植物漆酶基因的发现与生物信息学分析
陈进芳1,陈祥慧1,李 卿2*,冯婧娴3,周 正4,张 磊4,吴 宇4*,黄玉香5
1. 海南医学院第二附属医院药学部,海南 海口 570311 2. 中国人民解放军海军军医大学附属上海长征医院药剂科,上海 200003 3. 上海中医药大学中药研究所,上海 201203 4. 中国人民解放军海军军医大学药学院,上海 200433 5. 泉州医学高等专科学校药学院,福建 泉州 362000
分析漆酶在唇形科药用植物中的异同,以期为唇形科药用植物中漆酶的后续研究提供依据。通过生物信息学方法从唇形科8种药用植物的转录组数据库中发掘了31个完整漆酶基因并解析其特征,包括序列的同源性、理化特征、信号肽、导肽、跨膜结构域、糖基化与磷酸化位点、二级结构和铜离子结构域等,并对它们的进化关系以及表达模式进行了初步分析。唇形科药用植物漆酶基因均具有典型的漆酶结构特征,相对分子质量在62 000左右,多数含有分泌途径的信号肽,无规则卷曲和延伸链是其二级结构的主要构成部分;通过与拟南芥和丹参漆酶共同构建系统进化树,能将其分为7个亚族。对唇形科药用植物漆酶基因的详细分析,可为后续该酶基因的深入研究以及通过生物技术手段对唇形科药用植物药效物质进行代谢调控以及关键酶基因的定点突变提供参考信息。
唇形科;药用植物;漆酶;转录组;生物信息学
漆酶是一种广泛存在于自然界(细菌、真菌、植物以及动物)中的含有多个铜离子的多酚氧化酶(EC1.10.3.2)[1],最早由日本科学家Yoshida在漆树中发现,故而得名“漆酶”[2]。它能通过自由基催化反应机制以氧气作为电子受体直接氧化芳香族化合物或其介体,而后在介体的介导下氧化大分子木质素或者非酚型芳香族化合物,被广泛用于工业污水处理、纺织、造纸、食品、有机合成以及生物能源等领域[3-4]。
漆酶在植物体内往往以基因家族形式存在[5],目前在玉米Linn.中发现了5个漆酶[6],在拟南芥(L.) Heynh.中发现了17个漆酶[7],在毛果杨Torr. & Gray和欧洲云杉(L.) Karst.中分别发现了49和112个漆酶[8-9],在唇形科植物丹参Bunge中先后发现了29和65个漆酶[10-11],这些漆酶功能各异,发挥着复杂作用,有些甚至发挥相反作用,这为我们研究漆酶功能及其作用机制带来了困难。
前期本课题组在研究丹参次生代谢产物过程中发现丹参漆酶与丹酚酸B生物合成密切相关[10, 12]。丹参是唇形科药用植物的代表,唇形科为一世界性分布的较大的科,有220余属3500余种,科内药用植物资源丰富[13]。丹酚酸B为酚酸类物质,来源于苯丙氨酸代谢途径(phenylpropanoid pathway)。苯丙氨酸代谢途径的部分代谢产物,如黄酮、酚酸和木脂素等,是众多药用植物的药效物质,如黄芩中的黄芩苷,夏枯草、紫苏和鼠尾草属植物中的迷迭香酸等。为了给唇形科其他药用植物的漆酶研究提供依据,本研究借助薄荷基因组进化联盟(mint evolutionary genomics consortium)公布的转录组信息[14],对唇形科常用药用植物的漆酶基因进行了挖掘、鉴定和详细的生物信息学分析,包括序列特征、信号肽、导肽、跨膜结构域、二级结构和铜离子结构域等,并对它们的进化关系以及表达模式进行了初步分析,以期为唇形科药用植物中漆酶的后续研究指明方向。
1 材料
根据薄荷基因组进化联盟的工作成果[14],从Dryad Digital Repository数据库(https://doi.org/ 10.5061/dryad.tj1p3)中下载黄芩Georgi、夏枯草L.、荆芥L.、紫苏L.、留兰香L.、广藿香(Blanco) Benth.、西班牙鼠尾草Vahl、撒尔维亚L. 8种唇形科药用植物的转录组数据及其注释结果,每种植物的基本概况和转录组数据信息如表1所示。
2 方法
2.1 漆酶基因的获取
以漆酶英文名称“laccase”和其保守结构域——铜离子结构域名称“Cu-oxidase”为关键词,在8种药用植物的转录组注释结果中分别搜索相关基因,将获得的基因通过blastx比对方法,在美国国立生物技术信息中心(national center of biotechnology information,NCBI)公共数据库中进行同源序列比对,根据比对结果,筛除非漆酶基因和片段基因。筛选后的基因通过Vector NTI 11软件取其开放阅读框(open reading frame,ORF),利用MEGA5软件将其翻译成氨基酸序列后,再次通过blastp比对方法在NCBI数据库中进行候选漆酶基因的同源比对,确认其是否具有完整的漆酶功能域。
2.2 漆酶的生物信息学分析
筛选得到的漆酶氨基酸序列通过ProtParam在线工具(https://web.expasy.org/protparam/)进行理化特性预测分析,包括漆酶的氨基酸数量、蛋白质相对分子质量、等电点、蛋白质不稳定系数等;漆酶的信号肽预测在SignalP-5.0 Server(http:// www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)上完成;用TargetP-2.0 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/ TargetP/)进行漆酶的导肽预测;用SoftBerry中的ProtComp 9.0(http://linux1.softberry.com/)对漆酶进行亚细胞定位预测;跨膜结构域的预测分析通过TMHMM Server v. 2.0(http://www.cbs.dtu.dk/ services/TMHMM/)完成;蛋白糖基化位点预测在NetNGlyc 1.0 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/ NetNGlyc/)和YinOYang 1.2 Server(http://www. cbs.dtu.dk/services/YinOYang/)上进行;磷酸化位点预测用NetPhos 3.1 Server(http://www.cbs.dtu.dk/ services/NetPhos/)完成。利用蛋白质二级结构预测工具SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/ npsa_ automat.pl?page=npsa_sopma.html)在线完成漆酶蛋白的二级结构预测分析,包括α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和延伸链等。
表1 8种唇形科药用植物的基本信息和转录组数据
*此品非《中国药典》收载的荆芥正品,《中国药典》收载的荆芥实为裂叶荆芥Briq.,其干燥地上部分和干燥花穗分别以荆芥和荆芥穗入药[15]
*This isL. and it is not the Chinese medicine recorded in Chinese pharmacopoeia. In, it isBriq. with its aerial part used as schizonepetae herba and the dried flower spikes used as schizonepetae spica[15]
2.3 漆酶的结构域序列分析
通过Pfam 33.1(http://pfam.xfam.org/)寻找漆酶的3个铜离子结构域,利用MEGA5软件的ClustalW程序对3个铜离子结构域分别进行多序列比对,并用WEBLOGO(http://weblogo.berkeley.edu/ logo.cgi)对漆酶铜离子结构域的氨基酸组成进行可视化分析,所有参数选择默认设置。
2.4 漆酶的系统进化树构建
从TAIR(The Arabidopsis Information Resource,https://www.arabidopsis.org/)数据库中下载拟南芥漆酶家族成员共17条氨基酸序列作为参考序列,同时从已报导的丹参文献的Supplementary Text 1中获得丹参漆酶序列[10],利用MEGA5软件中的ClustalW程序对所有漆酶氨基酸序列进行多重序列比对,并用邻位连接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,用自举(Bootstrap)方法检验进化树的拓扑结构,重复抽样次数设为1000,将大于50%的Bootstrap值显示在进化树上。结合拟南芥中漆酶的分类[7],对唇形科药用植物漆酶进行分类。
2.5 漆酶基因表达量的热图绘制
薄荷基因组进化联盟对测序的物种进行了表达量统计,利用R语言,将漆酶基因对应的表达量从相应物种的表达量数据库中提取出来,用MeV(Multi Experiment Viewer)软件进行热图绘制。
3 结果与分析
3.1 唇形科药用植物漆酶基因的确认
薄荷基因组进化联盟对唇形科多种植物进行了转录组测序,并对组装后的基因序列进行了注释,注释依据为拟南芥、SwissProt和Pfam数据库。通过“laccase”和漆酶保守结构域“Cu-oxidase”2个关键词,分别在黄芩、紫苏、广藿香、夏枯草、荆芥、留兰香、撒尔维亚和西班牙鼠尾草这8种药用植物的转录组中寻找到了42、50、58、81、40、64、53和50个漆酶相关注释结果。这些漆酶相关基因与NCBI数据库的同源比对结果显示,黄芩、紫苏、广藿香夏枯草荆芥、留兰香、撒尔维亚和西班牙鼠尾草中分别只有2、3、5、2、4、4、6和5条完整漆酶基因,其他基因均为漆酶片段基因或非漆酶基因。漆酶全长基因翻译成氨基酸后,与NCBI数据库的同源比对结果如表2所示。结果显示,这些漆酶与芝麻L. 或丹参的漆酶同源,其中与芝麻漆酶同源的有19个,黄芩和广藿香的漆酶仅与芝麻漆酶同源。与丹参漆酶同源的漆酶蛋白有16个,这些漆酶中,与丹参漆酶相似度最高的是撒尔维亚漆酶(SoLAC3),相似度达91.63%。
表2 唇形科8种药用植物漆酶与同源蛋白的相似性比较
3.2 唇形科药用植物漆酶蛋白的理化特性分析
将获得的31个完整漆酶蛋白通过ProtParam在线工具进行理化特性分析,包括氨基酸残基数量、蛋白质相对分子质量、理论等电点(PI)、不稳定系数和总平均亲水性等内容,结果如表3所示。
从表3中可以看出,漆酶的氨基酸残基数量在513~590个氨基酸范围内,与同科植物丹参漆酶的长度相似[10]。其中氨基酸数量最多的是留兰香漆酶MsLAC4,包含590个氨基酸;西班牙鼠尾草漆酶ShLAC5的氨基酸数量最少,为513个。漆酶蛋白的相对分子质量在62 000左右,相对分子质量大小与氨基酸个数对应,最大的是留兰香漆酶MsLAC4,为66 580;最小的是西班牙鼠尾草漆酶ShLAC5,为57 060。文献记载,菘蓝漆酶为碱性蛋白,PI均在8.0以上[17]。本研究中,漆酶蛋白的PI居于5.89~9.33,其中11个漆酶的PI在7.0以下,20个漆酶的pI在7.0以上,表明唇形科植物漆酶中既有酸性蛋白,也有碱性蛋白,但以碱性蛋白居多,这与丹参漆酶类似,在丹参漆酶中,也是碱性蛋白居多[10]。在参与分析的31个完整漆酶蛋白中,只有5个的不稳定系数在40以上,其它均小于40。蛋白的稳定性由不稳定系数来衡量,若不稳定系数大于40则该蛋白结构不稳定。此结果表明绝大多数参与分析的唇形科漆酶蛋白稳定性较好,MsLAC2、SbLAC2、SoLAC6、PcLAC5和ShLAC4的稳定性稍差。总平均亲水性系数(grand average of hydropathicity,GRAVY)用于衡量目的蛋白的总体平均亲水性,除了PfLAC2和NcLAC1,其余漆酶蛋白的GRAVY值均小于0,表明参与分析的绝大多数漆酶蛋白为亲水性蛋白。
表3 唇形科8种药用植物漆酶蛋白的理化特性分析
3.3 唇形科药用植物漆酶蛋白的糖基化和磷酸化位点分析
蛋白质糖基化和磷酸化都是对蛋白质的重要修饰作用,能调节蛋白质的功能,是蛋白质翻译后修饰的研究热点。真核生物的蛋白磷酸化位点主要发生在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸残基侧链的羟基上,不同的蛋白激酶可识别和修饰不同蛋白质的不同位点。本实验对唇形科8种药用植物的31个漆酶蛋白进行了糖基化和磷酸化潜在位点分析,结果如表3所示。参与分析的所有漆酶均含有潜在的糖基化和磷酸化位点。在糖基化位点分析中发现,SoLAC6的-糖基化(N-glyC)位点最少,仅为4个;SoLAC5和ShLAC3的糖基化位点最多,各有16个。-糖基化(-glyC)位点最少的是PvLAC2和ShLAC4,各为5个;SoLAC1的-糖基化位点最多,有21个。在磷酸化位点分析中,酪氨酸位点个数明显少于丝氨酸和苏氨酸位点。SoLAC1蛋白的潜在磷酸化位点最多,达57个;PcLAC4蛋白的潜在磷酸化位点最少,为31个。
3.4 唇形科药用植物漆酶蛋白的信号肽、导肽和跨膜结构域的预测分析
信号肽是蛋白质-末端一段编码长度为5~30个氨基酸的疏水性氨基酸序列,用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。漆酶信号肽预测结果显示(表3),除了MsLAC3、ShLAC5和SoLAC3,其它漆酶都具有信号肽,信号肽长度和分裂位点如表3所示。为了验证这一预测结果,本研究又用导肽(导向序列)分析软件对漆酶进行了导肽分析,结果与信号肽预测结果一致,除了上述3个漆酶,其余漆酶的导肽均为分泌途径的信号肽,且预测长度与信号肽预测结果一致。亚细胞定位预测结果显示,所有漆酶都为分泌途径的蛋白。
利用在线工具TMHMM Server v. 2.0对所有漆酶进行跨膜结构分析,结果显示(表3),17个漆酶没有跨膜结构域,整条肽链都位于细胞膜之外;余下的14个漆酶分别具有1个跨膜结构域。MsLAC3、ShLAC5和SoLAC3既没有信号肽,也没有跨膜结构域。
3.5 唇形科药用植物漆酶蛋白的二级结构预测分析
通过蛋白质二级结构预测工具SOPMA对唇形科31个漆酶蛋白的α-螺旋、β-折叠、延伸链和无规则卷曲等进行在线分析。如表4所示,唇形科漆酶蛋白家族成员中均存在α-螺旋、β-折叠、延伸链和无规则卷曲等蛋白质二级结构重要结构组件,但各结构组件所占比例明显不同。从表4可以看出,无规则卷曲是唇形科漆酶蛋白的主要二级结构,各漆酶蛋白的无规则卷曲比例均在47%以上,其次分别为延伸链和α-螺旋,β-折叠所占比例最小,均在9%以下。
表4 唇形科8种药用植物漆酶蛋白的二级结构主要构成组件比例
3.6 唇形科药用植物漆酶蛋白的铜离子结构域分析
漆酶是一种糖基化的多铜氧化酶,含有3个重要的铜离子结构域,一般具有3个铜离子结合位点(T1、T2和T3),能结合4个铜离子。通过Pfam 33.1网络工具确定了漆酶3个铜离子结构域的位置和长度,它们在漆酶中以Cu-oxidase_3→Cu- oxidase→Cu-oxidase_2 domain的顺序连接,Cu-oxidase_3、Cu-oxidase和Cu-oxidase_2 domain的平均长度分别为116、152和138个氨基酸。将3个铜离子结构域分别进行多重序列比对后,用WEBLOGO在线工具对漆酶铜离子结构域的氨基酸组成进行可视化分析(图1)。总高度表示此位置上的序列保守性,单个氨基酸代表出现的频率,HWH、HAH、HLH和HCH是4个铜离子结合位点,蓝色下划线放大部分具有典型的蓝铜谱带,为漆酶显蓝色的重要结构位点。
图1 唇形科8种药用植物漆酶的铜离子结构域
3.7 唇形科药用植物漆酶的进化分析
为了检验本研究中8种唇形科药用植物的漆酶与同科植物丹参以及模式植物拟南芥漆酶的系统进化关系,利用MEGA5软件对这10种植物77个漆酶蛋白构建了系统进化树(图2),并根据拟南芥漆酶的分类对唇形科漆酶进行分类[7]。结果显示,此进化树能分成7个组别。第Ⅰ组包括8个唇形科漆酶(3个丹参漆酶)和2个拟南芥漆酶(AtLAC2和AtLAC17),AtLAC2在盐胁迫下能大幅提高转录水平,并改变根的伸长以适应环境[18],提示第Ⅰ组中的唇形科漆酶可能与植物的抗逆机制有关,很可能在盐胁迫下改变表达水平。第Ⅱ组包括17个唇形科漆酶(3个丹参漆酶)和4个拟南芥漆酶(AtLAC4、AtLAC10、AtLAC11和AtLAC16)。AtLAC4、AtLAC11和AtLAC17与木质素的合成密切相关[19-20],基于该进化树结果,初步判断唇形科第Ⅰ和Ⅱ组漆酶成员具有类似功能。第Ⅲ组由4个丹参漆酶和4个拟南芥漆酶(AtLAC3、AtLAC5、AtLAC12和AtLAC13)组成。AtLAC5、AtLAC12和AtLAC13能响应脱落酸(abscisic acid,ABA)信号[7],提示第Ⅲ组中的这4个丹参漆酶可能对ABA信号也有响应。第Ⅳ组包括28个唇形科漆酶(16个丹参漆酶)和2个拟南芥漆酶基因(AtLAC14和AtLAC15),AtLAC14可能与低温、干旱、洪涝和盐胁迫有关[7],提示该组成员可能参与逆境生长。另外,该组中的SmLAC20与丹酚酸B合成相关[10],与SmLAC20距离最近的SoLAC1可能参与撒尔维亚的酚酸类成分合成。第Ⅴ组包括2个丹参漆酶和3个拟南芥漆酶(AtLAC7、AtLAC8和AtLAC9),据报道称[18],敲除AtLAC8后,拟南芥花期提前,但是花枝的叶片减少,提示该组成员可能参与植物花和叶的发育。第Ⅵ组只有1个拟南芥漆酶AtLAC1。第Ⅶ组包括1个丹参漆酶(SmLAC10)和1个拟南芥漆酶(AtLAC6),AtLAC6在低温、洪涝、干旱和生物胁迫下均表现为基因下调[7],提示该组中的丹参漆酶SmLAC10在逆境胁迫下可能也有下调趋势。
图2 唇形科9种药用植物与拟南芥漆酶的NJ树
3.8 唇形科药用植物漆酶蛋白在叶片中的表达模式分析
根据转录组的FPKM(fragments per kilobase million)值,利用MeV软件绘制热图,分析漆酶家族成员在不同物种叶片中的表达情况,各漆酶基因的表达量如图3所示。在黄芩中,SbLAC2的表达量稍高于SbLAC1;在夏枯草中,PvLAC1的表达量明显高于PvLAC2;在紫苏中,3个漆酶的表达量接近,PfLAC3的表达量略高,PfLAC2次之,PfLAC1略低;在荆芥中,NcLAC1的表达量最高,NcLAC4的表达量最低;在留兰香中,MsLAC4的表达量远远高于其它3个漆酶基因;在广藿香中,PcLAC4表达量最高;在西班牙鼠尾草中,ShLAC4的表达量最高,ShLAC1次之;在撒尔维亚中,SoLAC6的表达量远高于其它5个漆酶,SoLAC1次之,SoLAC2和SoLAC4几乎不表达。
图3 唇形科8种药用植物漆酶在叶片中的表达量热图
4 讨论
漆酶作为一种广泛存在的酶,其研究主要集中在真菌领域,高等植物漆酶研究正在兴起。Berthet[19]和Zhao等[20]发现拟南芥漆酶中的LAC4、LAC11和LAC17能影响木质素合成;Pourcel等[21]发现漆酶与拟南芥种皮中黄酮类成分的合成相关;Ranocha等[22]和Bryan等[23]在杨树中抑制表达LAC3后,在木质部中发现了酚类物质的增加;Li等[10]发现漆酶能影响丹参中丹酚酸B的合成。这些结果充分表明,漆酶在植物初生和次生代谢过程中发挥了重要作用。
无论是木脂素、黄酮类还是酚类物质,都来源于苯丙氨酸代谢途径,而苯丙氨酸代谢途径中的代谢产物,正是很多唇形科药用植物的特殊药效物质基础,如丹酚酸B、迷迭香酸、黄芩苷、汉黄芩苷和野黄芩苷等。研究苯丙氨酸代谢途径中的关键酶基因譬如漆酶,对唇形科药用植物药效物质的代谢调控以及定点突变,都具有重要意义。
本研究通过生物信息学方法,对唇形科常见的8种药用植物漆酶基因进行了初步分析。首先从转录组数据库中寻找到潜在的漆酶基因片段,通过同源序列比对,确认了这些漆酶基因的完整性。在此过程中,从数据库中搜索到了大量漆酶相关基因,但最后只得到少数几个完整的漆酶基因,这可能与转录组测序和拼接技术有关,后续可以通过基因克隆或是长片段转录组测序甚至基因组测序来获得完整的漆酶基因序列。
文献报导,漆酶氨基酸序列相似性差异很大,一般不同来源的漆酶相似性低于50%[24]。本研究中,8种药用植物漆酶与同源基因的氨基酸序列相似度在64.86%(MsLAC4)~91.63%(SoLAC3),序列差异明显。它们与芝麻或丹参漆酶蛋白同源,这也从分子层面上支持了这些物种的亲缘关系。除了黄芩,其它7种药用植物以及丹参,都是野芝麻亚科的植物,与芝麻的亲缘关系较近。序列相似度最高(91.63%)的是撒尔维亚SoLAC3与丹参漆酶,这可能是因为它们同属鼠尾草属植物,亲缘关系更近的缘故。
漆酶氨基酸序列的差异虽大,但其铜离子结合位点相对保守。作为一种含有4个铜离子的多酚氧化酶,铜离子结构域是漆酶序列结构的特征部分。本研究中所有漆酶氨基酸序列均具有3个典型的漆酶Cu-oxidase结构域及4个铜离子结合位点,表明它们均属于漆酶家族成员。
8种药用植物漆酶蛋白的理化性质、糖基化和磷酸化位点、信号肽、导肽和跨膜结构域以及二级结构等特点,都与同科植物丹参相似,从序列特征上表明了这些植物与丹参的亲缘关系。
在漆酶的系统进化分析中,根据拟南芥漆酶基因的功能,将31个唇形科药用植物漆酶和29个丹参漆酶分为了7组。在拟南芥漆酶分析中,AtLAC6与AtLAC14、AtLAC15归为第Ⅳ组[7],本研究中,AtLAC6与AtLAC14、AtLAC15分属2组,与陆地棉漆酶基因的分组情况一致[25],这可能是因为增加了漆酶的数量,改变了进化树的结构,导致AtLAC6与AtLAC14、AtLAC15分离。
本研究为深入研究唇形科药用植物漆酶蛋白功能和克隆其编码基因提供了可靠依据,为通过生物技术手段调控唇形科药用植物次生代谢物质的合成与积累,保障唇形科药用植物优良品质并不断开发优异品种提供了基因数据,这对发展和利用唇形科药用植物资源具有重要参考意义。
利益冲突 所有作者均声明不存在利益冲突
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Discovery and bioinformatics analysis of laccases in eight medicinal plants of Labiatae
CHEN Jin-fang1, CHEN Xiang-hui1, LI Qing2, FENG Jing-xian3, ZHOU Zheng4, ZHANG Lei4, WU Yu4, HUANG Yu-xiang5
1. Department of Pharmacy, the Second Affiliated Hospital of Hainan Medical University, Haikou 570311, China 2. Department of Pharmacy, Changzheng Hospital, Naval Medical University, Shanghai 200003, China 3. Institute of Chinese Materia Medica, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai 201203, China 4. School of Pharmacy, Naval Medical University, Shanghai 200433, China 5. School of Pharmacy, Quanzhou Medical College, Quanzhou 362000, China
To provide useful information for the further study of Labiatae laccases through sequence comparison among eight Labiatae medicinal plants.Thirty-one full-length laccase genes were found from the transcriptome database of eight medicinal plants of Labiatae by bioinformatics method and their characteristics were analyzed, including sequence homology, physicochemical characteristics, signal peptides, target peptides, transmembrane helices, glycosylation and phosphorylation sites, secondary structure and Cu-oxidase domains. Their evolutionary relationships and expression patterns were also analyzed.The laccase genes of medicinal plants in Labiatae have typical laccase structures. Their molecular weight was about 62 000, and most of them contain signal peptides. Random coils and extended strands are the main components of the secondary structure of laccases. The Labiatae laccases can be divided into seven subfamilies by constructing a phylogenetic tree with laccases ofand.The detailed analysis of laccase genes in medicinal plants of Labiatae in this study will provide important information for further study of these genes as well as the regulation of the secondary metabolites of these medicinal plants through laccase mutation.
Labiatae; medicinal plants; laccase; transcription database; bioinformatics
R282.12
A
0253 - 2670(2021)16 - 4996 - 09
10.7501/j.issn.0253-2670.2021.16.024
2021-02-02
国家自然科学基金资助项目(31770329);国家自然科学基金资助项目(32070327);国家重点研发计划资助项目(2019YFC1711100);中国博士后科学基金资助项目(2019M661602);泉州医学高等专科学校重点科技项目(XJK1601A)
陈进芳,主管药师,研究方向为医院药学和生物信息学分析。E-mail: chenjinfang8@163.com
吴 宇,助教,主要从事药用植物功能基因发掘、表征和鉴定研究。E-mail: wuyuagnes@163.com
李 卿,副主任药师,主要从事药用植物代谢调控和生物信息学分析。E-mail: qli@smmu.edu.cn
[责任编辑 时圣明]