黄精干预2型糖尿病的网络药理学研究*
2021-01-30王颖张愿袁海泼刘娟彭腾龚光明
王颖,张愿,袁海泼,刘娟,彭腾,龚光明
1.成都中医药大学附属医院,四川 成都 610072;2.成都中医药大学,四川 成都 611137
2型糖尿病是以血糖升高为主要特征的机体代谢紊乱的慢性病,其患病率占糖尿病的90%以上[1]。随着生活方式的改变,其发病呈逐年上升趋势。目前,现代医学管理2型糖尿病主要以控制血糖及降低远期并发症为主,从而改善患者病情,以期提高生活质量。西药虽能迅速控制血糖水平,却仍然不能阻止并发症的出现。因此,需要研究新的药物来解决目前面临的难题。2型糖尿病隶属中医“消渴病”范畴,病机以阴虚燥热为主,治疗以益气养阴,清热生津为主[2]。中医药治疗消渴由来已久且临床疗效显著,运用中医整体论治及治未病的理论,对中药治疗2型糖尿病进行深入研究并有效地开发刻不容缓。
黄精属百合科黄精、多花黄精、滇黄精干燥的根茎,味甘、性平,主入肺、脾、肾三经,能补气养阴、健脾、润肺、益肾,多用于治疗阴虚肺燥、干咳少痰、肺肾阴虚、劳嗽久咳[3]。现广泛应用于临床治疗消渴病,成为众多中药复方的成分之一。黄精的活性成分主要包括黄精多糖、皂苷、黄酮、氨基酸、醌类化合物、木脂素等。以上成分不仅在保护肝脏、心血管系统,抗肿瘤等诸多疾病防治方面发挥很大的效能,而且还具有调节免疫,降血糖、调血脂的作用[4-6]。近年来,多项研究证实,黄精在控制血糖方面具有较好的疗效[7-9]。李友元等[10]在基础研究中发现,黄精多糖可以通过糖基化损伤,改善胰岛功能,降低糖尿病模型小鼠的血糖和糖化血红蛋白水平。赵宏丽[11]研究发现,黄精多糖可调节肝脏SREBP-1c和SCD-1蛋白的表达起到改善糖代谢的作用。鉴于黄精在基础和临床研究中都显示出明确的降糖作用,但未能系统地阐述该药物的有效活性成分、体内作用靶点和作用机制。本研究拟从网络药理学分析黄精治疗2型糖尿病的潜在效应靶点及通路,为临床治疗糖尿病提供药理学基础和新的方向。
1 方法
1.1 黄精活性成分及靶点的筛选进入TCMSP数据库网页(http://ibts.hkbu.edu.hk/LSP/tcmsp.php)检索中药黄精的拼音,对出现的所有药物活性成分按OB>30%和DL>0.18进行过滤,得出黄精药效成分和成分靶点。运用Uniprot数据库(http://www.uniprot.org/),得到成分与靶点对应的关系。
1.2 疾病靶点的筛选本次研究主要使用Gene Cards数据库(http://www.genecards.org/)和OMIM数据库(https://omim.org/),输入“T2DM”“type 2 diabetes”检索出与该病相关的靶点。
1.3 网络的构建与分析通过筛选出的药物活性成分、靶点及疾病的靶点,绘制出药物成分-靶点-疾病三者相互作用的关系。利用韦恩图(Venn diagram)绘制药物成分与疾病的共有靶点;通过Cytoscape软件3.7.2版(http://www.cytoscape.org/)绘制成分-靶点关系网络;再将疾病成分共有的靶点导入String:functional protein association networks数据库Multiple proteins工具中,将物种来源限定为人类,得出蛋白相互作用的网络图及相应的TSV格式的文件;将molist,type,network文件导入Cytoscape3.7.2软件绘制PPI网络,再进行网络拓扑分析。最后将黄精干预2型糖尿病的靶点进行GO和KEGG富集分析,得出2型糖尿病-黄精-靶点相互作用的网络。
2 结果
2.1 黄精活性成分筛选结果通过限定OB及DL筛选出黄精的候选活性成分12种,主要以皂苷和多糖类为主,另外还含有蒽醌类、氨基酸等化合物。见表1。
表1 黄精活性成分筛选表
2.2 候选成分靶点预测结果通过搜索黄精得出成分靶点共515个,再运用Uniprot数据库(http://www.uniprot.org/),得到成分与靶点对应的关系108对,删除重复后剩余68个成分靶点。
2.3 2型糖尿病靶点预测在GeneCards和OMIM两大数据库中检索疾病名称,得出与2型糖尿病有关的靶点13 181个,删除重复靶点后剩余13 094个,将此作为该病的候选靶点基因。
2.4 网络构建结果
2.4.1 药物-成分-靶点-疾病网络构建 将得到的药物活性成分,靶点及成分-靶点关系导入Cytoscape3.7.2软件中,选择网络节点、边等基本属性,得出药物-成分-靶点-疾病网络图(见图1)。该网络总计节点72个,边176条,网络平均相邻节点4.730。其中8个节点代表黄精的有效成分,64个节点代表与药效成分效应的疾病靶点。
图1 药物-成分-靶点-疾病网络图
2.4.2 疾病靶点作用的PPI网络图 通过VENE图(见图2)得出黄精活性成分与2型糖尿病共有64个靶点,然后导入String:functional protein association networks数据库,设定不显示离散的靶点,得出疾病靶点相互作用的网络图(见图3)。再根据蛋白与蛋白之间的关联性大小进行排序,得出排名在前20的靶点(见图4)。
图2 VENE图
2.4.3 GO功能富集分析 通过对中药黄精的活性成分作用靶点进行GO功能富集分析,可以得出被富集了87个条目,取相关性较大的前20个功能富集以柱状图形式表示(见图5),P值代表富集的显著性。这些靶点基因在生物学层面显示出主要参与细胞的代谢、增殖,信号转导,氧化应激,蛋白水解,受体激活等生物过程。在细胞层面这些靶点主要与细胞核DNA、RNA的转录,血色素结合等功能相关等。在分子层面这类靶点基因与蛋白质结合,蛋白激酶活性,神经递质活性,类固醇激素受体活性等功能相关。
图4 PPI靶点排序
图5 GO功能富集分析柱状图
2.4.4 KEGG通路富集分析 将黄精活性成分效应的2型糖尿病的靶点基因进行KEGG通路富集分析,结果显示该类基因总共富集在105条信号通路,取富集集中的前20个以柱状图显示(见图6)。富集的通路主要与病毒感染、癌症通路、细胞凋亡、糖尿病及并发症的AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗、IL-17信号通路、甲状腺信号通路、性激素等密切相关。
图6 KEGG通路富集分析柱状图
3 讨论
图1所展现的药物-成分-靶点-疾病网络中涉及黄精的活性成分8种,对应的靶点64个。即有一种活性成分对应多个靶点,也有一个靶点对应多种活性成分,这充分体现出中药成分多元性及多靶点、多机制调控疾病的作用。图2显示出黄精活性成分和疾病的交集靶点。图3是各个靶点交互作用的PPI网络图,显示出黄精干预2型糖尿病各蛋白之间的相互作用,说明多基因共同作用导致2型糖尿病的发生。图4是黄精干预2型糖尿病效应靶点关联性最紧密的前20位。图5和图6对其靶点的功能及通路进行分析,表明黄精治疗2型糖尿病可能是药物多成分、多基因靶点、多通路等多重效应机制共同作用的结果。AKT1、MAPK14、JUN、MTOR等基因与黄精干预2型糖尿病相关性最高。
2型糖尿病发病主要与胰岛素抵抗有关,研究发现PI3K-AKT1蛋白磷酸化表达下降影响是导致胰岛素抵抗的主要机制[12]。正常情况下胰岛素与受体结合,其受体磷酸化介导其受体底物的酪氨酸磷酸化,再激活下游通路,将胰岛素信号转导至效应器发挥作用。当胰岛素受体底物发生磷酸化,且作用于丝氨酸、苏氨酸,就会直接影响酪氨酸磷酸化过程,使胰岛素受体与其相应受体底物结合松散,并削弱激活下游底物PI3K的能力,从而使胰岛素信号传导较弱,诱发胰岛素抵抗[13]。研究显示,MAPK14基因参与介导糖尿病及其并发症的发生[14]。干扰胰岛素信号转导的激酶包括JUN氨基末端激酶、MTOR(哺乳动物西罗莫司靶蛋白)等激酶均能影响胰岛素信号正常的发挥作用,引发胰岛素抵抗[15]。综上,这四种基因都与胰岛素抵抗相关。因此,黄精可能通过调节以上靶点达到干预2型糖尿病的目的。
本研究是基于网络药理学为研究方法对黄精治疗2型糖尿病的潜在机制进行研究,研究结果发现,黄精对降糖起效的主要有黄精多糖、皂苷、黄酮等。主要作用的靶点有AKT1、MAPK14、JUN、MTOR等,证实了黄精是通过多成分、多靶点,多通路干预2型糖尿病,这为临床使用中药治疗2型糖尿病提供新的思路和一定的理论基础。然而网络药理学主要以数据整合为主,若数据的不完整则会直接影响研究结果的准确性,因此,在今后的研究中若发现新的药物成分和作用靶点,还需进一步更新取证。