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新型冠状病毒肺炎的研究进展

2020-02-11付凯付永佳李慧姣蒋忠胜

江苏大学学报(医学版) 2020年2期
关键词:病毒检测研究

付凯, 付永佳, 李慧姣, 蒋忠胜

(柳州市人民医院感染病科, 广西 柳州 545006)

2019年12月初,中国湖北省武汉市出现了不明原因肺炎病例,并在中国和全球的多个国家广泛传播,已成为国际关注的突发公共卫生事件[1-2],早期病例均有与武汉华南海鲜市场的接触史,表明其有人畜共患的可能[3]。2020年1月7日,中国疾病预防控制中心(CDC)从武汉患者的咽拭子样本中分离出一种新型冠状病毒[4],起初世界卫生组织 (WHO)将这种病毒命名为“2019新型冠状病毒(2019-nCoV)”;2020年2月11日,国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组将这种冠状病毒正式命名为“SARS-CoV-2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)”,WHO宣布将这种病毒感染的肺炎命名为2019年冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)。这可能是近20年来第三种人畜共患的冠状病毒,另外两个值得注意的是2002年发生的严重急性呼吸综合征(SARS)和2012年发生的中东呼吸综合征(MERS)。SARS-CoV-2对全球健康和经济产生了巨大影响,通过收集近期相关文献资料,就COVID-19的病原学、流行病学特点、临床表现、影像学检查、实验室检查、诊断及治疗等方面进行综述, 为进一步认识COVID-19疾病提供依据和参考。

1 病原学

冠状病毒是具有单股正链 RNA 基因组(长度26~32 kb)的包膜病毒,冠状病毒在系统分类上属冠状病毒科,分为α、β、γ 和 δ 4个属,病毒基因组通常编码4种结构蛋白,刺突(S),包膜(E),膜(M)和核衣壳(N ),以及几种非结构蛋白和多种独特的辅助蛋白[5-6]。冠状病毒可以遍布于人类、鸟类和其他哺乳动物之中,并能引起宿主呼吸系统、神经系统和消化系统感染,目前已知有6种冠状病毒可引起人类感染,其中4种为 hCoV-229E,OC43,NL63 和 HKU1,一般使机体表现为普通感冒症状,另外两种病毒即SARS-CoV(严重急性呼吸综合征冠状病毒)和 MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)均起源于人畜共患病[3,7-8]。第7种SARS-CoV-2属于β冠状病毒属,其基因组序列与SARS-CoV的同源性为79%,与 MERS-CoV 的序列具有 51.8%的同源性,并且与蝙蝠SARS样冠状病毒(bat-SL-CoVZC45)的同源性为87.6%~87.7%,由于SARS-CoV-2和冠状病毒的其他成员之间保守复制酶结构域中的序列同一性小于90%,因此SARS-CoV-2是一种新型的冠状病毒,系统发育分析表明SARS-CoV-2位于单独的进化枝中[9-10]。SARS-CoV-2对紫外线和热敏感,当前认为56 ℃ 30 min及多种消毒剂和脂溶剂可有效灭活病毒,但氯己定例外[11]。

SARS冠状病毒特异性人类单克隆抗体能够结合SARS-CoV-2刺突蛋白,病毒刺突蛋白结构的高度相似性表明SARS-CoV-2很可能使用与SARS相同的人类细胞受体,SARS-CoV-2通过受体血管紧张素转换酶2(ACE2)进入细胞,这与SARS-CoV一样[12-14]。另外,SARS-CoV内含受体结合域(RBD)中的5个关键残基与人ACE2相互作用,虽然SARS-CoV与SARS-CoV-2的残基不同,但这些残基具有相似的极性,仍支持SARS-Cov-2与人ACE2受体的相互作用,SARS-CoV-2可能仍会使用人ACE2作为受体[15-16]。SARS-CoV-2能够有效结合人ACE2而进入细胞,攻击表达ACE2的靶向器官,例如肺脏、心脏、肾脏和胃肠道[17]。另外研究发现ACE2是SARS-CoV-2进入细胞的受体,ACE2不仅在肺泡上皮细胞、食管上皮细胞中高表达,而且在回肠和结肠的吸收性肠细胞中也有高表达,这些结果表明除呼吸系统外,消化系统也可能是潜在的感染途径[18]。SARS-CoV-2仍具有较高的突变率特征,因为特有的基因组编码的核酸外切酶,提示突变率可能比其他RNA病毒低[1],但有研究通过对103个基因组序列分析,发现了SARS-CoV-2中149个位点的突变,SARS-CoV-2分为L和S两种类型,研究中表明L型比S型更普遍,但S型实际上才是SARS-CoV-2的原始类型,L型是从S型进化而来的,且具有更强的传播能力[13]。SARS-CoV-2仍是一种新型的病毒,目前仍处于熟悉与认知过程,需要我们提高警惕。

2 流行病学特点

2.1 传染源

SARS-CoV和 MERS-CoV可以分别从狸猫和骆驼直接传播给人类,这两种病毒均起源于蝙蝠,但SARS-CoV-2的起源有待进一步研究[7,19-20]。最初有研究表明,基于密码子分析,蛇可能是SARS-CoV-2的来源[21],但该研究之后受到广泛质疑。关于病毒起源,有研究通过基因组和其他冠状病毒基因组进行了系统进化分析,表明SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的关系最为密切,是蝙蝠起源[22-23],另外最新研究表明SARS-CoV-2可能通过中间宿主穿山甲传播给人类,穿山甲冠状病毒的基因组序列与SARS-CoV-2具有85.5%~92.4%的相似性[24]。SARS-CoV-2的原始来源尚未明确定论,但早期大多与武汉华南海鲜市场流行病学上有联系[20,25],最近的研究表明华南海鲜市场的联系依据不断下降[26],从12月下旬开始,非关联病例的数量不断增长[2]。因此,一些研究人员认为,华南海鲜市场不是 SARS-CoV-2 传播给人类的原始和(或)唯一来源[2,4]。研究发现武汉第一个诊断的患者和以后的患者之间无流行病学联系,通过病毒基因组分析表明华南海鲜市场中的SARS-CoV-2可能是从其他地方传播的,或者至少华南海鲜市场并不是承载SARS-CoV-2的原始来源。因此还需要长时间进一步研究确定该病的自然宿主和任何中间宿主[27]。目前人与人之间的传播变得明显,Chan等[28]报道了人与人之间的传播病例是在武汉以外地区发现的,同时也表现出家庭聚集性的传播特征。随着早期华南海鲜市场的关闭,目前主要的传染源是新型冠状病毒感染者。Guan等[26]研究显示1 099例患者中只有1.18%的患者有与野生动植物直接接触史,31.30%曾去过武汉,71.80%曾接触过武汉人,2.09%是医护人员。随后报道医护人员感染的比例逐渐增加,且存在无症状感染者传播[2,29]。

2.2 传播途径

SARS-CoV-2主要是通过呼吸道传播,也可以通过接触传播而感染,这是目前最主要的传播途径。最新的指南[11]指出,在相对封闭的环境中也可存在气溶胶传播的可能,同时注意粪便和尿液的气溶胶和接触传播。有研究报道,确诊病例的粪便标本中核酸检测阳性,这表明 SARS-CoV-2可能通过粪便途径传播[30]。另外研究发现在62个粪便样本中有4个(6.5%)核酸检测阳性,并且另一个独立队列中有4名患者直肠拭子检测呈阳性,说明SARS-CoV-2可能在胃肠道、唾液或尿液中被检测到,卫生清洁过程中需注意胃肠道分泌物的传播[26]。研究发现在SARS-CoV-2感染的后期,肛门拭子和血液中也存在SARS-CoV-2,并且肛门拭子阳性率高于口咽拭子,说明受感染的患者可能通过呼吸道,粪便或体液途径传播[31]。SARS-CoV-2可能通过多种途径传播,但仍需更多相关的研究去明确。

2.3 易感人群

研究观察到确诊患者中一般男性多于女性[4,32],而MERS-CoV和SARS-CoV感染的患者中男性也多于女性[33-34],女性对病毒感染的敏感性低,其保护因素可能归因于X染色体和性激素,适应性免疫发挥了重要作用[8]。目前人群是普遍易感的,但早期病例很少发生于儿童,儿童感染的可能性相对成人较小,或者如果感染,则可能表现出较轻的呼吸道症状[2],而对于老年男性、肥胖和具有基础疾病的患者,可能面临更高的死亡风险[35]。

2.4 传染性

在流行病学研究中,基本生殖数(R0)定义为单个感染者可能产生的感染病例数,通常用于描述疾病流行过程中的传播动态,R0值越大代表该疾病的传播力越强。研究表示,早期阶段SARS-CoV-2的R0值约为2.2,这意味着平均每个患者将传播给2.2个其他人,倍增时间为每 7.4 d增加1倍[2]。另外研究发现随着数据更新,SARS-CoV-2的R0平均值从2.24(95%CI:1.96~2.55)到3.58(95%CI:2.89~4.39)不等,所有R0估计数都大于1,这表明SARS-CoV-2有可能导致暴发[36]。过去的研究发现SARS的R0值为2~5[37-38],MERS的R0值为2.7~3.9[39],最新SARS-CoV-2的相关R0值还需基于更多的大数据结果分析。

3 临床表现

早期研究报道,SARS-CoV-2的潜伏期为5.2 d(95%CI:4.1~7.0),虽然有人可能超过14 d,并且可能存在无症状传播,但大多数新发病例都来自有症状的人群[2]。随后有多项研究均报道了潜伏期,最近通过1 099例患者研究显示中位潜伏期为3 d,有个例可达到24 d,随着样本量扩大,中位潜伏期比之前报道的潜伏期更短[26]。

发热、咳嗽、肌痛和乏力是COVID-19最常见的症状,少见不典型的症状包括心悸、腹泻和头痛等[40-41]。然而,很少有SARS-CoV-2感染者有鼻涕、喷嚏或喉咙痛等明显的上呼吸道症状,表明SARS-CoV-2感染的靶细胞可能位于下气道[4]。Chan等[28]发现下呼吸道比上呼吸道标本中检测出更高的病毒载量,这与既往MERS患者中下呼吸道标本病毒载量更高的研究结果相似[42]。发热和咳嗽是SARS-CoV-2感染患者的主要症状,而很少出现胃肠道症状(如腹泻),但MERS-CoV或SARS-CoV感染的患者中有20%~25%患有腹泻[43]。研究发现在SARS-CoV-2感染的成人患者中,心脑血管疾病和高血压是最常见的基础疾病,其次是糖尿病,由于这些患者的免疫状况较弱,SARS-CoV-2更可能感染合并有慢性基础病的男性[8]。研究发现从首次出现症状到呼吸困难的中位时间为5 d,入院时间为7 d,出现急性呼吸窘迫综合征的时间为8 d,从症状发作到进入ICU的中位时间为10 d,常见并发症包括急性呼吸窘迫综合征、心律失常、急性心脏损伤、急性肾损伤等,在重症监护病房中接受治疗的患者年龄更大,更有可能合并基础病,更容易出现呼吸困难[32]。这与MERS-CoV感染类似,对于MERS-CoV感染暴发,大多数死亡病例中都存在吸烟、高血压、糖尿病、心血管疾病或其他慢性疾病,并与动物模型中的发现相对应[44]。研究发现血氧饱和度、呼吸频率、白细胞、淋巴细胞计数、影像学表现作为预后不良的独立危险因素[26]。

4 影像学检查

病原学检测是诊断新冠肺炎的金标准,目前采用实时荧光RT-PCR进行SARS-CoV-2核酸检测,然而其检测受临床样本采集、试剂盒灵敏度、实验操作、病毒载量等多方面影响,存在一定的假阴性。研究[45-46]报道,有COVID-19患者最初核酸检测阴性,但胸部 CT 已表现出病毒性肺炎的影像学特征,肺部CT能准确地检出早期病灶,是目前我国诊断COVID-19的主要检测手段之一。影像学上早期主要表现为单发或双肺多发的磨玻璃影、斑片状影,病变以肺外周胸膜下分布为主,随着病程进展,肺部受累程度逐渐增加,约第10 d达到峰值,可出现“铺路石征”、“晕征”和“反晕征”或者结节,双肺弥漫多发肺实变,两周后,病灶逐渐吸收,留下广泛的磨玻璃影和胸膜下实变带[47]。有研究[48]通过CT影像值评分预测COVID-19的死亡风险,其CT评分的最佳临界值为24.5,灵敏度为85.6%,特异度为84.5%。典型的 CT 表现有助于早期筛查可疑病例,评估疾病进展及治疗效果,并可预测严重的并发症[49]。然而也有研究[50]显示,有部分COVID-19患者早期肺部CT也可表现正常,其表现与感染时间的进程有关,正常的胸部CT扫描也不能排除SARS-CoV-2感染的可能性,还需结合核酸检测、流行病学、临床表现、实验室检查等多种手段综合评估。

5 实验室检查

COVID-19患者外周血检测中常表现为白细胞正常或减少,淋巴细胞、血小板及嗜酸性粒细胞减少[26,41],有研究[51-52]显示部分患者还可出现凝血酶原时间延长、D-二聚体和纤维蛋白降解产物(FDP)水平升高,C反应蛋白升高,对于肝脏功能指标也有改变,如碱性磷酸酶、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶均升高。Zhang等[41]研究发现,COVID-19患者在发病早期就表现出白细胞正常或减少、淋巴细胞及嗜酸性粒细胞减少等改变,在入院后第5 d复测淋巴细胞计数减少更加显著,同时嗜酸性粒细胞与淋巴细胞计数呈正相关,表明淋巴细胞减少、嗜酸性粒细胞减少可能是诊断COVID-19患者的有效指标。另外研究[4,8]表明多数患者的白细胞及淋巴细胞减少,而重症患者检测到高浓度的细胞因子,这可能是由于病毒颗粒经呼吸道黏膜感染细胞,从而在体内诱发细胞因子风暴,产生一系列免疫应答反应,引起外周血白细胞数目变化,还有淋巴细胞等免疫细胞的变化,淋巴细胞数目的减少说明SARS-CoV-2消耗了大多数免疫细胞并能抑制机体的细胞免疫功能。Tang等[53]研究显示重症患者的D-二聚体和FDP水平明显升高,凝血酶原时间更长,且活化部分凝血活酶时间长,表明COVID-19常规的凝血参数与预后显著相关。在COVID-19的死亡病例中,弥散性血管内凝血的存在很普遍,常常合并凝血功能异常,尤其是 D-二聚体和FDP明显升高,可能具有指导治疗和评估预后的潜力。关于病原学检测,第七版指南[11]指出,使用RT-PCR或基因测序方法在鼻咽拭子、下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中可检测出新型冠状病毒核酸,以下呼吸道标本更加准确。另外有研究使用一种SARSr-CoV Rp3的交叉反应性核衣壳蛋白(NP)开发了IgM抗体和IgG抗体检测方法,动态模式与急性病毒感染一致,随着IgM抗体水平的下降,IgG抗体浓度开始上升。对于SARS-CoV-2感染者,酶联免疫分析法检测IgM抗体可以更早、更有效地确认或排除发热患者中的SARS-CoV-2感染[54]。血清学检测证明了感染SARS-CoV-2患者的病毒抗体滴度增加,提高了检测阳性率,可适用于隐性感染者[55]。第七版指南[11]提出:特异性IgM抗体多在发病3~5 d开始出现阳性,IgG抗体滴度恢复期较急性期有4倍及以上增高。

6 诊断

最新指南[11]中COVID-19的诊断标准取消了湖北省内、省外两个地区的划分,诊断标准包括流行病学史和临床表现,发病前14 d武汉的旅行或住院史,与SARS-CoV-2感染者接触史、聚集性发病等流行病学史。临床表现为发热,COVID-19的影像学特征、正常或下降的白细胞计数,淋巴细胞计数下降,满足有或无流行病学史,加上任意临床表现2条或3条,即可诊断为疑似病例,确诊病例可通过分离SARS-CoV-2病毒株,进行RT-PCR检测核酸阳性或测序获得与SARS-CoV-2高度匹配的基因序列。并将血清特异性IgM抗体和IgG抗体检测方法纳入确诊病例的诊断当中。根据第七版指南[11]确诊患者的临床分型,可分为轻型、普通型、重型和危重型,轻型:临床症状轻,影像学正常;普通型:具有发热、呼吸道等症状,影像学提示肺炎改变;重型:① 气促,呼吸频率≥30次/min,② 静息状态指氧饱和度≤93%,③ 动脉血氧分压(PaO2)/吸氧浓度(FiO2)≤300 mmHg,④ 肺部影像学24~48 h内病灶明显进展超过50%,满足以上任意条件可诊断为重型;危重型:包括以下任一情况,① 呼吸衰竭,需要机械通气,② 休克,③ 合并器官功能衰竭需ICU监护。

7 治疗

目前新型冠状病毒的暴发已经威胁全球人类健康,但针对该病毒的治疗尚无明确特效药物,而根据既往抗SARS、MERS和其他流感的经验,以及SARS-CoV-2本身的病理特点,已有多种研究评估不同抗病毒治疗方案的疗效。

洛匹那韦/利托那韦(Lopinavir/ritonavir,LPV/r)作为HIV蛋白酶抑制剂,在先前的报道中已经明确与SARS-CoV有结合位点[56],冠状病毒中一种主蛋白酶(Mpro)是冠状病毒复制的关键酶[57],而SARS-CoV Mpro和SARS-CoV-2 Mpro的蛋白序列有超过90%相似[16],因此LPV/r可作为潜在的抗病毒药物。既往研究发现LPV/r相比较利巴韦林,能有效降低SRAS患者的死亡风险[58],但最新的临床试验[59]通过对199例SARS-CoV-2感染者进行分析,LPV/r组在临床症状改善和死亡率方面与常规组比较无显著差异,研究未观察到LPV/r治疗有益。冠状病毒进入细胞依赖于病毒刺突蛋白(S)与细胞受体的结合,SARS-CoV-2可利用受体ACE2进入细胞,并利用丝氨酸蛋白酶TMPRSS2及组织蛋白酶B和L(CatB/L)激活S蛋白[60-61],Markus等[62]研究发现TMPRSS2抑制剂甲磺酸卡莫司他联合CatB/L阻断剂氯化铵可达到完全阻断病毒进入细胞的效果,这为治疗提供了新的选择。另外,在Li等[63]的研究中确定了4种与SARS-CoV主蛋白酶具有高结合能力的小分子药物—普鲁利沙星、泰戈布韦、奈非那韦和双加曲韦,可作为治疗SARS-CoV-2感染的有前途的候选药物。

核苷类似物可以靶向作用于病毒复制过程,特别是病毒DNA或RNA聚合酶,并在临床上成功地治疗了多种病毒感染[64]。瑞德西韦(Remdesivir)作为一种广谱抗病毒核苷酸类似物,此前已有研究证实了其在冠状病毒感染的广谱治疗中的潜在应用,对于SARS-CoV及MERS-CoV感染都具有有效控制作用[65]。虽然瑞德西韦对于治疗SARS-CoV-2具有发展前景,但仍需要大量临床研究证实其疗效及安全性。

氯喹(chloroquine)是一种广泛应用于抗疟疾和自身免疫性疾病的药物,最近被报道为一种潜在的广谱抗病毒药物[66]。氯喹能通过提升病毒和细胞融合必需的pH值来防止病毒感染,并能够干扰SARS-CoV细胞受体的糖基化来抑制病毒与受体的结合[67]。且研究表明氯喹在抑制肺炎恶化,改善肺部影像学,促进病毒阴性转化以及缩短病程方面优于对照组[68]。氯喹除了抗病毒作用外,还具备免疫调节作用,对体内抗病毒作用起到协同加强作用,药物吸收后可遍布于全身各处,并且包括肺脏[69]。此外,氯喹是一种廉价、安全的药物,具有适用于SARS-CoV-2感染的价值,目前新的指南[11]中已将氯喹加入抗病毒治疗方案。

神经氨酸酶是病毒复制和扩散的关键酶,因此神经氨酸酶抑制剂是目前针对各类流感病毒应用最广泛的药物,包括奥司他韦、奥司米韦等,现口服奥司他韦已普遍应用于各医院SARS-CoV-2确诊或疑似病例治疗,具体疗效仍有待研究。鉴于SARS-CoV,MERS-CoV和SARS-CoV-2感染可诱导大量细胞因子,因此皮质类固醇激素被频繁用于治疗重症患者,可以减少炎症引起的肺损伤。SARS和MERS患者的最新证据表明,接受皮质类固醇激素对死亡率没有影响,但会延迟病毒清除[70]。广谱抗病毒药物干扰素及利巴韦林协同治疗SARS似乎也有一定作用[71],还有一些其他类型的药物在体外有效,如阿比多尔、RNA合成抑制剂(如TDF、3TC)等[72]。结合治疗SARS-CoV及H1N1的经验,黄芪、甘草、防风、白术、金银花、连翘6种中草药配方对SARS-CoV-2有一定潜在预防作用[73]。目前尚无COVID-19的特效治疗药物,第七版指南[11]已经提出干扰素、LPV/r、利巴韦林、磷酸氯喹、阿比多尔可用于COVID-19的抗病毒治疗,目前许多抗病毒药物的有效性和安全性仍在进行临床试验,治疗上应注重一般支持治疗,即时的氧疗,治疗方案应推荐中西医结合治疗。

8 小结

SARS-CoV-2是一种新型的冠状病毒,属于β冠状病毒属,传染性强,已在全球多个国家传播,与蝙蝠冠状病毒的关系最为密切,目前尚未明确其中间宿主和病毒的原始来源。已在人群之间广泛传播,主要通过呼吸道飞沫和接触传播,并可能存在消化道或体液传播等途径。SARS-CoV-2的来源、发病机制、传播途径、血清学检测等方面的研究尚未明确,希望有更多大样本的研究阐述其临床表现、实验室检查及典型影像特征。目前尚未有特效的抗病毒药物,其疫苗开始处于临床试验阶段,现主要为对症支持、预防继发感染、防治并发症等治疗手段。国内外学者对COVID-19的研究仍在努力进行中,希望能尽早研发出特异的抗病毒药物。

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