原人参二醇对肿瘤相关基因表达的影响
2019-01-06滕思莹范琳华张新民
滕思莹,范琳华,张新民
(吉林大学,吉林长春130000)
1 概述
人参是一种具有极高药用价值和经济价值的传统中药材,4000年前的医学论著《神农本草经》中已有记载,目前在世界各地,作为滋补的食品添加剂或辅助治疗的药品使用。动物和细胞实验结果表明,其活性成分人参皂苷的生物学和药学功能包括神经保护、抗氧化、抗炎、抗肿瘤等。
人参皂苷是一种由30个碳原子组成四环三萜主环的固醇类化合物,人参或人参皂苷口服进入人体后,在消化系统以及肠道微生物的共同作用下,大部分最终降解掉苷元上所有的糖链,最终形成原人参二醇和原人参三醇。研究表明:二醇组比三醇组具有更强的抗肿瘤作用,此外,皂苷的糖链越少,抗肿瘤活性越强,因此,深入研究原人参二醇功能机制具有更高的药用价值。
目前,对原人参二醇抗癌机制的报道,一般都是分析了几个,或者是某个通路基因表达的变化,集中在某一方面,而从整体上来讲,这些基因的相互作用关系与种类,主要集中在生物过程,尚未研究和总结。因此,在本研究计划通过原人参搜索Pubmed、中国知网、万方等数据库中抗肿瘤相关报道,对上调和下调的基因进行查找,然后使用生物信息分析工具进行聚类富集,蛋白相互作用网,关键节点基因分析,对其抗癌机制进行揭示。
2 方法
数据收集:在pubmed和中国知网中以“原人参二醇”为关键词进行检索,收集其与肿瘤相关基因。
生物信息学分析:使用Metascape进行富集聚类,string计算蛋白质相互作用网,结果导出后,使用cytoscape进行关键节点基因分析并作图。
3 结果
3.1 原人参二醇对肿瘤相关基因表达的影响
三大数据库结果表明,原人参二醇在乳腺癌、结直肠癌、肺癌及多种肿瘤细胞中,表现为抑制肿瘤细胞生长,使多种细胞周期停滞在G1/S期,诱发细胞凋亡。汇总涉及基因表达变化的文献,原人参二醇能够上调Bax,BTG1,KLF4……下调bcl-2,cdk2,CDC25b……超过80个基因,这些基因属于多个基因家族,不同的信号通路,功能复杂多样。
3.2 变化基因的富集聚类分析
将这些基因使用网站metascape的工具进行富集聚类分析,从结果可以看出,这些基因除了与细胞凋亡、细胞周期、衰老通路相关外,还与丝氨酸肽修饰、氧化应激、调节P53蛋白降解、氨基酸饥饿、肌肉细胞增殖、病毒感染等多方面密切相关。
3.3 蛋白相互作用网络分析
将收集到的基因使用biostring对这些蛋白之间相互作用的网络进行分析,并使用cytoscape作图并找出最为重要的10个关键基因,发现引起变化的绝大部分基因,相互之间存在联系,组成了一个网络,只有几个基因处于网络之外,而相互联系最紧密的关键基因能调控超过20多个信号通路。
4 讨论
据统计,当前的肿瘤发病率正逐年上升,目前治疗方法主要是手术结合放化疗治疗,而中药毒副作用小,是良好的辅助治疗药物,但是作用机制研究还需深入研究,这对于选择敏感肿瘤类型,发现潜在的副作用,合理用药具有重要意义。据所收集文献报道表明:传统中药人参代谢产物原人参二醇,通过调控超过80多种基因的表达,表现出广谱的特点。
通过生物信息学工具分析发现,这些基因形成了一个相互影响,精细调节的网络,尤其是处于网络中最为关键的10个基因,能够调控多个信号通路,在肿瘤的发生发展过程中扮演着重要角色。例如,Akt1能够原人参二醇引起变化的MTOR,BCL2,CDK1等28种基因发生相互作用,而这28种基因又可以与其他基因进一步相互作用,衍生出一个巨大的网络,此外,AKT1 还参与到 PI3K-AKT,mTOR,Ras,凋亡,Rap1等多种信号通路中,这些与肿瘤密切相关。