DNA测序预测一线抗结核药物敏感性

背景世界卫生组织建议对所有结核病患者进行结核分枝杆菌的药物敏感性试验，以指导治疗方案和提高疗效。DNA测序能否准确预测一线抗结核药物的敏感性尚不明确。

方法本研究获得了6大洲16个国家的菌株对一线抗结核药物异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺的耐药或敏感的全基因组序列和相关表型。对于每一株菌株，通过9个基因测定与药物耐药性和敏感性相关的突变，除非存在未知关联的突变，否则同时预测个体表型。为了确定全基因组测序对一线药物治疗的指导作用，研究预测了完整的敏感谱。如果菌株的基因谱预测对异烟肼和其他药物敏感，或者含有影响其他药物敏感性的未知关联的基因突变，则预测这些基因谱对所有4种药物均敏感(即全敏感)。研究模拟了阴性预测值随耐药率变化的方式。

结果共分析了10 209株菌株。预测利福平的表型所占比率最大(10 130株中的9660株，占95.4%)，预测乙胺丁醇的表型所占的比率最小(9794株中的8794株，占89.8%)。对异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺耐药性预测的敏感度分别为97.1%、97.5%、94.6%和91.3%，特异度分别为99.0%、98.8%、93.6%和96.8%。在7516株具有完全表型的药物敏感谱的菌株中，5865株(78.0%)具有完全的基因型预测，其中5250株(89.5%)预测正确。在被预测为全敏感的4037个表型谱中，3952株(97.9%)被正确预测。

结论结核分枝杆菌对一线抗结核药物敏感性的基因型预测与这些药物的表型敏感性相关。

同济大学附属上海市肺科医院结核病临床中心

上海市结核病(肺)重点实验室

张少俊 编译 姚岚 审校