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木本油料文冠果APETALA2基因全长cDNA序列与生物信息学分析

2018-02-26刘晓辉马静怡罗媛李志民王莉

现代农业科技 2018年2期
关键词:文冠果螺旋

刘晓辉+马静怡+罗媛+李志民+王莉

摘要 文冠果是我国北方特有的木本油料树种。AP2是植物种子发育调控的重要转录因子。根据已获得的文冠果转录组数据搜索文冠果AP2基因序列(XsAP2),并对XsAP2基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果表明,XsAP2基因cDNA序列包含1个长度为1 548 bp的完整ORF,编码515个氨基酸。XsAP2蛋白大部分区域为亲水区,由136个ɑ螺旋、89个延伸链、43个β-转角、247个无规则卷曲构成。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第153个氨基酸开始到第213个氨基酸结束。XsAP2蛋白与9种其他植物AP2蛋白的同源性分析显示,文冠果AP2与可可AP2的同源性最高(71%)。该结果可为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供理论依据,并有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。

关键词 文冠果;APETALA2基因;cDNA;亲水性;ɑ螺旋;同源性

中图分类号 S794.9 文献标识码 A 文章编号 1007-5739(2018)02-0145-02

文冠果是我国北方特有的木本油料树种,其种仁含油量高达50%~70%,富含油酸、亚油酸、神经酸等优质不饱和脂肪酸[1],是国家“十三五”期间大力发展的新型健康木本食用油,在许多工业领域如制药与生物质能源等方面也具有重要的用途。因此,挖掘调控文冠果种子发育的重要转录因子基因,对提高文冠果种子产量和含油量具有重要意义。

AP2/ERF转录因子是植物最大的转录因子家族之一,含有1~2个保守的AP2/ERF结构域[2-3]。其中AP2亚家族转录因子主要参与植物花、果实和种子等器官生长发育的调控[4]。APETALA2是AP2亚家族的成员之一,已相继在拟南芥、水稻和葡萄等物种中分离出来[5],而在文冠果中AP2转录因子方面的研究还较少。因此,本研究在测序获得的转录组数据中筛查文冠果APETALA2(AP2)基因的全长cDNA序列,通过生物信息学方法分析AP2转录因子的结构特征及功能,为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供依据,有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。

1 材料与方法

1.1 搜索转录组获得新基因序列

从本研究室测序获得的文冠果根、茎、叶的de novo转录组数据中搜索获得文冠果AP2基因的cDNA序列。

1.2 文冠果AP2基因cDNA序列的生物信息学分析

利用ORFfinder在线软件(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)预测XsAP2基因cDNA序列的ORF。采用Prot-Param在线软件(http://web.expasy.org/protparam/)预测XsAP2蛋白序列的一级结构。通过ProtScale在线软件(http://web.expasy.org/protscale/)分析XsAP2蛋白的疏水性/亲水性。利用SOPMA在线软件(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_ sopma.pl)预测XsAP2蛋白序列的二级结构。采用SWISS-MODEL软件(http:// www.swissmodel.expasy.org/)预测XsAP2蛋白的三级结构。

1.3 文冠果AP2蛋白与其他植物AP2蛋白氨基酸序列的同源性比较

从NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下載9种植物(可可、甜橙、葡萄、木本棉、木薯、千年桐、土瓶草、陆地棉和麻风树)的AP2氨基酸序列。然后利用DNAMAN软件将文冠果和9种其他植物的AP2氨基酸序列进行同源性比对。

2 结果与分析

2.1 文冠果XsAP2基因cDNA序列的ORF预测

依据本实验室已获得的文冠果转录组数据,搜查获得文冠果AP2基因的全长cDNA序列。使用ORF Finder软件,根据标准遗传代码查找XsAP2的开放读码框(ORF),结果显示,AP2基因ORF序列长度为1 548 bp,可编码515个氨基酸(图1)。

2.2 XsAP2基因编码蛋白质一级结构预测

利用ProtParam在线软件对XsAP2基因编码的蛋白质的结构预测见表1。XsAP2蛋白分子式为C2482H3827N755O801S16,相对分子质量为57 572.23,等电点为6.38,蛋白质不稳定系数为60.47。

2.3 XsAP2蛋白疏水性/亲水性分析

利用ProtScale在线软件对XsAP2蛋白序列进行疏水性/亲水性预测,根据线性质量差异模型,得到蛋白质亲疏水性信号(图2)。图2中可见XsAP2蛋白的疏水性最大值为0.989,最小值为-3.511,总体来看XsAP2大部分氨基酸属于亲水性氨基酸。

2.4 XsAP2蛋白序列的二级结构预测

基于蛋白质数据库,利用SOPMA在线软件对XsAP2蛋白序列进行二级结构预测(图3)。结果表明,XsAP2蛋白由136个ɑ螺旋、89个延伸链、43个β-转角、247个无规则卷曲构成,分别占据26.41%、17.28%、8.35%、47.96%,即XsAP2蛋白质无规则卷曲所占比例最高。因此,可以推测文冠果XsAP2蛋白质二级结构中最大量的结构原件是以无规则卷曲的形式存在,ɑ螺旋、β-转角和延伸链分散在整个蛋白质中。

2.5 XsAP2蛋白序列的三级结构预测

使用同源建模法,将文冠果AP2蛋白序列提交至SWISS-MODEL,见图4。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型(图4),该模型从第153个氨基酸开始到第213个氨基酸结束。该蛋白质主要由无规则卷曲、ɑ螺旋、β-转角和延伸链组成,三级结构预测与二级结构预测的结果基本一致。endprint

2.6 文冠果XsAP2蛋白序列与其他植物AP2蛋白序列的同源性比较

文冠果XsAP2氨基酸序列提交NCBI在线比对,选择与其同源性较高的9种植物的AP2氨基酸:可可AP2(Theobroma cacao,XP_007047337)、甜橙AP2(Citrus sinensis,KDO79131)、葡萄AP2(Vitis vinifera,XP_010652782)、木本棉AP2(Gossypium arboretum,XP_017627516)、木薯AP2(Manihot esculenta,OAY 35492)、千年桐AP2(Vernicia montana,APQ47383)、土瓶草AP2(Cephalotus follicularis,GAV88830)、陆地棉AP2(Gossy-pium hirsutum,XP_016679121)、麻风树AP2(Jatropha curcas,XP_012079274)。使用 DNAman 软件将这些序列进行比对,发现不同植物的氨基酸序列同源性较高,其中文冠果与可可的同源性最高,达到71%。

3 结论与讨论

文冠果XsAP2蛋白是AP2/ERF转录因子家族成员之一,有研究报道在牡丹AP2蛋白中存在2个AP2/ERF结构域[6],这2个结构域在不同物种中具备很高的保守性。本研究通过将文冠果AP2氨基酸序列与NCBI Nr数据库中其他植物的AP2氨基酸序列进行同源性比较,发现文冠果XsAP2与可可、甜橙、葡萄、千年桐、陆地棉、麻风树等9种植物均有较高的同源性,其中与可可的同源性最高(71%),与甜橙和陆地棉的同源性相对较低(66%)。这说明文冠果与其他高等植物在AP2氨基酸序列上存在较长的保守区域,且保守区域为2个AP2/ERF结构域,从而在进化上相对较为保守。本研究通过搜索文冠果转录组数据获得文冠果AP2/ERF家族转录因子,对开展文冠果高油新品种分子育种工作提供重要参考价值,也为下一步利用试验方法研究该基因的结构功能方面奠定基础[7]。

4 参考文献

[1] 赵娜,张媛,李秋琦,等.文冠果FAD2的序列与功能分析[J].北京林业大学学报,2015,37(2):87-93.

[2] ZHANG C H,SHANDGUAN L F,MA RJ,et al.Genome-wide analysis of the AP2/ERF superfamily in peach(Prunus persica)[J].Genet Mol Res,2012,1:4789-4809.

[3] DIETZ K J,VOGEL M O,VIEHHAUSER A.AP2/EREBP transcription factors are part of gene regulatory networks and integrate metabolic,hormonal and environmental signals in stress acclimation and retrograde signaling[J].Protoplasma,2010,245:3-14.

[4] OKAMURO J K,CASTER B,VILLARROEL R,et al.The AP2 domain of APETALA2 defines a large new family of DNA binding proteins in Arabidopsis[J].Proc Natl Acad Sci USA,1997,94:7076-7081.

[5] LICAUSI F,GIORGI F M,ZENONI S,et al.Genomic and transcriptomic analysis of the AP2/ERF superfamily in Vitis vinifera[J].BMC Genomics,2010,11:719.

[6] 任磊,王雁,周琳,等.牡丹PsAP2基因的克隆及表達[J].林业科学,2011,47(9):50-56.

[7] 敖妍,段劼,于海燕,等.文冠果研究进展[J].中国农业大学学报,2012,17(6):197-203.endprint

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