基于非局部平均滤波的MRI去噪算法研究
2015-06-24陈创泉
摘要:高效的MRI去噪算法是一个极具价值的挑战性课题。介绍了非局部平均(NLM)滤波算法在MRI图像的应用及改进方法,探讨了发展趋势及应注意的问题。
关键词:磁共振成像;非局部平均;图像去噪
DOIDOI:10.11907/rjdk.151147
中图分类号:TP312
文献标识码:A 文章编号:16727800(2015)006006903
作者简介作者简介:陈创泉(1987-),男,广东潮州人,硕士,吉林大学珠海学院公共基础课教学与研究中心助教,研究方向为图像处理、数据挖掘。
0 引言
磁共振成像(Magnetic Resonance Image, MRI)是一种无创伤观察身体各组织解剖结构及能量代谢情况的成像方法。由于图像在获取过程中时间和技术上的限制, MRI图像通常呈现出噪声,这些噪声影响了图像的质量和医生诊断。因此,对被噪声污染的图像进行降噪处理具有重要的实用价值和临床意义。
图像去噪就是从一幅模糊图像得到一幅清晰图像。理想的去噪算法要具有以下特点:噪声必须完全去除;有效的信息(边缘、角形、纹理、对比度等)必须被保留,并不会产生人为添加部分[1]。
高斯滤波[2]是一种早期广泛应用于MRI图像预处理的方法,这种方法虽然能够消除部分噪声,但是同时消除了信号的高频部分,导致边缘模糊。为了克服上述问题,提出了边缘保护滤波方法——各向异性滤波[3],并应用于MRI图像[45]。这类方法通过对局部梯度正交方向的像素平均从而保护边缘,但是通常只消除了图像中一些细小的纹理,增强了边缘,结果产生了不自然的图像。小波方法同样成功用于MRI图像去噪[67],这种去噪方法的本质就是在变换域中对图像进行处理,但这类方法产生了人为添加部分。
近年来,基于自然图像的冗余性和周期性特点,提出了非局部平均(NLM)滤波方法[8]。这种方法用于MRI图像有较好的去噪效果,但尚有很大的改进空间[915]。本文主要介绍非局部平均(NLM)滤波方法在MRI图像中的应用及改进方向。
1 图像去噪方法
2 非局部平均(NLM)滤波
2.1 基本思想
传统的去噪算法,其基本思想都是局部平均滤波,它们都在每个像素的一定邻域内进行像素的加权平均。常见的局部平均滤波方法有:Gaussian滤波器、各向异性扩散滤波、Wiener滤波器等。局部平均滤波无法很好地保留图像一些细节、纹理以及精细的结构。非局部平均(NLM)滤波[8]不仅考虑局部邻域内两点间像素的空间距离,而且考虑整幅图像中具有相似分布的像素值。这种方法通过计算像素i和像素j为中心的两邻域间灰度值的相似性作为权重,进行加权平均滤波。
其中, 为去噪后的图像,σ表示噪声图像u的标准方差,σVST表示稳定变化后的标准方差, VST-1表示方差稳定逆变换。因此,含莱斯噪声的图像u的噪声首先被VST方法稳定了,进而使用NLM方法进行滤波,最后对滤波后的图像数据进行VST-1 变换。Manjon [9]等详细阐述了非局部平均滤波用于磁共振图像时,如何调整参数达到最佳去噪效果。进一步地,他们将非局部平均滤波应用于噪声随空间变化的MRI[10]、多谱MRI[11]。Wiest-Daessl[19]等将非局部平均滤波应用于DT-MRI。NLM算法用于MRI去噪在主客观性能上都优于常见的图像去噪算法,但算法存在两个不足之处:①算法计算复杂度较高;②关键滤波参数h设定不明确。
2.2 算法复杂度
由于非局部平均(NLM)滤波是基于整幅图像及相似的灰度邻域块搜索,相比其它去噪算法计算量非常大。为此,Buades [16]等人提出把搜索范围限定在指定大小领域内,而非搜索整幅图像,从而提高了 NLM 算法的计算速度。假设搜索的邻域半径为R,像素邻域Ni的半径为r,一幅MRI图像 V中的像素数目为|V|,则其计算复杂度为O[|V|(2r+1)3(2R+1)3]。对于一幅大小为181×217×181的MR图像,令R取最小值5 ,r取最小值 1,在一台CPU配置 3-GHz处理器的电脑中,完成整个运算过程需要6个多小时[15],显然不能满足应用实时性要求。
相似性比较造成NLM算法运行速度较慢,为此, 提出了基于预选择相似素集的NLM算法[14,21]。Mahmoudi[21]等利用图像块的均值与平均梯度选择相似像素。这种方法使用的平均梯度虽然能反映图像细节信息,但平均梯度对噪声较敏感,会降低去噪性能。Coupe等[14]利用邻域均值和方差作为准则来预选择相似像素。该方法利用方差描述图像的相似性。方差能反映像素灰度变化的程度, 但不能描述纹理跳变的方向,因此无法刻画边缘、纹理等信息。上述方法都是通过减少相似块的计算次数达到提升NLM运行速度的目的,但却牺牲了去噪效果。
2.3 确定滤波参数h
非局部平均(NLM)滤波算法中,滤波参数是一个敏感参数,它对图像去噪效果影响较大。Buades[16]等给出滤波参数h的度量方式:釆用与噪声方差线性正比的全局固定方式来确定该参数。滤波参数h与图像噪声的方差相关,可记为h=f(σ),σ为图像噪声方差,对于同一类图像估计函数f有实际意义。Coupe[15]等人把邻域Ni内的像素个数|Ni|也考虑进滤波参数h的计算,并假设其满足h2=f(σ2,|Ni|,β),其中β是一个常数。但是,上述方法对滤波参数h都釆用全局固定的方式,不能有效区分图像中内容信息的差别。滤波参数与图像的噪声水平及局部内容密切相关,因此采取局部自适应的参数代替全局固定参数,是进一步优化算法的有效途径。
3 非局部平均(NLM)滤波方法改进
3.1 与旋转不变性(Rotationally invariant)相结合
MRI图像中存在一些仅仅旋转了不同角度的相似图像。传统的非局部平均方法仅仅采用平移操作进行图像相似性对比,这个操作会使仅仅旋转了不同角度的相似像素被赋予较小的权重。因此,考虑相似测度的旋转不变性是优化算法的有效途径。
Thaipanic [22]等提出了一种基于旋转匹配的NLM方法, 通过旋转适当的角度,使得原本NLM算法认为不相似的块在新模型中被认为是相似的。但因旋转角度有限,这种解决方法使得本来复杂度很高的NLM算法更加耗时。为了避免修正块状的方向性,块状旋转不变测度被应用于NLM算法,Grewenig[23] 等采用图像片的旋转不变矩来度量像素之间的相似性,但是这些描述量对噪声敏感,当噪声的强度增大时,它们能够代表的块状信息大大降低。
考虑MRI图像的几何结构相似性,将结构张量应用到非局部平均滤波算法中, 是进一步优化算法的有效途径。
4 结语
综上所述,用非局部平均滤波进行MRI图像去噪的关键在于:如何正确根据MRI图像的特点,如旋转不变性、几何结构特征等,建立与之匹配的非局部平均模型;同时,还要考虑算法的复杂度,从而使算法经济简洁,便于实现;最后,还要分析MRI图像的噪声方差与滤波参数h的关系,定量估计算法中滤波参数h的最优值,使MRI图像的去噪达到最佳效果。
参考文献:
[1] LIU C, SZELISKI R, KANG S B, et al. Automatic estimation and removal of noise from a single image[J].IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2008,30(2):299314.
[2] ASHBURNER J, FRISTON K J. Voxelbased morphometrythe methods[J]. Neuroimage, 2000,11(6):805821.
[3] PERONA P, MALIK J.Scalespace and edge detection using anisotropic diffusion[J].IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 1990,12(7):629639.
[4] SAMSONOV A A, JOHNSON C R. Noiseadaptive nonlinear diffusion filtering of MR images with spatially varying noise levels[J]. Magnetic Resonance in Medicine, 2004,52(4):798806.
[5] KRISSIAN K, AJA FERNANDEZ S.Noisedriven anisotropic diffusion filtering of MRI[J].IEEE Transactions on Image Processing, 2009,18(10):22652274.
[6] PIZURICA A, PHILIPS W, LEMAHIEU I, et al. A versatile wavelet domain noise filtration technique for medical imaging[J]. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2003,22(3):323331.
[7] ANAND C S, SAHAMBI J S. Wavelet domain nonlinear filtering for MRI denoising[J]. Magnetic Resonance Imaging, 2010,28(6):842861.
[8] BUADES A, COLL B, MOREL J M. A nonlocal algorithm for image denoising [C].IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition,Washington:IEEE Computer Society Press, 2005:6065.
[9] MANJON J V, CARBONELLCABALLERO J, LULL J J, et al. MRI denoising using nonlocal means[J].Medical Image Analysis, 2008,12(4):514523.
[10] MANJON J V,COUPE P,MARTIBONMATI L,et al.Adaptive nonlocal means denoising of MR images with spatially varying noise levels[J].Journal of Magnetic Resonance Imaging, 2010,31(1):192203.
[11] MANJON J V, THACKER N A, LULL J J, et al. Multicomponent MR image denoising[J].International Journal of Biomedical Imaging, 2009(1):110.
[12] MANJON J V, COUPE P, BUADES A, et al. New methods for MRI denoising based on sparseness and selfsimilarity[J]. Medical Image Analysis, 2012,16(1):1827.
[13] COUPE P, MANJN J V, ROBLES M, et al. Adaptive multiresolution nonlocal means filter for 3D MR image denoising[J].IET Image Processing, 2012,6(5):558568.
[14] COUPE P, YGER P, BARILLOT C. Fast non local means denoising for 3D MR images[J]. Medical Image Computing and ComputerAssisted Intervention, 2006,9(2):3340.
[15] COUPE P, YGER P, PRIMA S, et al. An optimized blockwise nonlocal means denoising filter for 3D magnetic resonance images[J]. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2008,27(4):425441.
[16] BUADES A, COLL B, MOREL J M. A review of image denoising algorithms, with a new one[J]. Multiscale Modeling & Simulation, 2005,4(2):490530.
[17] KATKOVNIK V, FOI A, EGIAZARIAN K, et al. From local kernel to nonlocal multiplemodel image denoising[J]. International journal of computer vision, 2010,86(1):132.
[18] NOWAK R D. Waveletbased Rician noise removal for magnetic resonance imaging[J]. IEEE Trans Image Processing, 1999,8(10):14081419.
[19] WIESTDAESSL N, PRIMA S, COUP P, et al. Rician noise removal by nonlocal means filtering for low signaltonoise ratio MRI: applications to DTMRI[J]. Medical Image Computing and ComputerAssisted Intervention,2008:171179.
[20] FOI A. Noise estimation and removal in MR imaging:the variancestabilization approach[C].Chicago: IEEE , 2011: 18091814.
[21] MAHMOUDI M, SAPIRO G. Fast image and video denoising via nonlocal means of similar neighborhoods [J]. IEEE Signal Processing Letters, 2005, 12 (12) : 839842.
[22] THAIPANICH T, OH B T, WU P, et al. Improved image denoising with adaptive nonlocal means (ANLmeans) algorithm[J]. IEEE Transactions on Consumer Electronics,2010, 56(4): 26232630.
[23] GREWENIG S,ZIMMER S ,WEICKERT J. Rotationally invariant similarity measures for nonlocal image denoising[J].Journal of Visual Communication and Image Representation,2011(22): 117130.
[24] WEICKERT J.A review of nonlinear diffusion filtering[C].Proceedings of the First International Conference on ScaleSpace Theory in Computer Vision,Berlin:Springer, 1997: 3–28.
[25] MENDRIK A M, VONKEN E J, RUTTEN A, et al. Noise reduction in computed tomography scans using 3d anisotropic hybrid diffusion with continuous switch[J]. IEEE Transactions Medical Imaging, 2009,28(10):15851594.
[26] 陈创泉,房少梅. 基于结构张量和非局部平均滤波的MRI图像去噪[J]. 佛山科学技术学院学报:自然科学版,2013, 31(3):3943.
责任编辑(责任编辑:杜能钢)