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香蕉MaTET基因的克隆与表达分析

2015-05-30姜成东等

热带作物学报 2015年6期
关键词:表达分析生物信息学香蕉

姜成东等

摘 要 采用RACE技术克隆香蕉果实采后成熟相关基因MaTET的全长cDNA,利用生物信息学方法分析MaTET基因及推导蛋白的序列,再利用RT-PCR技术对该基因的组织器官表达特性和在果实采后成熟过程中的表达特性进行分析。结果表明,MaTET的cDNA序列全长为1 234 bp,包含一个852 bp的完整开放阅读框,编码283个氨基酸残基,5′端非编码区222 bp,3′端非编码区160 bp,起始密码子为ATG,终止密码子为TAG。MaTET蛋白具4个跨膜区域,属于四跨膜蛋白(Tetraspanins),拥有多个与信号传导有关的修饰位点,在系统发生上更接近鹰嘴豆、野草莓和番茄等双子叶植物。MaTET可在香蕉根、茎、叶、花以及果实中表达,在根和叶中的表达量高于其它器官;MaTET在自然成熟香蕉果实中的微黄(TY)阶段开始上调表达,在黄多于绿(MY)阶段表达量急遽升高,随后降低,乙烯可增强MaTET表达且表达高峰提前至绿多于黄(MG)阶段,1-MCP抑制MaTET的表达。

关键词 香蕉;四跨膜蛋白;克隆;生物信息学;表达分析

中图分类号 S188 文献标识码 A

Abstract The objective of this study is to clone the full-length cDNA of a gene(MaTET)involved in postharvest ripening of banana fruit and primarily analyze its function; MaTET cDNA sequence was obtained by the approach of RACE, the putative amino acid sequence were analyzed by bioinformatics software and the expression patterns were analyzed by RT-PCR; Sequence analysis indicated that MaTET gene was 1 234 bp in length with an open reading frame of 852 bp predicted to encode 283 amino acids. MaTET protein belonged to tetraspanins membrane protein characterized with four transmembrane regions. MaTET protein possessed multiple modified sites associated with signal perception and transduction. The phylogenetic analysis showed that MaTET had a closer relationship with Fragaria vesca, Cicer arietinum and Solanum lycopersicum which belong to dicotyledons; MaTET was constitutively expressed in all organs such as roots, corns, leaves, flowers and fruits with higher level in roots and leaves than other organs. MaTET expression level initially enhanced gently in trace yellow(TY)stage then enhanced sharply in more green than yellow(MY)stage followed by a sharply decrease in other stages in natural ripening banana fruit, ethylene treatment induced the expression level and promoted the emergence of expression peak to more green than yellow(MG)stage, and 1-MCP treatment inhibited the expression of MaTET; MaTET gene encoded a protein belonging to tetraspanins family, functions in postharvest ripening process of banana fruit modulated by ethylene.

Key words Banana; Tetraspanins; Clone; Bioinformatics; Expression analysis

四跨膜蛋白(Tetraspanins,TETs),是一类广泛存在于多细胞生物体内的跨膜蛋白,该类蛋白长度大约为204~355个氨基酸残基,具有4个高度疏水的跨膜结构,在膜外形成2个环状结构[1]。TETs间以及TETs与其它蛋白间相互作用,形成TETs复合体,广泛地参与到细胞粘附、细胞迁移、细胞信号途径的激活、促进膜蛋白成熟、细胞增殖以及信号传导等活动[2-3]。由于TETs的功能与人类的多种疾病形成机制相关,包括癌症形成机制以及细菌、病毒和寄生虫对人体感染过程中的免疫反应等[4-7],因而人的TETs备受重视,研究较多。在植物中,目前通过基因组测序或其它途径已在拟南芥、玉米、番茄等许多植物中发现四跨膜蛋白基因,尽管研究相对较少,但其重要性已逐渐引起研究者关注。Wang等[8]通过对植物四跨膜蛋白的生物信息学研究发现,植物TETs与多细胞动物TETs结构和特征相同,具有四个跨膜结构并在膜外形成2个环状结构,两者主要区别在于序列相似性较低,此外植物TETs具有不同于其它多细胞生物的保守结构域。

植物中关于TETs的功能研究主要集中于模式植物拟南芥上。Cnop等[9]发现一个根系、叶片和花严重扭曲拟南芥突变株,并利用染色体着陆技术克隆了突变基因TRN1和TRN2,TRN2(ekeko/AtTET1)属于四跨膜蛋白基因。有研究结果表明,AtTET1的功能与植物的发育有关,trn2的茎、花、根系严重扭曲,同时顶端优势明显减轻;AtTET1基因对于根表皮上根毛的形成以及侧根冠的形成具有重要作用;AtTET1通过影响叶片内生长素的分布与平衡从而影响叶片发育的对称性[10-11];AtTET1基因的突变影响到茎顶端分生组织周边区细胞的分化[12]。Boavida等[13]研究发现拟南芥的17个TETs基因呈现出丰富的组织器官表达特性,表明植物TETs功能可能涉及多种生理机制。

目前虽对拟南芥AtTET1的功能有较深入的了解,但多数植物TETs的研究尚未见报道。本课题组利用抑制差减杂交技术,对采后2 d香蕉果实差异表达基因进行研究,获得了一段在香蕉采后上调表达的EST序列[14]。本研究根据该EST序列,克隆了一个TET基因的cDNA序列全长,对其进行生物信息学分析,并分析该基因在香蕉组织器官中以及在香蕉果实采后后熟过程中的表达特性,为植物中TETs功能的研究提供借鉴。

1 材料与方法

1.1 材料

基因克隆所用模板为本实验室保存的香蕉果实cDNA文库。

克隆载体为TaKaRa公司的pMD-18T,大肠杆菌DH5α 为中国热带农业科学院生物技术研究所自行保存菌株。

组织器官特异性分析所用材料为香蕉主栽品种巴西蕉(Musa acuminata L. AAA group cv. Brazilian)。选取雌花花后发育约100~110 d,处于绿熟阶段,棱角明显约七成熟果实植株的白色肉质根、球茎、叶片、雌花以及果实进行器官特异性分析。各器官用无菌水清洗后立即用液氮速冻。

采收的果实运到实验室,落梳切成单果指,选大小均匀的果指先用5 g/L的漂白粉处理10 min,晾干,再用0.1%的多菌灵浸泡10 min,晾干后将果实分成3组进行处理。第1组为自然成熟的果实:将果实放入聚乙烯薄膜袋中,不封口,置于22 ℃的贮藏库中。第2组为催熟的果实:用100 mL/L的乙烯利(乙烯释放剂)浸泡果实5 min,晾干后将果实放入聚乙烯薄膜袋中,不封口,然后置于22 ℃贮藏库中。第3组为1-MCP抑制成熟的果实: 每袋用1 μL/L 1-MCP处理24 h,封口后置于22 ℃贮藏库中。第一组,第二组按成熟度取样,第三组每4 d取1次样。样品用液氮速冻,-75 ℃保存备用。果实成熟度参考Stover 等的方法[15],成熟过程中的先后顺序依次为:1、全绿(full green, FG),2、微黄(trace yellow,TY),3、绿多于黄(more green than yellow, MG),4、黄多于绿(more yellow than green, MY),5、柄绿(green tip, GT),6、全黄(full yellow, FY),7、黄带褐斑(yellow flecked with brown spots, YB)。

1.2 方法

1.2.1 目的基因全长cDNA序列的克隆 根据已获得的香蕉果实采后2 d上调表达的EST片段,设计5′端和3′端RACE引物,5′RACE外侧引物GSP5:5′-CTGTTTGGGTCTGATGGGTTGT-3′;5′RACE内侧引物NGSP5:5′-GGACGATGGTCAAGA

GTGCC-3′。3′RACE外侧引物GSP3:5′-ACCTGT

TCTTGGCACTCTTGAC-3′;3′RACE内侧引物NGSP3:5′-ACAACCCATCAGACCCAAACAG-3′。PCR扩增产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳分析,回收纯化后连接到载体送上海生物工程服务有限公司测序。将获得的5′端和3′端序列拼接后设计全长基因5′端和3′端引物,扩增cDNA全长序列。5′端引物为:5′-GAAGGACGACGAAAAAACGACG-3′,3′端引物为:5′-GGGCGATGAGATTTTTCCGTTG-3′。

1.2.2 香蕉MaTET序列的生物信息学分析 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站中的BlastX对序列进行比对,选取同源性>30%的序列进行系统进化分析。利用Protparam在线分析软件进行蛋白理化性质分析,利用TMHMM在线分析软件对MaTET蛋白进行跨膜区预测。利用Clustal1.81和Mega3.0软件构建MaTET蛋白与其它植物TET的系统进化树。

1.2.3 RNA提取 香蕉果实和花RNA的提取采用改良的CTAB法[16]。香蕉营养器官球茎、叶片和根系的RNA提取方法采用改良SDS法[17]。

1.2.4 cDNA合成 RNA的反转录采用Fermentas的RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit 反转录试剂盒合成。具体步骤参考试剂盒说明书。

1.2.5 RT-PCR分析 在所获全长序列上选取一段特异序列设计引物进行RT-PCR分析,上游引物:5′-CCGAGGAGAAGCACCACCAC-3′;下游引物:5′-GCCACCGCTGCAGCGATCTCCTC-3′。内参基因为香蕉Actin, 上游引物为:5′-TGTAGCAATT

CAGGCTGTTCTT-3′;下游引物为:5′-TCAGAGAT

GGCTGGAAGAGAAC-3′。

2 结果与分析

2.1 MaTET基因cDNA序列的克隆及生物信息学分析

基于已获得的香蕉EST序列片段,通过5′端和3′端 RACE,分别扩增出目的基因的3′端和5′端(图1-A、B),拼接出目的基因cDNA全长后,在目的基因的5′端和3′设计引物扩增出目的基因(图1-C)。该基因全长1 234 bp,包含一个852 bp的完整开放阅读框,编码283个氨基酸残基的蛋白质,5′端非编码区222 bp,3′端非编码区160 bp,起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,N端带有信号肽(图2)。经blast比对,InterProScan分析,确认该目的基因的表达产物为四跨膜蛋白(Tetraspanins),并将该基因命名为MaTET。

MaTET蛋白的分子式为C1 441H2 221N365O404S13,相对分子质量为31 539.4,等电点为4.95,理论推导半衰期大于10 h。不稳定参数为40.72,属于不稳定蛋白。该蛋白中相对含量比较多的氨基酸是Leu(34个,12%),Ser(22个,7.8%), Ile(22个,7.8%)Ala(21个,7.4%),Val(20个,7.1%)。Pyl和Sec含量为0。总的带负电荷的残基(Asp+Glu)为31,总的带正电荷的残基(Arg+Lys)为22,亲水性平均数为0.262,预测该蛋白为水不溶性蛋白。

MaTET跨膜区预测结果见图3。MaTET具有4个跨膜结构,分别位于13~35、85~107、114~136和165~188氨基酸残基序列处。MaTET的N端和C端均位于膜内,N端有8个氨基酸残基,C端有95个氨基酸残基。MaTET在264~267氨基酸残基处存在一个N-糖基化位点(NRSH),在 140~142处和24~26处有2个蛋白激酶C磷酸化位点, SWK和SQR,存在4个酪氨酸蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,分别是SSSD(40~43)、SFLD(74~77)、SDDE(199~203)、SRND(236~239),4个N端豆蔻酰化位点,GLWECL(5~10)、GCCLSC(111~116)、GAPATG(219~224)、GLDTSE(250~255),一个原核生物膜脂蛋白脂结合位点,GIGVVLFIISC(90~100);一个含异戊(间)二烯基群结合位点,CIIM(280~283)。Target P 1.1 Server分析表明,香蕉MaTET可能定位于膜上,定位于线粒体内膜、叶绿体类囊体膜、质膜、线粒体膜上的可能性分别为67.5%、66.6%、60%及47%。

根据香蕉MaTET和其它物种推导的TET氨基酸序列构建系统发生树的结果见图4。全部序列可被分为6个大簇(clades),鹰嘴豆(CaTET XP004495030)、番茄和野草莓为一个簇;水稻、玉米和谷子为一个簇;可可、谷子为一个簇;鹰嘴豆(CaTET XP004511769)和MaTET单独构成一个簇。MaTET与鹰嘴豆(CaTET XP004495030)、番茄、野草莓所构成的簇亲缘关系较近,与可可、拟南芥构成簇的亲缘关系较远。

2.2 MaTET基因的表达特性分析

2.2.1 MaTET基因组织器官表达特性 MaTET的器官表达特性分析结果见图5。MaTET基因在香蕉根、球茎、叶、花、果实等器官中均表达。MaTET在球茎、花、果中的表达量较低,在根和叶中的表达量较高。

2.2.2 果实成熟过程中MaTET基因的表达 香蕉后熟各阶段成熟度见图6-A。各处理的后熟过程经历时间不同,自然后熟(对照)经16 d达到YB阶段,乙烯利处理仅需6 d即达到YB阶段,而1-MCP处理直至处理24 d时果实仍为绿色,但果实已软化、腐烂,因此在第24天时结束实验。

自然后熟的香蕉经过16 d完成全部后熟过程,MaTET基因在果实后熟过程中的表达特性见图6-B。香蕉果实自然后熟的过程中,MaTET基因在各级成熟度的香蕉中均表达。在后熟过程中,MaTET基因的表达量呈现出先上升随后降低的跃变型特征,即在TY阶段表达量开始升高,成熟度达到MY阶段表达量急遽上升达到最高,随后在第TG、FY、YB阶段又降低。

在乙烯处理条件下,香蕉果实后熟过程加快,1 d后达到TY阶段,在6 d内完成全部后熟过程。在乙烯诱导后熟过程中MaTET表达规律与自然成熟类似,即呈先上调表达再降低趋势(图6-C),但MaTET在MG阶段时表达量急遽上升,达到最高。此外,乙烯诱导成熟过程中MaTET在表达高峰MG阶段的表达量明显高于自然成熟中表达高峰MY阶段的表达量,其它各级成熟度中的表达量也都明显高于自然成熟香蕉中的表达量。

1-MCP是乙烯受体抑制剂,可以强烈地抑制香蕉果实成熟。本实验中,1-MCP处理香蕉成熟被强烈抑制,处理后24 d时香蕉果皮仍为绿色。MaTET基因在1-MCP处理香蕉中表达量始终极低,仅在处理24 d时略上调表达,表明1-MCP在抑制香蕉后熟的过程中也抑制了MaTET基因的表达。

3 讨论与结论

本研究从香蕉中克隆了一个四跨膜蛋白编码基因的cDNA序列,命名为MaTET。该基因推测的编码蛋白MaTET长度为283个氨基酸残基,和动物、人类、真菌等生物中的四跨膜蛋白长度相符[2]。MaTET为水不溶性蛋白,这与其膜蛋白的特性相符。MaTET具有TETs的典型特征,即具有4个高度疏水的跨膜结构,N端和C端均在膜内,膜外形成一大(LEL)一小(SEL)2个环状结构。LEL长度为49个氨基酸残基,SEL长度为28个氨基酸残基。MaTET大环的长度较人类LEL的短,而小环的长度较人类SEL的长。人类TETs中LEL长度大约占到全序列的1/3~1/2[2],而MaTET的LEL长度仅为序列的1/6,表明植物MaTET的功能与其它生物不同,功能可能较少或更具特异性。

蛋白质翻译后的化学修饰对于蛋白的功能具有重要意义。MaTET上具有多个蛋白质修饰位点,如N-糖基化、酪氨酸蛋白激酶Ⅱ磷酸化、豆蔻酰化和异戊二烯化等。糖基化是蛋白翻译后的重要修饰现象,N-糖基化位点对与蛋白的相互作用、表达、分泌和结构的稳定具有重要作用[18-19]。MaTET上具有N-糖基化位点表明,MaTET可能通过与其它蛋白作用行使功能,这与TETs通常形成复合体行使功能的特性相符合。酪氨酸蛋白激酶Ⅱ磷酸化可以影响到拟南芥HFR1转录因子的稳定性和信号传导活性[20],豆蔻酰化是膜蛋白定位于膜上所必须修饰[21-22]且可以调节钙结合钙调素和酪氨酸蛋白激酶pp60v-src之间的相互作用,在信号传导中具有重要作用[23],蛋白质异戊二烯化和信号传递或肿瘤发生有关[24]。MaTET上存在多种与信号传导相关的修饰位点,表明MaTET可能在膜内外信号传导上起着重要作用。

大部分四跨膜蛋白的胞内区较短,通常少于19个氨基酸残基[1-2],如此短的序列上缺乏常规的与信号传导有关的结构域,因此一般认为四跨膜蛋白不直接参与信号传导。但Lapalombella等[3]对四跨膜蛋白CD37的研究表明,CD37可以直接参与导致细胞凋亡的信号传导。MaTET的胞内区C端较长,具有94个氨基酸残基,而且该片段上还有两个酪氨酸(Tyr)蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点,进一步说明MaTET基因功能与信号传导有关,且可能直接参与信号传递。

系统发生分析表明,MaTET在系统发生上和双子叶植物鹰嘴豆、野草莓、番茄构成的同源簇的亲缘关系较近,而与同为单子叶植物的水稻、玉米和谷子构成的同源簇亲缘关系较远,表明MaTET在进化上比较保守。此外在鹰嘴豆、野草莓、番茄构成的同源簇中野草莓和番茄的果实同香蕉相同,都为浆果,表明MaTET的功能可能与果实类型有关。

MaTET是根据香蕉采后抑制差减杂交分析所获得的一个EST序列,从香蕉果实cDNA文库中克隆所得。为明确MaTET在香蕉果实后熟过程中的表达特性,本研究对自然成熟过程中MaTET的表达特性进行了分析。MaTET的表达在自然成熟的香蕉果实中呈现出随成熟度增加而先上升再下降的特性,这一表达特性同许多香蕉后熟相关基因如ACS[25]以及MS[26]等的表达特性相似,说明MaTET功能可能与香蕉后熟相关。乙烯是香蕉成熟的重要促进物质,香蕉果实后熟过程中伴随着乙烯的合成,外源乙烯处理可以迅速促进香蕉果实内乙烯合成,加快果实成熟[27]。为分析MaTET在香蕉果实成熟过程中的表达是否受乙烯调控,本研究分别利用乙烯和1-MCP处理香蕉,分析了MaTET在这2种处理下的表达特性。乙烯处理香蕉中MaTET的表达特性同自然成熟香蕉类似,即表达量急遽升高随后迅速下降,但乙烯处理使得MaTET的表达高峰提前出现在MG阶段,而且其表达量要明显高于自然成熟,表明该基因的表达受到乙烯强烈诱导。1-MCP是乙烯抑制剂,其不可逆地作用于乙烯受体, 阻断乙烯与乙烯受体的正常结合,抑制其所诱导的果实后熟[28]。1-MCP处理的香蕉果实中MaTET一直处于较低的表达水平,表明MaTET的表达因乙烯受体与1-MCP结合而受到抑制,进一步说明MaTET在香蕉采后成熟过程中的表达受到乙烯的调控。

香蕉采后成熟是一个复杂的生理生化过程,在此过程中多种基因参与了果实的成熟调控且受乙烯的诱导,这些基因包括ACC合成酶(ACS)、ACC氧化酶(ACO)[29],磷酸蔗糖合成酶[30],果胶裂解酶[31],苹果酸合成酶[32]以及柠檬酸合成酶[33]等。然而有关四跨膜蛋白参与香蕉果实成熟的研究尚未见报道。值得注意的是,在Jin等[34]分析香蕉后熟过程中乙烯高峰初始期差异表达的基因,de Godoy等[35]利用抑制差减杂交技术(SSH)分析香蕉果实成熟中差异表达的基因,以及Toledo等[36]利用蛋白质组学技术分析香蕉果实成熟过程中差异表达的蛋白时,均未检测到MaTET基因或MaTET蛋白的上调表达,这可能与各研究香蕉果实采样时间或技术的局限所导致。

本研究不但表明MaTET是受乙烯调控的与香蕉果实后熟相关基因,而且在进行生物信息学分析时发现MaTET蛋白具有多个与信号传导有关的位点,显示MaTET可能参与到香蕉成熟过程中信号转导过程,此外MaTET在香蕉的各种器官中均有表达,因此,MaTET还可能与除果实外的其它器官的功能有关,其具体机制有待进一步深入研究。

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