微小RNA-122对丙型肝炎病毒复制及感染治疗影响的研究进展
2014-03-19江志奎
江志奎
上海市徐汇区大华医院,上海 200237
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)是带包膜的单正链RNA 病毒,属于黄病毒科。其9.6 kb的基因组可直接作为mRNA翻译成一个大分子蛋白前体,再由宿主及病毒自身的蛋白酶剪切成10个病毒蛋白,包括结构蛋白和非结构蛋白[1,2]。HCV是RNA病毒,不能整合入宿主基因组;但其编码的非结构蛋白可与宿主直接相互作用而影响细胞的周期、凋亡、转录、膜结构调节、免疫反应等,最终引起细胞恶性转化[3,4]。HCV感染极易演变为慢性肝炎,慢性感染者20%可进展为肝纤维化、肝硬化,2.5%最终可发展为肝癌[5,6]。然而,至今尚无预防HCV感染的有效疫苗。现有的以干扰素/利巴韦林为主的抗病毒治疗应答率较低,仅部分HCV感染者能产生持续免疫应答[7,8],且药物不良反应多、费用昂贵,因此需进一步研究能直接抗病毒且无毒副作用的联合疗法。
微小RNA(microRNA, miRNA)是一类约22个碱基的小分子非编码RNA,主要与靶基因mRNA 3′非编码区部分互补,促进靶基因mRNA降解或抑制其翻译过程而发挥负调控作用[9]。miRNA来源于细胞核RNA聚合酶Ⅱ转录的初级产物(primary microRNA, pri-miRNA),在Drosha的作用下被切割成60~90个碱基的发夹状前体(precursor microRNA, pre-miRNA)。出核后的pre-miRNA再经Dicer剪切,产生20~22个碱基大小的成熟miRNA。miRNA结合到RNA诱导的沉默复合物(RNA-induced silencing complex, RISC),直接降解靶mRNA或抑制靶mRNA翻译[10]。每个miRNA可通过不同靶基因广泛参与细胞转录,从而达到细胞生理学平衡。近期研究表明,这种功能及miRNA表达谱的改变在宿主应对病毒感染中也发挥重要作用[11]。不仅如此,病毒本身也可编码miRNA,从而调节宿主细胞功能以适应病毒感染[12-14]。本综述重点介绍miRNA-122(miR-122)与HCV相互作用的研究现状。
1 miR-122的概况
miR-122是含有22个碱基的肝脏特异性miRNA[15],从鱼类至哺乳动物其序列非常保守。miR-122是肝脏中表达最丰富的miRNA,阳离子氨基酸转运体1(cationic amino acid transporter 1,CAT-1)可能是miR-122的靶蛋白[16]。miR-122的主要生理功能是调节脂质和胆固醇代谢。在正常小鼠中抑制miR-122可导致血浆胆固醇水平降低,肝脏脂肪酸氧化增加,肝脂肪酸和胆固醇的合成减少,还能增加中央代谢传感器AMP活化蛋白激酶(activated protein kinase,AMPK)的活性。在饮食诱导的肥胖小鼠模型中,抑制miR-122导致血浆中胆固醇降低和脂肪肝显著改善,且伴随着一系列脂肪合成基因减少[17]。
2 miR-122对HCV感染的影响
1999年,HCV亚基因组复制子系统的建立使HCV感染细胞的可持续培养成为可能,为详细研究HCV感染相关分子机制提供了分子生物学基础[18]。然而有趣的是,这些早期复制子系统只能在Huh7细胞中持续复制,不能在HepG2细胞中实现,虽然这2株细胞均源于人类肝癌。2005年这种差异的原因首次被Jopling等阐明,他们发现Huh7细胞表达miR-122,而HepG2细胞不表达。在Huh7细胞中抑制miR-122能降低HCV RNA聚集及病毒蛋白表达,突变分析提示miR-122与病毒5′非编码区存在结合区域。复制缺陷性病毒模型证实,miR-122并不影响mRNA的翻译和RNA的稳定性[19]。随后Jopling等证明HCV基因组非编码区域包含有miR-122种子序列的识别位点[20]。
miR-122促进Huh7中HCV复制已基本明确。Chang等通过在HEK-293细胞中外源性表达miR-122,检测miR-122对非肝细胞中HCV复制的影响,发现miR-122能增强HCV复制子集落形成的效率,提高HEK-293细胞中HCV RNA的稳态水平。由此可见,miR-122虽然不是HCV感染所必需的,但它大大提高了非肝细胞中HCV的复制[21]。随后,Fukuhara等也发现了miR-122对非肝细胞中HCV复制的重要性。在非肝细胞株表达HCV入侵受体后,人子宫来源的Hec1B细胞感染HCVcc(HCV体外培养系统)表现出较低的HCV基因组复制水平。而在一些细胞中,外源性表达miR-122有利于高效病毒复制,但不生产感染性颗粒,这可能是由于缺乏肝细胞的脂质代谢。此外,miR-122与HCV RNA之间的这种特异性相互作用是增强HCV复制必不可少的[22]。
在HCV的生命周期中,miR-122发挥功能取决于其与位于HCV茎-环1和内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)之间2个位点的直接相互作用。这2个匹配位点均为9个核苷酸,在细胞培养中能被miR-122在同一个HCV RNA拷贝中识别。这2个位点的联合突变能阻止感染性病毒产生,而单个突变只能严重减弱病毒产生[23]。miR-122靶向HCV的功能与经典miRNA的作用并不相同,miR-122与HCV的相互作用能增强HCV RNA积累,并不造成mRNA降解,且这种相互作用发生在HCV的5′非编码区。因此,HCV与miR-122的相互作用如何影响HCV复制并不完全明确,造成这种功能差异的原因及具体分子机制还需进一步研究。
以上研究均表明,miR-122在HCV复制中发挥重要作用,但其并不是HCV RNA复制所必需的。后几代复制子系统,包括其他HCV基因型来源的克隆,已被证实能在HepG2细胞[24]、人类子宫颈癌HeLa细胞[25]和小鼠肝细胞(小鼠肝癌细胞Hepal-6)[26]中成功复制。但是,上述发现均来自于体外细胞培养实验,尚没有在临床感染中被证实。例如,HCV感染者肝组织中RNA病毒载量与miR-122表达水平并没有相关性[27]。
3 靶向miR-122治疗HCV感染的新策略
miR-122作为HCV复制的一个重要辅助因子,是一个潜在的治疗慢性HCV感染的靶点。在小鼠和非人类灵长类动物中,通过反义抑制剂,包括antagomir和锁核酸(locked nucleic acid,LNA)修饰的寡核苷酸,能抑制体内miR-122水平[28]。Lanford等发现,应用与miR-122互补的LNA修饰寡核苷酸(SPC3649)治疗慢性HCV感染黑猩猩,能持久抑制HCV,且不良反应较小。无论是在为期12周的治疗期间还是在16周的随访期,均没有观察到SPC3649耐药病毒株的出现,提示受治疗动物没有产生病毒抗性。此外,转录组和肝活检组织学分析表明干扰素调节基因下调,HCV诱导的肝组织病理损伤具有明显改善[29]。进一步研究表明, LNA修饰的寡核苷酸抑制miR-122,能降低包括HCV 的7种基因型感染[30]。基于LNA的miR-122抑制剂SPC3649,目前在临床试验中也取得较好的效果[31]。
虽然miR-122与HCV相互作用的研究很多,但不是唯一的。Murakami等通过靶向HCV基因组的miRNA预测,发现miR-199a具有HCV基因组的相似序列,且这一序列在HCV各基因型中非常保守。过表达miR-199a能抑制HCV基因组在2种复制子细胞(HCV-1b和HCV-2a)中的复制。特定反义寡核苷酸(antisense oligodeoxynucleotide,ASO)介导的miR-199a抑制能加速病毒复制。HCV中突变miR-199a的目标位点能降低miR-199a对复制子的影响。miR-199a能将HCV复制子RNA聚集到RISC中,且这种抗病毒效果是干扰素通路非依赖性的[32]。miR-196也包含与HCV互补的序列,能在复制子细胞株(HCV-1b和HCV-2a)中抑制HCV复制[33]。Bandyopadhyay等发现miR-29在HCV感染过程中也发挥重要作用。在大多数HCV感染患者中,miR-29表达下调。miR-29能调节细胞外基质蛋白表达。在细胞培养系统中,HCV感染能下调miR-29表达,miR-29过表达则降低HCV RNA的丰度[34]。
值得一提的是,抑制miR-122相关的血红素氧化酶1(heme oxygenase 1,HO-1)能减少HBV复制[35]。在该研究中,Qiu等通过抑制miR-122和转染miR-122类似物,检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)在肝癌细胞中的表达。结果显示,过表达miR-122能抑制HBV表达,而内源性miR-122删除则导致转染细胞中HBV增加。进一步研究发现,miR-122是通过下调HO-1发挥作用的。因此,抑制miR-122表达虽能降低HCV复制,但会增加HBV复制,在合并感染患者中这是一个需考虑的重要因素。随着miR-122抑制剂在临床试验中的应用,了解miR-122影响HCV感染的分子机制及相应耐药突变的产生非常重要。这些结果提示,靶向miR-122的治疗可能会成为治疗慢性HCV感染的新策略。
4 结语
越来越多的证据表明,靶向miRNA的药物在治疗慢性HCV感染中具有一定的潜力。目前,虽然miR-122是唯一一个用于临床试验治疗慢性HCV感染的miRNA,但其他miRNA,包括miR-196、miR-199a和miR-29,均可能作为潜在的治疗靶点。基于靶向这些miRNA的联合治疗,不仅能提高抗病毒效率,还能保护患者免受HCV复制所带来的伤害。miRNA具有多个功能性靶基因及调节不同信号通路的特性,也许能使患者避免负面的治疗效果。然而,HCV与miRNA相互作用的具体分子机制还未完全阐明,尚需开展进一步的体外实验和临床验证。基于miRNA的治疗方法将为HCV感染的预防和治疗提供新的思路。
[1] Bartenschlager R, Lohmann V. Replication of hepatitis C virus [J]. J Gen Virol, 2000, 81(Pt 7): 1631-1648.
[2] Penin F, Dubuisson J, Rey FA, Moradpour D, Pawlotsky JM. Structural biology of hepatitis C virus [J]. Hepatology, 2004, 39(1): 5-19.
[3] Sakamuro D, Furukawa T, Takegami T. Hepatitis C virus nonstructural protein NS3 transforms NIH 3T3 cells [J]. J Virol, 1995, 69(6): 3893-3896.
[4] Einav S, Sklan EH, Moon HM, Gehrig E, Liu P, Hao Y, Lowe AW, Glenn JS. The nucleotide binding motif of hepatitis C virus NS4B can mediate cellular transformation and tumor formation without Ha-Ras co-transfection [J]. Hepatology, 2008, 47(3): 827-835.
[5] Bowen DG, Walker CM. The origin of quasispecies: cause or consequence of chronic hepatitis C viral infection [J]? J Hepatol, 2005, 42(3): 408-417.
[6] Chisari FV. Unscrambling hepatitis C virus-host interactions [J]. Nature, 2005, 436(7053): 930-932.
[7] Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Gonçales FL Jr, Häussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Lin A, Hoffman J, Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection [J]. N Engl J Med, 2002, 347(13): 975-982.
[8] Erickson AK, Seiwert S, Gale M Jr. Antiviral potency analysis and functional comparison of consensus interferon, interferon-alpha2a and pegylated interferon-alpha2b against hepatitis C virus infection [J]. Antivir Ther, 2008, 13(7): 851-862.
[9] Guo H, Ingolia NT, Weissman JS, Bartel DP. Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels [J]. Nature, 2010, 466(7308): 835-840.
[10] Ambros V. The functions of animal microRNAs [J]. Nature, 2004, 431(7006): 350-355.
[11] Berkhout B, Jeang KT. RISCy business: MicroRNAs, pathogenesis, and viruses [J]. J Biol Chem, 2007, 282(37): 26641-26645.
[12] Pfeffer S, Zavolan M, Grässer FA, Chien M, Russo JJ, Ju J, John B, Enright AJ, Marks D, Sander C, Tuschl T. Identification of virus-encoded microRNAs [J]. Science, 2004, 304(5671): 734-736.
[13] Sullivan CS, Grundhoff AT, Tevethia S, Pipas JM, Ganem D. SV40-encoded microRNAs regulate viral gene expression and reduce susceptibility to cytotoxic T cells [J]. Nature, 2005, 435(7042): 682-686.
[14] Umbach JL, Kramer MF, Jurak I, Karnowski HW, Coen DM, Cullen BR. MicroRNAs expressed by herpes simplex virus 1 during latent infection regulate viral mRNAs [J]. Nature, 2008, 454(7205): 780-783.
[15] Lagos-Quintana M, Rauhut R, Yalcin A, Meyer J, Lendeckel W, Tuschl T. Identification of tissue-specific microRNAs from mouse [J]. Curr Biol, 2002, 12(9): 735-739.
[16] Chang J, Nicolas E, Marks D, Sander C, Lerro A, Buendia MA, Xu C, Mason WS, Moloshok T, Bort R, Zaret KS, Taylor JM. miR-122, a mammalian liver-specific micro-RNA, is processed from hcr mRNA and may downregulate the high affinity cationic amino acid transporter CAT-1 [J]. RNA Biol, 2004, 1(2): 106-113.
[17] Esau C, Davis S, Murray SF, Yu XX, Pandey SK, Pear M, Watts L, Booten SL, Graham M, McKay R, Subramaniam A, Propp S, Lollo BA, Freier S, Bennett CF, Bhanot S, Monia BP. miR-122 regulation of lipid metabolism revealed by in vivo antisense targeting [J]. Cell Metab, 2006, 3(2): 87-98.
[18] Lohmann V, Körner F, Koch J, Herian U, Theilmann L, Bartenschlager R. Replication of subgenomic hepatitis C virus RNAs in a hepatoma cell line [J]. Science, 1999, 285(5424): 110-113.
[19] Jopling CL, Yi M, Lancaster AM, Lemon SM, Sarnow P. Modulation of hepatitis C virus RNA abundance by a liver-specific microRNA [J]. Science, 2005, 309(5740): 1577-1581.
[20] Jopling CL, Schütz S, Sarnow P. Position-dependent function for a tandem microRNA miR-122-binding site located in the hepatitis C virus RNA genome [J]. Cell Host Microbe, 2008, 4(1): 77-85.
[21] Chang J, Guo JT, Jiang D, Guo H, Taylor JM, Block TM. Liver-specific microRNA miR-122 enhances the replication of hepatitis C virus in nonhepatic cells [J]. J Virol, 2008, 82(16): 8215-8223.
[22] Fukuhara T, Kambara H, Shiokawa M, Ono C, Katoh H, Morita E, Okuzaki D, Maehara Y, Koike K, Matsuura Y. Expression of microRNA miR-122 facilitates an efficient replication in nonhepatic cells upon infection with hepatitis C virus [J]. J Virol, 2012, 86(15): 7918-7933.
[23] Jangra RK, Yi M, Lemon SM. Regulation of hepatitis C virus translation and infectious virus production by the microRNA miR-122 [J]. J Virol, 2010, 84(13): 6615-6625.
[24] Date T, Kato T, Miyamoto M, Zhao Z, Yasui K, Mizokami M, Wakita T. Genotype 2a hepatitis C virus subgenomic replicon can replicate in HepG2 and IMY-N9 cells [J]. J Biol Chem, 2004, 279(21): 22371-22376.
[25] Kato T, Date T, Miyamoto M, Zhao Z, Mizokami M, Wakita T. Nonhepatic cell lines HeLa and 293 support efficient replication of the hepatitis C virus genotype 2a subgenomic replicon [J]. J Virol, 2005, 79(1): 592-596.
[26] Zhu Q, Guo JT, Seeger C. Replication of hepatitis C virus subgenomes in nonhepatic epithelial and mouse hepatoma cells [J]. J Virol, 2003, 77(17): 9204-9210.
[27] Sarasin-Filipowicz M, Krol J, Markiewicz I, Heim MH, Filipowicz W. Decreased levels of microRNA miR-122 in individuals with hepatitis C responding poorly to interferon therapy [J]. Nat Med, 2009, 15(1): 31-33.
[28] Krützfeldt J, Rajewsky N, Braich R, Rajeev KG, Tuschl T, Manoharan M, Stoffel M. Silencing of microRNAs in vivo with ‘antagomirs’ [J]. Nature, 2005, 438(7068): 685-689.
[29] Lanford RE, Hildebrandt-Eriksen ES, Petri A, Persson R, Lindow M, Munk ME, Kauppinen S, Ørum H. Therapeutic silencing of microRNA-122 in primates with chronic hepatitis C virus infection [J]. Science, 2010, 327(5962): 198-201.
[30] Li YP, Gottwein JM, Scheel TK, Jensen TB, Bukh J. MicroRNA-122 antagonism against hepatitis C virus genotypes 1-6 and reduced efficacy by host RNA insertion or mutations in the HCV 5′ UTR [J]. Proc Natl Acad Sci USA, 2011, 108(12): 4991-4996.
[31] Machlin ES, Sarnow P, Sagan SM. Combating hepatitis C virus by targeting microRNA-122 using locked nucleic acids [J]. Curr Gene Ther, 2012, 12(4): 301-306.
[32] Murakami Y, Aly HH, Tajima A, Inoue I, Shimotohno K. Regulation of the hepatitis C virus genome replication by miR-199a [J]. J Hepatol, 2009, 50(3): 453-460.
[33] Hou W, Tian Q, Zheng J, Bonkovsky HL. MicroRNA-196 represses Bach1 protein and hepatitis C virus gene expression in human hepatoma cells expressing hepatitis C viral proteins [J]. Hepatology, 2010, 51(5): 1494-1504.
[34] Bandyopadhyay S, Friedman RC, Marquez RT, Keck K, Kong B, Icardi MS, Brown KE, Burge CB, Schmidt WN, Wang Y, McCaffrey AP. Hepatitis C virus infection and hepatic stellate cell activation downregulate miR-29: miR-29 overexpression reduces hepatitis C viral abundance in culture [J]. J Infect Dis, 2011, 203(12): 1753-1762.
[35] Qiu L, Fan H, Jin W, Zhao B, Wang Y, Ju Y, Chen L, Chen Y, Duan Z, Meng S. miRNA-122-induced down-regulation of HO-1 negatively affects miRNA-122-mediated suppression of HBV [J]. Biochem Biophys Res Commun, 2010, 398(4): 771-777.