微卫星标记多态性与番鸭体尺性状的关系

俞永裕，曾 涛，陈晓青，姜柏芳，毛济敖，田 勇，沈军达，陶争荣，卢立志

(1.浙江省余姚市畜牧兽医局，浙江 余姚 315499;2.浙江省农业科学院 畜牧兽医研究所，浙江 杭州 310021;3.南京农业大学，江苏 南京 210095;4.余姚市舜丰畜禽养殖有限公司，浙江 余姚 315499)

余姚番鸭 (又名瘤头鸭、呆头鸭)是一种瘦肉型肉用鸭。余姚番鸭按羽色分为白羽、花羽和灰色条纹羽3个类群，灰色条纹羽现较少。余姚番鸭具有生长速度快，屠宰率高等特点，许多地方引种饲养。

微卫星又称为简单重复序列 (SSR)，一般以1～6个碱基为核心序列，首尾相连的串联重复序列。微卫星标记与其他分子标记相比，具有在基因组中数量分布广而均匀、多态性丰富、等显性遗传以及分析方法简便、快捷等优点。因此，微卫星标记目前已被广泛应用于群体遗传结构、遗传多样检测的研究中［1-10］。在过去的几年里，已经从鸭类基因组中分离到了很多多态性丰富的微卫星遗传标记［11-12］，为鸭类的微卫星遗传标记和生产性状关系的研究打下了良好的基础。本研究分析了16个微卫星标记与余姚番鸭体尺性状间的相关性，为余姚番鸭的选育提供依据。

1 材料与方法

1.1 试验材料

本研究采用30只余姚番鸭，公母各半。编号采集血样样本，测量体重和体尺，测量指标包括体重、体斜长、龙骨长、胫长、胫围、胸宽、胸深和骨盆宽。

1.2 血液基因组DNA的提取

采用常规酚-氯仿抽提法，具体操作步骤参照《分子克隆》(第3版)，稍加修改。

1.3 微卫星位点及PCR条件

根据GenBank和文献上提供的50对微卫星引物进行筛选，选择了16对微卫星引物 (表1)。

反应体系 (25.0 μL):50 ng·μL-1DNA 1 μL，上下游引物各为 0.4 μL，10 mmol·L-1dNTP混合物 1.5 μL，10 × 缓冲液 1.5 μL，rTaq 酶0.25 μL。

反应程序:95℃预变性5 min;94℃变性30 s，44～65℃ (具体温度依引物而定，表1)复性30 s，72℃延伸40 s，35个循环;最后72℃延伸10 min。扩增产物用12%的非变性聚丙烯酰胺进行电泳，电泳结束后用硝酸银染色，成像后分析结果。

1.4 数据统计及相关公式

统计各等位基因组成，计算个微卫星座位的等位基因频率 (Pi)、遗传杂合度 (He)、多态信息含量 (PIC)和有效等位基因数 (Ne)。用SPSS软件分析微卫星基因座各基因型与体尺性状间的相关性。

表1 16个微卫星引物序列和退火温度

式中:pi为第 i个等位基因的频率;i为纯合复等位基因;ij1，ij2，…，ijn为与 i共显的第1到第n个等位基因。

2 结果和分析

2.1 遗传多态性的指标

用16对微卫星引物对余姚番鸭进行检测，结果共检测到72个等位基因，各座位等位基因数位2～7个，由表2可知，16个微卫星标记所检测到群体平均杂合度为0.681。多态信息含量最高的微卫星座位是 AY493314(0.832)，最低的是AY587043(0.374)，平均多态信息含量为0.644。

2.2 遗传多态性与体尺性状的相关性

用SPSS(16.0)中GLM过程对各个不同微卫星位点的不同基因型间性状的差异进行最小二乘分析，结果见表3。微卫星AY493314与胫围呈极显著相关，AJ272582与胫围和龙骨长呈显著相关;微卫星AY493282，APL515883与胫长呈显著相关;AY493255，AY493342与半潜水长呈显著相关;AY493322与胸宽呈显著相关。其余位点微卫星与体重、体尺性状之间的相关性均不显著。

表2 16个微卫星基因座的多态参数

表3 微卫星位点的组分方差分析统计系数值 (F值)

3 讨论

3.1 微卫星标记的多态性

微卫星应用研究中，PIC是衡量片段多态性的指标。按Bostein等提出的衡量基因变异程度高低的多态信息含量指标，当PIC＞0.5的位点为高度多态信息含量指标，0.25＜PIC＜0.5时为中度多态位点，当PIC＜0.25时，为低度多态位点。本研究中16个微卫星位点中，除 AY493285、AY587043和APL515883为中度多态外，其余13个微卫星位点均呈现高度多态。

群体杂合度反应了被检测位点上群体的杂合子的频率，是群体遗传变异的一个适宜参数。群体平均杂合度的高低反映了群体的遗传一致性程度。群体的杂合度越高，说明群体内一致性差，群体变异大。本实验结果表明，余姚番鸭的平均遗传杂合度He为0.681，说明有着较高的遗传多样性。

3.2 微卫星位点与体尺性状的相关性

本实验结果显示，AY493314，AJ272582，AY493282和APL515883等标记与特定性状可能存在相关关系。这种相关性的发现对于选种、选配是有利的。实践中选择具有与优良性状相关标记的个体留种，可以提高选种的准确性，这也是标记辅助选择的主要目的之一。对这些微卫星标记间的连锁分析研究，以及更加精确地进行QTL定位，还需要进一步扩大试验鸭种范围。如果一个群体的性状差异显著，或2个群体的差异很大，就可以通过标记与性状的相关分析，找出性状与一个或多个标记的遗传相关，一旦发现显著相关，即可认为存在一个数量性状位点，从而实现从表型到基因型选择育种的转变。

本实验研究可为进一步寻找有关番鸭生长性状的QTLs及定位提供一定的理论数据。

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