基于转录组测序技术筛选影响蛋鸡产暗斑蛋候选基因的研究

杜元军 韩海霞 刘玮 李大鹏 雷秋霞 周艳 刘杰 王杰 李福伟 陈甫

摘要：本研究旨在利用转录组测序技术（RNA-seq）筛选鸡十二指肠中与暗斑蛋形成相关的功能基因和信号通路。选取连续产暗斑蛋率低和连续产暗斑蛋率高的济宁百日母鸡各10只分别作为对照组和暗斑组，采集十二指肠组织，测定钙代谢相关基因mRNA表达量，利用RNA-seq技术对差异表达基因（differentially expressed genes，DECs）进行GO（gene ontology）功能注释和KECC（ kyoto encyclopediaof genes and genomes）信号通路富集。结果表明，转录组获得高质量数据108.75 Cb且所有样本Q30>97%;共筛选得到471个DECs，其中327个上调，144个下调，随机选取7个DECs进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证，表达趋势与转录组测序结果基本一致；co功能注释分析筛选到SLC8A3、SLC24A4、SLC9A2等DECs主要富集到线粒体钙离子稳态、钠离子跨膜转运和钙离子结合的过程；KECC通路富集结果显示，CSTTI、CST02、CSTA3、CIDN2、CIDN10等DECs主要富集到细胞色素P450介导的外源物代谢通路、药物代谢一细胞色素P450、钙信号通路等；与对照组相比，暗斑组十二指肠钙结合蛋白（CALB1）的mRNA表达量显著下降（P<0.05）。综上，蛋鸡十二指肠中CSTTI、CST02、CSTA3基因的上调和SLC8A3、SLC24A4等基因的下调是影响暗斑蛋形成的关键因素，钙信号通路在暗斑形成中发挥了重要作用。本研究为暗斑蛋的机理研究提供了基础材料。

关键词：蛋鸡；蛋壳暗斑；十二指肠；差异表达基因；转录组测序

中图分类号：S831.2：Q78 文献标识号：A 文章編号：1001-4942（2023）12-0143-07