国际病理质量联盟(IQN Path)肿瘤突变负荷检测调查

Fenizia F, Wolstenholme N, Fairley J A,etal.Tumor mutation burden testing: a survey of the International Quality Network for Pathology(IQN Path).Virchows Arch, 2021,479(6):1067-1072.

肿瘤突变负荷(TMB)定义为肿瘤基因组编码区体细胞突变的总数，从几个到成千上万，差别较大。作为免疫检查点抑制剂(ICI)可能的生物标志物，TMB可确定肿瘤中新抗原的数量，但检测尚未标准化。ICI如PD-L1表达和微卫星不稳定性(MSI)的检测是癌症治疗的重大突破，但其活性因肿瘤类型而异，若干因素包括抗肿瘤调节免疫反应复杂机制，可导致偏差，需对符合治疗条件的患者进行分层。2019年4月～5月，国际病理质量联盟(IQN Path)启动调查，通过支持机构外部质量评估(EQA)试点方案，对当前TMB检测的实际情况进行评价。结果显示，在7家不同EQA提供商参与的127个实验项目中，69个(54.3%)将TMB用于研究和(或)临床应用；50个(72.5%)用于靶向测序。94.2%(65/69)使用福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)材料，而液体活检(无细胞DNA、cfDNA)仅占26%。55个实验室同时使用单核苷酸变异和插入缺失来计算TMB；20个中心仅包括非同义变体，但几乎所有的中心都使用了靶向测序，一些还进行了全外显子组测序估算(WES)、WGS和(或)RNA测序，至少含Illumina或ThermoFisher NGS平台，其中包括华大智造科技公司的BGISEQ(BGI Genomics)。与成本高而组织量大的WES相比，数百基因组成的小组合(small panels)深受青睐，但迄今为止TMB测试和报告最佳工作流程尚未定义，缺乏标准化部分原因可能是报告中临床试验结果相互矛盾，如最近德国一项研究发现约25%的病例检测组织样本发生分类(TMB高与低)错误。IQN Path调查突出表明，许多实验室能够快速有效地引入TMB测试，有助于建立测试的标准化。

(方三高1摘译，郑 伟2审校/1上海金域医学检验所有限公司病理科，上海 200120；2杭州金域医学检验所有限公司实验室，杭州 310053)