基于SRAP分子标记的贵州省棕榈种质资源遗传多样性分析
2020-03-20毛跃雄陆跃堂胡志姣赵杨
毛跃雄 陆跃堂 胡志姣 赵杨
摘要:【目的】研究貴州省棕榈资源的遗传多样性及遗传结构,揭示其分布格局与变异趋势,为贵州省棕榈种质资源保护及开发利用提供科学依据。【方法】基于SRAP分子标记对贵州省7个农业气候区的26个棕榈种源328份材料进行扩增,经Qsep 100全自动核酸蛋白分析仪电泳分析后,利用Popgene 1.32和NTSYS-pc 2.1计算主要遗传多样性参数及进行种源聚类分析。【结果】贵州省棕榈遗传多样性丰富,其种级水平上的多态性条带百分率(PPB)为97.31%,观测等位基因数(Na)为1.9731、有效等位基因数(Ne)为1.4717、Nei?s基因多样度(H)为0.2689、Shannon?s信息指数(I)为0.4212,但在种源水平上遗传多样性差异明显。贵州省26个棕榈种源间的遗传分化系数(Gst)为0.3305,即种源内变异是贵州省棕榈资源遗传变异的主要来源。UPGMA聚类分析结果显示,在阈值为0.91时,26个棕榈种源可分成四大类,其遗传分化与地理环境有一定相关性。Mantel检验结果显示,贵州省棕榈资源遗传分化与其地理距离呈正相关(r=0.2651),但相关性不显著(P>0.05)。贵州省7个农业气候区内的棕榈资源基因流(Nm)均大于贵州省棕榈种源Nm(1.0129),说明小区域内的棕榈资源基因交流频繁。【结论】贵州省棕榈种质资源总体遗传多样性高,种源间分化较明显,选择育种潜力巨大。为更好地开发利用棕榈资源,应结合其遗传结构特点,实行就地保护为主及建设种质资源库为补充的保护策略。
关键词: 棕榈;SRAP分子标志;遗传多样性;遗传分化;空间分布格局;贵州省
中图分类号: S792.91 文献标志码: A 文章编号:2095-1191(2020)01-0027-09
Abstract:【Objective】The study on genetic diversity and genetic structure of Trachycarpus fortunei(Hook.) H. Wendl resources in Guizhou, revealed its distribution pattern and variation trend,and provided scientific basis for the protection, development and utilization of T. fortunei germplasm resources in Guizhou. 【Method】Based on SRAP molecular markers, 328 materials from 26 T. fortunei provenances in 7 agroclimatic regions of Guizhou were amplified. After electrophoresis analysis by Qsep 100 automatic nucleic acid protein analyzer, Popgene 1.32 and NTSYS-pc 2.1 were used to calculate the main genetic diversity parameters and perform the provenances clustering analysis. 【Result】The genetic diversity of T. fortunei in Guizhou was rich, the percentage of polymorphic bands(PPB) was 97.31% at species level, the observed alleles(Na) was 1.9731, effective alleles(Ne) was 1.4717, Neis gene diversity index(H) was 0.2689, and Shannons information index(I) was 0.4212, but there were significant differences in genetic diversity at the provenance level. The genetic diversity(Dst) among the 26 T. fortunei provenances in Guizhou was 0.3305, which revealed that intra-provenance variation was the main source of genetic variation of T. fortunei resources in Guizhou. The UPGMA cluster analysis showed that the 26 T. fortunei provenances could be divided into four categories at the threshold of 0.91, and their genetic differentiation was related to the geographical environment. The Mantel test showed that there was a positive correlation between genetic differentiation and geographical distance(r=0.2651) in Guizhou,but the correlation was not significant(P>0.05). The gene flow(Nm) of T. fortunei resources in seven agroclimatic regions of Guizhou was larger than that of T. fortunei species in Guizhou(1.0129), indicated that gene exchange of T. fortunei resources was frequent in small areas. 【Conclusion】 T. fortunei germplasm resources of Guizhou have high genetic diversity, large differentiation between provenances, and huge potential of selection and breeding. In order to exploit and utilize T. fortunei resources better, combi-ning with its genetic structure characteristics, the conservation strategy is put forward, which is mainly in situ conservation and supplemented by the construction of germplasm resource bank.
Key words: Trachycarpus fortunei(Hook.) H. Wendl;SRAP molecular marker; genetic diversity; genetic differentia-tion; spatial distribution pattern; Guizhou
Foundation item: Guizhou Major Scientific and Technological Project(Qiankehezhongdazhuanxiang〔2014〕6024-1)
0 引言
【研究意义】棕榈[Trachycarpus fortunei(Hook.) H. Wendl]是贵州省的常见乡土树种,隶属于棕榈科(Palmae)贝叶棕亚科(Coryphoideae)棕榈属(Trachycarpus),全树均可开发利用,其产品多元、用途广泛(舒迎澜,2004;董云发,2005;卫强和王燕红,2016),且具有浅根性及宜石灰土等特性,是改善石漠化生态环境的优良经济树种(但新球等,2003)。棕榈在贵州省分布广泛,但天然林破坏严重,居群呈零星分布,多为野生或半野生状态,利用效率不高。采用分子标记技术研究物种遗传多样性和遗传结构特征,可为其种质资源保护、遗传改良及开发利用提供科学依据(凌士鹏等,2018;冯建灿等,2019),因此,加强贵州省棕榈种质资源遗传多样性研究,对促进贵州省棕榈产业发展及石漠化生态修复树种选择均具有重要意义。【前人研究进展】至今,已有专家学者分别使用RAPD、AFLP、SRAP、ISSR和SSR等分子标记在多种棕榈科植物上开展了种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建及系统进化关系等相关研究工作(Ohtani et al.,2009;周丽霞和曹红星,2018),包括油棕(Hayati et al.,2004;丁灿等,2011;肖勇等,2013)、山棕(贾春媛,2009)、董棕(赵春磊,2009)、槟榔(任军方,2010)、椰子(Rajesh et al.,2015;Geethanjali et al.,2018)、蒲葵(Kondo et al.,2017)等,但针对棕榈遗传多样性的研究较少。杨华(2005)利用RAPD分子标记与表型测定对黄藤和单叶省藤天然种群进行遗传多样性分析,结果证实种群内变异是其遗传变异的主要原因。安琪等(2010)采用AFLP分子标记对云南省境内的11种棕榈藤亲缘关系进行分析,结果显示云南省棕榈藤遗传多样性丰富,各品种间的遗传分化程度较高,且发现原始省藤亚属和省藤亚属两个亚属物种互相交叉渗透。Rajesh等(2015)采用SCoT分子标记评估全球23个椰子种质遗传多样性,进一步证实了SCoT分子标记用于物种遗传多样性分析的可行性。Kondo等(2017)利用20对SSR分子标记对日本的6个蒲葵群体进行遗传多样性分析,其结果为揭示蒲葵偏远种群的起源提供了依据。Geethanjali等(2018)以48对SSR分子标记分析世界范围内79种椰子种质的遗传多样性和种群结构,结果发现其遗传多样性较高,分层聚类为两大聚类,与其地理起源相对应。在棕榈种质资源遗传多样性研究方面,李文表(2005)利用ISSR分子标记分析了云南、广西和湖南3个分布区的棕榈遗传多样性,胡志姣和赵杨(2018)從形态学角度对贵州省棕榈种源遗传多样性进行了研究。【本研究切入点】SRAP分子标记具有多态性高、重复性好、操作简便及成本较低等优点,已广泛应用于观赏植物(卢超等,2014;邱帅等,2018;马秀花等,2019)、药用植物(陈大霞等,2018;潘绿昌等,2018)、粮食作物(庞新华等,2019;张明飞等,2019;赵小庆等,2019)等植物种质资源鉴定评价,但至今未见应用于棕榈种质资源研究领域。【拟解决的关键问题】从已发表的不同植物SRAP分子标记引物中筛选出多态性引物,对贵州省26个棕榈种源328份材料进行扩增,经Qsep 100全自动核酸蛋白分析仪电泳分析后,利用Popgene 1.32和NTSYS-pc 2.1计算主要遗传多样性参数及进行种源聚类分析,旨在揭示贵州省棕榈的分布格局与变异趋势,为其种质资源保护及开发利用提供科学依据。
1 材料与方法
1. 1 试验材料
从黔东北部(温暖伏旱区)、黔东南部(温暖湿润区)、黔北部(温和伏旱区)、黔中部(温和湿润区)、黔西南部(温和春干夏雨区)、黔南部(温热春干区)及黔西部(温凉春干区)等7个农业气候区选取26个棕榈种源328份材料,所选样株均为野生资源,树龄在20年左右,单株距离在50 m以上。分别采集生长良好、无病虫害的当年生嫩叶,经硅胶干燥、液氮速冻后带回实验室,-80 ℃保存备用。利用GPS定位样品采集地的地理坐标,具体采样情况及种源地生态条件如表1所示。主要试剂:新型植物DNA提取试剂盒(DP320)、D2000 DNA Marker(MD114)和2×Taq PCR MasterMix(KT201)均购自天根生化科技(北京)有限公司。主要仪器设备:BioPhotometer Plus核酸蛋白定量检测仪(德国Eppendorf公司),BIO-RAD T100 PCR仪(美国Bio-Rad公司),Tanon 1600凝胶成像系统(上海天能科技有限公司),Qsep 100全自动核酸蛋白分析仪(中国台湾光鼎生物科技股份有限公司)。
1. 2 DNA提取
将采集的材料取出并迅速剪碎,置于盛有液氮的无菌研钵中研磨至粉末状,然后按新型植物DNA提取试剂盒说明提取棕榈总DNA,用1.0%琼脂糖凝胶电泳和BioPhotometer Plus核酸蛋白定量检测仪进行检测,合格的棕榈总DNA以TE稀释标定至100 ng/μL,-20 ℃保存备用。
1. 3 SRAP反应体系建立
从已发表的不同植物SRAP分子标记引物序列(李晓慧等,2007;李梅等,2009;刘倩,2013;林方养等,2014)中筛选出正向引物17条、反向引物18条,形成306对SRAP引物组合,委托北京全式金生物技术有限公司合成。利用4个种质材料对SRAP引物组合进行复筛,选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富、重复性好的引物组合(表2)。优化后的SRAP反应体系20.0 ?L:DNA模板2.0 ?L,上、下游引物(10 ?mol/L)各0.5 ?L,2×Taq PCR MasterMix 10.0 ?L,ddH2O 7.0 ?L。参照林方养(2014)的SRAP扩增程序:94 ℃预变性3 min;94 ℃ 30 s,35 ℃ 45 s,72 ℃ 45 s,进行5个循环;94 ℃ 30 s,50 ℃ 45 s,72 ℃ 45 s,进行35个循环;72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。
1. 4 扩增产物检测与分析
SRAP扩增产物直接利用Qsep 100全自动核酸蛋白分析仪进行分析,全自动进样,无须人工制胶、灌胶、上样、拍照,免去手工制胶的繁琐和人工上样的误差,产物长度(bp)可直接读出并根据需要选择呈现信号峰值图或模拟电泳图。根据模拟电泳结果,对不同材料在同一位点的扩增片段进行统计,条带清晰明亮记为“1”,无条带或模糊记为“0”,生成0-1矩阵。转换相应的数据格式后,用Popgene 1.32计算多态性条带百分率(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei?s基因多样度(H)、Shannon?s信息指数(I)、遗传一致度(In)、遗传距离(D)、总基因多样性(Ht)、种源内基因多样性(Hs)、种源间的遗传分化系数(Gst)及基因流(Nm)等主要遗传多样性参数,并采用NTSYS-pc 2.1按照UPGMA法进行种源聚类分析。根据采样点地理坐标信息计算各样点间的地理距离,使用TFPGA 1.3对遗传距离和地理距离进行Mantel检验;利用PASW Statistics v18.0分析遗传多样性与种源地生态条件线性相关性,探索遗传多样性空间分布格局。
2 结果与分析
2. 1 SRAP多态性分析结果
10对SRAP引物组合共扩增得到260条目的条带,且扩增条带清晰稳定(图1),其中多态性条带253条(平均25.3条),PPB为97.31%(表3)。以Me4-Em5引物组合的PPB最低,为88.00%;有7对SRAP引物组合(Me1-Em2、Me2-Em1、Me3-Em1、Me3-Em4、Me4-Em4、Me5-Em2和Me6-Em5)的PPB達100.00%。说明这10对SRAP引物组合能稳定高效地检测棕榈资源遗传多样性,为核心种质筛选提供依据。
2. 2 棕榈遗传多样性评价及空间分布格局分析结果
26个棕榈种源的遗传多样性参数统计结果如表4所示。其中,PPB在31.92%(YJ)~79.62%(NY),平均为61.15%;Na在1.3192(YJ)~1.7962(NY),平均为1.6112;Ne在1.1809(SQ)~1.3678(NY),平均为1.2975;H在0.1136(SQ)~0.2292(NY),平均为0.1809;I在0.1741(YJ)~0.3571(NY),平均为0.2790。26个棕榈种源间的遗传多样性差异明显,纳雍(NY)、贵定(GD)、六枝(LZ)、贵阳(GY)和湄潭(MT)等种源的遗传多样性较丰富,而印江(YJ)、石阡(SQ)和剑河(JH)等种源的遗传多样性较低。贵州省棕榈种级水平的PPB为97.31%、Na为1.9731、Ne为1.4717、H为0.2689、I为0.4212,说明贵州省棕榈遗传多样性丰富。
由表5可知,各农业气候区棕榈居群的遗传多样性存在明显差异,其中,黔中(温和湿润)农业气候区的多态性条带最多(250条),PPB高达96.15%,对应的Na、Ne、H、I分别为1.9615、1.3946、0.2470和0.3895,均较高;黔东北(温暖伏旱)农业气候区的多态性条带最少(171条),PPB仅为65.77%,对应的Na、Ne、H、I分别为1.6577、1.2683、0.1697和0.2680,均最低。
棕榈主要遗传多样性参数与种源地生态条件的相关性分析结果(表6)显示,PPB、H和I与年均气温、无霜期均呈负相关,与年均降水量呈正相关,但相关性均不显著(P>0.05,下同)。PPB与海拔呈正相关,但相关性不显著;I和H与海拔呈显著正相关(P<0.05,下同),表明海拔对贵州省棕榈的遗传多样性分布有显著影响。
2. 3 棕榈居群的聚类分析结果
基于遗传一致性的UPGMA聚类分析结果(图2)显示,在阈值为0.91时,26个棕榈种源可分成四大类,第Ⅰ类只有都匀(DY)1个种源;第Ⅱ类10个种源,包括贵定(GD)、三都(SD)、湄潭(MT)、凤冈(FG)、务川(WC)、道真(DZ1)、纳雍(NY)、独山(DS)、丹寨(DZ2)和麻江(MJ);第Ⅲ类6个种源,包括水城(SC)、普定(PD)、织金(ZJ)、六枝(LZ)、罗甸(LD)和望谟(WM);第Ⅳ类9个种源,包括贵阳(GY)、瓮安(WA)、剑河(JH)、思南(SN)、福泉(FQ)、余庆(YQ)、正安(ZA)、石阡(SQ)和印江(YJ)。可见,属于同一农业气候区的棕榈种源大多数能聚在同一类,即贵州省棕榈资源的遗传分化与其地理环境有一定相关性。Mantel检验结果(图2)显示,贵州省棕榈资源遗传分化与其地理距离呈正相关(r=0.2651),但相关性不显著,说明地理隔离对棕榈遗传分化有一定影响,但并非主要因素。
2. 4 棕榈居群的遗传分化情况
由表7可知,贵州省棕榈资源种级水平的Ht为0.2702,Hs为0.1809,Gst为0.3305,说明贵州省棕榈资源遗传变异的66.95%来自种源内,而33.05%来自种源间,即种源内变异是贵州省棕榈资源遗传变异的主要来源。黔东南区棕榈种源间的遗传变异最大,占该区总遗传变异的30.19%;黔南区棕榈种源间的遗传变异最小,为7.40%。贵州省棕榈资源种级水平的Nm为1.0129,大于1.0000,说明贵州省各棕榈种源间存在较低的基因流。此外,7个农业气候区内的棕榈资源基因流均大于贵州省内棕榈种源基因流,说明小区域内的棕榈资源基因交流频繁。
3 讨论
PPB、H和I 是衡量种群遗传多样性的3个重要参数。其中,PPB只是一种粗略估计,尚无法确定各条带在频率上的均匀程度,且受样本大小、条带多少及筛选方法的影响(红雨等,2006);而H 和I 充分考虑了群体中的基因数目及其分布均匀度,三者结合可有效反映遗传多样性水平(黄勇,2013)。本研究结果表明,贵州省棕榈物种水平上的PPB为97.31%、H为0.2689、I为0.4212,明显高于蒙古栎(李文英,2003)、厚朴(郑志雷,2010)、杏(马丽娟,2013)、紫椴(王东升,2013)及玉铃花(王萱,2016)等常见温带多年生木本植物,也明显高于银杏(葛永奇等,2003)、构树(廖声熙等,2013)及杜仲(于靖,2015)等雌雄异株的木本植物,但在棕榈科植物中略低于乔木形的董棕(赵春磊,2009)、槟榔(任军方,2010)及丛生灌木形的山棕(贾春媛,2009),高于黄藤和单叶省藤等木质藤本(杨华,2005)。说明从地理分布、交配系统及生活型等多方面观察均证实贵州省棕榈具有丰富的遗传多样性。遗传多样性与种源地生态条件的相关性分析结果表明,海拔对贵州省棕榈资源遗传多样性分布有显著影响,可能是由于贵州高海拔山区地势复杂,交通不便,人为破坏少,能保存较高的遗传多样性。棕榈作为棕榈科植物中最抗寒的一个种,广泛的地理分布说明其拥有较大的基因库及生境异质性,多世代重叠有效保留了重组和突变;而严格的雌雄异株异交、风媒花保证了高频的远系杂交能力和异交率(朱华晨,2000)。这些特征都可能是棕榈仍维持较高遗传多样的重要原因。
本研究还发现,贵州省棕榈物种水平上的Gst为0.3305,明显高于木本植物(Gst=0.2100)及传粉植物(Gst=0.2300)的平均值(Nybom,2004),说明贵州省棕榈各种源间已有一定程度的分化。Mantel检验结果显示,贵州省棕榈资源的遗传分化与地理隔离呈较弱正相关,仅有不到0.1%的遗传变异可由地理距离解释,说明地理隔离不是棕榈遗传分化的主要因素。UPGMA聚类分析结果显示,贵州省棕榈资源的遗传分化与地理环境有一定相关性,同一农业气候区的棕榈种源大多数聚在同一类,可能是在自然选择压力下,具有相同基因型的个体共同聚集在较适应的生境中,从而产生遗传分化(王玉山等,2011;黄勇,2013;马少薇等,2017)。这种由生境异质性下选择压力及遗传漂移所形成的遗传分化大于地理距离所带来的遗传分化,但地理环境影响种源分化的具体进程有待进一步探究。此外,贵州省棕榈资源种级水平的Nm为1.0129,大于1.0000,即贵州省各棕榈种源间基因流动很少,故推测低水平的基因流动是造成遗传变异以种源内变异为主、种源间遗传分化明显的主要原因。各农业气候区内棕榈资源的Nm大于各棕榈种源间的Nm,表明棕榈的基因流动受限于小区域范围内。花粉与种子传播是棕榈主要的基因流动形式,二者均受自身特点与环境条件的影响。棕榈树体高大,花序抽生于树顶端、花量巨多、开花集中,使得花粉能借助风力广泛传播,但花期时贵州境内多阴雨天气,不利于花粉大范围传播;棕榈种子较大,果熟期天气寒冷,鸟兽活动相对较少,故其种子传播距离有限。这些因素是导致贵州省棕榈基因流动较低且较窄的主要原因。
棕榈作为贵州省内重要的生态与经济树种,其丰富的遗传多样性与种源变异是遗传改良的宝贵材料,拥有极高的种质资源保育价值。因此,在今后的种质收集与保存工作中,应将黔中区、黔北区和黔西区等棕榈资源遗传多样性相对较丰富的地区划为核心种源区,设立多个保护点,并尽可能收集多个种群的种子或幼苗,其他地区则应多选择一些优良单株的家系苗。在此基础上,结合高通量测序技术与生物信息学分析手段,揭示棕片产量等重要农业性状的形成机理,或挖掘与之紧密连锁的分子标记,并综合筛选出一批特异育种材料,为贵州棕榈资源的开发利用打下基础。
4 结论
贵州省棕榈种质资源总体遗传多样性高,种源间分化较明显,选择育种潜力巨大。为更好地开发利用棕榈资源,应结合其遗传结构特点,实行就地保护为主及建设种质资源库为补充的保护策略。
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(責任编辑 兰宗宝)