中国热带农业科学院生物所自主研发规模化基因组大数据平台

由中国热带农业科学院生物所自主开发的AFSM（基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性）技术， 结合大数据分析优势， 打造了热带作物基因大数据平台， 可大规模、低成本地构建遗传连锁图谱， 开展GWAS分析、演化分析、指纹图谱以及高通量甲基化分析等， 在建立热带特色作物分子标记育种平台方面发挥了重要作用， 有效提升了中国热科院在该领域的国际影响力。

据AFSM技术研发者夏志强副研究员介绍， 目前以该平台为桥梁， 生物所已与美国普渡大学、 美国加州大学戴维斯分校、 CIAT、 EMBRAPA、 福建农林大学、 海南大学等在内的10余家国内外研究机构、 高校建立合作， 覆盖木薯、 橡胶树、 小桐子、 胡椒、 可可、 茶树、 柱花草、 澳洲坚果、 香蕉、 兰花、 甘蔗、 土豆、 芭蕉芋、 薏仁、 节节麦等多种作物。

近年来， 生物所种质与基因资源研究室已在木薯、 橡胶树、 小桐子等作物上运用该技术并发表代表性成果。 如对木薯群体展开全基因组关联分析（GWAS）， 确定了36个农艺性状关联的关键基因;在橡胶连锁图谱研究方面， 构建了大约6 940个AFSM标记遗传连锁图谱与多个重要产胶相关QTL基因（该物种首个超高密度SNP定位QTL）;开展了小桐子的遗传连锁图谱构建和QTL定位研究， 开发了含有3 422个AFSM标记遗传连锁图（该物种首个超高密度图谱）， 13个果实产量重要QTL等。

仅2018年以来， 夏志强副研究员相关基因組大数据研究成果陆续发表在《Nucleic Acids Research》、 《Biotechnology for Biofuels》、 《Industrial Crops & Products》、 《Frontiers in Plant Science》等国际期刊上， 累计影响因子24.585。

（摘自中国热带农业科学院网， http：//www.catas.cn/， 2018-08-21）